宇宙飞船与航天飞机都是载人航天飞行器，但它们确是两类有区别的载人航天飞行器。
在载人航天器中，载人飞船和航天飞机主要负责”跑“运输，它们或在太空自由翱翔，或来往于地面和空间站之间，运送航天员和货物。目前正在建造的”国际空间站“就是用它们作为运输工具，接送了一批又一批航天员、各种舱段和仪器设备以及补给用品。所以这”兄弟“俩又称为天地往返运输器，即相当于太空交通车，可以说它们是载人航天的大动脉。
宇宙飞船和航天飞机的最明显的区别是宇宙飞船是一次性使用，航天飞机可以重复使用。从外形上也能看出区别来，载人飞船无”翅膀“，航天飞机有”翅膀“，因而它们在功能上有很大不同，各有千秋。
由于载人飞船没有机翼，因而无升力或升力很小。只能以弹道式或半弹道式方法返回。其结果是气动力过载和落地误差都较大，返回时采用在海面溅落或在荒原上径直着陆的方式。这种着陆方式不仅对航天员的要求很高，需要长期训练才行，对航天员生命安全也有一定危险。它也使飞船为一次性使用的载人航天器。
不过，从另一方面讲，正是由于没有”翅膀“，所以飞船的结构相对简单，无需复杂的空气动力控制面，也没有着陆机构及相关装置，从而可靠性和安全性较高。例如，苏联／俄罗斯自1971年联盟11号返回失事以后，历经联盟、联盟T、联盟TM和联盟TMA4代，至今已使用了30多年，约80艘飞船上过天，从未出现过灾难性事故。
有很大机翼的航天飞机在再入大气层时可获得足够的升力，控制升力的大小和方向就能调节纵向距离和横向距离，使航天飞机准确地降落在跑道上，能部分重复使用。它的过载也小得多，即从起飞到返回地面的整个过程中，加速和减速都很缓慢，大大降低了对航天员的身体要求，可把稍加训练的科学家、工程师、医生和教师等送上太空。
但是，航天飞机外型极其复杂，而且要携带可重复使用的发动机，所以载人飞船无论在技术上和成本方面都比航天飞机简单和小得多，容易突破载人航天的基本技术，并且很适于长期停靠在空间站上用作救生艇。若用昂贵的航天飞机做救生艇长期停留在空间站上，使用效率太低，还大大增加空间站姿态控制和保持轨道高度方面的费用。
然而，航天飞机可以运送7人外加将近30吨的货物到近地轨道上去，既能独自飞行10～20多天，又可满足大型空间站的需求。在这方面载人飞船只能俯首称臣，因为它最多能运送3人外加几百千克的货物在太空独自飞行数天到10天左右，为中小型空间站提供服务，若仅用它作为大型空间站的运输工具则显得力不从心。在美国航天飞机停飞阶段，”国际空间站“的建造也随之停止了，因为飞船不能运送空间站的大型部件。
