之后，侯仁之和他的同仁们为宣传民众、推动这项事业健康发展不遗余力地做了大量的工作。2001年2月25日，他与著名专家季羡林、宿白、吴良镛、任继愈共同发起了“建立保护中华文化遗产专项基金”的倡议，在倡议书中，他们如是写道：
“天地造化，日月精华，孕育了神州的山河大地；广土众民，毓秀钟灵，创造出五千年灿烂的文化。这山川与文化交相辉映，共同织就了锦绣中华。她的集中代表，就是列入联合国‘世界遗产’名录的自然与文化遗存。这些自然珍萃、文化瑰宝，不仅是我们国家和民族的骄傲，也是全人类的共同财富。面对这些自然与文化杰作，我们在惊叹自然造物之神奇，祖先创造力之伟大的同时，对祖国的挚爱会愈加深沉、博大。……将锦绣中华完好无缺地交到我们子孙后代的手中。这是十三亿中国人的神圣义务，也是功在当代，泽及子孙的伟大事业。”
4.阻击北京上空的沙尘暴
今天的北京，蓝天白云相对屡屡可见，然而，8年前，沙尘暴往往不期而至。
沙尘暴的消失，其实与侯仁之有着密不可分的联系。
1958年秋，中国科学院副院长竺可桢教授根据中央的决策，号召地理工作者向沙漠进军。
自己要不要投身到这项工作中去呢？侯仁之是经过了一番思想斗争的。科学家不是万能的，从事一项科学研究，往往要专心致志地穷尽毕生精力，才能有所建树。
他在论文集《历史地理学的理论与实践》的自序中写道：“当时，中央有关部门决定从黄河河套的西北隅，开渠引水深入乌兰布和沙漠，进行灌溉。当开挖渠道时，发现了一些古代的墓群。对于这样一件看来与整个水利工程并无直接关系的偶然发现，周恩来同志也没有轻易放过，而是亲笔作了批示说，一定要查明这些墓群究竟是什么时代的，为什么要埋到沙漠里来。正是周恩来同志的这个批示，才为我打开了深入沙漠进行历史地理考察的大门。”从1960年到1964年，侯仁之主要利用暑假带领几位青年人深入西北炎热、干燥、绝大部分都是荒无人烟的宁夏河东山区、鄂尔多斯的毛乌素沙带，以及内蒙古西部的乌兰布和沙漠。他们在茫茫沙海中，发现了大量古代人类活动的遗迹遗物，包括不同时代的大小古城废墟和古墓群。
前往内蒙古乌兰布和沙漠北部鸡鹿塞途中
有的古城已有1000多年的历史，虽然早已废弃，至今却依然屹立在那里，只是已被流沙包围。
例如，公元5世纪初，兴起于鄂尔多斯高原上的“夏国”的统治者赫连勃勃创建的国都统万城，就是很突出的一个。
侯仁之曾以动人的传神之笔描绘了考察时目睹的情景：“史书记载说，统万城的建造，曾使赫连勃勃统治下的汉族和少数民族付出了十万人口的劳役，并有数千工役匠人惨遭杀戮。现在这座凝结了十万劳动人民的鲜血和生命的巨大建筑的残余部分，经历了1500多年的风霜，依然屹立在一望无际的茫茫沙海中，迎着强烈的日照，发射出耀眼的光芒。特别是它西北隅的一座高24米的敌楼，在10公里外，越过波浪般的沙丘，就可以远远望见它那雄伟的造型，正好像一座巍峨的纪念碑，不是用文字，而是用形象，写下了历史上劳动人民艰苦卓绝的创造，同时，也揭露了反动统治者的残酷和暴虐。”
统万城的发现不始于侯仁之，从清朝后期直到解放前后，都有人去那里考察过，并确认它就是历史记载上的统万城。但是，人们却忽略了一个至关重要的问题，而这个问题恰恰就是侯仁之提出来的：“统万城初建的时候，这一带的自然环境究竟是什么样子？如果也像现在一样到处都是滚滚流沙，赫连勃勃为什么要把他的都城建造在这样一个地方？反之，如果建城之初这里并不是沙漠，那么它又是在什么时候才开始变成沙漠的？这些流沙又是从哪里来的？”
他把现场的考察和收集到的文献资料相互印证，指出这个目前已杳无人烟的地方，在统万城建立时，附近一带非但没有流沙的踪影，而且还是一片“水草丰美、景物宜人的好地方”，这充分说明了地理环境前后的变迁。除去统万城之外，还有其他一些大小古城已被流沙包围或湮没，过去也曾有人面对其中的几个遗址废墟发过感慨，但从来没有人抓住过“环境变迁”这个本质问题。
而侯仁之正是从这个问题出发，对我国西北一些沙漠地区在历史时期的演变过程进行了深入的探索，并着重指出，主要是人类不合理的土地利用导致了这里的沙漠化。这项研究的成果不仅具有学术上的价值，也为改造大西北部分干旱地区提供了基本的参考资料。
上世纪60年代初，在国家科委的领导下，曾拟订了沙漠历史地理考察的十年规划，可惜由于“文革”而中断。
直到1978年，侯仁之才得以又一次深入西北沙漠，这时他已是接近古稀之年了。
5.保护北京的四合院
四合院，是北京特有的民居建筑形式。
四合院，相伴北京城共同经历了几百年风霜雨雪却容颜依旧的古老民居建筑。
但是，竟有不少人疑问：保护到底有什么意义？
在侯仁之眼中，答案是不言而喻的。
他认为，国际建筑学界有一句流行的话叫做：改造城市街区，要留下标识。
四合院并非只是封闭的产物，实际上这里面有很多的建筑科学。大门开在东南角，是因为北京城东南方向来的是暖湿风；西北方向的墙高，是为了挡住凛冽的西北风。
屋面设计成曲线，是考虑到雨水流下来时可以顺着曲线朝边上走，不会滴下来溅在人的身上，也不会损坏柱子。而屋顶一垄一垄地弯起来，太阳一斜，就会有阴影打在屋顶上，有吸热的地方，有散热的地方，屋面的保温隔热效果马上就提高了。
就这样一个简单的屋面，体现了传统的建筑工艺和人居创造的完美结合，你说到底该不该保护？
就如何保护四合院这北京历史文化的主要精华，他认为“进行微循环改造，或对其进行功能置换，或许是条不错的路子”。
6.与季羡林的未名湖约会
2008年奥运前夕，7月4日上午，季羡林先生时隔多年后再次回到位于北大朗润园的家中。
当时，年届97岁高龄的季先生已经在医院度过了5个春秋，他在病榻上仍坚持笔耕不辍，虽然他自己曾解嘲“眼睛和耳朵都不行了，都是装饰品”，但还是在95岁时出版了杂文集《病榻杂记》。
随后，在北京大学原副校长郝斌、北京大学原图书馆馆长林被甸、北大副秘书长赵为民以及著名学者汤一介和乐黛云教授的陪同下，季先生在未名湖东岸与侯仁之先生及夫人张玮瑛先生会面了。
北大人常常能够在未名湖畔看到坐着轮椅的侯仁之先生，尽管身体不适，他却从未停止对北大发展的关注。2006年，侯先生和季先生都曾撰文谈北大的环境整治与文物保护问题。
季先生与侯先生的会面被乐黛云称作“北大校史上的一个镜头”。
据北大新闻网的记者描述，此次见面两位老人都十分激动，季先生刚见到侯先生时就说：“今天就想来看你！我们是多年的、几十年的老友。”
侯先生虽无法用语言表达，但他一直紧握着季先生的手，眼睛一刻也不曾离开季先生的脸，就那么一直望着。
季先生伸出四个手指，说着“我比他大4个月”，并说“我们也不容易啊！活过九十岁，古今中外不太多的。”
郝斌说：“侯先生也常常念叨：‘您是我老哥哥。’”
侯仁之与季羡林畅谈
两位先生的会面，吸引了众多学生的关注。正值毕业时期，很多穿着学位服的学生自发地聚集在一起，与两位老先生合影留念。
正如侯仁之的妻子张玮瑛所说：“现在，他再也不能像以往一样投入地工作了，失却了生活的重心，使他伤感。有幸的是，我们仍然还在燕园，从青年到晚年，七十多年来相依相守。仁之每天坐在轮椅上，去看他心爱的未名湖，享受着它那独有的美。”
