义和团的口号是“扶清灭洋”、“助清灭洋”等，这些口号是当时帝国主义同中华民族的矛盾上升为中国社会最主要的矛盾的产物，是反对帝国主义侵略、反对封建主义压迫的朴素情感的反映。“灭洋”显示出义和团对帝国主义及洋教势力的切齿痛恨，是中国人民要求民族自立的精神体现；“扶清”则表明义和团对清政府抱有幻想，对帝国主义与清王朝互相勾结的反动本质认识不清，以致后来为清廷所利用，走入歧途。
义和团在山东迅猛发展引起西方列强和教会势力的恐慌，德、美等国逼迫清廷罢免了毓贤，于1900年初，任命袁世凯署理山东巡抚。袁一上任即发布《查禁义和拳匪告示》，严厉镇压和防范各地人民反帝斗争，山东义和团运动转入低潮。
1898年前后，义和团运动逐渐波及直隶的大名府、冀州、深州、景州等地。1900年初，义和团在山东受挫，转移到直隶，并迅速发展壮大，逐渐形成以天津、北京、保定三角地带为中心的战斗基地。同年4月，义和团在北京设立坛口，利用揭帖、谶语、预言碑等形式广泛揭露帝国主义侵略罪行，吸引群众参加反帝斗争。同时，保定府和天津城内的义和团组织也逐渐增多：在静海，有以张德成为首的“义和神团天下第一坛”和以曹福田为首的“署理静海一带义和神拳”；在新城，出现了王成德、宋福恒两支义和团队伍。这些都是直隶地区举足轻重的反帝力量，后多进入天津，在抗击八国联军中起到了重要作用。5月，北京西南直隶滦水县高洛村及附近义和团民进攻村中教会武装，在石亭镇大败前来围剿的清军，一举进驻涿州城，向北京挺进。
在直、鲁义和团影响下，反帝怒潮遍及全国，东北、河南、山西、内蒙古、陕甘及江南一带人民群众反帝斗争也蓬勃兴起。
义和团运动在全国普遍高涨更加引起帝国主义列强的恐慌。他们一面威逼清廷派兵镇压，一面开始酝酿对华直接武装干涉。1900年4月，英、美、德、法四国联合照会清廷，限两个月内将义和团——律扫平，否则将派兵来华“代为剿平”。6月，英、美、德、法、俄、意、日、奥八国以保护公使及在华洋人为名，派兵400多人进抵北京，大批侵略军也相继开往中国，积极进行战争准备。此时清廷在对待义和团问题上逐渐形成主剿与主抚两派，在对待八国联军态度上也逐渐形成主和与主战两派。主剿派以荣禄、奕勖、许应揆、徐用仪、袁昶等人为代表，主张镇压义和团以换取列强撤兵，极力反对与八国联军宣战。这一主张得到了李鸿章、张之洞、刘坤一等地方实力派的支持。主抚派以载漪、载澜、刚毅、徐桐、赵舒翘等人为代表，主张招抚义和团以抗拒八园联军，目的是利用义和团阻止英、美等国扶持光绪帝，进而实现废立阴谋，确保傅僬早日继位。掌握清廷实权的慈禧太后感情上倾向主抚派，却又惧怕与列强开战，因而在剿与抚、战与和的问题上一时举棋不定。她一面派聂士成率清军赶往芦保铁路及天津附近围剿义和团，以消弥列强发动侵华战争的借口；一面派刚毅等赶赴良乡、涿州等地探查义和团虚实，妄图加以利用。结果聂士成率领的清军遭到义和团有力抵抗，事实上已无力阻挡反帝运动的迅猛发展；刚毅通过观察看到义和团的强大，力劝慈禧因势利导，进行招抚。慈禧几经犹豫后，终于承认了义和团的合法地位，默许其进入北京。于是5月上、中旬，大批直隶义和团涌人京、津两地。至下旬，天津已有坛口300多个，团民约4万人；北京有坛口1000多个，团民10万多人。
义和团涌人京、津后，开始焚烧和捣毁教堂，惩处传教士及不法教徒。外国侵略者惊恐万状，在北京使馆区和天津租界构筑工事，蓄意屠杀义和团民，同时增派大批联军进犯北京。6月10日，英国中将西摩尔统帅英、德、俄、美等八国联军2000多人从天津租界分批向北京进犯，挑起八国联军之役。京、津各地义和团立即拆毁铁路，破坏电讯交通，配合清军在廊坊车站与侵略军激战，迫使其退回天津租界。从6月16日起，慈禧几次秘密召开御前会议，讨论与列强和战问题，主战主和两派争吵激烈。载漪为促使慈禧宣战，伪造了一个列强要求她归政的照会。慈禧见后大怒，遂下决心不顾一切与列强反目。6月17日，八国联军攻占大沽炮台，打通了海上至天津租界的运输线。20日，德国公使克林德在北京被清军击毙。当日下午，清廷决定与各国开战，命清军与义和团一起包围、攻打各国使馆及西什库教堂。各国使臣、侵略军、传教士及教民凭借坚固工事，负隅顽抗。次日，清廷正式向列强宣战，嘉奖义和团为义民，令英年、载澜、刚毅办理义和团事务。北京义和团开始被封建顽固派利用，走上歧途，成为他们报复洋人的工具。至22日，奥地利、荷兰、比利时、意大利等国使馆先后被焚。清廷与列强宣战，客观上促进了义和团运动的发展，反帝烈火在全国迅速蔓延，江南地区会党组织和广大民众也开始投入反帝斗争。
两江总督刘坤一、湖广总督张之洞极端仇视义和团，不顾清廷宣战谕旨，指使上海道余联源在7月3日与上海各国领事团草签《东南保护约款》和《保护上海城厢内外章程》，与列强携手维持“地方秩序”，镇压义和团，并先后怂恿10多个省区加入“东南互保”行列，严重阻碍了江南义和团运动的发展。
清廷宣战后不久，慈禧发觉归政照会查无实据，转而与列强暗中勾结，伺机乞和，一面赞同、认可刘、张等人的“东南互保”举动，一面密令对北京使馆区明攻暗保，与各国使臣互通声气，并将大批义和团调离出京，采取分化、瓦解、屠杀等手段，使北京义和团力量大为削弱。
侵华战争开始后，帝国主义各国为在华索取更多特权，竞相派大军来华，侵华联军人数激增，至7月初在大沽登陆的侵略军已达1．4万人。西摩尔联军受挫后，八国联军调集兵力，企图先夺取天津，再进犯北京。为保卫天津城，曹福田、张德成及天津周围各地义和团于6月下旬纷纷入津，配合清军在紫竹林租界和老龙头火车站等地接连向敌人发起猛攻，取得一定战果。7月9日，联军开始反扑，兵临天津城下，清军将领聂士成壮烈牺牲。此时驻守天津的帮办北洋军务大臣宋庆不积极策划天津城的守卫，反而秉承慈禧旨意，在伙同马玉昆部清军大肆屠杀义和团2000多人后，弃城溃逃，严重削弱了天津防守力量。7月14日天津沦陷，八国联军疯狂屠杀无辜市民，实行残酷殖民统治。
在参加八国联军侵华攻占天津北京的同时，沙皇俄国还单独出兵东北，侵占东三省。7月16日至18日，俄军在海兰泡和江东六十四屯制造了惨绝人寰的大屠杀，残害中国居民7000余人，然后出兵11．6万人，分四路进攻营口、哈尔滨、海拉尔、宁古塔等地，至10月上旬，侵占了东北全境主要城市和交通线。
8月4日，八国联军2万余人从天津进犯北京。由于义和团遭到侵略军和清政府的疯狂屠杀，实力大损；津、京沿线10多万清军又缺乏有力的统一指挥，毫无斗志，望风即溃，致使八国联军轻易攻占北仓、杨村、通县等地，直逼北京。
8月7日，慈禧任命李鸿章为全权议和大臣，令其火速来京向列强乞和，企图以出卖主权阻止联军进京。8月13日夜，联军向北京发起进攻。15日晨，慈禧携光绪、傅携等仓皇出逃，是日深夜北京沦陷。八国联军在京城烧杀淫掠，无恶不作。无数百姓惨遭屠戮，百年古都横遭浩劫。
8月27日，慈禧在经太原逃往西安途中授予奕勖全权，令其回京与李鸿章向列强乞和。帝国主义各国本着各自利益，对清廷乞和举动采取了不同态度。沙俄为迫使清廷承认它霸占东北三省的合法性，支持亲俄的慈禧太后继续执政，极力说服各国接受清廷议和要求。英、德等国则幻想扶持光绪帝，拒绝与清廷开议。此时八国联军总司令、德国元帅瓦德西率大军来华，置清廷议和要求于不顾，继续对直隶全境发动武装进攻，扩大侵华战争。12月24日，经过讨价还价，各国最终协调一致，对慈禧为首的清朝政权采取“保全主义”，同意议和，并拟定《议和大纲》12条。
