北京的四十天
崇祯十七年三月十九日（1644年）至四月二十五日，李自成领导的大顺军攻克北京，三月二十四日（4月30日）主动撤离。李自成的大顺军在北京一共经历了42天。
崇祯十七年三月十七日（1644年）四月二十三），李自成率领的大顺军抵达京城，门外平则、西直、德胜三大营全部投降，十八日夜守门太监曹化淳打开彰义门投降，其他官军都溃散逃跑。第二天，李自成毡笠缥衣，乘乌驳马进入承天门，指着城门大声说：“我能为天下主，则一矢中四字中心”不料射“中”天字之下，李自成非常不高兴，此时丞相牛金星看出了李自成的心思，便上前说：“中天下字，当中分天下。”李自成于是才稍微有些高兴，于是又以拔去矢头之箭向后射三箭，对天誓言，说：“进京城，不杀一人。”李自成的大顺军初进京城时，紫禁城城内一片宁静，秋毫无犯，全城百姓设香案，书“顺民”二字于门。李自成的农民军大部分高层将领，尤其是文人出身的牛金星、宋企郊等，都希望建立一个理想的新王朝。然而对于国破家亡的明朝遗老遗少们，他们少数以自尽甚至全家自尽的方式表示对前朝的忠心，而大多数则向大顺军投降。
李自成入主北京后，立即登皇极殿，坐上御座。此时，虽然李自成的大顺军已经占领北京城，但是由于是刚刚取得胜利，面对大顺军的安顿以及前朝遗留的问题等复杂的局面，有很多迫在眉睫的问题等着他们去解决和处理。民心初定，李自成以及他的集团要想取得长治久安，就必须解决以下问题：
第一，是追查崇祯皇帝的下落。虽然李自成已经登上皇位，但是一天没有见到崇祯帝（不管崇祯帝是死是活），他的心里总是不安的。说到三月十七日（4月23）崇祯出宫登煤山，望烽火彻天，已知京城无法挽救，于是就回到宫中将太子慈烺及二王子送至其外祖父周奎及田弘遇家，然后令周皇后、袁贵妃等自尽，又入仁寿宫砍断长平公主左臂并斫昭仁公主，十九日（4月25）天还没亮，崇祯在万般慌张的情形之下，依然不甘心就死，想着逃出皇宫。于是鸣钟召集百官，然而他没有想到，此时百官都已弃他而去，各自逃命了。很快内城也被攻陷，崇祯帝无奈，在绝望之际，只得又找到他最信任的太监王承恩，跌跌撞撞的登上了煤山（景山），崇祯帝对太监王承恩交代了身后之事后，就自缢而死了。但是，除了这个太监，当时几乎无人知道崇祯帝的下落。为了找到崇祯帝，李自成出赏黄金万两，寻找崇祯帝以及皇后妃子。三月二十日（4月26），一些太监为了保全自己，于是献出了太子及二王子。随后，太子被送至刘宗敏住所，太子问刘宗敏：“为何不杀我？”此时，李自成也在，李自成回答说：“你无罪。”于是封明太子为宋王，并让刘宗敏要好好抚养。直到三月二十三日（4月29）李自成方知崇祯及皇后已死，盛入柳棺，置于东华门外，无人敢入一哭。三月二十七日（5月3）农民军改以帝礼殓帝后。四月初一（5月6），帝后厚葬于昌平，昌平州吏赵一桂率士民醵钱三百四十千，启田贵妃之墓，奉帝后合葬。李自成对已故帝后的安葬是采取了宽容的态度。同日礼政府焚太庙神主，迁太祖主于帝王庙。
第二，安置大顺军队及给养问题。由于李自成率领的农民军一贯以流动方式作战，粮草给养并不正规。三月二十六日农民军下令前朝勋戚捐饷，自二十三日至二十五日（4月29—5月1）造夹棍数千副，用以夹人，散授各用刑处。掠周奎家得现银五十三万，提督大监王之喜，旧称家贮现银三十万，逮至追银十五万，金银器皿缎匹，农民军以未合三十万之数，夹死。魏藻德追银一万两，刘宗敏以为少，酷刑五日夜。刘宗敏派饷在京各降官，用者派少，令其自完，不用者派多，下令勒内阁银十万金，京卿、锦衣七万或五万、三万，给事、御史、吏部五万或三万，翰林三万或一万，部曹数千，勋戚无定数。一言不办，即夹，人人都可用刑，处处都可施刑，必做到人财两尽。对懿安皇后（熹宗的皇后）亦加以栲掠追金，李岩保护使之自尽。自三月二十七至四月初一日（5月3日—6日），被囚之人还多未放，有完银多而反被夹，也有完银少而不夹。此时已变捐饷为掠夺，不论勋戚、大小降官、乡绅及百姓，农民军人人都可追索，全城大乱，人人自危。农民军在京共计索银七千万两，其中大内各库银三千七百万，金若干万，农民军退后，大库尚有二十万，大内亦未全部搬空，都为清军所得，当时崇祯曾令诸勋戚及官员助饷不成，今都被农民军夺得。
第三，组建新的政权机构以及处理前朝投降的官员。由于政局刚稳，前朝官员逃散很多，很多岗位空缺，而农民军缺少这方面的管理，所以李自成下令，让吏政府，在京文武降官，一概报名汇察，选授官职，组建并完善朝政。
第四，筹备登基。大顺军一进城，李自成就开始急着要当皇帝，所以入主北京后，除了寻找崇祯帝和皇后妃子，这就是他最关注的事了。而他的谋士和部下也是非常热衷歌功颂德，其中牛金星、宋企郊等文人出身的首领对此事更为热衷，很多降官为了讨好李自成，也都纷纷进表劝进。
四月二十八日（6月2日），李自成于英武殿匆匆称帝，立妻高氏为后。当天下午就急忙下令运草入宫城塞各城门，等到晚上，焚烧宫殿及九门城楼。当天夜里，李自成携太子及二王子出城西行，退出京师，并下令全城百姓到城外避敌，又用大炮击毁诸宫殿，令士兵各处放火。此时的李自成早已失去民心，人民怨声载道，恨他入骨。城内百姓用床桌器具阻塞巷口，自发与农民军战斗，天黑之后各草场起火，燃起的大火照亮了全城，此时京城如同白昼，喊叫声、呻吟声、炮声彻夜不绝。
李自成做梦也没有想到，自己辛辛苦苦打下的江山，竟会到了如此的境地。此时的事态已经发展到不能控制的地步，这和他当初进城时立下的誓言完全背道而驰。现在李自成采取的残酷政策，由捐饷变掠夺，降官不论识位高低，不论清官还是贪官，一律严刑追赃问罪，又将士兵派入寻常百姓人家，任其奸淫抢劫，凡有兵权者，人人都可杀人，京城一片混乱，军心涣散。农民军失去民心，士兵饱掠思归，李自成本人及各将领早已无心恋战，在山海关一片石大战中，前有吴三桂，后有多尔衮，一次战役失败，李自成的精锐全部丧失，无奈之下，他只得下令放火焚烧京城，挟带饱掠的金银退回西安。然而，一路又遭到吴三桂及清军追杀，狼狈不堪，终使大顺军走向了灭亡。一个因反抗朝廷暴政的起义军，最终却又毁在自己实施的暴政上，可歌可泣亦可悲。
同年，五月初二日（6月6日），清兵在顺治帝的率领下入主京城，满族人以攻打农民军的名义建立了清王朝，实现多年来想一统中原的夙愿。赶走了李自成，建立了清王朝后，此时明朝的皇室并不死心，一心反清复明。然而，最终也都是改变不了被灭亡的命运。
李自成的悲惨结局
崇祯十七年四月二十八日（1644年6月2日），李自成于英武殿称帝后，放火焚烧京师，当晚匆匆离京，而当时明太子及二位王子的下落不明，一说李自成带走，一说交给吴三桂，吴三桂请护太子入京师，多尔衮不许，令其西追，吴三桂送太子到太监高起潜住所，也有说藏逸于民间。
五月初二日（6月6日）吴三桂追至定州（位于河北省中部偏西）的清水河下，农民军又大败，斩李自成的果毅将军谷可成，吴三桂将其首级遥祭其父，并把夺回的金银赏将士。二十二日（6月26日），吴三桂引导清军固山额真、谭泰及辽东巡抚黎玉田合兵追杀到真定（在今河北石家庄附近，为明代军事重镇），李自成依山为阵，亲自率兵大战，由早战至晚，忽狂风由东来，卷沙蔽目，吴三桂射中李自成肩，始退军入平阳（今山西省临汾市尧都区西南25公里处）。李自成计划分兵戍山西诸隘，但因农民军累败，李自成所派地方官员，多被当地士绅杀死，鹿邑、考城、柘城、夏邑、宁陵、商丘（以上各县都属河南省）各县的县令都被诱俘到南京处死。七月渡黄河败归西安，不久，弃西安，经蓝田，商州，走武关。由于南明弘光帝朝廷的建立和大顺军的节节败退，很多投降大顺的原明朝将领复投南明或清朝，李自成于是疑心日盛，终于妄杀李岩等人，致使人心离散。顺治元年（1644年）十二月，清军出击潼关，大顺军列阵迎战，清军因主力及大炮尚未到达，坚守不战。
顺治二年（1645年），清军以红衣大炮攻破潼关，李自成采取避战的方式流窜，经襄阳入湖北，试图与武昌的明朝总兵左良玉联合抗清，左良玉东进南京去南明朝廷“清君侧”征讨马士英时病死途中。四月，李自成入武昌，但被清军一击即溃。四月二十七日下午，大约申末酉初时候，李自成到了富池口停下。沿路只经过几个小时的战斗，但因为每次遇到敌军都有溃散的和投降的、被俘的，所以他大约只剩下3万人马，分散驻在富池口小街上和富水东西两岸。
顺治二年（1645年）五月，李自成在江西再败，于顺治二年（1645年）战死于九宫山。
不过，李自成的生死之谜，大致有两种说法：“九宫山被杀说”和“夹山终老说”。
关于李自成“九宫山被杀”一说，《明史》《小腆纪年》《南疆逸史》以及同治朝的《通山悬志》、嘉庆朝的《湖北通志》也都赞成此说。这一说法主要是根据阿济格向清廷的奏报和南明兵部尚书何腾蛟给唐王的奏报。阿济格在奏报中写道：“反兵逃窜至九宫山中，我军随后搜遍全山，不见李自成，李自成身边的随从共20人，被困，自缢而死。派遣一见过李自成者，前往辨认，但尸体已腐烂，不能够看清，是生是死，继续追查。”何腾蛟所写的奏报说：“在九宫山已将李自成斩首，首级不慎丢失。”但是不论是追击李自成的清军主帅，还是对李自成恨之入骨的南明王朝，当时对李自成都是生没见人，死没见尸。因此“九宫山被杀”一说便饱受质疑。
乾隆年间，《明史》刊行不久，湖南澧州知府何璘就曾著文反对《明史》的记载，认为那只是李自成“设疑代毙，以为缓追脱身之计”。而确认李自成遁迹佛门，老死夹山灵泉寺。他经过实地考察，询问当地老人，认为李自成在九宫山并未死去，在制造死去的假象摆脱了清军的追捕后，到达了湖南的澧州。但在从湖北至湖南澧州的过程中，大多数的部下见闯王大势已去，便纷纷另谋生路。于是到安福县境内，闯王甩开随从十余人，单独来到夹山灵泉寺削发为僧，成了夹山灵泉寺的祖师“奉天大和尚”，法号“奉天玉”，于康熙十三年（1674年）死于灵泉寺中。
“夹山终老说”一出，为很多人所接受。清末民初著名学者章太炎赞同“夹山说”。据言他也到澧州进行过实地考察，还考察出李自成夹山隐居时，曾作诗百首来赞赏梅花，即《梅花百韵》，并搜集到其中的五首作为驳斥“九宫山被杀说”的依据。此外，一些出土的文物也成为“夹山说”最具权威性的证据。在澧州发现建有奉天玉和尚的墓地并有骨灰坛出土。20世纪50年代在奉天玉断碑上发现有“子门徒已数千指中兴”等句，完全是一派将领的豪言壮语。重修夹山寺时，又发现刻有《梅花百韵》诗的残版，上面残留九首诗歌；同时还发掘到“永昌通宝”铜币（永昌是李自成大顺政权的年号），刻有“永昌元年”字样的竹制扇骨、铜制熏炉等，并且奉天玉和尚墓出土的符碑上面，刻有四句四言偈语，十分接近于李自成的家乡米脂的传统随葬符碑，其中有三句和在米脂地区出土的一块符碑上的三句完全相同，这与石门的传统发葬的习俗有明显区别。另外，奉天玉和尚有一弟子，法号“野拂”，他就是李自成的侄子李过，野拂所撰的碑文为何的说法提供了有力证据。
关于“夹山终老说”似乎是李自成真正的归宿，但是此说也受到一部分人的质疑。首先他们对于何璘所说的“奉天玉”即是“奉天王”进行了分析。说“奉天”是古代帝王所用之说，反对者认为“奉”字有承、信、遵等许多意思，“奉天”取尊天或信奉上天的意思有何不可？如此解释作为一个大和尚的名字是非常正常的。而和尚以玉自名也不奇怪，用玉字取名的亦多得很，为什么非要说是王字加一点呢？所以将“奉天玉”说成是“奉天王”是非常牵强的。
其次，他们认为墓碑上“不知何氏子”是为李自成讳言，也是讲不通的。因为和尚是“出家人”，不讲姓氏，这在我国佛教史上是很常见的。许多名僧，都是不留姓氏的，如人们熟悉的苏东坡的好友佛印和尚、袁子才《随园诗话》里写的饕餮和尚、《白蛇传》金山寺里的法海和尚以及朱元璋尊敬的梵琦、忽必烈礼重的印简等大和尚，都是“不知何氏子”。所以也不能说碑文所言“不知何氏子”就是为李自成的遁迹隐姓讳言。再次，根据大顺军盘据澧境六七年没有另推一个统率的首领，是李自成在夹山无恙的佐证。反对者认为，是不是没有另推一个统率的首领，很难说。因为那是一支农民起义军的残部，即使有，也不会像起兵的时候那样有名气，为人们所周知。或许这些还有待进一步去验证。
张献忠身死
崇祯十一年（1638年），张献忠在湖北谷城接受明朝招安，并被授予副将。奉命驻地王家河，易名太平镇，以表示与明朝休兵。崇祯十二年（1639年），张献忠重举反明的大旗。转战四川境。崇祯十四年（1641年），张献忠破襄阳，杀襄王朱翊铭。崇祯十六年（1643年），张献忠占据武昌，并以武昌为根据地，自称大西王。崇祯十七年（1644年）8月9日。张献忠攻破成都，巡抚龙文光、蜀王朱至澍及其嫔妃全部自杀身亡。张献忠号称60万大军，很快控制了四川大部分州、县。8月16日登基成为大西皇帝，改元大顺。以成都为西京。
虽然张献忠一生杀人无数，但是在这其中也略有些成绩。大西政权期间，张献忠开过6次科举，有4次是有些成效的，而有两次却是以大屠杀结局。这期间共产生状元4名。据《纪事略》等史书记载，有个叫龚济民的儒生，在应试策内肉麻地吹捧张献忠品德超过尧舜，武功盖过汤武，张献忠看了心花怒放；更觉得他的名字好，是济世安民的好兆头。便将他第一个“抓举”为状元及第。有个老童生熊炳，中了探花，自然是欣喜若狂。但在廷试策中，他好心好意劝张献忠不要局限于蜀中作井底之蛙，要放眼全国，富有四海。张献忠公然认为这是讽刺自己，将熊炳凌迟处死，将其家中女眷打入娼门。
顺治二年（1645年），张献忠发诏举办“特科”，征集各地举人、贡士、监生、民间才俊、医卜僧道、隐士应试。“军法严催上路，不至者杀，比坐邻里教官”“献忠调远近乡绅赴成都尽杀之。调各学生员听考，到则禁之大慈寺。齐集之日，自寺门两旁各站甲士三层。至南城献忠坐南城验发。如发过，前一人执高竿悬白纸旗一付，上书‘某府某州县生员’，教官在前，士子各领仆从行李在后，鱼贯而行。至城门口，打落行李，剥去衣服，出一人，甲士即拿一人，牵至南门桥上斫入水中。师生主仆悉赴清流，河水尽赤，尸积流阻，十余日方飘荡散去，屠杀了‘自进士以至生员二万二千三百有零，积尸成都大慈寺’”。
顺治二年（1645年）11月22日张献忠再次屠杀居民。然而有所不同的是，这次比以往更加残酷血腥，他此次决意杀全城居民。按照他的策划，他先偷偷派遣一名士兵伪报某路敌军将到，将要开拔迎战。于是，部队趁机把守各处出城要道，以防百姓逃走，城内之兵遍搜各家铺户，驱逐百姓出城。由东南二门出，齐集沙坝桥边。残杀之后，成都为之一空，除少数官员外别无居民。荒凉惨象，不忍瞩目。张献忠剿灭成都后命令各乡镇村民移居成都……
当张献忠撤离成都时，再次下令焚毁全城，将诏劝进城者全部杀完。此后的十多年里，成都的居民竟然很少有认识得。根据记载，当时的情景是“城内杂树成拱，狗食人肉若猛兽虎豹……民逃深山中，草衣木食，遍体皆生毛”。虎豹白日出没，清军入成都时为防野兽，只好夜宿城墙之上。如此可见张献忠的倒行逆施和残暴血腥。
顺治三年（1646年）初，顺治帝根据当时的局势，任命肃亲王豪格为靖远大将军，并和吴三桂等将领率满汉军队集中力量向大西义军进攻，想一举消灭这支威胁清政权的力量。
这场战斗进行得异常惨烈，清军大将格布库等均被义军杀死，义军的伤亡和损失也非常严重。因为缺乏粮食，再加上被各路敌军夹击，张献忠决意从四川撤出。张献忠自称“无为后人有也”，极端残忍暴虐。成都在唐朝时便是全国五大“温柔富贵乡”之一，却在一夜间被烧成了灰烬；被称为“天府之国”的四川，整个生产力遭受了覆灭性的打击，人口大幅减少，从而引发了由清朝之初开始的长达100多年的浩浩荡荡的“湖广填四川”运动。
撤离四川之后，张献忠原本计划由水路前往湖广地区，然而在途中屡遭明军围追堵截，最终失败。无奈之下，张献忠只得由川北前往陕西。这时，大西在川北的大将骁骑营都督刘进忠向清军归降，还率领清军攻打大西军。当大西军抵达西充凤凰山的时候，有侦察兵禀报发现了清军的队伍，张献忠率领少量兵士去察看实情，不幸中箭身亡。
得知这一消息后，清军趁机向这群龙无首的农民军发起猛攻。没有了主帅的大西军人心涣散，如同一盘散沙，很快就被清军攻下了一百三十多处营寨。大西军被击退后造成了四将军执掌政权的局面，之后为了得到南明的支持，大西军将大西国号废掉，大西政权便成为了历史。一支经过多年拼杀建立起来的农民军，在张献忠的手里被毁掉了，而这留给后世的只有悲叹和唾骂。
