猪圈栏高80~90厘米，栏距10厘米，可用钢管、钢筋，也可用水泥预制条制成，栏门高80~90厘米，宽70厘米。
发酵床可分为地下式、半地下式和地上式3种。南方地区，地下水位较高，一般采用地上式发酵床；北方地区，地下水位较低，一般采用地下式发酵床，可根据当地的实际情况来建造。地下式发酵床要求向地面以下深挖90~100厘米。在地下水位高的地区，也可采用地上式发酵床。地上式发酵床在地面上砌成，要求深度90厘米。半地下式可适当地挖一定的深度至不出水为止，然后在上面用砖砌至90厘米深度的坑即可。对于地上式结构、半地下结构，一般每个栏舍一面墙体留设几个缺口，以方便垫料进出。缺口用木板等遮拦。发酵床底可做成一定坡度，排水的一侧更低，以利于发酵多余的水分从这里排走，有15度的坡度即可。垫料高度：保育猪40~60厘米；中大猪80~100厘米。猪舍走道可用水泥固化，也可为泥土地。
发酵床技术实现猪场清洁生产对养猪猪舍的建设没有很严格的要求，可以在原建猪舍的基础上稍加改造就行。
（4）发酵床的制作方法
发酵菌种。包括土著菌和复合菌。
土著菌指在本地自然环境中长期繁衍生长的有益微生物群落。土著菌按好嫌气性分有好气菌、嫌气菌；按菌种分有酵母菌、曲霉菌、放线菌、乳酸菌等。这些土著菌更能适应当地的环境，能更快地参与有机材料和粪尿的分解。采集土著菌前应首先注意采集的地点，一般采集的地点应在环境清洁，没有污染、垃圾、落叶，且富含腐殖质的地方或山谷、农田。采集时把做的稍微有一点硬的大米饭（1.0~1.5千克），装入用杉木板做的小箱（25厘米伊20厘米伊10厘米）中，约1/3，上面盖上纱布或纸，用线绳系好口，将其埋在选定地点的土壤中。为防止野生动物糟蹋，木箱最好罩上铁丝网。夏季经4~5天，春、秋季经6~7天，周边的土著微生物潜入到米饭中，形成白色菌落，这些就是土著菌。等米饭长有土著菌后会有一定的香味，把这样的米饭取回后装入坛子里，然后掺上原材料量1/2左右的红糖，将其混合均匀（数量是坛子容量的1/3），盖上纸，用线绳系好口，放置在温度18益左右地方。大约放置7天左右，就会变成液体状态，这就是土著菌原液。可以在不同的季节、不同的地点采集不同的菌种。土著菌菌种一般要进行扩繁，扩繁时将土著菌菌种适量加入15千克米糠和1/500的植物营养液10千克，加水拌匀。摊放在能遮阳挡雨的土地上，温度为20益左右时，厚度以5厘米左右为宜，上面覆盖稻草、草帘或麻袋，再洒上适量1/500的营养液。经3~5天，菌丝可布满表面，将扩繁后的菌种加入15千克米糠和10升水中，按上面的方法继续扩大菌种直到所需要的菌种数量时为止。扩繁好的菌种在避光处晾干，装入开口的编织袋中保存，注意防潮、防鼠。常温下菌种可保存1年时间。
复合菌是由光合菌、酵母菌、乳酸菌、放线菌、芽孢杆菌等多种有益微生物菌群复合培养而成。一般这些有益微生物在大规模人工培养前都要通过人工选育，从其中筛选出活性较强不易退化的菌种，这些菌种再经过有关技术部门鉴定，并要求符合饲料卫生标准。一般复合菌都已商品化，可以直接购买，购买后可按使用说明自行进行扩大培养或稀释后使用。
垫料。木屑、锯末、粉碎的玉米秆等是发酵床制作中填充料的重要组成部分，垫料的原料以锯木屑最好，其次是秸秆，但要注意不能采用松树等含抑菌物质的树种。其次垫料以有一定惰性的为好，因为垫料有时需要用好几年，如果分解性太好，就需要不断补充新鲜垫料，垫料分解后会下沉，同时猪也会吃掉一些，所以，经常要补充新鲜垫料，增加管理难度。
当然，如果希望猪能多吃以垫料为主的营养源，减少饲料开支，则也可以多考虑用秸秆粗粉等相对易分解的原料作为垫料，只是平时多注意维持生态垫料的微生物平衡即可，即不断补充消耗掉的发酵垫料和菌种。
泥土。自然环境的纯净土壤中，通常栖息着多种有益微生物的混合体，而这些微生物如果遇到适宜的生长环境，就会迅速繁殖并与其他合成微生物迅速融合，很快形成有益微生物的生理优势，以抑制杂菌生长繁殖。发酵床养猪要求使用未施过化肥或农药的泥土。
食盐。发酵床制作过程中，必须加入适量的食盐，以抑制醋酸菌的活动，防止其对乙酸进一步分解成为二氧化碳和水。加入食盐后，由于发酵床处于恒温状态下，则容易发酵生热。
活性剂的制作。活性剂包括植物营养液、氨基酸液、乳酸菌、水果酵素等，主要用于调节土壤微生物的活性。特别是在土壤微生物活性降低时，可以用活性剂提高土壤微生物的活力，以加快对排泄物的降解、消化速度。
植物营养液是从植物生长点内提取出来、经发酵后形成的液体，含有有机酸、高活性的生长激素等物质。选用的植物要抗逆性强、耐寒性好、生命力强、生长速度快，这类植物有艾蒿、水芹菜、麦类、苜蓿等；其次是生长点生长较快的植物，它们有竹笋、瓜类等；再者以节间距离长、咀嚼有甜味的茎为材料；也可以采用栽培植物如番茄侧芽、南瓜蔓、山芋藤等为原料来制作。在最适宜植物生长的季节采集生长繁茂的植物茎尖，采集的时间以清晨露水未干时为好，采集后不用水洗。配制时将采集的材料直接用红糖腌制。红糖的用量要根据材料的水分含量加以调整。一般1千克植物用500克红糖拌匀后放入小口陶缸内并封口。环境温度在20益左右时，通常需要5~7天即成营养液，放在避光处保存待用。
氨基酸液指用鲜鱼的废弃物制作的液体。选与青鱼一样、背部发青的鱼较好，其他鱼类、动物内脏也可以。鱼头、骨头、内脏等残渣与等量红糖混拌，2~3天后开始形成液体，10天左右可完熟，提取液体使用（滤渣作发酵肥使用）。
垫料制作方法。根据制作场所不同，一般可分为集中统一制作和猪舍内直接制作两种。集中统一制作垫料是在舍外场地统一搅拌、发酵制作垫料。这种方法可用较大的机械操作，操作自如，效率较高，适用于规模较大的猪场，在要新制作垫料的情况下通常采用该方法。在猪舍内直接制作也是十分常用的一种方法，即在猪舍内逐栏把谷壳、锯末、生猪粪、米糠以及菌种混合均匀后使用。这种方法效率低些，适用于规模不大的猪场。混合时一般木屑占垫料总重的90%，其质地松软，可吸收水分。一般猪舍中垫料的总厚度约为90厘米，每平方米垫料重约150千克。有条件的可先铺30~40厘米厚的木段，然后铺木屑；若木屑来源不足，也可先铺50厘米厚的玉米秸秆或30厘米厚的稻壳，然后再铺木屑，土的用量约占垫料总重的10%。垫料中加粗盐有利于木屑的分解，用量为垫料总重的0.3%。发酵期间，每天测量发酵温度，并做好记录。从第二天开始在不同角度的3个点，约20厘米深处测量温度，如果第二天垫料的初始温度没有上升就要查找原因，即查一查垫料有否加入防腐剂、杀虫剂，水分是否过高或不足等。根据天气情况，垫料在发酵一定天数后即可开始饲养生猪。
（5）管理维护
发酵床在经过一段时间的使用之后一般会发生分层。生态垫料应该分为3层，最底部的是厌氧层，通常为20~30厘米，它不断地为上层提供有益微生物，是菌种的源头。中间一层应该是兼性厌氧层，这是对猪排泄的粪尿进行发酵的主要部分，由于少量空气的存在，发酵产热比较活跃，其温度可达到40~50益，也是生成菌体蛋白质的主要地方，是同化尿酸、尿氮的主要地方，乳酸菌、酵母菌、真菌等都比较活跃，由于有上层垫料的覆盖，所以，温度和环境也相对稳定，有利于发酵进行。加上最上面一层覆盖层，缓冲了猪突然大量排泄的粪尿，使猪粪尿进入这个发酵层也是缓慢地进行的，覆盖层还隔离了外面温度与发酵层温度的温度差，起到了保温的作用，保证了发酵所需温度。最上面一层是覆盖层或缓冲层，但它由于直接与空气接触，温度随环境变化很大，加上水分散失比较多，含水量只有30%左右，所以，发酵作用并不活跃，但可为下层发酵层提供温度、湿度和少量的有控制的空气量。上层垫料也不能太湿，不然的话，发霉现象会很严重，霉菌都是好氧菌，如果水分适宜又有空气，霉菌丝就会长得很快，当然，猪不断的拱翻对霉菌的生长有一定的破坏作用。
总体来讲，与常规养猪的日常管理相似，但发酵床有其独特的地方，因此平时的管理也有不同的地方：
发酵床的床面不能过于干燥。一定的湿度有利于微生物的繁殖，地面湿度必须控制在60%，应经常检查，如湿度过高导致垫料表层部分湿化，使发酵停滞或引起异常发酵，则应打开通风口，利用空气流通调节湿度。如果过于干燥，则还可能会导致猪的呼吸系统疾病，可适当喷水或营养液。
猪舍中的锯屑变少时，适当补充微生物原种和营养液。发酵床可以连续使用5~7年不用清理，每批猪出栏时，菌床要缺少10厘米左右，此时，把缺少的部分补齐即可。
要密切注意土壤微生物菌的活性，必要时需加活性剂来调节土壤微生物菌的活性，以保证发酵能正常地进行。
生猪一般在固定地方排粪、撒尿，所以应把猪粪集中部分每天按不同位置进行翻埋，不要把猪粪裸露在表面。
猪舍内保持适宜的温度。夏季温度较高，应注意通风散热，因为发酵温度高于70益时，微生物将进入休眠状态或大量死亡，导致发酵缓慢甚至停止。发酵床发酵熟化是一个放热过程，若不加以控制，使温度偏高，则会过度消耗有机质，影响发酵持续性。故发酵床温度超过55益时就应采用通风或翻堆的方式加以控制。猪舍换气不畅，对猪体健康不利，可开前后窗进行通风，通过通风和水分的蒸发带走热量，同时可以适当调节发酵床的深度，使中心发酵温度下降，同时也降低微生物活性。还可加遮阳网减少阳光直射，降低舍温。冬季中午开天窗排放气体，为了保温可在猪舍上加盖草帘。
猪舍内禁止使用化学药品和抗生素类物品，防止它们对土壤微生物的杀害作用，使得微生物的活性降低。
微生态垫料养殖技术由于粪尿与垫料形成一个微生态平衡，所以，平时除了需要保证微生态平衡的正常运转外，也要注意疾病的防治，以防为主，毕竟厚垫料养殖技术，在病猪隔离上不如普通水泥地面养猪方便，如果疏于管理，则可能发生猪病迅速感染现象。
（6）猪群疾病防控措施
猪场最好采用自繁自养的方式，这样做既可以防止外购仔猪引进时带入病原菌，又可以降低养殖成本。引进种猪时，尽量从非疫区购入，并经兽医部门检疫，经消毒后再进入隔离猪舍，观察1个月后，健康猪按本场免疫程序注射疫苗后，再经过15天左右适应观察，方可入场混群饲养。
生长育肥猪入栏前，需要做好驱虫工作及正常的疫苗注射防疫工作等。如果一定要从外面购买猪苗，则一定要从比较规范的猪场引猪，这些猪场经严格检疫，可确保没有对猪危害的传染病，如口蹄疫、霉形体肺炎（气喘病）、传染性萎缩性鼻炎、赤痢（魏氏梭菌性泻痢）、弓形体病、脑炎等。
要经常性注意观察猪的排泄情况，一旦有拉稀现象，要就地处理掉，挖掉稀粪便，在拉稀处撒上石灰粉进行消毒，病猪要预防性地进行隔离处理。实践证明，微生态垫料养殖技术是充分照顾到了猪的自然生态条件的养殖方式，是回归自然，一般发病率极少。
适当给猪使用抗生素，并不影响发酵型垫料的发酵能力，反而是为了防止猪只胃肠中有害病原菌的繁殖和带入到垫料中，引起不利于发酵的影响。但抗生素的使用是间歇性的，不允许在饲料中作为添加剂经常性地使用，换句话说，是在疾病多发季节（如冬天和冬春交替季节），才进行的预防性的添加，具体操作如下：
后备种猪：每吨饲料用支原净+金霉素，或阿奇霉素+氟苯尼考拌料，每月应用1周，直到配种或配种前连续集中饲喂1周，以预防和控制呼吸道感染，如气喘病。
种公猪：每吨饲料用支原净+金霉素，或阿奇霉素+氟苯尼考拌料，每月应用1周，同时加用氨基多维（如免疫多维：
金赛维即可）或鱼肝油粉拌料，以预防和控制呼吸道病症感染，如喘气病，增强公猪性欲，提高精液品质。
经产母猪：母猪产前后1周，用利安欣（利高霉素）拌料，以预防产后感染和消化系统、呼吸系统感染。母猪产后1小时，肌肉注射得米先10毫升，以预防产后生殖系统感染。母猪断奶后，用林肯霉素或阿莫西林拌料4~5天，防治乳房炎、子宫炎，并提高受胎率。条件允许时，母猪配种前2分钟，肌肉注射20国际单位催产素，可提高受胎率。
仔猪：1日龄口服新霉素1次，可抵抗早期感染，防治仔猪下痢。3日龄和21日龄，各注射牲血素1次进行补铁（也可以用“一针肥冶），有效防治仔猪缺铁性贫血。3、7、21日龄，各注射得米先1次，可防治呼吸道综合征和下痢，促进生长，提高断奶整齐度，减少伪狂犬病、蓝耳病、圆环病毒病和猪瘟病等引起的继发感染。仔猪断奶后，用磺胺间甲氧嘧啶（SMM）+甲氧苄氨嘧啶（TMP）拌料饲喂1周，可有效预防仔猪水肿病、弓形体病、附红细胞体病及呼吸道综合征的发生。
第12周（育成转育肥期），用氟苯尼考+强力霉素拌料饲喂1周，预防呼吸道综合征和附红细胞体病的发生。
育肥猪：每月饲喂1周利安欣（利高霉素），可有效防治呼吸道和消化道疾病，增加机体抵抗力，促进生长。在每年的春、秋气喘病易发季节，每月用泰乐菌素拌料1周，可防治气喘病发生。在冬天传染性胃肠炎和流行性腹泻多发季节，用痢菌净粉+病毒灵粉拌料饲喂，可有效防治胃肠炎和流行性腹泻。
应该特别关注猪气喘病。猪气喘病属慢性呼吸道疾病，尤其是春季易发。该病分急性型和慢性型。
急性型主要见于新疫区和新感染猪群，以乳猪、断奶前后的仔猪、妊娠母猪多发。病猪呼吸困难，有明显腹式呼吸状，有时有痉挛性阵咳。病猪的体温正常，若有继发性感染，则体温会升高到40~42益。病程1~2周，病死率10%~30%。
慢性型常见于老疫区的架子猪、育肥猪和后备母猪。病猪主要症状为咳嗽，以清晨、喂食前后和剧烈运动时最为明显，重者发生连续的痉挛性咳嗽，症状随营养、卫生和环境等外界条件的变化时轻时重，病程2~3个月，甚至长达半年以上。病猪易继发巴氏杆菌、肺炎球菌、胸膜肺炎放线杆菌、沙门氏杆菌及各种化脓性细菌、猪鼻支原体及粒状衣原体等感染，从而引起病势加剧和死亡率升高。
