一、行政主体
行政组织法的第一块基石是“行政主体”的概念。它与其他行政组织构成部分的不同处在于：它具有权利能力。与其他同样具有权利能力的“权利主体”的不同处在于：它被划归到行政组织之内，因此必须适用相关的行政组织、行政程序的规定。
所谓权利能力，依一般的定义是指：可以享受权利，负担义务的能力。依台湾地区法律制度，享有此种权利能力的主体包含自然人及法人。自然人不是这里关心的重点，因为通常只有作为行政组织的相对人时，自然人才会为自己的利害关系，成为行政上权利义务的享有者，作为行政组织的一部分则相反。
由法秩序所创设的人格（法人），依其是根据公法规范还是私法规范，又可区分为公法人与私法人。进一步说，就是依据特别的法律或其他公法的创设行为（如自治法规、行政处分）或公法契约所创设的法人是公法人。基于私法自治，依一般私法所定的要件，所创设的法人是私法人，例如依据民法规定的要件，而设立的民法上的财团法人、社团法人，依公司法规定的要件，所成立的各种类型的公司。依前述说明，无论是公法人或私法人，只须其可归属于行政组织之内，因此可以担当行政法上的权利义务，都可以成为行政主体。
在台湾行政组织法上，除了台湾当局、各级行政机关、农田水利会及“国立中正文化中心”外，是否还有其他公法人存在，例如律师、会计师公会等职业团体，“中华经济研究院”、“国家卫生研究院”等财团法人，其是否分别为公法人的社团法人、公法上的财团法人，即应依据前述准据法的标准（创设行为所依据的法规范）来决定。其是否经法律明定为公法人，对其会员是否有惩戒权，应该不是考虑的重点。前述各该组织的成立，大都并非基于私法自治的精神（律师、会计师非加入公会不得执业），所依据的法规范也不是一般的私法规范，似应肯定其公法人资格。
再进一步来观察前述权利能力的定义，可以享受权利，负担义务的能力，经常造成理解上的困扰。作为行政主体构成部分的“行政机关”，对外不是也以自己的名义行文，而至成为被告机关（参见台湾《行政诉讼法》第22条、第27条）吗？为什么它就不是行政主体？在此应强调，在这种情况下，行政机关至多只是行政主体的权利义务的媒介者而已，行政机关对外所承担的权利义务，最后仍要还诸行政主体。因此，把行政主体理解为：行政上权利、义务的终局担当者，或许更容易掌握它与行政机关的差异。
二、行政主体内部的组成部分
（一）机关
作为法人的行政状态，毕竟只是一种组织体，其本身并不能如自然人一样地在思考后作出决定、采取行动，必须有“机关”作为它意思及行动的工具（机关一词，原本就有工具的意义）。此外，行政主体大都承担相当庞杂的任务，为了能适当达成任务，必须对这些任务作适当的划分，将这些任务交付不同的机关来执行。
综合这两点说明，行政组织法上的机关意指：由组织法规创设出来的，行政主体的内部组成部分，就一定的权限，代表行政主体实施行为。这个意义下的机关有两点特征：就功能上来说，它拥有一定的权限（虽然这个期限来自行政主体）；从制度面上看来，因为它依据组织法规而拥有组织上独立的地位，而与不具有这种独立地位的单纯的内部单位不同。至于所谓的“机关担当人”则是：具体执行该机关所拥有权限的自然人。例如，“台北市长”是台北市政府对外的行动“机关”，现任台北市长马英九先生则是这一机关的“机关担当人”。
（二）行政机关
行政机关是一种特殊的机关。依据台湾“行政院”研究发展考核委员会所主导起草的“行政机关组织通则”草案第3条，“本通则所称行政机关，是指‘行政院’及其统辖下，就法定事务有决定并表示‘国家’行政意思于外部，而依法成立之组织体”。而依台湾《行政程序法》第2条第2项的规定，“本法所称行政机关，系指代表‘国家’、地方自治团体或其他行政主体表示意思，从事公共行政事务，具有单独法定地位之组织”。两项第定义大抵相类，只是前者则较明确指出行政机关的对外权限。
前述台湾“行政机关组织通则”草案、《行政程序法》的界定，与台湾行政法学界的看法大抵相符，依此，行政机关具有三点特征：首先，其与行政组织法上的机关相同，拥有法定的权限，因此具有组织法上的独立性；其次，其具有为外部行为的权限。并非所有机关都有此权限，台湾许宗力教授就曾以各部诉愿审议委员会为例指出，其依法虽有权审查、决定诉愿，但对外则须以各该部名义进行，因此，诉愿审议委员会只是单纯的机关，而不是行政机关；最后，行政机关可以行使公权力。前提是我们把法规范中的“代表行政主体表示意思”，理解为行使公权力，尤其是可以作成行政处分。台湾学者有基于这种公权力性质，以及用语明确的考量，建议以“行政官署”来命名，只是这似乎与现行法制致力于消除“行政官署”这一用语的倾向不符，因此，在这里仍使用“行政机关”的用语。
应与行政机关明确区分的是：前文已经约略提及的“内部单位”，后者是机关内部分工的单位。为了清理目前设置与名称混乱的情况，“行政机关组织通则”草案特别以专章来规范“内部单位”。依该草案的规定，“行政机关的内部单位分目的单位及辅助单位（第1项）。称目的单位者，系指执行本机关目的之业务单位（第2项）。称辅助单位者，系指担任人事、主计、法制、研考、秘书、公众关系、事务等工作，以协助首长及目的单位之单位（第3项）”（参见第32条）。依草案第36条、第37条的规定，无论是“中央”或地方的行政机关，其内部目的单位的称谓，依上下层级分别用处（室）、科（股）。
（三）职称
行政组织法制中最小的构成部分是“职称”。职称是指单一自然人所据有的职位，它应该指出，在行政范围内，某一自然人应该担当的，制度化的具体任务范围。据有该职称的自然人就称为“职称担当人”。依前述“行政机关组织通则”草案第64条的规定，“行政机关人员之职称应能代表其工作性质、职责程度、与其在机关中的地位”。
三、行政主体的管辖权
台湾当局“宪法”规定的行政主体已有三类（“国家”、直辖市、各县市），各行政主体之内还有多数机关，整体行政任务必须在其中作分配。“管辖权”应该解决的是：特定行政事务应由哪一个行政主体，甚至由哪一个机关掌理的问题。
（一）管辖权、权限与权能的区分
在详细说明管辖权的规定如何在行政主体，甚至行政机关之间划分其行政任务的范围之前，应该先澄清一些用语上的疑义。依前述说明，管辖权是指行政主体或行政机关掌理特定行政事务的权力与义务。至于权限一词，有认为与管辖权并无不同的；有认为权限是指管辖权所及的事务、事项而言，实际上是管辖权的标的。我们认为后者更恰当。因为所指既然有差异，分别不同的用语表达，有助于用语的精确。再者，台湾《行政程序法》也采取这种分别，其第11条第1项规定，“行政机关之管辖权，依其组织法规或其他行政法规定之”；第15条第1项规定，“行政机关得依法规将其权限之一部分，委任所属下级机关执行之”。
管辖权与权能的区分则较为明显，在实务上也更加重要。行政机关就某行政事务有管辖权，并不意味其同时取得，采取一切为达成行政任务所必要的权力手段（权能）。采取侵害人民权利的手段时，依法律保留原则的要求，仍须有法律的授权。例如警察机关固然有维持治安、防止公共危险的任务（管辖权），但是为了防止公共危险，如须采取强制手段时，就采取强制手段这一权能，仍须另有法律的授权。如将采取的手段不属于法律保留的范围，只须其未抵触法律优越原则，那么行政机关不待授权就可以径行采用。
（二）规定管辖权的方式
管辖权的规定，应该在行政主体，甚至行政机关之间划分其行政任务的范围；然而划分的方法怎样，依台湾学者的看法，合理的划分步骤大致如下：
1．事务管辖权
这是以事务的类型来确定行政主体、机关的管辖权限；或者说，事务管辖权的规定应该解决下述问题：某种行政任务，应由哪个行政主体、哪个机关掌理。这个问题通常还需要分三个阶段来处理：
（1）该项行政任务应由哪一层级的行政主体掌理；用来确定不同行政主体彼此间管辖事务的范围、界限的规定，是关于团体管辖权的规定。划分团体管辖权的困扰主要出现在，中央与各级地方政府之间的事务应该如何划分的问题上。
（2）确定某项行政任务应由某一行政主体掌理后，必须进一步确定，该行政任务应该由行政主体的意思决定，或者执行机关掌理，换句话说，究竟属于立法还是行政的功能；用来确定同一行政主体中，不同功能机关间管辖事务范围、界限的规定，就属于功能管辖权的规定。例如一般抽象地规定课税的基准、要件，就属于立法机关，而非财政机关的权限。
（3）确定某项事务应由某一行政主体的行政部门掌理后，如果必须进一步规定，应由该行政主体行政部门中的那个机关负责；就此所作的规定是机关管辖权的规定或称部门管辖权。讨论事务管辖权时，一般都只是就此而言。
2．土地管辖权
就同一事务，假使行政主体设有多数同层级的机关，就必须借助土地管辖权的规定指出，哪个机关在哪个地域范围内应该掌理该行政事务；换句话说，地域管辖是以地域为准据，在多数有相同事务管辖权的同级机关之间，划分其行政任务的范围。
3．层级管辖权
层级管辖权的规定任务在于：在拥有多层级的上下级机关之间，确定应由哪个层级的机关负责掌理特定行政任务。在采取层级制的行政组织体系中，上级机关固然可以随时行使其指挥监督权来影响下级机关的决定，但除了例外的情况，上级机关并不当然有攫取下级机关权限，自为决定的介入权。
最后应该一提的是“职称担当人管辖权”的问题。职称担当人管辖权指的是：在有管辖权的内部，究竟应由哪个职称担当人掌理该事务。这通常只以机关内部的职位分配表，或内部的职务指令来作决定；因为职务分配表、职务指令通常只是具有内部的拘束力，一般认为，纵使有违反职务分配表、内部职务指令这类决定的情形，并不构成管辖权规定的违反。
另外，关于管辖权规定拘束力及其例外，违反管辖权规定的法律效果及权限争议的解决，在第四章行政程序中将详加论述，此处不再赘言。
四、行政主体及行政机关之间的协力
各行政主体及行政机关之间，通常有下述三种协力方式：
（一）保留同意权
行政主体、行政机关采取行政措施时，有时必须得到其他行政主体、行政机关的同意才生效力。例如依“营利事业设置职工退休基金保管运用及分配方法”第6条第3项的规定，公营事业退休基金的运用，除需得其目的事业主管机关核准外，尚需得“财政部”同意后，依其规定予以运用。
（二）保留表达意见的机会
行政主体、行政机关采取行政措施时，不需得其他行政主体、行政机关的同意才生效力，但是应予后者表达意见的机会，即使违反这种要求，原则上该措施并不因之而无效。
然而在实务上，两者的区分并不是都这么容易；最让人困扰的是所谓的“核转”、“核备”。其意义如何，实难索解。只有在具体案件中，谨慎地综合所有相关规定来作决定。
（三）职务协助的问题
由行政主体、行政机关的眼光来看，或者比较具有积极意义的协力方式是：职务协助或行政协助。所谓职务协助是指被请求机关，基于其他机关（请求协助机关）的请求，为支援请求协助机关执行其行政任务，所提供的辅助性的行为。常见的事例是：主管机关执行职务遭遇反抗（例如建管机关执行拆除违建的任务，而遭遇违建户的抵抗时），请求警察机关以警力支援。就此，台湾《行政程序法》第19条作了详细规定，其在第四章行政程序中有较为详细的论述。
