从教期间，厉以宁笔耕不辍，著作、论文的创作过程让他对中国经济有了更具前瞻性的了解。
从20世纪70年代末到80年代末这10年间，厉以宁的研究成果呈爆发式增长，推出众多颇有影响力的专著，如1979年的《论加尔布雷思的制度经济学说》、1984年的《关于经济学问题的通信》、1986年的《体制·目标·人：经济学面临的挑战》、1987年的《经济体制改革的探索》等。这些专著倾注了厉以宁半生的心血，包含了他对中国经济状况和主要问题的深度思考。
其中，1984年由罗志如教授和厉以宁共同著述，由厉以宁独自执笔完成的《20世纪的英国经济——“英国病”研究》被誉为我国经济改革最具参考价值的著作。这本著作也被认为是厉以宁早年经济学理论成果的浓缩，因此也是经济学人学习厉以宁相关经济学理论的必读之作。
改革开放后的中国，经济环境异常复杂，围绕经济体制改革以及经济发展方式的争论正式展开，作为经济学家，厉以宁自然无法置身事外。
纵观我国改革开放初期的状况，经济体制改革大致可以分为三个阶段：1978年到1984年着力进行农村经济改革；1984年到1987年侧重于城市经济体制改革；1987年之后侧重于建立社会主义市场经济体制。
改革第二阶段，围绕改革模式曾有过激烈争论。当时，厉以宁对社会主义社会中计划与市场的关系有了更深入的认识，他认为传统的社会主义计划经济模式不能实现对资源的合理配置，即便是兰格理论中所倾向的改良后的计划经济模式也不能解决中国发展建设中所面临的经济难题。
他对所有制的问题也有了新的认识，认为过去的公有制模式制约了中国的发展。虽然公有制是巩固我国社会主义性质的重要基石，但要想让我国经济更快更好地发展，在相当长的一段时间里，非公有制形式的存在是十分必要的，是对社会主义公有制的有力补充。这一观点奠定了厉以宁后来的非均衡理论的基础，并在国有企业改革过程中为股份制的推行奠定了理论基础。
虽然在上个世纪70年代末到80年代，厉以宁已经形成对中国改革独立的较为成熟的见解，并成为中国经济学领域的翘楚，但在当时他的观点并没有被充分的重视，改革过程中各方仍然为如何进行价格体制改革争论不休，那么在这个时候是坚持自己的主张还是选择妥协呢？
6．非均衡理论的诞生
所谓改革，就是破旧立新，这注定是一个艰难复杂的历程。虽无前例可循，但也不乏逻辑性，总体来讲，中国的改革开放由易到难、由浅入深逐级推进。
改革之初的第一阶段改革是以农村家庭联产承包责任制为核心的农村经济改革。此间改革涉及人数最广，着重解决农村经济桎梏，但对国民经济并不产生巨大影响，许多困扰经济发展的制度性弊端非但没有得到有效的遏制——譬如影响面广泛的价格问题——反而随着改革推进屡屡形成掣肘。
到了1984年，农村经济大有起色，城市经济形势依然严峻，改革开放的焦点由农村转向城市，价格体系改革成为当务之急。
9月初，一些中青年经济工作者在浙江省德清县莫干山举行了一次别开生面的会议。会议主题是讨论后续改革问题，《经济时报》、《中国青年》等媒体到场。因为是第一次完全由中青年学者参加，是他们“第一次集体发声”，又被称为“第一届中青年经济科学工作者讨论会”。当然，就像其他历史性瞬间一样，这次会议被打上地名烙印，就是中国改革史上赫赫有名的“莫干山会议”。
会上，一些北京学者透露了一个消息，即当时中央高层对于进一步改革的分歧在于价格的改革，这样就让价格专题讨论变得十分激烈。
具体来说，观点分为三派，即：以田源[ 田源，河南开封人，1954年生人，获武汉大学学士、硕士、博士学位，毕业后留校任教。1983年，调任国务院发展研究中心，曾到美国科罗拉多大学和芝加哥期货交易所学习，回国后在物资部任对外经济合作司司长，中国中期期货经纪有限公司创始人。
]为代表的宏观调控派，以张维迎为代表的市场调节派，以及以华生、何家成[ 何家成，上世纪80年代毕业于中国社会科学院研究生院，获得经济学博士学位。1985年获得孙冶方经济学奖，1986年被授予“国家级有突出贡献中青年学者”称号。80年代中期起，先后在中央国家机关、地方政府和企业工作。曾任国家国内贸易局副局长，主管企业改革和发展工作。 研究领域：计算机应用、信息化。
]、蒋跃、高粱、张少杰等人为代表的国家调控和市场调节相结合的双轨派。由于当时国家资金实力有限，所以完全实施国家调控无法实现，而放由市场自我调节所面临的风险又很大，最终折中的价格双轨制得到了与会人士的广泛赞同并上报了中央。
起初，价格双轨制凭借其优势稳定了经济发展，但随着改革的不断深入，作为一种过渡性的价格政策，它的弊端逐渐凸显。价格双轨制盛行，催生大量投机倒把分子（俗称“倒爷”），极大地干扰了正常的经济秩序。因此，价格改革成为共识。但在具体操作时，究竟是围绕价格体制改革入手，还是从所有制体制的改革入手，人们各执己见、莫衷一是。很长一段时间，价格改革骑虎难下，无以为继。
1986年，一个名为Mr. Stock的人出现在《纽约时报》一篇报道中国的文章中，这个称呼让世界知道了一位中国的经济学家——厉以宁。
改革开放，大道朝天，政治雷区让人避之不及，最大的雷区当属所有制问题。如果倡议所有制改革，势必会遭到严厉批判。早在1980年，厉以宁提出以股份制方式来改造微观经济的主体，从而促进就业，并实现对国有企业的股份制改造，但由于股份制被认为是走资本主义道路，这一提议并没有被高层接受。
上世纪80年代中后期，随着改革的推进，诸多问题纷至沓来，价格和所有制改革之争再次被推上历史的舞台。
国家在政策上倾向于价格体制改革，甚至制定了一系列相应的政策。1986年，邓小平会见来访的纽约证券交易所董事长约翰·范尔霖时，赠送给对方一张飞乐音响股票，这是新中国发行的第一张股票。
这件事坚定了厉以宁的信心。不久，在北京大学举行的名为“改革的基本思路”的演说中，他再一次强调，股份制改革才是中国国有企业改革的必由之路。
由于所有制改革涉及到社会主义、资本主义的路线之争，因此厉以宁这些具有前瞻性的思想在当时并没有被充分重视。直到1992年，“邓小平南方视察”讲话后，国有企业改革才大刀阔斧地推行。
直到这时，厉以宁那颗悬着的心才落下，价格和所有制改革之争告一段落。
长达10年的改革之争最终促成了厉以宁的专著《非均衡的中国经济》，该书于1998年被评为“影响新中国经济建设的10本经济学著作”之一，承载了厉以宁对中国经济的深度思考。
在这部学术作品中，厉以宁从市场经济出发，阐述了在经济改革过程中，资源配置的市场调节与政府调控问题，如何在经济发展非均衡的情况下来解决供求矛盾，以及如何调整产业结构从而建立新的社会主义商品经济的问题等，利用股份制改造重塑微观经济实体的观点就蕴涵其中。
7．《证券法》出台始末
伴随国企改革的深化，股份制改革在经过数年争论后最终被社会广泛接受，改革最终目标确立为建立社会主义市场经济。但是，这个过程面临诸多问题，首当其冲的就是监管缺失。
由于监管机制不完善，国企改革矛盾重重，主要表现为：国有企业法人不明晰，就是所谓“所有者虚置”，这样就降低了企业竞争力，致使多数国企面临经营业绩差、巨额亏损等现象。
另一方面，国有企业的所有权问题日益引起重视。在当时，个别国有企业的高层管理者在改革之初实际上掌握了企业大部分的剩余控制权及部分剩余索取权，而这种权利也被人们所认同，但当时并没有相关的立法对这种权利予以保护，因此国有企业出现了乱象，投机倒把、倒卖诈骗国有资产等不正之风日盛。而这些矛盾要想从根本上解决，就一定要加强立法。
1992年6月，在北京一次会议上，时任七届全国人大常委会委员长的万里提议，讨论制定《证券交易法》的相关事宜。鉴于该法专业性很强，建议由时任七届全国人大常委会委员、七届全国人大财经委委员的北京大学厉以宁教授，负责组织《证券交易法》起草组。
这样一来，厉以宁从股份制倡导者转变成了监督者。当时，这部法律的制定可谓是一波三折。
由于缺乏立法经验，人们对于证券业立法过程的复杂性没有充分估计，甚至曾有个别领导认为有1年时间起草小组就能拿出草案来提交到全国人大常委会去审议。这一情况很快由国家体制改革委员会的一位同志以简报的形式上报到了国务院，得到江泽民、李鹏、朱镕基等众多高层领导的圈阅，可见当时中央对这一法案的实施是多么关注。
主持起草工作时，厉以宁的全国人大代表任期已不满1年，1993年3月，他离开了人大，后任全国人大法律委员会副主任委员。角色转变，厉以宁的立场和职责都发生了很大变化，他需要维护的是人大常委会法律工作委员会的集体意见，正是这样一次会议的争论使《证券法》一度搁置。
事情的缘起是1994 年 3 月底，全国人大法律委、全国人大财经委以及全国人大常委会法工委在空军招待所联合召开一个座谈会，讨论由全国人大常委会法工委做出的《证券法(草案修改第四稿)》。
与会者发现，讨论的第四稿与以前人大常委会两次审议的草案稿相比有大幅修改，或者说是根本性修改。于是，围绕《证券法》中要不要对一级市场证券发行行为进行规范展开了激烈的辩论，最终由于分歧严重而使《证券法》的颁布被迫搁浅。虽然厉以宁后来又主持召开了法律修改会，但由于分歧严重，草案最终还是没能定稿，从此被搁置，由此荒废3年多的光阴。
然而，分歧并不能阻挡经济的洪流。伴随着国民经济的迅速发展，以及股份制的进一步深化，证券市场内部欺诈、内幕交易乱象丛生，让《证券法》再一次成为了讨论的焦点。
在草案搁置的3年里，围绕草案的调查、研究、讨论一直没有停止。1997年，亚洲金融危机爆发，《证券法》的出台成为当务之急，中央再一次将草案的审议提上了议事日程。
恰在此时，1998 年3月，厉以宁当选了九届全国人大常委会委员，重新回到人大财经委任副主任委员。同年9 月，在全国人大委员长办公会议上，重点讨论了准备再次提交审议的草案。最终，这部历经风雨的法律终于在1998 年年底通过。
20年风雨历程，《非均衡的中国经济》的著述、《证券法》的颁布都倾注了厉以宁的心血，也显示了他深厚的理论积淀。
