不过战区军需部的职责过于广泛，使其几乎无法完全将心思放在西利西亚的行政上。有鉴于此，腓特烈乃于1741年11月下令于布勒斯劳及格罗高设置战争与领地管理署，以接替战区军需部繁重的行政工作，他们主要负责领地行政及税收事务、国家仓库的管理、驻军的征召与分配，并要注意贸易、商业、运输的发展以及保护犹太人。以战争与领地管理署为起头，邮政、司法等各项行政业务逐渐在西利西亚设立。在此重建的过程，国库财政的充分支持及腓特烈个人特别的关注与经常性的视查，皆使西利西亚居民信赖普鲁士的行政并使西利西亚较容易融入整个国家的行政体系中。腓特烈期望透过置于国王的直接控制，而不是经由总理事务院的管辖，能贯彻他个人最大的影响力在这个普鲁士的最大省份。所以腓特烈所指派前往西利西亚的大臣，均是他个人极欣赏，亦是他认为最能实现他想法的人选，也因此在西利西亚的大臣通常都拥有较大的权限与自由。
腓特烈大帝强权政治的再次展现，即是七年战争的参与。然而深究腓特烈参战的目的，仍旧是为了西利西亚，所以七年战争对普鲁士而言，又可算是第三次西利西亚战争。在奥国王位继承战争后，奥国亦极思如何再夺回西利西亚，这次奥国尝试先从外交下手，她放弃了多年来与英国良好关系，转而试着放下长期对法国的仇视，并寻求同盟的可能。
但随着法奥两国利益方向的改变，使得双方的结盟的可能性转浓。长久以来，法奥两国争论的焦点常在洛林和尼德兰，对奥国而言，那是他们世袭的领地，必须守护；但对法国而言，他们自路易十四以来便在追求所谓的天然疆界，而那正是他们扩张的方向。然而奥国的发展重心在十八世纪时已渐转往东欧及南欧，所以在1730年代，他们便割让洛林予法国以交换意大利北方的土地。而现在他们则准备放弃尼德兰和西班牙的继承权以交换夺回西利西亚时法国的援助。而法国在几度介入日耳曼的事务，牺牲的士兵和金钱所得到的失望却远比利益来得多，相反的，他们在北美的殖民地取得则获致重要的成果，于是法国的利益乃转向殖民地与海外贸易的发展，最大的竞争对手不是奥国而变成了英国，所以以往与奥国敌对的政策可能要重新调整。
腓特烈在政治上几乎面临了被包围的局面，因此他急于找到同盟国，于是在英国的主动下，1756年1月16日双方签署了所谓的西敏寺条约正式结盟。在此一条约下，奥国欲在外交上包围普鲁士的希望虽已破灭，但俄、法两国对普鲁士的疑虑都加深了，在同年5月法奥双方签署了一防御性的条约，约定若奥国遭受普鲁士的侵略时，法国将提供二万四千名的部队给奥国，且奥国将可反攻西利西亚。而俄国也在觊觎东普鲁士的考量下，加入了奥国的盟国行列。
总之，从1745年到1756年的十年间，欧洲经历了一次重大的「外交革命」，以往的敌对关系完全翻转了过来，过去的敌人变成了现在的盟友。而在这个外交形势的重大转变中，普鲁士则面临了三面包围的危机。为主动突破如此困境，腓特烈于1756年8月率军突袭萨克森，为七年战争揭开了序幕。
腓特烈突袭萨克森，并成功的将其降服，在经过冬季的预备后，隔年，腓特烈的目标即指向波希米亚。1757年的战役中，腓特烈在布拉格之役（1757.5.6）、罗斯巴赫战役（1757.11.5）及洛伊滕之役（1757.12.5）分别战胜法军和奥军，但也在柯林之役（1757.6.18）中吃了大败仗，表面上三胜一负的战绩腓特烈似乎还占了上风，事实上，奥军的主力尚存，法军的后援部队亦随时预备要加入战局，更令人担心的是东边按兵不动的俄国，而普鲁士却已开始有兵员不足的情形发生。
1758年的战况开始逆转，俄国军队对东普鲁士发动攻击，进占柯尼斯堡，并继续向布兰登堡前进，这是普鲁士首次面临两面作战的窘境。而在波希米亚和摩拉维亚的战况也陷入胶着状态。在洛伊滕战役后，奥军即避免与普军进行大规模的会战，以保存主力部队，逼使腓特烈只得先退回西利西亚，并率领部分军队回头迎战离柏林仅50哩的俄军。在索尔恩朵夫战役（1758.8.25）中腓特烈原是期望能摧毁绝大部分的俄军，使其短期间无法再来犯，然而俄军巩固的防守，使得腓特烈虽然赢得最后胜利却也付出巨大的代价，也无法对向后撤的俄军作进一步的追击。战胜俄军的腓特烈，一刻也不得闲立即赶往萨克森协防奥军的进攻。在这个阶段中，腓特烈全力避免奥俄两军的会合，然而1759年当奥俄两军计划会师奥得河再向普鲁士腹地前进时，腓特烈已来不及先各个击败了，只得被迫先放弃萨克森回头对付再度逼近柏林的奥俄联军，在库涅尔斯朵夫战役（1759.8.12）中，因奥俄联军占地利之便，腓特烈并无法顺利施展以往的侧翼攻击，加上军队人数的差异，腓特烈遭致惨败。索尔恩斯朵夫战役后，不仅腓特烈自己负伤，普鲁士本身的士兵及资源皆已陷入严重的不足。腓特烈所受到的身心压力到此可说是到达了极限，在腓特烈写给他大臣的信中，他就表达出对战争的绝望，“……我已没有任何资源了，而且，说实话，我相信一切都输了，我实在不该在这场毁灭中苟活下来……”，腓特烈的绝望使得他命令军队向他侄子（即他的继承者）宣示效忠，而自杀的念头亦在他脑中挥之不去。而在普军重建的过程中，腓特烈的弟弟亨利王子担起所有军队的最高统率权。他使普军避免被奥军歼灭。然而，幸运的是，俄国与奥国似乎都过于害怕腓特烈的军事天份，害怕被腓特烈奇袭，因此他们并没有追击这支破败的军队，转而趋向于巩固防守，加上奥俄联军的统帅对下一步的行动并无法有一致的看法，所以两军就分开各自行动了。这对普鲁士而言，又是一个幸运的发展，腓特烈就称其为“布兰登堡家族的神迹”，因为如果奥俄联军决定给予普鲁士最后一击的话，他们将轻易地消灭普鲁士军队并占领柏林和整个布兰登堡。而腓特烈亦从绝望中重新站立起来，准备要带领他的国家走向胜利。
随着战争的持续，不仅普鲁士国力耗损严重，各国国力亦都逐渐耗尽。尤其是法国，在日耳曼西部、海上及殖民地的战役皆遭到严重的挫败，英国在海外的优势已渐明朗。然而英国的情况亦没有太好，国内的主和派已向于牺牲普鲁士来换取战争的结束。所以在1759年的冬天到1760年时，英普已开始试着至少和法国谈和，但在奥国的影响下，战事仍旧持续。1760年的战况仍然呈现胶着状态，但普鲁士已逐步收复波美拉尼亚、西利西亚及部分的萨克森。且在里格尼兹战役（1760.8.15）、托尔高战役（1760.11.3）中击败奥军，使得普鲁士本土遭受攻击可能性减低。既使英法两国皆想谈和，但一方面普鲁士不愿意割让其在莱茵河的产业以换取和平；另一方面奥国仍期望能夺回西利西亚，而俄国则期望若普鲁士战败则俄国势力将可伸入到维斯杜拉河流域，所以战况持续胶着了两年。
相较于1740年到1763年戎马倥偬的阶段，腓特烈在七年战争后，可能是腓特烈本人已年过半百，身体状况不若以往，加上七年战争的恶梦，使得他在面对国际争端时，已不如前一阶段那么的激烈，一切诉诸于战争。外交的折冲是腓特烈的第一选择，谈判破裂才考虑军事行动，但并非是普鲁士的军事力量已衰退，主要是腓特烈认为普鲁士现阶段的主要工作是维护普鲁士所获致的一切权利，并预防一切可能损害普鲁士利益的事情发生，所以军事力量备而不用，换句话说，是普鲁士进行协商的重要后盾。
