京城里要说真正最忙的人则是万历这个皇帝，除了每日有理不完的政事外，还要编各种教材，到大明太学府下属各学院和军学院的施工工地去查看，以便对各学院做出整体规划。
在京城西面阜成门外，顺着通往燕陵的官道两侧被划分出各三百多亩的多个区域，分别做为建造书学院、律学院、医学院、工学院、算学院、农学院六个学院院址。暂时是把原来驻扎在这边的京军兵营腾空，由工部负责加以适当的改造，以便应付明年科举前的教学需要。因此律学院、算学院、农学院三所大学的建设工程还未展开，主要是先集中力量建设书学院，赶在明年三月份之前先建好必要的设施。三月份后，再开始兴建这三所大学，等科举结束，那些没能高中的人就可以有选择的到这些学院里就读。
但医学院与工学院的工程却是已经同步进行了，也同样利用部份兵营为基础加以改造。生源也已经让户部和工部开始寻选。
医学院的生源主要是从各地药堂学徒中挑选，这些人都必须有多年的学徒经历，年龄大都在二十五岁以下，还得有较为扎实的医学知识。最后再由医学院祭酒王济州（原太医院掌院），左右院丞李时珍、徐春甫（类似教务处主任和政教处主任，另外还有一个主簿（总务处主任）是由户部负责派往各院），还有孙一奎、周慎斋、王肯堂、金英、龚廷贤、杨济时、沈之问、方有执、缪仲淳等二十多医学大家组成的评选团，负责把户部选送来的生源再进行一次考评。第一次的总招生数定为三百人，分成十个班，每班由三到四名老师负责管理和充当课题科研领头人。四名老师的职衔依然延用国子监的称呼，分别是正五品博士一人、正六品助教一人、从七品直讲一到两人。其中博士与助教是相当于教授和副教授，直讲侧是类似于博士生的性质，一名博士或助教最多只能带领两名直讲，以便于导师的带学，培养出最拔尖的人才。直讲的职责是协助完成教学任务和起到科研助手的作用，像陈实功、查万合、吴昆等一批30岁左右又有相当医学水平的人就当任直讲一职。
医学院除了开设《汉学》、《数学本论》和《万物学》等基础课外，开设的专业课有《本草学》、《病理学》、《诊断学》、《医方学》、《温疫论》、《经络针方集》、《制药学》、《外科治法》，所有的课本编写都将采用白话文的方式，以便于看的人能有最直观的理解。
《本草学》是介绍药材及其药用功能，由李时珍、方有执负责编写，用1578年李时珍编写的《本草纲目》手稿（此书历史上的出版时间是在二十年后）当中记载药物的种类为基础，利用现在在医学院任教的各医家平日所知为补充，万历再利用后世的一些发现适当的去除一些错误的地方，再加入一些新的编写而成，《本草学》所记载的药材种类多达2300余种，比《本草纲目》多了近五百种。
《病理学》是介绍疾病生成原因及预防方法，参考《内经》等诸多中医理论著作，由杨济时、王肯堂负责编写。
《诊断学》是介绍病理特征，通过综合各种特征诊断病症，以求达到更高的断病准确性（此时的诊断方式主要是靠脉象，脉象的判定常因主脉人的个体差异（如身体不适、经验不足、甚至是心理问题）而出现误断，李时珍在本草纲目中就曾提及此点）。所谓的对症下药，诊断作为整个医疗过程中最为重要的一个环节，《诊断学》的编写集合了王济洲、李时珍等十余人共同完成，共收录一千余种疾病的病理特征与诊断方法。（古代的疾病种类还没有现在这么多，而疾病种类的增加实际上有西医的一份“功劳”，在此笑笑再次痛恨一回那些要废了中医的言论，西医比中医多了什么？无外乎一包抗生素再加一把手术刀而已！）
《医方学》分成上下两册，上册是说明用药原理，及针对四百余种常见疾病，从各种记述中摘列出6000余种处方，当中又以从《本草纲目》中摘录的最多（《本草纲目》共收录了一万一千余方，当中被后人论证完全错误的不过才几百种而已）。这些处方都经过实践证明行之有效的，而且接受现在在医学院任教的医学大家们的共同确认才能录入当中。同时，还介绍了药材优劣的差别，同一药材不同的产地和种植时间的长短，都会使药材本身成份存在差异，同样的一份药方会因为选用了不同产地的药材而使得治疗效果有着天壤之别，这也是造成传统中医难以发展的一个原因。当然，以现在的技术条件是很难清楚药材内部成份的，只能依靠这些医学大家们的经验来编例了一个表格，表格中说明了各地和不同年份的用药比例，通过这个比例表格医生就可以计算出应开的药量。这份表格不是一时就能确立的，重要的是医学院的学生通过这一章的会去注意到这一点，并通过他们以后的实践工作不断来完善这一内容。下册是属于补充读本，收录了五千余尚有争议，和不属于上册所记录的四百余种常见疾病范畴的病症的治疗药方，包括一些疑难杂症的药方，这些存有一定的治疗效果，但又还达不到八九成以上的治疗效果。学习上册是为了推行中医用药的标准化问题，下册则是提供一份用药参考和不同的研究课题，通过研究与实践，任何疾病一旦攻克就收录入上册之中。
要完成这一目标还需有一个有效的管理系统，做为管理天下医政的太医院依然保留，但现在与医学院暂时并在一处，除了每日留一人在宫里值班外，平时的工作重心多放在医学院方面。但以后太医院将会分离出来，并强化它的管理职能，下设三个司：一是负责药材管理和监察的神农司，将现在由民间种植药材的方式改为官植，把种植药材的农户编为药农，因地制宜，在现在的主要药材产地把药农们的种植园圈成药材农场，受神农司统一管理，收获的药材由这一机构统一收购再卖给各地药店，既保证了药农的收入，又保证了药材的质量。二是负责管理医生的德仁司，包括医生职业登记、培训、考核等。三是医缮司，包括医学院和各种医疗设施的建设，都由这个部门统筹安排交由工部负责施工。
剩下的《温疫论》、《经络针方集》、《制药学》、《外科治法》四课，除了《经络针方集》由孙一奎七人主编外，其余三门万历所要参与的程度是最高的，特别是《制药学》与《外科治法》都得由他完成，但这两门课目万历还没有开始着手编写，主要是时间不够用，而且对于药品制造这一块他自己也不是很熟悉，但也通过电脑提供的帮助，开始进行了一些实践，包括把后世的“人丹”配方交给御药房试制，再翻看了李时珍《本草纲目》手稿中关于炼药的说明方法，如把水银和硫磺加热后的硫化汞称为银朱，把水银加盐后生成的氯化汞称为轻粉等，这些都要他一一的加以认识，以便于自己着手编写的课本内容能被这时代的人接受，工作量之大难以相像。
而工学院除了《汉学》、《数学本论》两本基础课外，所有的专业课目连个影子都没有，就只好暂时把这次召进京来的年轻工匠分成纺织、机械、铁治等几个组，一边上着基础课，一边由老工匠们带着到京城里的工场学习。
