当曙光初现、烟尘散去后，人们被眼前的景象惊呆了：整幢楼房被一分为二，楼中间的两个单元像是被刀齐刷刷地削掉了一样。爆炸产生的强大冲击波还使数十米外的17号楼遭到严重损坏，附近的几栋住宅楼和公共设施也受到不同程度的破坏。据统计，至11日爆炸现场基本清理完毕时，共有95人死亡，近百人受伤。
一系列爆炸事件震惊了俄高层领导人。联邦政府决定，9月13日为全国哀悼日，全国各地降半旗哀悼死难者。
然而，就在13日凌晨，又一起爆炸案惊动了全国。
这一次爆炸案发生在莫斯科市南部卡西尔公路附近的一座8层楼房里，整个大楼被炸毁，至少有118人死亡。爆炸产生的强大冲击波将附近的4座楼房和一所学校的门窗震碎。
9月16日，俄南部城市伏尔加顿斯克一幢9层居民楼被炸，死伤100多人。
这些恐怖爆炸一共造成了300人死亡，很多人受伤，使整个俄罗斯陷入一片恐慌。由于广传有十几吨炸药不知藏在莫斯科哪座建筑物中随时可能爆炸，更使莫斯科人心惶惶。仅9月16日这一天，就有1000多个发现可疑爆炸物的报警电话。而"车独"恐怖分子更是连续几天在莫斯科大打恐吓电话，闹得人们愈加恐惧。
巴萨耶夫的恐怖行动彻底激怒了俄罗斯民众。普京趁热打铁，开始寻求议会的支持，准备对车臣恐怖分子再次施以重拳。
不久后他来到了俄罗斯某空军基地的一个大帐篷里，面对进攻车臣行动的莫斯科高级军官，他举起了一杯伏特加酒，建议为饱受战争蹂躏的高加索地区实现永久和平干一杯。当15位将军和上校们准备干杯时，普京又毅然放下了酒杯，表情严峻地说："兄弟们，当这一切彻底结束，这块土地上不再有匪徒的时候，我们再喝了这杯酒好吗？"于是，将帅们又心情沉重地放下酒杯。
1999年9月16日起，大规模反恐怖军事行动的序幕拉开了。
俄空军和炮兵开始对车臣境内的军事设施进行密集轰炸，并用导弹袭击了车臣首府格罗兹尼。
俄空军对车臣境内的军事基地、弹药库、公路、桥梁、机场进行了猛烈轰炸，同时炸毁了车臣电视台和通讯设施，切断了车臣与外界的联系。除此之外，俄军还将车臣工业设施列为重点轰炸目标，摧毁了车臣非法武装控制的大量炼油厂、油井和输油管道。石油业是车臣经济的主要支柱，其收入占车臣全部收入的1/4。石油工业设施被摧毁后，车臣经济立即陷入瘫痪。
10月1日，俄军装甲部队在炮火的掩护下，兵分3路，从达吉斯坦、印古什和斯塔夫罗波尔突入车臣境内，对车臣形成三面夹击。这是自1996年撤出车臣后，俄军首次进入这个北高加索共和国。
普京亲自指挥了这次车臣反恐怖行动。俄军先后投入近10万兵力，除空军和陆军外，还动用了宇航部队、精锐的空降部队和特种部队，形成诸兵种联合作战。
车臣虽然拥有2万多名训练有素、装备精良的非法武装，但在俄军猛烈的轰炸下，非法武装只有招架之功，没有还手之力，未作顽强抵抗便向车臣腹地败退。俄军突破车臣边界的防线后，长驱直入。
10月7日，俄军已经占领了车臣的1/3领土。当战线推进至穿过车臣北部地区的捷列克河河岸时，爆发了第一次大规模的战斗。
10月8日夜，车臣武装分子渡过捷列克河，冲进伊什舍尔斯卡亚村偷袭俄军。双方激战了4小时，战斗中俄官兵200余人阵亡，30多辆装甲车被击毁，40多名俄士兵被俘虏，还有1架俄军战斗机被击落。
在军事进攻的同时，俄罗斯车臣共和国人民议会在莫斯科举行会议，开始组建该共和国最高行政机关--国务委员会，并任命赛杜拉耶夫为委员会主席。
10月15日，俄联邦军队驻北高加索部队联合集群司令卡赞采夫宣布，第一阶段战役已经结束，俄军按计划在车臣境内建成安全区。沿车臣边界建立的安全区宽5-10公里、长约450公里，共设3道防线。第一道由俄罗斯内卫部队防守，负责检查进出车臣边境的人员和物资，第二道和第三道防线由俄罗斯正规军防守，负责打击突破头道防线的匪帮。安全区的建立，使非法武装占领区与俄罗斯毗邻地区隔离开来，车臣大部分处于俄军的包围之中。在第一阶段战役中，俄军共歼灭非法武装分子2000余名，摧毁非法武装半数武器装备。
10月16日，反恐怖行动转入第二阶段。该阶段的主要任务是，全面封锁非法武装聚集地，继续扩大战果。
在北部地区站稳脚跟后，俄军一鼓作气，于10月21日渡过具有战略意义的捷列克河，在河右岸向车臣纵深挺进。
11月初，俄军用导弹摧毁了设在格罗兹尼的车臣非法武装司令部，并击中了马斯哈多夫和车臣头号恐怖分子巴萨耶夫在格罗兹尼的住宅，两人因当时外出，侥幸逃生。在反恐怖行动中，空军承担了70％的作战任务，为顺利剿匪立下了汗马功劳。
面对俄军的强大攻势，车臣当局多次发出停火和谈呼吁，但均遭俄方拒绝。普京明确表示，车臣不交出巴萨耶夫、哈塔卜等恐怖分子，不停止分裂活动，俄军决不收兵。
11月12日，俄联邦军队的反恐怖行动取得重大胜利，车臣第二大城市古杰尔梅斯不攻自克。
古杰尔梅斯的城防司令是雅马达耶夫，一直与车臣总统马斯哈多夫有分歧，但马斯哈多夫还是让他驻防古杰尔梅斯。10月末，俄军包围了古杰尔梅斯，并开始与驻守在城里的雅马达耶夫谈判。
马斯哈多夫发现了这一迹象后立即派人说服雅马达耶夫，车臣东部战区指挥员、匪首巴萨耶夫也亲临古杰尔梅斯，他甚至还威胁说："如果你们不保卫城市，我替俄军先毁了你们的城市!"与此同时，马斯哈多夫还派精锐部队前来守城，但雅马达耶夫就是不放他们进城，他们只好在城外郊区驻防。
俄军每天对城外守军进行猛烈轰炸，不与他们进行近距离接触，匪徒死伤惨重，近一半的匪徒被消灭。俄军在一个被击毙的匪徒身上还发现了一张城区建筑和街道布雷图，这为以后俄军在城里开展清剿工作减少了很多麻烦。
12日早晨8时，在车臣战地指挥员雅马达耶夫的士兵及当地宗教领袖卡德罗夫的带领下，俄军进入古市，没有遇到任何抵抗。当天，俄在城市中心广场召开了群众大会，升起了俄罗斯国旗，并选举小学女教师盖季米耶娃为古市市长。古杰尔梅斯的城防工作仍由雅马达耶夫的部分士兵负责，他的另外一部分士兵将编入联邦军队，并参加下一步解放车臣其他地区的活动。
在第二阶段战役中，俄军采取了稳扎稳打、步步为营的战术，在避免人员伤亡的前提下，不急不躁，按计划向前推进。每解放一个地区，立即建立临时地方政权，安顿居民，巩固战果，防止解放区重新失陷。通过这种战术，俄军到11月17日已经控制了车臣一半的领土。
11月20日，车臣阿奇霍伊-马尔坦区的居民向联邦部队交出自己的武器和弹药。该区政府和长老表示，居民还愿意加入甘塔米罗夫领导的民兵部队，同车臣匪徒作战。
11月23日，俄军已进逼至车臣首府格罗兹尼郊区两公里以内，一名车臣官员表示，车臣领导阶层仍准备与莫斯科当局进行"建设性对话"。
但普京宣布，在俄军击溃车臣叛乱分子之前，莫斯科当局不可能与车臣进行任何协商。他谒见俄总统叶利钦之后在接受ORT电视台访问时指出："我们绝不放松攻势。我们将持续攻击。""我们在车臣执行扫荡恐怖分子的军事行动，我们的敌人是国际恐怖主义。我们可以想象和国际恐怖分子进行政治交涉的情形和结果吗？"
11月24日，车臣武装头目在对形势的估计及制订行动计划方面产生了严重分歧。巴萨耶夫和哈塔卜坚决要求采取恐怖破坏活动的战术，马斯哈多夫和乌杜戈夫则主张依靠国际社会的支持和帮助，用政治手段取得胜利。
11月27日，俄武装力量第一副总参谋长马尼洛夫上将说，没有计划对格罗兹尼进行人们预料的一次性正面强攻，但解放格罗兹尼的行动正在进行，并将按计划在规定的期限内取得胜利。同日，俄联邦军队的飞机和火炮对包括格罗兹尼在内的35个居民点的土匪武装进行了打击。
11月28日，俄罗斯坦克和步兵在战斗机的支援下，为切断格罗兹尼和叛军控制的车臣其他地区之间的最后一条重要供应线，同约500名武装分子进行了数小时的战斗，最终夺取了格罗兹尼和乌鲁斯-马尔坦之间的公路的控制权。
到了12月4日，北高加索军队联合集群司令卡赞采夫上将宣布："截至今日，联邦军队已完全实现对格罗兹尼的包围。解放格罗兹尼只是时间问题。"
12月6日，俄罗斯空军战机再一次飞临车臣首府格罗兹尼，但这一次投下的不是炸弹而是传单。这些传单也不是进行心理战的宣传品，而是俄罗斯军事指挥部发出的"清城通牒"。
传单告诫，城内居民如果未在11日之前经由"五一村"这道安全走廊逃离格罗兹尼，将会被视为"恐怖分子"而予以消灭。
这是俄罗斯自10月1日出兵车臣以来，首度发出最后通牒。格罗兹尼的许多居民见到空投的警告传单后，开始沿着车臣西部的戈拉戈斯基路逃离首府。一些逃离格罗兹尼的平民则要求俄罗斯人将最后通牒的期限延长，因为空投的许多传单因气候不佳被风吹走了，格罗兹尼城内有许多人并未看到传单的警告内容。
12月7日普京再次宣布，除非车臣交出曾率众侵犯俄境的好战领袖，否则俄罗斯不打算与车臣人寻求政治解决之道。他表示"准备加紧同车臣一切健康力量进行政治接触，但有一个条件，否则谈什么都是毫无意义的"。
12月19日，俄罗斯部队占据了格罗兹尼的民用机场。与此同时，俄军士兵还在格罗兹尼郊区和叛军进行了激战。
12月22日，普京在克里姆林宫与叶利钦会谈之后也表示，俄军在车臣的军事行动进入尾声。不过普京说，俄罗斯并没有确定结束军事行动的最后期限，"我们在北高加索的行动不会受新年及各种节日的影响，我们将从军事政治的角度考虑采取行动"。
同日，俄联邦空军和炮兵对车臣山区的武装分子设施以及30个村镇附近的武装分子集结地和基地进行了轰炸。格罗兹尼也遭到猛烈的炮火袭击。
12月25日夜，俄军总攻格罗兹尼，特种快速反应支队、特警和内务部部队在格罗兹尼前任市长甘塔米洛夫领导的1500名车臣民兵的配合下从东、东北、西北三个方向攻入格罗兹尼。由于车臣民兵熟悉地形，他们总是最先发现非法武装藏匿地点，及时报告攻城指挥部，由俄空军出动武装直升飞机进行打击。
俄军在车臣战场上的节节胜利，使普京名声大振，成为国人关注的焦点。剿匪期间，他几乎每天都在媒体上露面，言必谈打击恐怖主义，成功地塑造了"反恐怖勇士"和"铁腕总理"的形象。
车臣剿匪的顺利进行，消除了民众对恐怖主义的恐惧心理。车臣剿匪还为普京塑造了"爱国者"的形象。他顶住西方的巨大压力，坚决捍卫俄罗斯的利益、国家主权和领土完整，赢得了民众和军队的尊敬和拥戴。
杜马选举的博弈
就在车臣战事如火如荼的时候，杜马选举的竞选活动也愈演愈烈。在俄罗斯，杜马的选举已成为了总统竞选的预演。
苏联解体以及俄罗斯独立后，各种政治和社会组织如雨后春笋般在俄罗斯蓬勃发展。1999年在俄罗斯正式注册为全联邦性的政党有150个，政治运动50个，另外还有许多社会集团（联合组织）。从各种政治和社会组织的活动看，"政党"、"运动"、"集团"并没有什么实质差别。除了这些形形色色的民主改革党派以外，还有各种自由主义派、恢复宗主制运动、新法西斯组织、极端民族主义组织、社会民主党人、极左派，以及绿党、啤酒党等。
当时在杜马中最具有竞争实力且影响力较大的有：
一是成立于1999年8月4日的"祖国-全俄罗斯"联盟。这个联盟是由"祖国"运动、"全俄罗斯"运动及农业党部分成员组成。领导人是前总理普里马科夫、莫斯科市长卢日科夫。该联盟在俄许多地区都设有分支机构，拥有近30万成员。
二是俄罗斯共产党。共产党约有55万名党员，在88个联邦主体建有2万多个基层组织。
三是成立于1990年，以亚夫林斯基政治集团为核心的"亚博卢"集团。该集团领导人为格里高利·亚夫林斯基、前政府总理斯捷帕申和前驻美大使弗拉基米尔·卢金。
这三个有势力的组织基本上都是反叶利钦的。虽然在杜马中，由叶利钦授意的成立于1995年5月12日的"我们的家园-俄罗斯"运动是亲叶利钦的组织，但由于叶利钦所倡导的"力量"联盟失败，从而导致"我们的家园-俄罗斯"运动势单力薄，据选举前的社会舆论基金会的调查统计，支持它的只有2%左右的选民，很难突破5%入围杜马所需的选票大关。照此势头发展下去普京在总统大选中将处于十分被动的地位。但对叶利钦有利的是，虽然杜马议员的1/2是由政党系统选出，但是剩余的1/2则是由地方选区选出的，而地方长官中有很多人是亲克里姆林宫的。
鉴于这种情况，叶利钦立即要求总统府第一副主任沙布杜拉苏洛夫抓紧时间将亲总统的地方势力组织起来，组建一个新的政治联盟，在杜马和总统选举中削弱其他政治势力，确保实现辅助普京上台的政治意图。
沙布杜拉苏洛夫受命后马不停蹄地与数十名地方长官进行磋商，最后组织了近40名地方长官，成立了以紧急情况部部长绍伊古为领导人的"团结"联盟，参加杜马选举。绍伊古是一颗以效率高和廉洁著称的政坛新星，民望很高。
1999年9月27日，绍伊古发表讲话，宣布"团结"联盟成立，并欢迎"我们的家园-俄罗斯"与之联手参加杜马选举。他说："联盟是我创建的。这是一个全新的运动，一个全新的联盟。今天联盟召开了组委会会议，决定10月2日召开联盟代表大会，10月3日举行联盟成立代表大会，届时确定该联盟联邦范围内候选人名单和单席位选区候选人名单。"随即有31位地方行政长官签署声明表示支持"团结"联盟。而此时，离法律规定的党团参选杜马的登记时间--10月25日只有28天。
1999年12月19日俄罗斯联邦第三届杜马大选正式开始。这一天，也成为俄罗斯举国关注的一天。
