会议伊始，中、英之间就发生了争执。英国代表提出制定的联合作战方案，在十分紧迫的形势下，宋美龄微笑示人，显示了她临危不变的坚强、勇敢和大家风范。首先是要保卫缅甸，因为缅甸是保护英国最大殖民地印度的最后一道屏障。中国也认为有必要保卫住缅甸，因为缅甸是中国仅存的一条外援补给线，大批美援物资要通过缅甸公路运往大西南。对此，蒋介石表示：余兹同意其原则……但此次集会之主题，则为研究在东南亚最有效之陆海军行动，以击败日本及其同盟国……主要任务为拟定整个计划及组织永久机构。英国代表仍坚持注重当前紧要问题并借口缅甸防务空虚，物资缺乏，要求增拨武器。蒋介石虽然对英国代表的傲慢态度和此一次联合军事会议召开前不久，英国将在缅甸境地的一批美国援华物资计卡车150辆和一船弹药占为己有表示出极为不满，但极力克制并表示：“中英两国不可有一国失败。因此，如果贵国需要，我国可以派遣八万人入缅甸作战。”而英国代表则以傲慢的口吻对蒋介石说：“如由贵国军队解救缅甸，实在是英国人的耻辱。我们只要请贵国能惠允拨借美援物资就可以了。”国民政府军政部长何应钦在联合军事会议上气愤地声明：中国愿将所有在缅甸的一切租借物资军火全部退还美国，撤回驻缅人员，停止中、英、缅合作。宋美龄也坐不住了，用英语提醒各位：“请注意中国的地位。”然而一向好发脾气的蒋介石却显得格外有涵养，他斯文地对卫佛尔将军说：“我们中国有句格言‘人无信不立’，中英两国此时可算得上是患难之交，现应彼此互助互谅。运给中国的援助物资，像前次的卡车，贵国如需借用，不妨与中国商洽。”蒋介石话里有话，说得英国代表的脸涨得通红。
史迪威，先后4次来华，前后在中国长住10年之久，通晓中文和汉语，对中国官场的黑幕和老百姓的苦境也很明了。1月14日9时，史汀生约见了史迪威。15日，美国陆军部次长麦克莱函告宋子文，透露了美军代表兼任中国战区参谋长的安排，并说鉴于缅甸战区中英美军队之复杂，美军代表必须在缅区具有执行三国军务的权力，否则将难以应付局面。宋子文在将麦氏原函电呈宋美龄而告蒋介石之后，又于1月19日走访了陆军部长史汀生。史汀生面告宋子文，参谋长拟推荐史迪威中将充任，并提出秘密说帖一件，要求中国同意并促成中、英、美在中国战区切实合作。宋子文摘译为中文，同日电告蒋介石。此电为其后宋（子文）史（汀生）交换函件之根据，派遣史迪威来华之前提。
蒋介石收到宋子文皓电（19日）报告后，感到美军代表兼任战区参谋长的办法：不妥，于22日电饬宋子文，须将战区参谋长之权限地位加以明确，即在华之美军代表受中国战区参谋长指挥，中国战区参谋长受中国战区统帅之命令。然而宋子文复电说，美军代表既然兼任战区参谋长，自然而然地要受中国战区统帅节制和指挥。因此他没有将蒋介石的电报转给美方，并于元月29日与史汀生交换函件，答应了美方一切要求。
根据宋史交换函件，1942年2月2日，美国陆军部宣布史迪威来华身兼六职：美军驻华军事代表，在缅甸的中、英、美军队司令官，对华租借物资管理统制人，滇缅公路监督人，在华美国空军指挥官，中国战区参谋长。享有以下权力：监督和控制美国对华军援事宜；在蒋介石统辖之下，指挥在华美军及可能拨予的中国军队，代表美国政府参加在中国的国际军事委员会，以及以委员长（蒋介石）的参谋长身份行事，改善、维持和控制滇缅公路中国段。
蒋介石要求美国派一名高级官员来华作参谋长，原意是要受中国统帅命令的，但史迪威来华时的6个头衔中5个职务蒋介石无权干涉，蒋介石指望通过美国高级官员获得更多的美援，装备他的军队以便日后对付共产党，但是美国政府却又授权史迪威监督美援物资的使用，以加强中国军队对日作战的战斗效果。蒋介石的如意算盘落空后，对美国政府和宋子文交涉不力非常不满。当收到中国驻美使馆拍来的有关美陆军部发表史迪威来华消息的电报时，蒋介石顿时脸色大变，将电报狠狠地摔在桌子上，对陈布雷说“这是他办的好事！”这里的“他”指的是宋子文。
西安事变时，宋美龄和端纳一同到达西安。史迪威受命之前，宋子文对史迪威个人经历进行过调查，对他十分满意，认为“挑选担任此项职务的人是美国陆军中最优秀的人物”。宋子文还与史迪威作过长时间交谈，集中商讨了开辟“驼峰”空中运输线。宋子文认为美国援华物资如果滇缅公路一旦被日军断截，就难以运抵中国。因此开辟一条空中运输通道较为理想。宋子文估计，一百架DC—3型运输机每月可向中国运送一万二干吨物资。物资运进印度所需的海港可选在加尔各答，然后沿铁路直达北面的阿萨姆，再由阿萨姆用飞机装运穿越喜玛拉雅山脉到昆明，全程只有700英里。史迪威也认为有必要开辟航线。他说：形势正迫使有关各方正视缅甸的极端重要性。我们必须使这条航线“立即通航”。1月31日，宋子文给罗斯福写信提出开辟这条航线。罗斯福答复：“经印度通往中国的补给线可以用空中运输的方式加以保证。”于是，宋子文与史迪威又对穿越世界屋脊的空中运输线所需的机场、飞机、地勤人员、油料和保养设施等问题广泛地进行了磋商。
1942年2月11日，史迪威及其参谋人员飞向迈阿密。在两次取消飞行后，他们终于在13日、星期五离开美国。一行人一会儿乘泛美航空公司的水上飞机，一会儿又换乘DC—3型运输机，进行了历时12天的一系列短程飞行。经加勒比海到达南美洲，穿越非洲向北飞到开罗，尔后向东，经巴勒斯坦、伊拉克、波斯湾，飞抵印度新德里。3月3日，史迪威等人踏上了他们旅途的最后一段，离开印度前往重庆，住进了宋子文建造在嘉陵江边的一座西式房子里。
史迪威来华后，在重庆上清寺设立了中、印、缅美军指挥部。太平洋战争爆发不及一月，关岛、马尼拉、香港、新加坡先后沦陷，日军继续分兵南进，进逼缅甸。缅甸地处中南半岛西部，东北与我国云南相连，西北同英属印度相接，日本如果占领缅甸，东可入侵中国大西南，与中国东部日军合围中国；西可进犯印度，摧毁盟国在印度的战略基地，进入中东与德、意法西斯会合。在缅甸局势十分严峻的情况下，英国政府要求蒋介石出兵缅甸，把日军牵制于缅北地区，阻止日军由新加坡、仰光沿海进攻印度。蒋介石也希望保持盟国对中国的输血线——滇缅公路。滇缅公路北起中国云南昆明，南至北缅重镇腊戍，然后衔接缅甸中央铁路，最后通向南端仰光海口，全长1146公里。1938年修筑，当年底竣工通车。日本大规模侵华后，外国援华物资人境主要靠中越、中缅这两条运输线。1940年6月法国败阵，日本乘机与法国维希政府交涉，关闭了中越路。这样滇缅路成为中国对外惟一陆上通道。于是中国政府根据1940年12月订立的《中杨虎城，西安事变的发动者之一。西安事变和平解决后，蒋介石背信弃义，将其囚禁，之后秘密杀害。图为杨虎城全家。英共同防御滇缅路协定》，派出杜聿明的第五军、甘丽初的第六军、张轸的第六十六军组成远征军人缅协同英军作战。但是，英国政府要求中国军队进入缅甸的目的是掩护其安全撤退，并无坚守仰光海口、保护滇缅路畅通的意图。为此，英国不愿意中国军队大批地、过早地入缅，以致英军队难以协同作战。
正当蒋介石为此而焦虑之时，宋子文于1942年3月8日从华盛顿发来电报吹捧“史迪威为其（指马歇尔）部下最有能力之将才，本拟派为北非出征军总司令，因中国事务紧要，故改派来华”。根据宋子文“望加重用”的请求，蒋介石于同日正式委任史迪威为中国战区参谋长，指挥入缅中国军队。
宋子文得知由史迪威入缅指挥作战的消息后，又于3月9日前去白宫拜会罗斯福总统，并请罗斯福向邱吉尔首相转达宜由史迪威统率中英缅部队，主持联合作战的意见。宋子文说：“据敌广播，仰光昨午（3月8日）已被日军占领。此后缅甸作战不得不重定计划，尤其中英两军必须指挥统一，方能收获。英军在缅兵力只有残余两个师，而我派赴缅甸各军，其数超过英军四倍以上，中国在缅军队，已命史迪威担任指挥，在缅英军亦宜由史迪威指挥，以期统一。”
罗斯福总统认为宋子文的建议合情合理，但因对英国有所顾忌，以不便提出为辞词加以推诿。
3月11日中午，史迪威乘飞机自重庆飞往缅甸腊戍前线指挥作战。腊戍是位于缅甸掸邦山脉北部重镇，缅甸通往中国的交通枢纽。自1938年滇缅公路接通后，这里便成为运往中国战时物资的转运站。它距离中国云南边境仅185公里。中国远征军司令部便设在这里。史迪威到达腊戍前线后，注意协调中英双方矛盾，指挥蒋介石拨给他的第五军、第六军在仁安羌地区解救英军之围，救出了包括英军司令亚历山大在内的7000余英军及被俘的英军、记者、英籍传教士500余人，并掩护他们向北撤退到曼德勒（缅甸中部）。日本败兵弃尸1200余具南逃，创出了扬威世界的纪录，英国政府对远征军战绩深表嘉奖，给新38师师长孙立人等多人授勋。不料5月1日，英军置中国军队于不顾，仓皇渡过伊洛瓦底江向印度逃跑。不久，曼德勒失守。而日军在此之前已于4月29日占领了腊戍，切断了中国远征军的退路。史迪威只好急令各部撤向伊洛瓦底江西岸，然后再向印度北部英伐尔撤退。中途史迪威与中国远征军司令罗卓英两人脱离大军，只身撤往印度。蒋介石为保存实力又直接命令杜聿明向国境撤离。哪知各部队所经之处森林蔽日，蚊虫成群，人烟稀少，给养奇缺，又正值雨季，道路泥泞，官兵饿死病死者不计其数。后几经辗转虽然一部分部队撤到印度，一部分撤退到国境，但原约10万人的中国远征军，此时只剩下4万人左右。中国远征军也一分为二，改编为滇西远征军和驻印军。
宋美龄的影响下，蒋介石也开始信奉基督教。二人相濡以沫。中国远征军的失败与史迪威的指挥不力是有一定关系的。宋子文推举史迪威言过其实。现在史迪威指挥作战失利，他生怕引起蒋介石的指责，便于5月15日自华盛顿致电蒋介石小心翼翼地询问蒋对史迪威的看法，并乘机出谋献策。宋子文在电文中除直陈“缅战不利之主要原因，无疑为英国不能与我彻底合作”外，还说考虑到“此后我尚须利用印度为运输军械飞机之航空站；“英美战后或背道而驰，在战时则因生死存亡关系，不能不密切合作，故我如公然向英责难，反失美国同情。建议蒋介石不若趁此时机，密致总统（按指罗斯福）及邱吉尔一电，直陈缅战过去之错误，措施严正而委婉。并告以中国为此原因，危难更为迫切，不得不要；（甲）英、美即派大批飞机来华助战，（乙）英、美、华速策划雨季后反攻缅甸，夺回仰光，恢复中国之国际路线”。
在民族危亡的时刻，深厚的友谊也因政见的不同而消失殆尽。图为在西安时，宋美龄和张学良的夫人于凤至的合影。蒋介石对中国军队的失利极为懊丧，迁怒于史迪威。这从1942年6月18日，蒋介石以发表感想形式给熊式辉、宋子文的电文中可以看出。
蒋介石的电文如下：“前得删电，询我对史迪威之感想，业已另复。中国战区至今并未有何组织，亦未筹备进行，甚至于维持中国最少，限度与其可能方案，亦尚未曾着手。至于空军之建立与补充，以及空运按月总量，陆空军作战与反攻时期之整个方案，亦皆视为无足轻重。一若中国战区之成败存亡，与彼无关痛痒。此人（按指史迪威）不重视组织与具体方案，及整个实施计划，此或因平日未习幕僚长业务之故，缅战失败之原因，其咎全在战略之失败，而彼乃完全归罪于我高级将领，且谎报罗卓英逃回保山，其实彼自缅甸退却之先……竞自赴印度，并擅令我军人印，事前对我并未有一请示，或直接报告，于情于理，皆出意外。”
蒋介石在电文中虽对史迪威的组织能力，责任观念，指挥经验多有责备，但考虑中、英、美国之间关系，便叮嘱宋子文两人“我为保全友邦荣誉处计，不愿多言，此时对马歇尔参谋长不必急于答复，将来彼或亦能了解吾人之苦心也”。
1942年6月3日，史迪威带着缅甸溃败的沮丧，拖着疲惫不堪的身子，从印度返回重庆。6月4日，15日和23日，史迪威三次前往黄山官邸，会晤蒋介石，提出了整顿中国军队计划。
这个计划最早是由宋子文于1941年3月向美国政府提出的，称之为“三十师训练计划”。同年5月美军驻渝军事代表团团长马格鲁德拟定初步方案。1942年4月再由史迪威令其助手顾鲁白少将具体策划出一份长达60页的《在印组织训练中国军队计划书》。计划精选10万中国官兵前往印度训练，将中国租借物资拨充装备，由美国军官担任教官，组成两军，每军三师，另加一师及降落伞部队六营为后备，并另加若干炮兵及坦克部队。美国航空第十队划为该部队之内。训练地点为印度境内仁溪附近的蓝伽。
蓝伽位于印度中部比哈尔省。训练营地坐落在一片浅丘上，它由许多排列规则的平房组成，四周搭有高高的嘹望哨和密密的铁丝网。这里原是意大利俘虏营，美军印度总部的人们把它稍加改造就成了可以纳2万部队的军营。
史迪威的目的在于加强驻印军实力，待机反攻缅甸，换回失利的耻辱，因此急着要去蓝伽主持训练。蒋介石害怕史迪威控制中国军队，对此不以为然，用“战区参谋长宜常在左右，不便远离重庆”为托词，加以搪塞和拒绝。史蒋从此各抱成见。6月26日，史迪威与蒋介石又因驻印美空军第十航空队未经蒋介石同意调往埃及一事闹僵，矛盾开始显现。
在华任职期间，史迪威充分认识到无论从政治、经济，还是军事方面来看，都很难依靠国民党去战胜日本侵略者。同时，他认为中国共产党代表中国的新兴力量，对共产党给予同情。为了更好地了解共产党实际控制的地区，史迪威极力主张派美军观察组赴延安访问。在他的推动下，1944年7月，第一批美军观察组终于抵达延安。后来的事态表明，此举具有重大的历史意义。由于史迪威将军在政治上同情中国共产党，支持中国的民主和进步事业，因而更加受到蒋介石的冷遇。
