还有很多时候难以确认谁拥有行政指导权限和责任。在法律上，只有能够行使对外表示意志的所谓“行政官署”才拥有能够实施行政指导的权限，并对它负有最终责任，但这种原则尚未形成法制。只要是公务员，谁都可以实施行政指导，所以有时根本分不清楚是承办的公务员独自采取的行动，还是根据上司的指示，甚至搞不清究竟是哪个人搞的。尤其是在我国的行政文化中推卸责任之风盛行，当行政指导引出麻烦时，大胆站出来愿意承担责任的人实在太少，所以谁应负行政责任只会更加不明确了。
对于行政指导的非强制性法律议题也是使行政责任不明确的因素。把行政指导的相对方的服从看成是任意的，这成了法律作出解释的主流。因此难以追究对指导结果应负的行政责任。
上面所指出的，不仅是使行政责任不明确的因素，而且也是难以按司法程序给市民提供救助权利的原因。这就是说，对行政指导本身表示不满的相对方和因行政指导受害的相对方，难以根据法律进行争辩和请求受害补偿。传统的法律理论和法院的判例大多一贯支持这样的观点：行政指导是“非权力性的事实行为”，并以服从的任意性为前提，所以不能成为司法审查的对象。
即使先撇开法律制度不说，我国的现实条件也难以让不满于行政指导的相对方进行公开申辩。因为对纠缠于错综复杂的利害关系上的行政机关采取对抗行动是困难的。只有当行政指导的受害者形成一个集团，越来越多的人因表示不满而发生集体请愿时，政府才可能去寻求对他们的救助对策。
3.对公益与法规实效性的危害
行政指导如果去迎合行政机关的便利和相对方的方便，就可能损害第三者的利益和公共利益。这就是说，对于应当严格执法的问题，应当实施强硬政策的问题，却用温和而带有感情色彩的行政指导给以弥补，则有可能给并非当事人的第三者造成危害。如，对危险建筑的持有人不下达纠正的命令或代替执行等强硬措施，只反复做表现文章，进行形式上的行政指导，一旦真的发生火灾，就会出人命，发生公众性的受害事件。这种事情随处可见。等到发生了火灾，引起人们议论纷纷。而这时监督官署会立即表示它曾经作出过多次行政指导，完全逃避责任。这种情况早已习以为常了。令人怀疑的是，在那种掩人耳目的行政指导中恐怕大多掺进了腐败的因素吧。
行政指导的繁琐内容可以产生消极的作用，这就是放宽法定标准并形成不可逆转的制度的失效。当然，暂时放慢适用与现实要求脱节的法律准则的步伐，有效实现行政目的的行政指导的效用，这还是应当给予积极评价的。但如果损害了正当的法规的实效性，从而降低了处罚法规的权威性，导致执法上的形式主义和法律的死教条，这就不能不说是严重的问题了。
如果使用行政指导的手段，对违法情况一再宽大和微热处理，那么严格的法律处罚规定将成为死教条。而且对一定限度内的违法行为如果采取听之任之的指导方针，并把内部规定公之于众，那么在此范围内的违法行为将蔓延开来。当发生此类情况时，法规的实效性将不断受到损害。
4.丧失行政平衡
行政指导原则上取决于公务员的裁定。是否实施行政指导，实施何种指导，都由公务员来裁定。因此行政指导的平衡难以得到保障。从相对方的立场看，也较少安全性和强制可能性。
同样是公务员实施行政指导，它也会随着时间不同和对象不同而各异。主管公务员不同，对同一事实的行政指导也可能各不相同。即使同类的情况，如果对是否实施行政指导意见不同，行政指导的内容不同，如果它是难以合理实现的随意性产物，那么，行政指导甚至行政平衡都不能不受到很大的损害。
面对执行约束性的法规，公务员经常使用巧妙的手段来选择是苛刻执行还是宽大执行。何况在行政指导中是很容易运用巧妙手段来进行裁量和操纵的。
5.行政的隐蔽化
行政指导不一定经严格的形式性程序也可以隐蔽地加以实施。这种隐蔽性可能有助于保护必要的机密安全，但尤其是过分的和不必要的隐蔽的行政指导过多过滥，就会加强行政的神秘主义。这将使行政封闭起来，从而妨碍国民的监督。神秘主义损坏了行政的公正性，同时形成腐败的温床。
6.行政的过分扩张
行政指导的增加是行政扩张的结果，同时也是它的原因。正因为行政膨胀了，行政指导也就不得不增加连锁关系，另一方面，行政指导的增加本身就存在着表现为行政膨胀的因果关系。
我国在过去几十年间，行政的干预范围一味地在扩大，起先导作用的正是行政指导。行政指导的增加引起下一个环节的增加，从而使行政指导得以蔓延。
行政指导的膨胀和行政的膨胀，在经济高速发展的年代，对国家发展的贡献功不可没。但随着时间的推移，人们逐渐更多地指出行政过度膨胀的弊端。例如可以让国民自律的领域却要搞约束性的行政指导；对本应交给民事司法的领域却以调解型行政指导进行干预；行政指导妨碍健康的经济活动，诸如此类就是人们指责的典型事例。
7.缺乏效率的管理
上述弊端大多可能是因为错误地实施行政指导造成的。除此之外，也可能因为操作不成熟或者操作不当而不能充分发挥行政指导的效率所致，还可能由目的替换现象等问题所造成。
首先要指出的是第一主义和形式主义。行政指导缺乏统一性，致使行政的平衡性受到损害。这点前面已经提到。反之，第一主义有可能导致行政指导的失败。行政内部的因素常常使能够适应个别情况的行政指导丧失通融性。行政指导听从集权的等级制中上层领导的指示，在具体的情况下，可能会变成不合理的、“不符合实际情况”的行政指导。
行政指导的形式主义也是一大问题。因为形式主义只做表现文章，或者只注重“展示性”活动，而对真正的行政需要却置之不理，这样的事情也时有发生。
其次要指出的是急于求成。希望把过多的事一下子快速干完的过高欲望往往使行政指导变得急于求成，从而造成浪费，导致行政指导朝令夕改，这给国民带来不便，也加深了国民对行政的不信任。
第三要指出的是关心的“短期行为”。决定和实施指导内容目光短浅，因而造成极大的浪费。行政指导的“不良短期行为”原因很多，最常见的是单位行政负责人的短期任期和他们的好大喜功。
还有就是公务员的工作量过大。
行政指导眼光短浅和缺乏长期的关心，两者是紧密相联的问题。卓有成效的政策措施以及随之而来的行政指导只有坚持长期性和持续性才能获得成果，这种情况虽然很多，但由于缺乏长期的关心，不能持之以恒，因而半途而废的事例也很多。
第四要指出的是，单方面的，高高在上的指导态度会造成缺乏效率。担任行政指导的公务员的态度带着严重的高压姿态和一意孤行的倾向。不仅如此，市民对行政的不信任度偏高。这使行政指导的外部费用增加，它妨碍当事人的参与，减弱行政指导的行政程序的功能和行政民主化功能，而且必然削弱通过协商和合作过程使相对方能动地接受行政目的的行政指导功能。
（四）改善行政指导的方案
在行政活动中，行政指导的制度化、格式化水平较低，因此在探索改善制度研究的方法上存在着局限性。不仅如此，行政指导的弊端大多与效用结合在一起，所以搞短期机制困难重重。就是说，如果从制度上去扼制弊端的出现，那么行政指导的功能性效用也容易受到损害。
为了从制度上改善行政指导本身，也为了从制度上改善相关的条件，当然要作不懈的努力，但归根结底要从伦理和形态方面去找出改善的措施。改革的人文主义研究也应在改革行政指导的工作中占有较高的优先地位。
行政指导改革的基调是使民主行政的基本目的内在化。以此为基础，努力在行政指导中明确定位市民愿望型的、市民中心型的、市民方便型的原则。并要朝着保护普通公民及作为当事人的顾客的利益，促使行政的平衡也要朝着改革的方向去努力。不仅为了确保程序的合理性，也为了确保范围的合理性，应随着时代要求的变化，及时调整行政指导的界限。应当根据这种改革政策原则去推进以下的改革工作。
1.提高程序的合理性
应尽可能地对日常不断的行政指导规定有据可依的、程序明确的格式化规范。即使不是反复进行指导，在担心国民利益受到侵犯时，仍希望作法律约束。
在现代行政国家中，行政裁量非常必要，但运用包括法律在内的格式化规范来加以限制和控制也很有必要。根据格式规范决定格式化水平时，应对行政指导的非格式化要求和格式化要求的现状适应性加以协调。
协调相互冲突的适度水平的格式化对提高行政指导的平衡和预测可能以及防止侵害市民权益十分必要。为保护公众利益，行政指导的适度公式化也是必要的。如对于为保护公益而适用强硬的法律措施的案件时，需要有格式化的标准以便使之不仅停留在行政指导上。还应当使行政指导不能用来庇护不法分子。对于不听从行政指导的多次事前劝告。不纠正违法行为的人要制定加重罚则适用的标准。
行政指导需要加强文书工作。根据行政指导的类型，有的文书不太重要，有的搞起来还不太方便。在这种情况下，为行政指导不公开性的方便起见，应当承认文书工作中的例外。而且在出现应急等不可避免的情况时，仍应当为能够实施行政指导留有余地。
但是对于那种令人担心行政指导会损害对方的权益和公益，以致将来会发生争端的案件，一定要坚持做好公文工作。即使是只能以口头形式进行的应急的行政指导，事后对方仍应当可以要求行政指导的文书化。
如果是适用文书主义的情况，行政指导的文书中应记录主管公务员、相对方、时间和地点等，并把记录交给对方。行政机关也要持有行政指导记录。为了保护第三者的权益及公众利益，必要时要将行政指导的记录公诸于众；为了保护行政指导的对象，又很需要对它进行保密；在不担心保密会触及公众利益时，而且应当只有在断定公开本身会对公众利益造成危险时，才认定公开的例外。
应当让准备接受和已经接受过行政指导的人都有机会对主管公务员和监督系统提出意见和不满意的地方。
2.扩大救助的途径
对于因行政指导受到损害的市民，要加强对他们的救助。首先要努力防止行政指导超法律的越权行为。对于因为组织内部的自律控制、当事者参与、由多元化势力中枢构成的外部控制使当事者和公众利益受到损害的行政指导应加以监督，使其不得进行。
还应当研究司法救助的方案。迄今为止，法学和司法理论一直把行政指导解释为“非权力的”、“法外的”，认为对行政指导的服从也是出于自发的，因此对于由法律争议引起的损害一直很少给予司法救助。
今后在解释可以得到国家赔偿的司法救助对象规定上所说的“职务上”和“处分”时应当把范围扩大一些，并打开一条路使那些因行政指导而受害的对象也能够得到救助。
即使司法部尚未改变态度，仍应当研究行政措施引起的损失赔偿方案。在执行行政纲要时，对于违反指导纲要的指导，应当可以从司法的角度进行处理。
3.缩小行政的干预范围
行政的干预范围和同它结合在一起的行政指导的范围应根据情况的变化不断进行调整。今后有的部门应当缩小行政干预，有的部门则应当增加行政干预，因此很难提出完全一致的方案。但政策的重点应当放在缩小行政干预的一头。在今后相当一个时期内应当全面缩减行政干预。应当坚决废除权威主义惰性造成的行政干预，废除民间部门发展极微弱的旧时代所实施的行政干预。
尤其要大幅度地缓和约束性的行政和约束性的行政指导。
4.提高法律的现实适用性
提高立法的适时性以扼制应急性的行政指导到处泛滥和纲要性行政的长期化。只要不是有意设置法律与现实脱节，那么就应当清除法律同现实要求之间的脱节。就是说，要消除由立法过程的懈怠和失误引起的法律对现实的不适应。我们应当深刻反省这样一个事实：法律同现实要求之间的严重脱节大量产生着模棱两可的行政指导。
5.提高行政指导的效率
行政指导应该平衡而且连贯地达到所预期的目标。应当纠正一贯被认为是行政指导弊端的急于求成和形式主义。这样的改革只靠外部监督很难成功。只有提高行政体制的统合性和公务员的职业道德才能成功。
6.行政体制和环境的宏观改革
行政指导体制是行政体制的下一级体制。行政体制又是整个社会体制的下一级体制。不考虑这种上下级体制的衔接，只想孤立地改善行政指导体制，这种努力是很局限的。归根结底还是要改革行政体制及其环境，行政指导才能得到根本的改革。
只有提高行政体制整体的分权和自律水平，才能提高行政指导对环境的适应能力，希望扼制形式主义的努力也才能收到成效。
我们要努力建立与民主化、自治化时代相称的统一合作型的行政管理体制。还应改善决策过程，制止政策的朝令夕改和由此引发的过滥的行政指导。应当加快公开行政的步伐，拓展市民参与行政全过程的范围及途径。
要积极开展提高公务员遵纪守法意识和职业道德意识的教化和约束活动。公务员担任行政指导，应该具有明确的自觉性和积极性，遵守“根据法规”、“组织法规”、“正当程序条理法”的原则以及其他的行为规范。他们应当远离已经制度化和体制化了的腐败，发挥面向“顾客”的能动性。他们应当深刻审视行政权力的意义和合理根据，要有勇气拒绝滥用权力。
应当提高市民的守法意识以及对权力与义务的自觉性，市民应当具备主动参与行政过程的热情和能力。
