同盟会内部的动摇与分裂并非因这次西南武装起义失败而起，但却因此而更加严重。起初，孙中山领导的武装起义连遭挫折，清廷加强了对革命派的镇压和收买，外国应清廷要求取缔或限制革命派在日本、香港、印度支那、上海公共租界等地的活动，同盟会内部就开始出现动摇。有人消沉，有人变节，有人改信别的主义。同盟会机关报《民报》发表文章批评共和主义，论调悲观；同盟会领袖章太炎指责革命过于洋化而有损于中国自己的文化和传统，“意见不相统属，议论歧为万途”。最终爆发为两次“倒孙”风潮乃至公开的分裂。
第一次“倒孙”风潮发生在1907年。该年3月，日本政府应清廷要求将孙中山驱逐出境，给路费五千元。另有日商铃木久五郎馈赠一万元。孙中山来不及在同盟会本部讨论，以两千元留为《民报》经费，余款用做军费，即离东京赴越南。
此事成为第一次“倒孙”风潮的导火索。东京同盟会本部议论纷起，闹得不可开交。张继道：“走就走，要人家的钱干什么！”刘师培道：“孙文受贿！”章太炎将挂在民报社的孙中山相片撕下来，写了“卖《民报》之孙文应即撤去”几字，寄到同盟会香港分会，以示羞辱。此时，黄冈起义、七女湖起义失败的消息陆续传到东京，张继、章太炎、刘师培等甚至扬言：“革命之前，必先革革命党之命。”要求改组同盟会本部，罢免孙中山的总理职务，改选黄兴继任。张继甚至与总部庶务刘揆一扭打起来；章太炎则意气用事，以明码电报泄露孙中山购买枪弹准备武装起义的军事秘密。然同盟会多数会员坚持团结，反对内讧，认为内讧“非独陷害孙、黄二公，实不啻全体党员之自杀”。孙中山亦令胡汉民写信给东京同盟会本部，谴责章太炎。又派林文返回东京，禁止章太炎等再干预军事。第一次“倒孙”风潮不了了之。
1909年，章太炎和陶成章掀起第二次“倒孙”风潮。陶成章是《民报》
的第二十至二十四期的编辑人，严于律己，生活艰苦卓绝，但性情褊狭，不能容人，在革命战略、经费、人事等问题上与孙中山不和。
1908年9月，陶成章改名唐继高，到新加坡向孙中山提出拨款两千元作《民报》经费的要求。此时，河口起义失败后被越南法国殖民当局解送到新加坡的六百多名战士的安置，成为孙中山和正处于经济危机中的新加坡华侨的沉重负担（后孙中山等人创办中兴石场，才将这六百多人安置下来），孙中山自己也常常衣食难济，他只好将自己的手表、衣物交给陶成章变卖。不久陶成章又提出筹款五万元的要求，孙中山无法办到，陶成章以江、浙、皖、赣、闽五省革命军名义自到南洋筹款，华侨却很少认捐。陶成章怀疑孙中山暗中捣鬼，遂指称河口起义所用军费不过一千多元，孙中山将各地同志的捐款攫为己有，家中发了大财。接着，陶成章纠集五六人在新加坡《南洋总汇新报》发表《同盟会七省意见书》，即《孙文罪状》。指责孙“谎骗营私”，在汇丰银行有巨额存款，贪污两万革命经费，有“残贼同志”、“蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”等三种十二项“罪状”，提出九条善后办法，要求“开除孙文总理之名，发表罪状，遍告海内外”。在法国的张继，也叫嚷要求孙中山“退隐深山”，或“布告天下，辞退同盟会总理”。
对此，具有正义感的革命党人极为气愤。东京，黄兴致书孙中山，表示“陶等虽悍，弟当以身力拒之”。越南，革命党人发表《河内公函》，详述发动广西、云南起义的经过，以确凿事实驳斥陶成章的诽谤。南洋，革命党人公布了孙中山的经济情况：“先生九龙的家里，只有母亲，自己的夫人和女儿，几间旧房子，此外别无所有。还有先生的哥哥，是自己修了草房子，在那里耕种。假使先生为革命发了财，把钱寄到家里去，为什么家里的房子，家里的人，还是这样蹩脚呢？”
孙中山则断然拒绝反对派的无理要求：“此时为革命最衰微之时，非成功兴盛之候，是为弟冒艰危、茹困苦以进取之时代，非退隐之时代也……弟被举为总理，未有布告天下始受之，辞退亦断未有布告天下之理。弟之退总理已在要求同盟会及章太炎认不是之时，同盟会及太炎至今未有认过，则弟已不承为彼等之总理者久矣。”并勉励革命党人道：“际此胡氛黑暗，党有内讧，诚为至艰危困苦之时代，即为吾人当努力进取之时代也。倘有少数人毅力不屈，奋勇向前，支撑得过此厄运，则以后必有反动之佳境来也。”
1908年春夏之际，陶成章等在杭州联合浙江、福建、江西、安徽、江苏五省会党，成立秘密组织“革命协会”。定“山”为“一统龙华山”，定“堂”为“汉族同登普度堂”，供祀“岳爷爷”像，宣誓收回“大明江山”，最高行政机关为“新中国军政省”，下“分作内、外二府”。外府职官从上到下为都督、统制使、军正使、巡察使、正副介士。所有官职均“取法于大明大唐”。
其章程说，革命成功之后，“暂时设一总统，由大家公举，或五年一任，或八年一任，年限虽不定，然而不能传子传孙呢！或者用市民政体，或者竟定为无政府，不设总统，也未可知。然而必须看那时候我国国民程度了”；“把田地改作大家公有财产，也不准富豪霸占，使得我们四万万同胞，并四万万同胞的子孙，不生出贫富的阶级”。“到那时候，土地没有，也没有大财主，也没有苦百姓，税也轻了，厘捐税关也都废了，兵也少了。从此大家有饭吃了，不愁冷了，于是乎可以太太平平，永远不用造反革命了。”
入会规定须有“盟证人、执法行刑人”，要求新入会者仿洪门三十六誓，在神位前跪誓。“第一誓诚心入会，不敢反悔，如有反悔，天诛地灭。
第二誓入会以后，协力同心，不敢畏避，如有畏避，雷殛火烧。
第三誓会中秘密，不敢漏泄，如有漏泄，身受千刀。第四誓祭旗起义，闻命必到，如有不到，命尽五殇。第五誓兄弟同心，如同手足，如生外心，身死五刑。”
“倒孙”风潮后，陶成章等从同盟会分裂出去，重新成立光复会，再组织类于会党的“革命协会”，应属一脉。
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国学大师刘师培和章太炎是当时同盟会的两位重要人物，他们俩关系恶化的直接后果是扩大了孙中山与章太炎的矛盾，致使同盟会由于内耗而元气大伤。
第一次“倒孙”风潮后，刘师培与章太炎、陶成章一样，处于极度的物质匮乏及失望、失落之中。其时，清廷不失时机在东京展开了猛烈的策反活动。1907年，清廷派国事侦探程家柽来东京，开价一万元，请求革命党不要搞暗杀。程家柽实际是同盟会在清方的卧底，准备将计就计，为同盟会补充革命经费。刘师培却不知程家柽的真实身份，他找了两个日本杀手，向程提出，欲用此钱买孙中山的人头。程家柽大惊，立即通知同盟会。刘师培未得逞，恨得指使两个日本人暴打程家柽，险些将其打死。
1907年底刘师培夫妇先后回国。刘师培由其妻何震出面，接受端方的收买，写了自首信——《上端方书》。端方大摆宴席，欢迎其改变信仰。1908年2月，刘师培返回日本东京，充当端方暗探，并且续办更为激进的《衡花絮
陶成章的“覆清”妙计
重建后的光复会主张不靠武装起义而靠暗杀主义来“一举覆清”。陶成章甚至提出了一个实行“中央革命”的“妓院方略”：收罗一批美女，在北京开设妓院，诱惑满清亲贵，席间放毒，一网打尽。
报》，鼓吹无政府主义革命。同时组织齐民社，举办世界语讲习所。
1908年5月24日，上海《神州日报》刊载刘师培夫妇伪造的《炳麟启事》，大意为章太炎声称将“不理世事，专研佛学”。
6月10日，东京《民报》上刊载章太炎应对的《特别广告》，他愤怒抨击《神州日报》捏造事实，指称刘氏夫妇是清廷密探。
接着，发生了有人欲谋害章太炎的“毒茶案”，经调查，投毒者是刘师培姻弟汪公权。东京留日学生界一片哗然。其间，日本政府应清廷要求，查禁了《民报》等报刊，刘师培夫妇的《天义报》也未能幸免。刘师培夫妇在东京已经很难立足，只得返回国内。
刘师培在东京的一口恶气难消，恼羞成怒，归咎于章太炎。回国后给当时代理孙中山主持同盟会工作的黄兴写信，揭发章太炎曾答应两江总督端方，“只要给两万元，便可舍弃革命宣传，赴印度出家”，搞得章太炎十分狼狈，算是报了“睚眦之仇”。
尽管章太炎1912年给浙江统一党的电报中称，“筹款游印”纯属个人行为，与革命活动无关；尽管晚清督抚出于各种用意与海外立宪派或革命者暗中联系者不乏其人，而由于刘师培变节，章太炎与张之洞、端方的关系亦告结束，没有产生较大恶果，但章太炎在第一次“倒孙”风潮后，悲观消沉，致一度想脱离革命，则是事实。
当时，章太炎对同盟会内部事务不满，想去印度出家，学梵文，但苦于无费用。所谓“睹国事愈坏，党人无远略，则大愤，思适印度为浮屠，资斧困绝，不能行”。1907年9月他先写信向张之洞借钱。其信由刘师培的妻子何震转交张之洞的女婿卞绰昌，托卞绰昌带给张之洞，条件是：“若助以巨金，则彼于政治问题，不复闻问。并辞谢《民报》编辑。”12月24日，章太炎履行部分条件，在《民报》刊登启事，称：“本社总编辑人章君炳麟因脑病忽作，不能用心，顷已辞职。”后来章太炎本人也承认：“张于革命党素无恶感，不得已告贷焉。”此事应为属实。但“卞回国后，不敢请通，私以语端方，遂居为奇货”。端方答应借款。章太炎遂派刘师培夫妇回国接洽。因端方要求章太炎在鼓山、普陀山做和尚，章未同意而作罢。然刘师培回国后，背叛了革命，章的“游印筹款”也被诬陷成被清廷收买。
章太炎一生特立独行，名号无数，其中“章疯子”一号名扬四海，令人印象深刻。1897年，二十八岁的章太炎初入政界，到上海梁启超主办的《时务报》任撰述，即立显“疯”相。他看不惯康有为以当世孔圣人自诩（孔子人称“素王”，康自号“长素”，比孔夫子还厉害），说康不过像养着一帮女弟子、“狂悖恣肆，造言不经”的明代狂人李卓吾；他看不惯康有为弟子“以长素为教皇，又目为南海圣人”，将康氏门人比为推粪球的屎壳郎，被“康党衔次骨（恨之入骨）矣”！
1902年后章太炎在《苏报》上大骂光绪，又为邹容的《革命军》作序，鼓吹排满革命，触怒当局，入狱三年。在东京留学生迎接他出狱的集会上，大说“疯话”：
我是有神经病，而且听见说我疯癫，说我有神经病的话，倒反格外高兴。
大凡非常的议论，不是神经病的人断不能想，就能想亦不敢说。遇着艰难困苦的时候，不是神经病的人断不能百折不回，孤行己意。所以古来有大学问成大事业的人，必得有神经病，才能做到！
为这缘故，兄弟承认自己有神经病，也愿诸位同志人人个个都有一两分的神经病。近来传说某某是有神经病，某某也是有神经病，兄弟看来，不怕有神经病，只怕富贵利禄当面现形的时候，那神经病立刻好了，这才是要不得呢！
譬如思想是个货物，神经病是个汽船，没有思想，空空洞洞的神经病，必无实济；没有神经病，这思想可能自动的吗？
刘师培背叛革命，不少人以为其妻何震难逃“祸水”之责。何震出身于上海爱国女校，为中国最早鼓吹社会主义者之一，也是中国最早的女权主义者之一。她早年随夫先到沪上，后又赴东瀛，力倡通过无政府和共产来实现彻底的“男女平等”、“女子解放”。
有一种说法是，何震在东京颇有艳名，与其所谓姻弟汪公权有暧昧关系。刘师培会被两江总督端方收买，居间穿针引线的就是汪公权。蔡元培也曾经说：“有小人乘间运动何震，劫持君为端方用。”柳亚子道：“申叔（刘师培）的一生，完全断送于他夫人何志剑（何震）之手，志剑不是女留学生吗？
那真不如学毛儿戏的女戏子了。”陶成章道：何震和汪公权先“入于侦探一流”，而后“日夜怂恿光汉（刘师培）入官场，光汉外恨党人，内惧艳妻，渐动其心”，被拖下水。
刘师培背叛革命的主要原因，应为他个人内在的原因，应为与何震共同的境遇——“即实际环境和心理状态的双重恶化”使然，理应与何震受到同样谴责。但人们爱刘师培之才，而责何震“红颜祸水”，则令人不无产生抱憾之感。
思考历史
孙中山领导的武装起义，在当时就受到来自革命营垒内外的猛烈攻击。
立宪派谩骂孙中山是“徒骗人于死”的“远距离革命家”。同盟会内部对革命怀疑、灰心的情绪滋生蔓延，发生了两次“倒孙”风潮。而近一个世纪以后，人们努力挣脱思想束缚，重新审视历史，对孙中山领导的十次武装起义，则有去掉“国父”神衣，探究起义“真相”的种种说法。
那么，应该如何认识孙中山领导的十次武装起义呢？
首先，确有以下“真相”。
一、由于孙中山受到清廷通缉和日本等国驱逐，除了镇南关起义他曾一度与黄兴等赴前线犒师外，基本在台湾、河内等地遥控或为起义募捐筹资，实地委托黄兴、胡汉民等具体指挥。
二、事实证明，孙中山的军事战略难以实施。同盟会主要活动区域在海外，内地没有自己的根据地。发动武装起义的边鄙崎岖之地距位于国外的总部过于遥远，给孙中山从外部支持的策略造成巨大障碍，一次次起义不能及时得到支持和补给，几乎以同样的原因归于失败。
同盟会成立后革命党人发动的武装起义皖浙起义1907年7月
安庆马炮营起义1908年11月
萍浏醴起义1906年12月-1907年1月
河口起义1908年4-5月
镇南关起义1907年12月
钦廉上思起义1908年3-5月
广州新军起义1910年2月
黄花岗起义1911年4月
惠州七女湖起义1907年6月
潮州黄冈起义1907年5月
钦廉防城起义1907年9月
三、海外同盟会的革命者与他们在国内潜在的盟友和支持者之间，存在非常大的社会距离。革命派与改良派1905-1908年的思想大辩论“令人奇怪地脱离了中国的生活”。“辩论的内容不但忽视了百分之八十住在农村的人口，而且也脱离了城市新兴的运动”。革命派领袖们的观点几乎没有涉及国内潜在的盟友和支持者们所关心的“从禁赌、禁烟、禁缠足运动等常见的改革计划，到组织学联、劳工联合、铁路建设和公共工程等”有关国家尊严、自治、排外和社会改革的所有事情。“革命领袖们关于政治和经济问题的想法同排外的示威者和社会改革者的行动相去甚远。”
四、同盟会基本上由知识分子组成。要组织全国性的革命，“必须逾越阶级的界线”。孙中山的策略，是依靠秘密会党，把秘密会党当做桥梁。但秘密会党难担此任。
五、同盟会会员多会舞文弄墨，却没有武装斗争的经验，行事笨拙可笑：仿照当时流行的外国惊险小说情节进行暗杀技术研究；试制炸弹时自伤；丢炸弹不炸；埋炸弹引线不够长；炸弹未伤及对手，返回窥看时被捕杀；当杀手乱射五六枪不沾目标皮毛；仓促撤退时将至关重要的花名册遗漏，被清军拾到，致不及逃走的革命党人被一网打尽等。
