1998年夏天，周其仁应邀到世界银行总部参加一项有关基础设施融资的研修项目，碰巧赶上美国电话电报公司与美国第二大有线电视公司合并。两家公司都是国际巨头，采取何种方式合并引发了周其仁的浓厚兴趣。
之前，美国的电信业，长话跟市话是分业经营的，长话是处于三足鼎立状态，美国电话电报公司、美国世通公司和SPRINT公司竞争，而市话由处于“自然垄断”[ 自然垄断是经济学中一个传统概念。早期的自然垄断概念与资源条件的集中有关，主要是指由于资源条件的分布集中而无法竞争或不适宜竞争所形成的垄断。在现代，这种情况引起的垄断已不多见。而传统意义上的自然垄断则与规模经济紧密相连，指一个企业能以低于两个或者更多的企业的成本为整个市场供给一种物品或者劳务，如果相关产量范围存在规模经济时自然垄断就产生了。
]地位的贝尔营运公司独家经营。
美国电话电报公司董事长在完成收购时宣布，要投巨资将有线电视网络改造成双向通信宽带网络，以整合长话、市话资源，抢占市话市场，占据“三网合一”（电信网、计算机网和有线电视网）的制高点。
周其仁从这一事例中意识到，“自然垄断”是在一定的需求和技术假设基础上才存在的，技术创新可以打破这一市场垄断，反之，打破垄断的需求，也会成为驱动企业进行技术创新的动力。
回国后，周其仁就这一问题发表了《三网合一，数网竞争》一文，恰逢中国为了WTO的入门条约，正在酝酿中国电信业的改革开放，这篇文章以“第三只眼睛”的舶来视角来看国内改革，如同久旱之甘霖，而周其仁也顺理成章地坐上了“电信专家”的坐席[ 周其仁自称，“被人们当做一个中国电信问题专家，对我来说是一件意外的事情”。从美国返回北京后，他见到《财经》主编胡舒立，建议报道AT&T收购TCI的故事。胡舒立采纳了这个建议，并邀请周其仁来写。《三网合一，数网竞争》就是在这种情况下写就的。周其仁事先不知道，为对付WTO的入门条约，国家有关部门当时正在酝酿电信产业的又一波改革，电信问题自然成为社会热点，所以他的那篇文章才把他推上“电信问题专家”的位置。
]。
他主张破除原有的电信市场行政干预格局，全面引入市场竞争机制，在体制上鼓励原电信产业以及破垒以后加入的民间或者国外电信业进行技术创新，用市场竞争的力量推动电视、电话、网络的“三网聚合”。
这无疑是对传统自然垄断行业引入竞争会导致重复建设的“规模不经济”[ 规模不经济，来自规模经济的一个概念，指随着企业生产规模扩大，而边际效益递减，甚至跌破零成为负值。造成此现象的原因，可能是内部结构因规模扩大而趋向复杂，这种复杂性会消耗内部资源，而此耗损使规模扩大本应带来的好处相互抵消，因此出现了规模不经济的现象。
]理论的重大挑战，同时也触及了处于垄断地位的电信行业的利益。开放电信市场可能有损民族电信产业，将中国电信市场拱手让于国际电信大鳄的言论更是把电信业是否开放提到了“保家卫国”的政治高度。
对此，周其仁的看法是，开放以后，在市场的自主调节作用下，重复建设的边际会自动控制在与租用已有网络的平衡点上。只要明晰产权，投资者自负盈亏，使投资行为变成市场行为，而不是行政干预，这个平衡就很容易实现。
此后，周其仁一发不可收，发表多篇探讨电信改革的署名文章。针对外界热议的国际竞争对手威胁问题，周其仁认为，国际电信经营公司不可能有这样的地位，首先是电信行业所固有的规模经营特征。更重要的是，在自由竞争的条件下，没有行政壁垒介入，垄断是不易形成的。退一步讲，即使国内市场最终被国际电信公司占领，最终受益者也会是老百姓。
事实上，中国的电信经营之所以处于垄断的绝对优势地位，就是因为行政权力的直接干预所导致的，这种垄断不仅使电信丧失了技术创新、服务创新的意识和动力，更重要的是巨额的浪费和亏损最终都要老百姓买单。显然，中国政府是没有动力为国际电信公司进行以行政权力为主导的保驾护航，因此，担忧是不必要的。
今天，高额的电话初装费已经成为历史，电信、联通、移动等电信行业的竞争经营模式，以及零星存在的网络电话等民间电信经营活动，正印证了周其仁当年的论断。在产权明确界定基础上的竞争机制是电信业良性发展的保障，这一方面我们还有很长的路要走。
周其仁在这方面一直在不遗余力地呼吁，并提出在法律体系方面应该倾向于保护自由创新，坚决反对靠行政力量消灭因技术创新而崛起的竞争对手的市场干预行为。
周其仁因为对电信改革的呼吁和阐述，一夜之间由“农村问题专家”摇身变为炙手可热的“电信专家”。媒体穷追不舍，每个记者见到他就问手机何时开始单向收费等问题。
对这样的追问，周其仁只能苦笑。后来他以调侃口吻回忆说：“我研究了十多年的农村问题，从来没人说我是农村问题专家。1996年正碰上中国电信改革，写了几篇文章，反倒成了电信专家。有时候这事还真是难说。我常说这鸡叫也天亮，鸡不叫也天亮。我只不过是天亮前叫了两声的鸡。”
不难发现，周其仁电信改革的建议，是基于产权明晰基础之上的市场化，剥离“电信专家”的光鲜外衣，他依旧拥有固执的产权改革的棋手本质。
5．探寻农村土地问题
电信改革吵吵嚷嚷的背景下，周其仁从未放松对农村问题的关注和研究。期间，他研究的兴趣点转移向农民收入方面。
作为一系列中央农村政策制定的参与者，周其仁对农村问题并不陌生。然而，1995年回国以后，他观察到一个奇怪的现象——改革开放以来，国民经济得到空前的发展，但是占人口绝大多数的农民收入并未得到根本性的改观。
为什么频出的粮价保护、巨额财政补贴并没有奏效？这些问题像磁石一样，深深吸引着周其仁。
为了探寻问题的根源，周其仁开始回顾历史。研究发现，早在“一大二公”的高度计划经济时代，就出现了为了避免饿死人而出现的“自留地”，顾名思义这块土地的产出可以由农户自由支配，正是这块自留的土地在当时成为了很多人赖以生存的“救命田”。
根据早年在黑龙江务农的经验，周其仁知道农民在自留地上和公家地里的劳动状态截然不同：在自留地上积极劳作，在公家的地里却是“磨洋工”。究其缘由，周其仁得出一个结论，这一切都产生于一个根本性的问题——土地的产权界定。农村家庭联产承包责任制就是在集体所有土地的基础上，承认了农民的劳动所得，并且赋予其对部分劳动所得的自由支配权。
中国土地的改革正是遵循了逐步界定土地的产权而提高劳动生产效率的原则。要解决农民收入问题，还需要由这一模式出发。按照张五常的产权理论，产权可以分为三个方面的内容，即使用、收益及让渡，前提是这些权力的行使不能受到外界因素的干预。产权的三个方面界定得越清晰，生产效率就越高。
周其仁继承了这一理论，他认为农民收入得不到根本性的改观，正是由于那些所谓的保护性政策的存在。
表面看来，粮价保护似乎保护了农民的劳动所得，而事实上却干扰了粮食市场的自由交易。政府高价收购的最终结果是增加了权力寻租空间，让利于小部分市场投机分子。由于权力和中间商的串谋，导致“有价无市”，结果农民卖不出去粮食，不得不以低价卖给中间商，中间商再卖给政府，而农民并没有在终端享受到政策的优惠。为杜绝这一漏洞，政府垄断了粮食收购权，谁知却使情况变得更糟，以粮食为主要原料的产业受到抑制，直接结果就是食品价格进一步上升，加重了非农人口的生活负担，同时抑制了该类产业的发展，直接减少了粮食的产业需求量，这样的后果不仅对农民无益，对整个国民经济的健康发展都是贻害无穷的。
进入21世纪以来，城镇化浪潮迭起，全国各地掀起楼房建设热，楼价步步攀升。与此同时，社会上也出现了“钉子户”现象。随着原有的城市拆迁已经不能满足日益增长的房地产建设用地需求，农民也逐步加入到捍卫自己土地的抗议队伍当中，有些地方甚至因此发生了暴力冲突事件。
农业用地在向工业或城镇用地的转化过程中，价值会上升数百倍，而这一转化过程需要政府主导，即征收农业用地，向农民补以三年的土地收入或者其他形式的补偿，有些则以行政力强行征用。政府拿到地以后转而将其推向工业或城镇用地的二级市场，以此来推动地方城镇化的进程。
对此，处于劣势地位的农民是无能为力的。周其仁认为，自农业改革以来的土地集体所有制，虽然在一定程度上扩大了农民对土地的使用及收益权，但是根本的权利让渡权并没有落实，集体是一个比较空泛的概念，一旦发生了土地产权的转移，那么在集体的口号下，受益的往往是少数集体的当权者，而大多数的农民将会因此受到利益上的损失，甚至白白失去了赖以生存的土地。
如何改变这一现状，周其仁在世纪之交提出农村土地私有化的大胆设想，给农民以土地的让渡权，并且以地契形式对这种让渡进行法律上的保护，取消原来由政府主导的土地征用一级市场，让农民具备土地市场的议价权，从而用产权让渡的权利寻租代替由政府行政力为主导的权力寻租，以维护农民利益。
虽然随着改革的不断深入，人们的意识发生了巨大的转变，然而就当时的情况来讲，还没有完全脱离束缚，而且土地是关系国家兴衰存亡的大计，所以他的主张遭到很多人的反对。
近几年来，川渝地区的土地改革政策给了周其仁很大的启发，透过对这些现实情况的深入研究，周其仁提出了利益均衡的渐进式农村土地改革方式。
运用土地级差将土地分成若干类型，运用村庄民主评议的方式对土地进行确权，并发给农民地契，然后再集体将城镇化需要的部分土地集体出让，然后以契为凭进行收益分配，从而统筹城乡共同发展，有效解决了征地矛盾。与之相配套的，是政府要做好建立保护耕地机制、统筹规划土地级差应用等方面的服务性工作，降低对土地市场的干预，使我国的城镇化建设健康发展。
周其仁认为，这种方式如果在全国范围内有效推行，还需要在一些敏感方面进行深度调整，如何从卖地财政中脱离出来，发展土地、资源等税收型财政，是我国土地转型的一大问题。
6．倡导公司兴城镇
随着我国改革开放程度的进一步加深，缩小城乡差距的任务日益紧迫，城市化进程紧锣密鼓地开展也是大势所趋。
然而在政府主导的模式下，我国的城镇化建设进程是建立在对农地占用的建筑扩展基础上的，这显然违背了城镇化的本质——由于经济资源在空间上的集聚而自然形成的——势必造成土地资源以及各种投资性资源的浪费，甚至会出现城市化了街道和楼房，却没有城市化经济的现象。
2001年，周其仁通过对改革开放以来一些重要城市发展过程的研究，提出要用公司和市场作为城镇化进程的主导力量。
