于是，刘裕下令将士抛弃铠甲，加快速度，轻装疾进。同时与数十人骑上快马，离开大军，昼夜兼程，以最快的速度赶往建康。当刘裕一行到达长江北岸渡口时，见到刚从建康跑出来的行旅客商，便向这些人打听建康的情况。旅人回答说：“现在卢循还没到，京城暂时还没事，如果刘公能够及时赶回来，那就什么危险也没有了！”刘裕听罢大喜：老天保佑，还算及时，既然情况如此，那就不能再耽搁了，他立即招呼左右渡江。但此时天气不太好，江面上风浪很大，摆渡很不安全，众人都有些畏惧，想等风停再走。刘裕不顾众人反对，踏上船板厉声说：“如果上天还眷顾大晋，风浪自当平息。如果天命要让大晋亡于此变，那我让江水淹死又有什么可惜的？”说罢命船夫开船。如有天助，船刚离岸，风浪就大为减弱，刘裕一行平安到达南岸。
果然不出刘裕所料，不久前何无忌战败阵亡的消息传到建康，大晋王朝的京城就陷入一片恐慌之中，当时就有大臣主张奉安帝出逃到江北去投奔刘裕，等后来弄清楚卢、徐军队距离建康还很遥远，混乱局面才稍有缓解。几天之内，南青州刺史（原驻广陵）诸葛长民、刘毅的族弟兖州刺史刘藩、刘裕的二弟并州刺史（原驻石头城）刘道怜都率军进驻建康，不过这三位都是侨置州刺史，实力较弱，三路合兵也不过几千人。四月二日，刘裕抵达建康，有他坐镇，京城的人心才总算安定下来。
因为这次捅的大娄子，在很大程度上是由刘裕执意伐燕造成的，为了给不满他的人一个说法，做表面工作是非常重要的。所以刘裕一回到京城，便上书晋安帝，为此次卢循北上、江州沦陷的大难请罪，并引咎辞职！看不懂奏章的安帝司马德宗非常“恳切”地下诏：不准，国家人民需要你啊，你怎么能抛弃国家人民呢？既然天子都这么说了，那旁人自然也不好再说闲话了。
当然，画饼当不了饭吃，刘裕需要尽快恢复京城的防御力量，迎击卢循军队即将到来的进犯。现在情况不容乐观，北伐的晋军主力几乎都在路上，一时还回不来，让刘裕难为无米之炊。幸好距建康不远的姑孰有刘毅的豫州军团还完好无损，只要用好了这支军队，目前的困难就不难克服。只是还有一个不确定的大问题：刘毅会听从自己的指挥吗？
且说豫州刺史南平郡公刘毅，前些日子正好卧病在床，故而没对卢循、徐道覆的北上做出任何有力回应，可能他也不认为他们真能掀起多大的浪头。不料几仗打下来，卢、徐竟然节节胜利，眼看因刘裕固执北伐而惹出的祸越闹越大，自己的豫州军团已成为阻止卢循进军建康的最大长城，一股天降大任于斯人的豪迈在刘毅心中油然而生：我刘希乐终于走到了聚光灯的中心，天下风云就要由我来叱咤了！
虽然有了何无忌的前车之鉴，但刘毅仍然不把卢循等人放在眼里，当初这群道爷被刘裕一路赶鸭子下海的事迹还记忆犹新，刘裕能轻松做到的事难道刘毅干不了？大概因为心情不错，刘毅的病情马上就痊愈了。病一好，刘毅便下令大军挥师西进，荡平卢、徐！他刚要出发，却见族弟兖州刺史刘藩从建康来了，还带来刘裕的一封亲笔信，信上的内容是这样的：“老弟我以往和这群妖道打过多年交道，深知他们用兵狡诈，诡计多端，如今又侥幸取得了大胜，其锋芒恐怕不易阻挡。贤兄最好整装备战，等待我这里的舰船修缮完毕，我们再一同行动。只要此次剿灭卢循，上游荆州的重任，就委托给老兄了！”
尽管刘裕在此信中的口气非常客气，用的全是商量的口吻，还特地安排刘藩来送信，但聪明人刘毅知道，凡事一定要透过现象看本质，他通过这些年同刘裕打交道的惨痛经历，把信翻译成了刘裕的真心话：卢循和徐道覆很厉害，不是你刘毅那两下子能对付得了的，还是等着我来统一指挥吧。只要你这次听话，给我当好帮手，事成之后，我可以把荆州刺史（刘裕三弟刘道规的职位）的位置让给你！
笑话，今天的危机局面是谁造成的？我当初可是劝过你不要伐燕的。现在还想阻止我建立盖世功勋！你刘裕闯的祸，由我刘毅来挽狂澜于既倒，今后天下第一人自然就变成我刘毅，你最害怕的不正是这个吗！哈，你刘裕也会有开口求人的一天啊。
对于一向心高气傲的豫州刺史来说，自从倒桓成功后与刘裕的相互交往，简直就是一段可悲的“血泪史”，几番明争暗斗，刘毅屡战屡败又屡败屡战，一直被压着一头。如果这次再把主动权拱手让出，那么这辈子也别指望能翻身斗地主了！除非刘毅甘愿永远做老二，否则刘裕的条件是绝对不能答应的。那么刘毅会愿意当个二把手吗？其实他早用一句豪言壮语回答过这个问题：“恨不遇刘项，与之争中原！”
于是，刘毅勃然大怒，对弟弟刘藩说：“当初我们起义倒桓，我只是出于一时的谦让，才推刘裕为盟主，你们就当真以为我不如刘裕？”说罢将信扔在地上，立即率所部水师二万余人、战船数百艘从姑敦出发，引军西上。
此时卢循已攻克巴陵（今湖南岳阳），正遣人命徐道覆前来会师，准备会攻江陵。但徐道覆得知刘毅军团已经西上的消息后，反对进攻江陵，派人送信给卢循说：“刘毅的军队即将到来，其阵容非常强大！我们这次举事的成败，就看能不能一举打垮他，我们应该合兵一处，将其歼灭。只要打赢了这一仗，则天下大局已定！晋朝的根本一旦在我们的掌握之中，则上游的刘道规完全不足为虑。”
卢循接到徐道覆的信后，再次听从了姐夫的意见，即日从巴陵出发，前往寻阳与他会合。卢、徐会师之后，军容十分强盛，据估计，兵力可能已经扩充到五万人，并且装备也非常精良，特别是拥有巨大的八艚舰（有八个水密舱的大型楼船）九艘，据说每艘的甲板上筑有四层楼，高达十二丈。
此时卢、徐的兵力至少是刘毅军的两倍多，装备质量也占上风。以两军统帅而言：卢循稳重，虽无过人之能，但徐道覆实为一时名将，两人对此战非常重视，密切合作；刘毅虽不算无能之辈，但狂妄轻敌，而且他的所有心思已被如何设法超越刘裕所占据，就像被爹妈盯死，过分紧张的高考学生，竞技状态非常不好。从以上各项指标的分析来看，刘毅的胜算很小，只是他自己尚不知道罢了。
五月七日，东进的卢、徐军队与西上的刘毅军在桑落洲（寻阳以东长江江面上的小岛。六年前，刘毅、何无忌曾在此地大败何澹之、胡藩等桓楚将领，为与前战区别，故称此役为“第二次桑落洲会战”）相遇，展开大战。关于此战的详细经过，史书上找不到明确记录，不过结果很明显：刘毅惨败，数百艘战船以及堆积如山的辎重，大部分成了卢、徐军的战利品。两万大军或死或降，刘毅在参军羊邃的竭力掩护下，才得以率数百人避开大道，翻山越岭，穿过少数民族聚居区，侥幸逃回建康。刘毅同志不折腾还好，这一折腾，所有人都知道他果然不如刘裕了。
【风雨飘摇】
晋军在桑落洲又遭惨败，刘毅全军覆没！这个震撼人心的消息很快在各地引发了一连串的连锁反应，使晋朝局势一度岌岌可危。
首先产生反应的是刘毅原先的驻地豫州首府历阳（今安徽和县）。豫州主簿袁兴国得知刘毅战败，立即起兵反叛，据历阳响应卢循，所以刘毅战败没逃回豫州而是去了建康。他原以为卢循大军很快就会到达，谁料一连数天没有动静，结果刘裕派琅琊内史魏顺之与部将谢宝袭击历阳，将袁兴国斩首。随后二将遭到袁兴国部下反击，魏顺之误以为卢循的军队已到，不顾谢宝独自逃生，历阳终于还是被叛军占据。
卢循的军队之所以几天没有动静，是因为他从俘虏的刘毅军士兵口中得知刘裕已经到达建康。得知此消息，卢循与左右大惊失色！想起当年与刘裕交战的可怕经历，卢天师不由得心生惧意，当即打起了退堂鼓，打算退守寻阳，同时分兵进攻江陵，据荆、江二州与朝廷对抗。徐道覆见小舅子又要当软蛋，急忙极力劝阻他：此刻只能乘胜追击，有进无退！趁着刘裕实力最弱的时候摆平他，如果错过了这个时机，让刘裕缓过气来，我们还是他的对手么？一旦面临重大决策，卢循就很像多谋少决的袁本初，虽然最终还是接受了徐道覆的意见留部将荀林守寻阳，主力大军继续沿着长江向建康推进，但已经在迟疑踌躇中浪费了宝贵的时间。
在建康，刘裕将从历阳前线逃回的魏顺之斩首，以肃军纪。因魏顺之是京口起义首领之一魏咏之的弟弟（魏咏之已经于数年前病逝），他被斩首使得功臣们深感震慑。刘裕出此狠手，也实在是因为建康城的防备力量实在有限，如不杀几个逃将做个样子，说不定守军就可能临阵脱逃了。此时伐燕大军虽然已经有相当部分回到建康，但回来的大部分是伤病员，暂时不能作战，能参战的士兵不过数千，实力微弱。刘毅败后，随着败兵逃至，京城流言四起，都说得绘声绘色：“卢循大军有十余万人，战船千余艘，车马楼船，络绎不绝，从头到尾，绵延有一百多里长！就京城这点儿守兵，根本不够人家塞牙缝的！”于是，自刘裕到达后的平静局面消失了，建康城中再次出现了广泛的恐慌情绪，不少军民都在犯嘀咕：这仗还能打得赢吗？
让城中人心惶惶的主要原因不是悬殊的兵力对比和前线糟糕的战况，而是尚书左仆射孟昶的预言。
自从卢循、徐道覆起兵北伐以来，孟昶就用职业乌鸦嘴的专业素质，连连发表惊人之论：当初何无忌从寻阳出征徐道覆时，孟昶预测何无忌必败，没过几天果然传来了何无忌战死的消息；不久前豫州军团西征，孟昶也预言刘毅会输，果然，豫州军团全军覆没了！因为连连说中，使得孟昶在算命先生界声誉鹊起，现在，“孟半仙”又推出最新系列产品“孟氏预言30版”：刘裕这次肯定要败给卢循！鉴于该预言10版与20版所取得的巨大成功，还有谁会怀疑此次预测的正确性呢？
因为对自己的专业技能很有信心，孟昶便串联南青州刺史诸葛长民，一同向刘裕提出建议：放弃建康，保护晋安帝逃往江北，以避战祸。这件事经过小道消息一加工，连京口起义时的老战友，现任中军参军王仲德都以为刘裕打算逃离京城。不信邪的王仲德心中焦急，忙进见刘裕劝阻说：“明公上应天命，成为国家宰辅，新近又刚刚建下奇功，威震天下，岂可妄自菲薄？这群妖贼只不过听说你不在，才敢乘虚来犯，只要见到你已经凯旋，自然会不战而逃！如果我们先行退让，弃京城出逃，就等于把多年积累的声望全部抛弃，纵然到得了江北，也只是一介匹夫而已，还会有谁肯听从你的号令？如果刘公真的打算在这个时候离开京城，那就请恕我不能再追随刘公，要先行告辞了！”
当然，王仲德其实是多虑了，刘裕根本没有要走的意思，自刘寄奴出道以来，只有人让我，哪有我让人的时候？而且越是危急时刻，越不能自乱阵脚，这个道理刘裕比王仲德更懂。不过在这个时候能得到别人雪中送炭的支持，刘裕还是非常高兴的。
于是，在随后召开的朝会上，刘裕正式否决了孟昶与诸葛长民的提案。他分析说：“如今屏蔽国家的两大军团先后覆没，强大的贼寇正在步步进逼，士民情绪恐慌，意志都到了崩溃边缘！这个时候，倘若皇帝的车驾一动，必然全局瓦解，再无法收拾残局，江北虽然很近，又怎能到达？而且纵然逃到了江北，也不过多活两天而已，败局将无法挽回！现在建康的军队数量虽然不多，但仍可与敌一战。假如取胜，则君臣都可以重获平安；万一不胜，我当一死以卫社稷，横尸太庙之前，完成我多年来以身许国的志向，绝不会狼狈逃窜，躲藏到荒草堆间苟且偷生！”随后，又加重语气宣布：“这是我的最后决定！你们不管有什么反对意见，都不许再提！”
但孟昶不顾刘裕的封口令，仍然声称刘裕如果不走，必然失败！并提出，如果刘裕一定要坚守建康，那就先把我杀了吧！我不忍心亲眼看到大晋朝灭亡！刘裕也勃然大怒：“你这么想死吗？那等我打完这一仗，再死不迟！”
孟昶回到自己府里，越想越悲观，自觉罪大，便留下了一道遗表：“当初刘裕要北伐，朝中多数大臣都反对，只有我极力赞成，没想到却给了盗贼以可乘之机，今日给国家带来社稷倾危的大难！这都是臣的不赦大罪，臣只能服罪，以死谢天下！”表章写好后，孟昶服毒自尽。
孟昶也许是个忠臣，但他的自杀却是一件彻头彻尾的蠢事，即使不算他自身丧命的损失，此举也使已经惶惶不安的人心再增加一份惶惶不安，给眼看就被压趴下的骆驼背再添一根稻草！不过幸运的是，刘裕不会给别人再添稻草的机会了。
在江陵，荆州刺史刘道规见卢循引军东走，觉得江陵总算是暂时安全了，但他来不及松口气，想到卢、徐合兵之后，建康会不会有失。考虑到此，不顾荆州军团刚刚在长沙战败，实力空虚，仍派出司马王镇之、扬武将军檀道济和广武将军到彦之三员大将率军跟在卢循大军的屁股后边，沿江东下，希望能拖一拖卢、徐二人的后腿，减轻建康方面的压力。没想到三将一路追赶到寻阳，因兵少被守卫寻阳的荀林击败，只好又退回江陵。卢循得报战况，任命荀林为南蛮校尉，分出偏师，西上进攻江陵。此时获悉局势大变的谯纵以为有机可乘，连忙以大将谯道福为主帅，任命从后秦请回来的桓谦为荆州刺史，率两万兵出三峡，也想来分一杯羹。在荀林与谯道福、桓谦的两面夹攻下，刘道规镇守的江陵形势也变得危如累卵！
在刚刚被征服的南燕旧地，刘毅战败的消息引发了一起冤案。随着晋军在桑落洲惨败、建康有可能失守的消息传到北青州，那些还没有对晋朝养成国家认同感的当地民众，人心浮动。全权负责善后的刘穆之看在眼里，深感忧虑，他又考虑到归降不久的韩范、封融二人均为北方大族，数代出仕慕容家（韩范的祖父担任过前燕的司空，封氏家族更是早在前燕建国前就已追随慕容家，先后出过多位重臣，如封弈、封劝、封孚等），在当地民望甚重，南方如有闪失，这两人可能会生变！即使他们自己不想造反，也很容易成为别人造反的旗帜，典型的例子如谯纵。为防患于未然，此二人决不能再留！
