却说神农自接过人族共主之位后，励精图治，大力推广发展农业，使人族的温饱问题得到了前所未有的解决，只是面对人族的疾病死亡问题，身为人族共主的他却也束手无策。
他未做人族共主之前，还有些时间研究草木药性，只是限于中毒频发，往往中途便中断了研究。后即位人族共主之位，虽有女娲送的赭鞭、鼎炉，限于精力反而没有时间做这项工作了。毕竟族中事务繁多，彼时族人连吃饭的问题都不能保障，因此也就没有多少精力来考虑此事。眼下既然已解决了族人的温饱问题，眼见族中又无甚大事，神农觉得是时候腾出手来解决这个大难题了。
遂将族中诸多事务交代好给手下百官，他自己则亲自率领一队随从人员深入名山大川，餐风宿露，开始了漫长的寻百草，鞭药性的旅程。
因有女娲给的赭鞭相助，又有鼎炉相助，不再有尝毒之险，鞭百草、明药性，炼丹制药皆极为便利，神农经过数十年时间，已是走遍所辖之地山山水水，所过之处一面结合实际治病救人，一面将治病救人的知识传给人族。
只是这毕竟是一个开创未来、前所未有的浩大工程，别说其间寻百草，鞭药性所费的时间，及至整理其间所作的记录，也要穷其后半生的光阴了。
神农当日中毒毒发时，曾赖女娲以九转神丹相助，女娲就告诉过他，个人的力量有限，只有将自己的所得传给人族、留给后人，才能真正造福人族。因此寻百草的工作结束，神农便开始根据自己当年鞭草识药、治病救人所得，埋首著书－－－－－－《本草经》。
此书对每种药物的名称、性味、生长环境汲主治功用都作了详尽的描述。人族借助此书大大增强了对疾病的控制能力，使人族在对抗疾病方面不再听天由命，应该说神农此举确实是造福人族、功在千秋。
只是他毕竟是人族共主，再太平盛世也搁不住身为人族首领的长年不问政务。就在他埋首著书之时，洪荒大地上，因巫族的崛起，一时狼烟四起。
原来巫妖决战后，所剩无几的巫族被迫离开洪荒大地，去了边远的九黎之地，不想经过数百年的默默无闻后，自九黎大地上忽然冒出一位名叫蚩尤的大巫，振臂高呼，顿时应者云集，几乎一夜之间将边远的九黎八十一族巫人后代皆纳入其麾下。
当年祖巫之下有十位大巫名动洪荒，只是毕竟有十二位祖巫在，因此十位大巫虽也耀眼，奈何星星到底不能与日月同辉。纳罕的是巫族本不修元神，故别说是大巫，即便是祖巫身死，也一样真灵消散，这蚩尤明明在巫妖决战中已经身殒，十位大巫之中他原本还不是法力神通最厉害的一个，不知因何一经转世，竟然比之以前更甚百倍。
巫族经过数百年的蛰伏，可以说早已退出了洪荒舞台。如今想要重新崛起，首当其冲便是要一统人族。毕竟人族才是洪荒大地上的主角，蚩尤既已转世为人，做的自然也只能是人族之主。
只是做由巫族掌控的人族还是做由人族掌控的巫族，这中间的差别可就大了去了。
故这蚩尤登上九黎族长之位后，立即在洪荒大地上掀起血风腥雨。巫族等了这么多年终于等到蚩尤这样一个横空出世的枭雄，自觉扬眉吐气的日子终于要来了，当真是一呼百应。
其后经过短短数十年时间，蚩尤劫掠征战，所过之处，所向披靡，其势力范围已经远远在神农所辖人族之上。
重现祖巫当年称雄洪荒的气势，在蚩尤所率的巫族们看来,这只是一个时间问题。
要知道那是巫族的后人，其战斗力岂是一般人族能比？何况还有巫妖决战后剩下的大巫刑天、相柳等的相助。
神农对战争的了解并不比他对百草更了解，他了解植物的属性，却难以理解人之本性。面对蚩尤大军的步步进逼，战争开始神农一退再避。他原本痛恨战争，何况娶的老婆还是巫族的女子听沃。只是他没有料到他的退步，不禁没有让蚩尤的大军知难而退，也没有换来与蚩尤的和平共处，反而激起人族内部的强烈不满。
神农所在的部落联盟顿时分崩离析，其中轩辕氏黄帝开始崭露头角。
说来这轩辕氏原大有来头，他原姓姬，乃有熊部落氏族长，因居轩辕之丘，遂以此为姓。
就在神农寂寂无闻埋首著《百草经》时，轩辕却因在族内播五谷草木，大力发展生产，制衣冠、造舟车，创造文字，在人族中声誉鹊起。
洪荒人族乃天道所定的洪荒主角，人族要想在洪荒大地永远繁荣昌盛，便须在天、地、人三皇带领下，克服人族面临上天、大地、人族自身方面带给人族的三个难题。
这轩辕正是天道定的下一任人族共主，须经杀伐一统人族，方证人皇道果。
神农面对巫族的咄咄逼人，一退再退一让再让，终于让人族内部许多氏族长忍无可忍，再加上他日日致力医药研究，将族中大大小小的事皆置之不理，早就引起了许多人的不满。
轩辕氏遂从中脱颖而出，成为人族对抗蚩尤率领的巫族的一支强有力的作战队伍。
这事说来也怪女娲，她为了延续伏羲的气运，只好将妖族气运延续了数百年，这才将人族推迟了数百年出世。故此原本由神农指定轩辕黄帝继承人族共主的局面，最终弄成两个人族共主并存的局面。
神农炎帝出世本来是镇元子抢了先机，为了增加神农对巫族的好感，镇元子的弟子玄松更不惜李代桃僵，让神农糊里糊涂将一位巫族女子听沃，当作人族女子娶了作老婆。身为人族共主，总要有所担当吧，总不能对外声称自己娶错老婆了，说不得神农也只好将错就错。
正因神农娶的是巫族女子，人族与巫族才实现了人巫大同。只是人巫大同也好，人妖大同也好，巫妖间却是死敌。虽说中间夹着一个共同的朋友人族，只是人族弱小，在外力上还需借助妖巫，小小的人族如何能保障这种和平共处会长远发展？
人妖两族本来因伏羲的转世，这才从妖族屠灭人族的阴影中走了出来。
巫族与人族团结一处，则因神农娶了一个巫族的女子为妻。
本来人巫妖三族相安无事，不想神农女娃东海出事，将巫妖族间的战火又重新给点燃了起来。
两族最终因为女娃溺毙东海这件小小的插曲，导致矛盾激化，又因神农对蚩尤大军的入侵采取的不对抗政策，两族矛盾不可调和最终爆发了一场战争。
战争的结果，却是由伏羲出面，指点神农交出人皇印，让位轩辕。
神农这才专心写他的《百草经》去了，书成，得证地皇道果，同伏羲去了火云宫享那混元道果去了，留下一个巫妖大战的烂摊子给轩辕。
神农本就不擅征战嗜杀，只是玄松这些圣人弟子势力太大，他也架不住底下人作战决心，如今得伏羲指点，还有什么不能看开的，倒是心甘情愿将人族共主之位让给了轩辕。
神农的老师玄松眼见这个弟子是如此的扶不起墙来，也只好就此作罢，眼见那轩辕得广成子做授业解惑的老师，手下又有一些妖族大神通者暗中相助，不用说妖族的气运又要上来了。他生恐辜负了镇元子老师的一片扶巫苦心，因此暗地遣了两个弟子悄悄下山去辅佐蚩尤的大军。
这两位弟子虽是镇元子的二代弟子，只是因为身为巫族后人，却也了得，一位乃雨师，一位名风伯。（非昔日仙庭、妖庭之雨师、风伯，也非今日天庭之雨神、风神，乃巫族中共工、天吴部洲具操雨控风的一代大巫）二人又结交了神贰负、危一同前往相助蚩尤。
那轩辕既是指定的人皇共主，一经出世，便有元始门下弟子广成子代为授业解惑，自伏羲时代便与人族共命运的众多妖族大神，因神农被巫族抢了先，原准备退出洪荒的，他们也是知天命识算数的,轩辕乃天枢星出世，这些洪荒大神如何不知？等到伏羲人皇剑一出，更无疑惑，皆转而投到其帐下或遣门下相助，连久不涉洪荒政务的西王母这次也不甘寂寞，遣下门徒九天玄女、女魃下山相助轩辕。
女娲眼见这人族间的战争，已成了巫妖间的战争，也只能叹口气。
还能说什么，说来都是伏羲转世带来的祸患，树欲静而风不止。后土也罢了，道行不够，有这点私心，也是可以理解的。只是镇元子道兄，自己确也欠他一个交代，何况圣人算计又怎能算计得过天道。
巫妖毕竟享天地气运日久，百足之虫死而不僵，哪有那么容易一下子连根拔掉，这才借人族之争，酿巫妖之祸，天道原就是要借轩辕证道，行杀伐之举，不流血，怎说代价？不见两族俱消，圣人如何肯罢手？
