为了打消高双成对陕甘宁边区的疑惧，邓宝珊循循善诱、尽心开导。1938年元旦后的一天晚上，邓、高进行了一次长谈，下面是邓宝珊当时的副官石佩玖记录的邓的一段谈话内容：“由于日本帝国主义的入侵，它要灭亡中国，中华民族处在危急存亡的关头，就不能再打内战了。全国人民要求国共合作，团结抗日，这是大势所趋，人心所向。国共团结就可以挽救危亡，否则就是民族的罪人。所以共产党要求‘停止内战，一致抗日’，并提出了抗日民族统一战线，得到了全国人民的拥护。现在国共合作了，但还不巩固。要巩固，就得双方谅解，共同努力，拆除过去的敌对堡垒，互助互让，才能达到团结抗日的目的。肖劲光、高岗、陈奇涵等来榆林，就是谈我们之间的合作问题的。共产党的原则是‘互助互让’。就是他们要巩固和扩大，也帮助我们巩固和扩大。肖、高等一再地说明，他们放弃暴动政策，不挖友军的墙脚，不在友军内搞秘密组织，要我们放心。同时他们也要求我们这样做。如果从我们做起，我们能真诚实现这个原则，八路军就不会侵犯我们。共产党的方针是‘人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人’。”听了邓宝珊语重心长的一席话，高双成接着说：“他们和我谈了这些问题，但我觉得打了几十年，一下子和好怕做不到。军团长说得很透彻，我心里的疑虑解开了。以后就这样办。”
第二十一军团所属的第一六五师在开往榆林时，其师部到达西峰镇后，先头部队四九四旅已抵达定边、环县，蒋介石突令停止前进。不久，又下令四九四旅撤回甘肃，副师长兼旅长蒋云台调中央军校高教班学习。该旅后由朱绍良整编吞并。师长鲁大昌调为新二军军长，由于该军是一个名不副实的空架子，鲁实际被剥夺了军权。第一六五师被调到陕西邰阳，排以上干部一律换成中央军校毕业生，原来的军官大部分被遣散。继而下手的是新一军的新十旅。1938年夏，该旅开到泾川时，亦奉电停止前进，由胡宗南派员整顿。嗣后于1939年2月，将该旅开到陕西凤翔，改为暂编第十五师，以胡宗南的亲信、陕西省保安处处长刘志宏为师长，李贵清为副师长。原新十旅参谋长李平之积极参与了这次“改换门庭”的活动，结果却未被安排任何职务。其他官佐和第一六五师官佐一样，遭到了被遣散的命运。李贵清不久也扫兴下台。只有新十一旅最先开到陕北三边，幸免被吃掉的危险。第二十一军团的遭遇，是蒋介石利用抗战之名，行瓦解、吞并杂牌军之实的一个典型例子。由于新十一旅已划入二十二军，1939年夏，新一军的番号也被明令撤销。
邓宝珊尽管成了名副其实的“光杆司令”，但他却毫不动摇抗日的意志。他常对人说：“国家兴亡，匹夫有责。我不凭自己部队的多少来抗战，只要有我邓宝珊一个人，也要联络各方，把抗日斗争进行到底！”蒋介石对邓宝珊的军团总部和新十一旅，在经费和装备上大肆尅扣，每月仅给总部经费一万元，新十一旅经费一万四千元。八年抗战中，邓部一直过着含辛茹苦、缺吃少穿的生活。邓宝珊本人也一切从简，事事注意节省开支。他在军事实力上要依赖高双成，这是邓、高互相依存的另一个重要方面。他们共事七年多，一直以抗日大义为重，了解日益加深。邓宝珊对高双成谦逊有礼、依为肱股，高对邓则始终尊重信赖，从未表示轻视情绪。虽然部属间不无矛盾发生，榆林国民党特务系统头子和一些居心叵测的其他分子也常常想在邓、高之间挑起不和，却均未能奏效。邓宝珊与高双成之间的团结，消除了派系纷杂的驻榆林国民党部队之间的摩擦，这是榆林地区军事形势稳定的基本因素。
协调好了和高双成的关系，榆林军事形势基本稳定后，邓宝珊对地方事务也表示了关切，并积极参加了一些民众活动。
植树造林，改造沙漠。邓宝珊到榆后，看到榆林城外东、西、北三面黄沙漫漫，似大海波涛此起彼伏，一望无际，在炎热的夏天沙被晒得发烫，有的地方甚至连一棵草都看不见，黄沙随风逐渐南移，有的地方沙与城墙一样高。他对军政负责人说改造沙漠唯一的办法是植树，这要动员大家动手。每年植树时他都亲自参加。城东的东门沙是植树造林的重点地区，俗语说“十年树木”，经过多年的努力，那里起了很大变化，呈现出一片绿树成阴、碧草丛生、积水成潭的景象，植树造林改造沙漠初见成效。这是当地军政商民共同努力的结果，但也与驻军首脑邓宝珊的提倡和支持分不开。
提倡移风易俗。榆林人的习惯是男女结婚之时讲究排场。抗日时期兴起集体结婚这～新的风尚，邓宝珊积极赞扬，尽管许多结婚的人他并不认识，但多次亲自参加集体结婚典礼，并在会上讲话表示祝贺，他的行动对移风易俗起到了很大的促进作用。二三十对男女集体结婚，这样的仪式在榆林师范学校礼堂举行过多次。
河曲会议和成灵西移
1938年初，国民党政府任命傅作义为第二战区北路军总司令，邓宝珊、马占山、何柱国、门炳岳为副总司令，统一指挥晋、陕、绥交界地区的部队。入夏，傅作义反攻归绥失败后，退驻晋西北。6月，北路军总部由山西离石县柳林镇移驻黄河东岸的河曲。
北路军所属部队，有土生土长的当地部队，有从沦陷区撤退下来的部队，也有邓宝珊的甘肃部队，派系复杂，军事指挥困难，彼此缺乏配合。为此，是年9月5日至13日，傅作义在河曲召开北路军各方将领参加的军事会议，协商合作抗日问题。对于关系微妙的北路军各部来说，这是一次重要的会议，它奠定了抗战时期晋、陕、绥边区的安定局面。邓宝珊在这次会议上起了重要作用，他和傅作义之间的友好关系，也是从这时开始的。
邓宝珊接到傅作义关于开会的电报后，出于从速解决晋、陕、绥边区抗日部署问题的迫切愿望，欣然启程。离开榆林的第一天，他就因受热感冒了，但仍带病坚持赶路。行经神木，受到八十六师左世允旅的隆重欢迎；行抵府谷，八十六师杨仲璜团列队迎接。驻府谷黄河对岸山西保德县城的骑七师师长门炳岳，亦过河在府谷城西十里处迎邓。第二天，邓宝珊回访保德。当他在门炳岳陪同下巡视城区时，看到是年2月日寇扫荡造成的破坏惨状，内心充满了愤懑。
到达门炳岳师部后，在交谈中，门表示了对傅作义的不满，认为傅在反攻归绥时，错误地命令他在马蹄渡布置防御阵地，致使骑兵不能发挥作用，部队遭到重大损失。事后傅非但不引咎自责，反而诿过于他。诉说时情绪激动，怒色溢于言表。邓宝珊为促成傅、门和解，遂以顾全抗日大局力劝，他说：“湘文兄，你要豁达大度，不要计较，和衷共济。”但门仍不愿前往参加会议，遂作别。
邓宝珊和傅作义初次见面，受到了傅的特殊礼遇。9月3日，邓一行在麻地沟与傅作义派来迎候的人员相遇。翌日晨，乘坐傅专门预备的船只过河，傅作义、马占山、何柱国等在岸迎迓。岸边高悬“欢迎革命先辈邓副总司令”的巨幅标语，这是傅作义推崇邓参加辛亥革命和护国、护法斗争的光荣历史。邓宝珊肃立船头，向傅作义举手行礼，口称：“总司令好！”上岸后，邓与傅、马、何三位将领一一握手，并检阅了仪仗队，然后骑马进入河曲县城。
为争取晋、陕、绥交界地区国民党各派部队与共产党团结抗日，中共中央派南汉宸、罗贵波前来参加河曲会议。南汉宸还邀请了续范亭一同前往。会议期间，中共代表积极开展抗日民族统一战线工作，促进了各派部队团结对敌。
河曲会议虽然没有形成什么决议和报告，而且由于日本飞机的轰炸，提前结束了会议。但是，会议期间各方面代表相互拜访，频繁接触，确实加强了与会各派系将领之间的团结，加深了他们对中国共产党抗日政策的了解。后来，傅、邓、马、何对八路军一直表现了友好态度，抗日的积极态度也始终未有变化。
邓宝珊在与会的国民党将领中，是与中国共产党发生联系最早、对团结抗日政策体会最深的一位。加之他谈锋甚健，言语引人，对傅作义、马占山、何柱国影响不小。有一次，在与傅作义谈到抗日战争的战略问题时，邓宝珊说，百川（阎锡山）先生凭借“山河之固，关隘之险”，在内战时期保住了山西。在抗战中他还是按老经验办事，结果吃了败仗。这本是他自己指挥不当，却把罪责推到部下身上，说什么人不争气，枪毙了李服膺以整饬军威，实际上是杀鸡给猴子看。他叫你死守太原，使你损兵折将，几乎一蹶不振。我认为抗日是持久战争，孙子说“知己知彼，百战不殆”，我们应该对敌我态势作充分估计。现在敌强我弱，我们不能以主力与敌硬拼，计较一城一池的得失。自古两国交兵，全师为上。如果部队被敌人消灭，那就什么也谈不上了。应该养精蓄锐，避实就虚，选择适当时机、适当地形，给予分散的敌人以歼灭性打击。并以小部队在敌后广泛开展游击活动，牵制和消灭敌军。等到战略反攻的条件成熟后，再和日军决战。邓宝珊一席话，说得不苟言笑的傅作义情不自禁地点头微笑起来，表示赞同。接着，傅作义问邓宝珊：“你看休整地点，哪里合适？”邓回答说：“黄河虽大，富了后套宁夏。地利很重要，昔日刘邦屯汉中而成帝业，……”意思是绥西是傅理想的驻扎之地。
河曲会议后，傅作义于是年冬被任命为第八战区副司令长官，他接受邓宝珊建议率部转移到绥远省西部的陕坝、五原驻扎，从此脱离了阎锡山的控制。在绥西经过一段时间整休，傅作义部在1939年底至1940年5月，先后发动了包头、绥西、五原三次战役，三战三捷，在抗日战争史上影响很大。邓宝珊于同年（1938年）被任命为晋陕绥边区总司令，傅部董其武副之。董其武到榆林和邓宝珊见面后就匆匆去绥西了。驻达拉特旗十里长滩等地的何柱国的骑二军，后来也经榆林、绥德、延安南调。这样，绥西等地的防务得到了加强，晋、陕、绥边区国共之间的摩擦和国民党部队之间的矛盾，最大程度地减少了。邓宝珊统一指挥这一地区的国民党军，积极发展与陕甘宁边区的睦邻关系，支撑北线，对抗日战争做出了特殊的贡献。
按国民政府军事委员会命令，晋陕绥边区总司令部直接指挥的部队是高双成的第二十二军。该军的基础为八十六师，1938年5月将新十一旅编入，以徐之佳为师长；又将原八十六师骑兵团与伊东游击纵队合编改为骑兵师，先后以左世允、胡景通为师长。晋陕绥边区总司令部协调指挥的部队有：（1）国民党中央军新编第二十六师，该师师长何文鼎。后扩编为第六十七军，何升为军长，同时兼师长。（2）马占山的东北挺进军。（3）张砺生的察哈尔第一游击军，后改称晋察绥边区挺进军。（4）董其武的第一百零一师。董升三十五军军长后，与晋陕绥边区总司令部的协调指挥关系不变。（5）1940年傅作义部成立的暂编第三军，孙兰峰为军长，亦与晋陕绥边区总司令部建立协调指挥关系。
邓宝珊驻榆林期间，参与迁移成吉思汗灵榇于甘肃榆中县的兴隆山。此举后来亦为人们所称道。
在绥西伊克昭盟的伊金霍洛，有著名的成吉思汗陵园。“伊金霍洛”是蒙古语，译成汉语就是“主人的陵寝”的意思。成陵与中国历代帝王的陵墓不同，既无封土，又无庙堂，只是在浩瀚的沙漠中一座平台上矗立着两座蒙古包。成吉思汗的银棺，被安置在后包里。银棺内并无尸骨，当初放进的不过是他的衣冠而已。相传成吉思汗死后，按其遗嘱埋在这片地方，再由马队自由驰骋，踏得下葬处莫从辨认。待到第二年青草长起，就更不知其所在了。他两个后妃的陵寝，在成陵南面，距此尚远。陵内竖立着成吉思汗出征时使用过的长矛，这是战神的象征，蒙古语谓之“苏鲁定”。“苏鲁定”上的缨子，据说是成吉思汗每杀死一个敌人后取其一根头发做成。陵园附近驻有达尔哈特蒙古人。“达尔哈特”是“护卫者”的意思，他们的祖先，都是成吉思汗的御前亲军。世世代代驻守于此的达尔哈特蒙古人，专司守陵、祭祀之职责。成陵是蒙古民族所敬仰的圣地，每月初一有月祭，每季有季祭，最大的祭日是春季农历三月二十一日，称为“三月会”，届时各地蒙古农牧民不远千里，络绎而至，虔诚的顶礼膜拜，场面十分热烈。隆重的祭奠仪式进行中，唱颂歌曲，颂扬成吉思汗的伟绩，歌声雄壮动人。
七七事变后，内蒙东部为日军侵占，以德王（德穆楚克栋鲁普）为首的民族败类阴谋盗走成吉思汗灵榇，东移归绥，以此欺骗、裹胁蒙古族上层和群众归附其统治。1938年后，日伪军不时派飞机在伊金霍洛上空侦察。伊克昭盟盟长沙王看到形势紧急，驰电重庆国民党军事委员会，要求派兵保卫成陵或迁移它处，以免为敌所乘。伊金霍洛时在邓宝珊部队防护范围之内，邓以情况紧急，也采取相应措施：一方面保荐逃亡在榆林的土默特旗总管荣祥为蒙旗宣慰使，另一方面电请重庆国民政府批准内迁成吉思汗灵榇，以绝日伪盗取企图。重庆军委会于1939年5月下令移灵，派蒙藏委员会蒙事处处长楚明善等为迁灵专使，伊盟盟长沙王、绥远省主席兼第八战区副司令长官傅作义、晋陕绥边区总司令邓宝珊等为起灵致祭官，骑二军军长何柱国为护灵专使，移灵西迁。此时何柱国已派出两团骑兵，协助该旗驻军白海风旅把守要隘，防敌偷袭。在傅作义、邓宝珊参加的起灵仪式上，由沙王主祭，对成吉思汗及其后妃灵榇以及“苏鲁定”、宝剑等物祭奠后，用大车运载至榆林，换乘汽车，运往了大后方兰州附近的兴隆山。成陵迁移时，沿途受到极为隆重的迎祭。到达榆林的时候，由北门进城，穿城而过，直出南门。榆城全市悬旗，出城列队欢迎的公务员、军队、学生、商民甚众。城内居民亦立于街衢两旁，列队欢迎。迁移陵寝大队到达时，全城鸣放爆竹。迁移陵寝大队序列为：绥蒙指导长官公署代表陈玉甲率骑兵前导，僧乐继之，守护陵寝的“达尔哈特”乘马，其中司乐之“雅木塔特”乘马列队行在僧众之后，“达尔哈特”乘马，持成吉思汗遗剑以及“苏鲁定”随行。达尔哈特人等均蒙装，戴纱帽，着圆领衣。达尔哈特骑后，即为成吉思汗及其后妃的灵榇。银棺用红缎包裹，以二骡相舁，成吉思汗及其后妃之棺共三副，俱为箱形，顺序则成吉思汗之银棺在最后。棺后为赴伊金霍洛致祭的邓宝珊、高双成、石华岩等和楚明善、唐井然、黄布札布诸护陵专员，均乘马鱼贯而入。
