送走了叶举，布置好了向北京方面的求援计划，陈炯明决定自己第二天亲自到前线去看看，给士兵们打打气，只要打败了孙中山的这一次进攻，孙中山就不可能再有能力来组织力量和自己较量了。还没等陈炯明动身，忽然接到了叶举从前线发来的电报，电报说：叶举自己率领的前往西江前线增援的三个师主力部队中，第一师发生了内讧，军士已经倒戈进攻自己的军队，第三师在遇到北伐军时不战自溃，北伐军的滇、桂联军来势汹汹，我军士气不振，眼看就要一败涂地了，请总司令速来前线指挥，以安定人心，等等。看了这份电报，陈炯明当时就出了一身冷汗，好一会儿，头脑里一片空白，不知道自己是在什么地方，也不知道自己在干什么事。等他回过神来后想到的第一句话就是：“我完了，我彻底地完了！”话是这样说，事实也确实是这么个事实，可是陈炯明不愿意承认它，他还要作最后的一次挣扎。他决定自己亲自到三水前线去，亲自去督战，他就是不相信或者说他不愿意相信。自己这么快就被孙中山打败了，自己惨淡经营了多少年的精锐部队，怎么会这么快就在刚刚还是自己的手下败将面前输得一蹋糊涂？陈炯明在想：
只要自己到了前线，给弟兄们一打气，士气马上就会再度旺盛起来。带着这么点幻想，陈炯明匆匆地收拾了一下就踏上了奔赴前线之路。就在陈炯明匆匆地踏上督战之路时，他万万没有料到的是，自己的后院又恰恰在这时候起了火！受孙中山任命为驻香港特派员的邹鲁早就在粤军中暗暗地做策反工作，粤军中的谭启秀师长，原来本是为陈炯明的口号所迷惑了的，通过陈炯明占领广州之后的一系列倒行逆施，看透了陈炯明的野心，对陈炯明极为不满，很容易地被邹鲁争取了过来，他和邹鲁约好，只要时讥一成熟，就在广州举事，邹鲁在香港等地为外援，共同讨伐陈炯明。陈炯明一离开广州，邹鲁就得到了这一情报，立即和谭启秀联系，约定了举事的时间和方法。当陈炯明头一天离开广州，谭启秀就率部起事，连同驻观音山的粤军炮队也参与了起事，很快便控制了整个广州城。
对自己后院发生的变化，陈炯明还是一无所知，他只是在一个劲地想怎么去挡往北伐军的进攻，好保住自己现有的这一块广州的地盘，至少还可以当一个广东的“王”。可是当陈炯明行到三水时，却碰到了令他不想看到的事情，只见刚刚派出去不久的叶举的三个师的精锐部队正在溃不成军地从前线败退下来，陈炯明连声查问叶总指挥在哪里，士兵们替他找到了叶举，这时候的叶举已没有了往日那不可一世的骄横气了，一副疲惫不堪的模样，使陈炯明大失所望。叶举对陈炯明说：“总司令，北伐军的势力不可阻挡，我们的弟兄都顶不住，退了下来，请总司令赶快回去，镇往广州要紧！”陈炯明看着叶举的狼狈相，再看看粤军混乱溃败的样了，只好作退一步的打算，下令退回广州，先守住广州再说。可是，还没等到陈炯明退到广州，一封加急电报又送到了陈炯明的手中，这是秘书陈鹤年打来的，告诉陈炯明，谭启秀已被邹鲁策反，连驻扎在观音山上的炮队都已经哗变了，广州已经被北代军所控制……读完了这份电报，陈炯朋像个斗败了的公鸡，耷拉着脑袋，半天都没缓过神来，他这时候才真正感觉到了一种输光了的绝望和悲哀，仰起头来望着苍天，真想放声痛哭一场。叶举在边上看到陈炯明如此伤心，便从旁劝慰道：
“总司令，请您不要太难过，我们虽然现在将得到的广州又丢失了，但是我们还有我们自己的老根据地，我们可以暂时先回到东江去，在东江重新站稳脚跟以后，再回来和孙中山较一个短长！”
听了叶举的话，陈炯明想想也无可奈何，现在也只有回东江这一条路了。不得已，陈炯明哀叹数声，带领残余部队逃往惠州。第二天，陈炯明还假模假样地发了一道通电，声明自己离开总司令的岗位，再次回到惠州。
1923年的1月16日，各路讨贼军陆续进入广州，一度被陈炯明占领的广州再次回到了革命政府的控制之中。孙中山在上海得知讨贼军取得了全局性胜利之后，立即发布了一道命令，他任命胡汉民为广东省长，许崇智为粤军总司令，魏邦平为广州卫戍司令，管理广州以及广东省的军事政治事务。
同时，孙中山还决定，在自己没到广州之前，由胡汉民、李烈钧、许崇智、魏邦平、邹鲁五人为全权委员，在广州管理政府事务，代行总统职权。到此时为止，讨伐陈炯明的战斗，算是告一段落。
联共联俄
孙中山从广东被迫退到上海，他一面继续部署讨伐叛军陈炯明的战斗，一面深刻反思自己这几年来为什么总是走弯路的教训。他觉得，自己这么多年来，对待自己的同志不可为不诚，对革命事业的成功不可为不努力，而对如何去建设新的政权、统一中国更是呕心沥血，费尽了心机，为什么总是不见成效，反而往往是功败垂成呢？这使得孙中山十分苦恼。特别是自己一向最为推重的陈炯明却带头起来反对革命，破坏革命，差点儿就在陈炯明的手里葬送了革命的前程，这是自己有生以来失败中最大、最惨痛的一次！他感觉到，自己手创的这个党，是不是哪里出了什么问题？
当孙中山住在莫利爱路的公寓里反复推究着自己错误的根源时。当时上海的许多名流都来拜见他，正在家中度暑假的北京大学教授张西曼，特地赶到上海来见孙中山。张西曼早在1919年的时候就与孙中山就有了相当深的交往，这次来到上海，他再次向孙中山表示：“我张西曼是竭诚拥护孙大总统的，对孙大总统的英明领导，我竭诚支持。”张西曼还对孙中山建议说：“国民革命为什么成功十几年了，仍然没能达到统一中国的大目的？其原因就出在我们这个党的内部，现在从事革命，一定要纠正那些不肖党人为了争权夺利而不惜牺牲民族利益的卑污心理，要健全党的领导组织，巩固民众基础和团结一切革命的力量……”
张西曼的一席建议，使孙中山的心胸豁然开朗，对孙中山确定联俄联共的政策起了积极的推动作用，孙中山下定了决心，要真正实施自己已经酝酿了很长时间的联合苏俄和中国共产党的基本主张。
当孙中山还在白鹅潭坚持指挥讨伐叛军的时候，中国共产党人已在7月份召开的第二次全国代表大会上作出了《关于民主联合战线的决议案》，提出了和国民党以及其他一切革命团体团结起来，建立联合的民主主义革命战线，和帝国主义、反动军阀作斗争。8月份，共产党中央又在杭州的西湖召开了一次特别会议，就如何与国民党联合的问题作出了新的决议，并特派李大钊和林祖涵（即林伯渠）专程赴上海会见孙中山，公开中国共产党的主张。
8月23日，李大钊和林祖涵来到上海孙中山的公寓，求见孙中山。孙中山一看到李大钊，就为李大钊的不凡气度所吸引，宾主见面后也没有什么客套话，立即走上了正题。孙中山说：“我早就仰慕李先生的风采了，今日一见果然名不虚传，李先生在今天这样的日子来见我，一定要在国家大事方面多多赐教。”
李大钊也很坦率地说：“我们共产党人认为，在中国目前的现状下，中国国民党是比较革命的民主的政党，这是我党从对中国革命的现状进行了充分的调查研究后得出的。但是，就在中国国民党的内部，也有着完全不同主张的两个派别，一派是像孙先生这样的坚定地把民主革命进行到底的革命派，一派是对外亲近帝国主义，对内亲近北洋军阀的。还有很多人往往在这两者之间动摇不定，因而影响了国民党的政策的制定和贯彻执行。”孙中山听了不住地点头，表示赞许。
