赞成派认同《明史》的说法。因为在对南京郑和造船厂进行考古的过程中，发掘出1个约15米长的舵，和《明史》中所述宝船的舵大小相符。南京郑和造船厂的船坞宽可约20丈。另外在伊本·白图泰（ibn Battuta）（1304~1377年）游记中也曾记录了中国巨大的12张帆可载千人的海船，这也可作为旁证。
而北京郑和下西洋学会副理事长郑明认为，大号宝船虽然是存在的，但是并没有出海。因为大号宝船并不是一种实用的船只，它的存在只是作为皇帝御用的摆设而已。
质疑派认为中国明代不可能出现如此巨型的木帆船。况且木材强度有限，过大的船体无法保证水密性，难以长时间地航行。
疑问之二：大号宝船是什么结构的？
有的专家经过考证认为大号宝船共8层。为了保证船行平稳，最底下的一层全部放置砂石，俗称“压仓”。上面的二、三两层是两个长80米、宽36米、高2米的大型货舱，是装载货和食物用的。第四层是顶到甲板的一层。这层沿船舷两侧设有20个炮位。中间3280平方米的空间是船上826名士兵和下级官员住的地方。每人的空间可以约达4平方米。再上面就是甲板了。甲板上的活动空间被分为前后两部分，船头有前舱1层，主要是船上108名水手生活工作的地方。整个舰队的“大脑”则在宝船船尾的舵楼上。这个舵楼共有4层，一楼是舵工的操作间和医官的医务室；二楼叫官厅，是郑和等中高级官员和各国使节居住和工作的地方；三楼是一个神堂，用来供奉妈祖诸神，并由4个阴阳官专门管理。舵楼最上面则是指挥、进行气象观测及信号联络等的场地。在前后楼之间的甲板上除了火炮、操帆绞盘外还特地留出了2个篮球场大小的空间，专门供习操活动之用。
至于宝船为何称其为“宝”，则是因为这个字含有物质性的内容，如宝船所载皇帝赏赐各国的珍贵礼品及朝贡贸易的精美商品，以及从外国带回来的珍奇动植物、礼品及郑和船队从各地采购的中国当时稀缺的手工业原料、草药、农作物种子等。这些物品对于外国和中国而言都是宝物。同时，这个“宝”字也有精神性的内容，即宝船也是传达中国国威和实力的一种象征。
当永乐帝派遣郑和组建这样一支前所未有的庞大船队、一次又一次地驶向埋伏着巨大风险的茫茫大海时，他似乎没有核算过这样做的成本，他也许不知道，他是在拿国家的财政和社会的安定来作赌注。据明人王士性记载：“国初，府库充溢，三宝郑和太监下西洋，赍银七百余万，费十载，尚剩百余万归。”也就是说，郑和之行，亏损白银600万两。于是就有人直陈朝政，“三保太监（指郑和）下西洋，费钱粮数千万，军民死且万计，纵得奇宝而回，于国家何益？此特一弊政”。此言不可谓不恳切。
此时，朝廷的很多大臣也都上疏要求停止远航，以内河漕运取代海运，刺激国内贸易的发展，使这个屡经战乱的国度得以生息。其实这些大臣的要求是正当的。在他们的心中，与其将大把大把白花花的银子抛向没有回报的大海，还不如发展国内的漕运，从而带动整个国家经济的发展。在经历了4年的“靖康之役”后，明王朝已经是国势衰微、财政枯竭了。
然而令人不解的是，永乐帝似乎是铁了心，就在接到群臣上疏的冬天，郑和又奉诏进行了生命中的第六次远航。这一次远航也成为了这位帝王生前所见证的最后一次远航。
朱棣到底要在茫茫的大海上找寻什么？是什么样的力量把这位皇帝紧紧地吸引在了郑和的远航上？后世对于朱棣执著的命令郑和远航的目的推测很多，主要有三种看法。
一是“欲耀兵异域，示中国富强”。也就是说，郑和下西洋是有着政治和经济双重目的的。经济方面是开辟同外国进行海上贸易往来的航线，实现和外国的贸易物质交流。政治方面则是永乐大帝试图实现天朝上邦的理想和蛮夷来朝进贡的荣耀。
从郑和下西洋的历史记载中我们可以发现，经济方面的目的部分地实现了。郑和作为明朝的使者，每到一地，都代表明朝皇帝拜会当地国王或酋长，互赠礼物，向他们表示通商友好的诚意。同时还同各国商民交换货物及当地的珍稀物品。
政治方面，李长傅的《中国殖民史》称，朱棣派遣郑和下西洋为了“炫耀自我”。当时的明成祖有着很自我的优越感，他认为“溥天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣”，对于那些遥远的蛮夷之邦来说，能来大明天朝朝贡，见识一下上邦的风范，应该是一种难得的恩宠。而梁启超在《祖国大航海家——郑和传》中说，明成祖利用郑和下西洋扬名海外，其实只不过是“自我陶醉”罢了。梁启超之言真可谓一针见血。
二是寻找在“靖难之役”中消失的建文帝。原来，一代帝王永乐帝是通过发动政变、夺取侄子建文帝的皇位，从而黄袍加身的。而在政变中失败的建文帝却不见了踪迹。《明史·恭闵帝本纪》中说，朱棣在攻入南京金川门的当天，“宫中火起，帝不知所终”。
就是这一场奇异的大火使建文帝的行踪成了千古谜团，他是蹈火自焚，还是趁乱逃遁了呢？
这些疑问让登上皇位的朱棣坐卧不宁。
据《明太宗实录》记载，当燕王朱棣的人马杀入宫中时，建文皇帝已经没了踪影。经过几天搜查，最后燕王的士兵从灰烬中找到了建文帝的尸体，尸体已经满身焦烂，四肢不全。这具已被烧焦的尸体真的是建文帝吗？恐怕就连当时的朱棣也不敢确定，他一直怀疑自己的侄子还活在世间，这对他而言，是潜在的最大威胁，毕竟自己的帝位来的见不得天日。而更让他如坐针毡的是随着建文帝消失的还有王朝的玉玺。据《明实录》披露在朱棣“六月夺嫡”攻下紫禁城后，这块玉玺就未曾现身。
于是，朱棣就广派人手，四处打探建文帝流落的行踪。不久朱棣就收到了一条信息，在宫中大火后，曾有两位僧人，踏上一艘阿拉伯的商船出海。建文帝难道已经被迫逃往国外求生了吗？在茫茫沧海中，他要去哪里？于是，作为朱棣的心腹和亲信，郑和就被派往海外寻找建文帝了。这就是《明史·郑和传》中记载的“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹人……命和及其侪王景弘等，通使西洋”。
那么建文帝又是如何从混乱的皇宫中逃脱的呢？据《明史·纪事本末》中记载，当燕王朱棣兵临南京时，建文帝在紧急时刻打开祖父遗留给他的锦盒，在里面装有袈裟、剃刀和僧人的度牒。于是，建文帝和几个忠心的大臣打扮成和尚模样，根据里面的指引，通过密道逃到了宫外的神乐观。这条密道也曾出现在《明史考证》中：“宫中阴沟，直通土城之外，高丈二，阔八尺，足行一人一马，备临祸潜出，可谓深思熟虑矣。”
三是郑和每下西洋，都肩负着不同的任务和使命。尚钺的《中国历史纲要》认为，永乐三年（公元1405年），郑和远渡重洋是为了联络外邦共同对付侵犯明朝的帖木儿帝国。而后6次则是为了开辟一条新航海路线，与国外进行贸易往来。郑鹤声、郑一均在《郑和下西洋简论》中认为，郑和前3次下西洋，是为了同亚非30多个国家结盟，顺便打听建文帝的下落，后4次则是为了扬大明国威。
郑和身后的惆怅
无论郑和出于何种目的远渡重洋，他都是在尽心竭力地执行明成祖的旨意，然而在他身后却也留下了难言的惆怅。
由于郑和的连续下西洋耗费巨大，国库入不敷出，朝堂之上弥漫着一种反对的气氛。而朱棣对付反对者的方法却是令大臣当众脱衣服廷杖。所以，郑和身上的悲剧色彩是早就注定的，并随着明成祖的驾崩而显现。只能说，郑和下西洋的创举是特定时空中的一颗流星，在一闪而逝的璀璨中只有内心的彷徨和失落。其实，郑和下西洋本来能够为日渐封闭的明王朝带来几许新鲜的气息，但是由于各种因素的掺杂，最后演变成了群臣口中一场展现天朝上邦虚荣的闹剧。更为离奇的是，郑和下西洋的档案——《郑和出使水程》也不翼而飞了。
据《殊域周咨录》记载，郑和下西洋的档案原存兵部。在明宪宗成化年间，皇上下诏命兵部查三保旧档案，兵部的官员查了三天都未能查到，其中就包括《郑和出使水程》。原来，这部档案已被车驾郎中刘大夏事先藏了起来，他的解释是：“三保下西洋，费钱几十万，军民死者万计，就算取得珍宝有什么益处？旧档案虽在，也当销毁，怎么还来追问？”《郑和出使水程》中包括大量原始资料，如皇帝敕书及郑和船队的编制、名单、航海日志、账目等，本来应该作为研究郑和的重要史料，但却未能流传下来。至于是不是为刘大夏所毁，到现在也是一个未解之谜。
更让后世难以理解的是，在郑和下西洋的同时，明王朝却逐渐关上了海上贸易的大门，海上的私人贸易被严令禁止。这样做的目的据说是为了防止海盗与沿海渔民勾结、扰乱稳定。到了清代，闭关锁国的“海禁”政策更是发展到民间片帆不许出海的地步。我们不能不感叹，创建航海史上伟大功绩的郑和和那个朝代都已渐渐远去了。当明王朝远航的船桨折断在禁令之中，那些古老的航海传统、先进的远航技艺都将消失在历史的风云和传奇中，这也许才是郑和身后最大的惆怅和悲剧吧。
