顺治三年（1646年）十一月，农民军领袖谢迁在山东淄川一带发动反清起义。他们首先把斗争矛头对准与清勾结的当地地主，没收了地主豪绅张圣鹄的财产、粮食，分给当地贫苦农民，受到了农民的拥护，势力发展很快，因而被清统治者称之为山东“第一巨寇”。十二月，他们攻陷了高苑，但遭到清军的追剿，军师赵束乡被擒斩。次年（1647年）六月十三日，谢迁和丁可泽率起义军里应外合攻陷了淄川，逮捕了最先剃发和改换衣冠降清、后被革职居家的原任招抚江西兵部尚书孙之獬，当众宣布其罪状并处以极刑。在起义军浩大声势的影响下，清胶州总兵海行时于顺治十年（1653年）十月向谢迁等投降，参加起义军。接着，他们即由淄川南下，占领莱、沂，攻克宿迁，震动了江淮地区。不久，清直隶、山东、河南总督马光辉率兵围剿，谢迁等领导的起义军寡不敌众，终于失败。
顺治四年（1647年）九月，山东兖州农民丁维岳、张尧中率众举行反清起义。他们将起义军分做六股，分别攻打张秋、郓城、堂邑、阳谷、冠县和梁山。九月十三日夜，起义军中的两支部队攻克了寿张、堂邑，杀了清东兖道东陈一理家眷男妇20余人。丁维岳则亲自领一支义军进攻张秋，并准备克张秋后进攻梁山。不料清军早有准备，巷战一夜，义军伤亡惨重，“尸与门齐”，丁维岳左脸受伤，率军退守濮州、范县交界的陈家楼。接着，清军包围了陈家楼，采用了诱使义军移营的办法，杀得义军“尸满地”，损失了三四千人。十一月十二日，丁维岳又率农民军马兵400余人、步兵不计其数，突然袭击峄县县城，清守军势不能敌。次日城破，起义军蜂拥进城，打开监狱，释放狱囚；又打开仓库，将粮食分给贫苦农民。十二月，义军又先后攻克了阳谷和梁山。十五日，清军征剿梁山，次日在郓城王家海子与义军进行了一场激战，结果丁维岳、张尧中同时阵亡，这次起义至此失败。
顺治五年（1648年），天津女英雄张氏自称明天启帝的皇后，与其同党王礼、张天保印制玉印、令旗，组织抗清队伍。他们联络静海一带的农民军，不断抗击来犯的清军。五月二十四日，张氏、张天保等被俘牺牲。张氏牺牲后，其部下继续坚持抗清斗争。天津巡抚李犹龙十分畏惧这股抗清力量，采取了与农民军首领在营中“会饮”的办法，以拉拢关系，试图进行招抚，为清廷发觉，被革职为民。最后清廷调来重兵，农民军因众寡悬殊，坚持到次年初失败。此后，清廷十分重视在天津加强统治力量，派驻重兵，严密监视人民的行动。
顺治五年（1648年），于七抗清。于七，本名小喜，又名孟熹，山东栖霞县人，清初胶东农民抗清斗争的著名领袖。他以栖霞县东70里的锯齿山为根据地，聚众抗清。于七一方面经常率军出击骚扰清军；另一方面又“劫富济贫”，除暴安良，打击当地豪绅地主，得到登州地区农民群众的热烈支持，成为当地实力最强的一支农民起义军，被清统治者称之为“诸寇冠”。登州知府张尚贤自知无力剿灭，被迫采取招抚政策，授于七为栖霞县把总。于是，于七利用合法身份广泛交结各阶层人士，暗中组织力量，以图大举。经过十余年的努力，于七在宁海州（今牟平县）、墨县和海阳县建立了三个据点，势力不断增强。
顺治十八年（1661年）春，按察使宋琬侄赴兵部首告于七和其叔交结，图谋不轨，使清廷大为震惊，急令官兵往捕于七。十月，在于七的领导下，各据点同时发难，登州府属各县瞬间也举起了抗清大旗。他们攻福山，围文登，“焚劫八邑”，给清军以沉重打击。康熙元年（1662年）春，清兵云集，围困锯齿山。于七团结军民，身先士卒，骁勇善战，给义军以极大鼓舞。他们坚守4个月后，突围入海，于七下落不明。
顺治元年（1644年）六月初六日，故明大同总兵姜瓖降清，仍镇守大同。之后，他便随清军赴陕西，征剿大顺农民军。他不但得不到重赏，连军饷的供应也成问题，而且还受到清廷的猜疑和训斥。当时，山西农民军反清声势浩大，姜瓖受到很大触动，开始“蓄异志”。顺治五年（1648年）九月，清廷为防喀尔喀蒙古越过边界，派英亲王阿济格率军驻防大同，这招致姜瓖的猜疑，以为袭己。于是，姜瓖自称大将军，于（1649年）十二月初三日据大同叛清。大同左卫（今左云）、浑源、太原、汾州（今汾阳）、泽州（今晋城）等地农民军竞起响应，清朝许多地方官吏望风归降，一时全晋震动。摄政王多尔衮得到山西突变的消息后，一面增派八旗官兵，载红衣大炮急赴大同；一面对姜瓖进行劝降，同时又对姜瓖部下进行分化离间，诱使他们倒戈。
顺治六年（1649年）三月十二日，多尔衮亲至大同督师，再次对姜瓖劝降。姜瓖虚与周旋，多尔衮正要亲自指挥攻城，奉清廷急召回京。清军在敬谨郡王尼堪的指挥下，继续围困大同。七月初一日，多尔衮率师亲征大同。大同在清军长期围困下，城内弹尽粮绝，死者枕藉，部下发生了骚乱。姜瓖部将杨振威于八月二十三日密通多尔衮，二十八日斩姜壤及其兄弟首级，献城投降。
