刘、蒋等遂取得此事的胜利，惟是日事出非常，形势亦至岌岌。事后数日间，刘部犹严为戒备，城门岗卫增加，其驻兵处，地段路口，检查行人，盘诘出入，以致群情骇惑，谣言时生。一星期后，魏、郭两混成旅皆改编就绪，谣言乃息。据传李、包被押后，魏鸿发与郭安学曾为恳求，刘言“不能违冯督办命令，必须交军法审办，已派定押送人员，即将解往包头”等语。又有说，事变四、五日后，黄得贵来省，刘于接见时，曾派员带领黄到李长清囚禁处看视，为其平愤。黄见李已押，只略加责备，李对之愧泣，黄并为代恳于刘郁芬，请稍予宽待，除去其手铐以便饭食，刘未允。督署人员并以此疑黄，建议留黄察看，黄未再访何人，即日驰回阿干镇。又督署前街有一饭馆，当李、包等被押后署中叫馆里伙计每日早晚送几个人的饭食，交卫兵带入，日日写条领钱。约过了八九日，饭馆伙计照送早饭至署，经卫兵止住说“此后不要了”等等。至李、包等被处死的情形，其时一般传说均系活埋，事后年余，有刘部前译电员邢廷吉调在青海乐都县署供职（时甘、宁、青尚未分省），曾对县署同事密谈。据说李、包等被擒后，系公开管押，李长清押在督署军法处院后一小室内，墙壁钉有大绳，将李缚在绳上，置一个木登，只能倚墙而坐，不得卧睡。双手套拷，足钉铁镣，派有副官一人带数兵监守，李饮食由其持喂，大小便背负于外，不容少许行动，昼夜如此，李早已疲惫不堪，奄奄一息。某日夜邢在署后花园译电室内，见此副官背负李长清来前，遇副指挥蒋鸿遇带荷枪士兵十数人，提着马灯亦由侧面走来，听闻李长清说话，言事已如此，听凭处理，只家中尚有老母，恳求不要连累，容其生活下去。随闻蒋令向后园走去，邢的住室距北面城墙不远，日间已见士兵多人，在城边拂云楼下偏东处，挖掘了极深土坑。是时他本人暗往附近处看视，见李长清己被数兵用绳勒项绞死，丢在土坑。见包玉祥与华连升也绑在坑边，众兵将李尸丢在坑内，有人说，尚在喘气，随用石头砖块打下。这时包玉祥声音尚强，大骂你们用的这样野蛮手段，是什么国法？蒋鸿遇在旁，喝令士兵说，你们还不揍吗？众兵共用枪托，同包玉祥、华连升头背乱打倒地，一并抛在坑中，还用砖头打下，然后铲土掩埋，邢的追述如此。
一九三一年（民国二十年），马鸿宾任甘肃省政府主席时，李、包家属请得允许，在原督署后花园寻掘尸骨未得。直至一九三七年（民国二十六年）抗日战争时期，省政府在后花园城墙下修建防空地下室时，于十一月十二日挖出尸骨三具，并有镣铐等物。经李长清之兄李芝轩认出其弟颔骨所镶金牙及所穿狐皮背心碎片，确信无疑。
因三人骨片混杂，无法辨认，乃迁出合葬一冢。
至刘郁芬改编李部，任魏鸿发、郭安学为两个混成旅旅长，亦系利用甘军旧人，借缓和暂时的紧张气氛，以为过度之局。嗣后两月，先以冯氏电令，调郭安学一旅赴绥远。旋于刘部第二师内调少数官兵合并郭旅，增编为国民军第十二师，以蒋鸿遇为师长。蒋于次年三月初，秘密离兰，率师北返绥远，并以郭旅参加南口战争。
嗣后蒋改任绥远都统，一年后又率其本师援陕入豫。所有郭旅官兵，展转察、绥、陕、豫间，不少流落外省。其后，郭亦被免去旅长职，只本人与原旅部参谋长岳忠率极少数官佐卫兵，返回甘肃。魏鸿发一旅，皆属李长清统率下的陆洪涛旧部，李、包被诱杀后，下级军官及士兵，多数潜逃，非李系的各营连排官兵亦不断出走，多投驻狄道（今临洮）的宋有才旅及陇东张兆钾部。如编入魏旅的骑兵一营，在新委营长李德栓就职后（李陕西人），连长徐连升、王长胜二人，即与全营士兵，乘夜携带全营枪马，走投陇东。嗣见郭旅调驻绥远，各营下级军官及士兵，开小差的很多。魏鸿发任旅长职未及三月，调为西北边防督办公署的顾问。另委刘师团长安树德接任旅长。几经汰易，除团长刘元凯暂留外，其余中下级军官，几全由刘部军人委充，旧兵亦所存无几，另募新兵补充，原来的这个旅无形解散。是时刘郁芬所部国民军第二师旧兵，半调赴绥，兵额不足，乃派出大批人员，往全省各县招募壮丁入伍。又中下级军官缺额，亟需补充，先成立军官教导团，短期训练连级以下现职军官。嗣又加办军士教导，通令各县以培育学兵为名，限期选送小学毕业之青年学生入团训练，借以补充军士，由刘自任团长，以旅长张维玺为副团长。旋将教导团长一职，由旅长孙良诚担任，团长梁冠英继任孙良诚遗职。自是省会所驻者皆为国民军部队矣。
薛篤弼任甘肃省长一九二五年（民国十四年）十一月二十六日，新任甘肃省长薛篤弼由北路至兰州。薛，山西人，久为冯属，曾任京兆尹。薛未入省之先，已由督署派定人员，接替各厅、处长职务。当事者半系军人，简单粗率，不讲手续，先未通知，即往各机关索取印信，立时接收，引起各界人士的骇怪。及薛篤弼与政务厅长胡毓威同至兰州，布告就职日期，才按正常手续接交。薛、胡皆青年文人，态度平易，接进知识分子，与各学校教职员时常晤谈，咨询地方政事利弊及民情习俗，并徒步走访居省知名人士，作风与刘、蒋迥然不同，省城紧张气氛，至此是乃渐安定。
张兆钾联合宋有才、黄得贵、孔繁锦等部攻兰州一九二六年（民国十五年）五月，陇东镇守使张兆钾，联合宋有才、黄得贵、孔繁锦等部进攻兰州。刘郁芬派遣部队迎战，相持月余，张等败返。六月末至七月，国民军攻取狄道（今临洮）、定西、会宁等县。八月，国民军旅长张维玺、师长孙良诚分道进攻天水、平凉。孔繁锦、张兆钾俱遁走。遂下陇东、陇南。
先是冯玉祥受张作霖、吴佩孚联合之逼，通电自行解职出国。
并声明取销国民军名号，以所部为西北陆军，由张之江代任西北边防督办。后来冯军与奉军在南口交战失败，张作霖进入北京，吴佩孚重返洛阳，令刘镇华率所部镇嵩军入陕围攻西安，并遣使入甘，说陇东镇守使张兆钾、陇南镇守使孔繁锦出兵解决刘郁芬部，并密函甘肃回族各镇守使响应。张兆钾与吴佩孚初无渊源，在一九二二年（民国十一年）第一次直、奉战争时，曾派其副官长受庆龙至天津，观察直、奉两方优劣形势，以定投机方向。受至津后，推测直方占有利的局势，遂代表张兆钾谒见曹辊，致送礼物，表达拥护之意。又在天津报纸上登载陇东预备出兵助直讨奉消息。由是曹、吴对张发生关系，通好往来。次年秋，曹锟并以北京政府名义，授张兆钾以厚威将军名号，以示优宠。张自此亲附曹、吴，谋想甘肃督军的地位。是年春，见吴佩孚势力再振，电洛拥戴，请示机宜。吴因利用为对待冯军的甘肃主要人物，并令孔繁锦助张。孔繁锦为安徽人，与张原有主客之见，各存异志。刘郁芬督甘后，孔为保全地位，对刘极表恭顺。及得吴电，乃阴持两端，一面与刘郁芬信使往来，不断以天水皮革厂所制军用物品送兰；一面派军官住平凉，连络策动。回族各镇使，与张兆钾夙有嫌隙，而驻宁夏的师长马鸿逵，已在冯军部下，亦因一九二一年（民国十年）张反对其父马福祥督甘一事，深怀怨恨。以此都无实际合作的可能。又有驻狄道（今临洮）的宋有才旅及驻固原的韩有禄旅（李长清等被擒杀后，刘郁芬曾以韩有禄为第三混成旅旅长，实有步兵一团，韩恐被消灭，自中卫防地移驻固原，与原驻固原的陆部骑兵一营合并，依附张兆钾。）
刘郁芬派员点验后，要其到省城扩编，韩未遵命开动，均系陆洪涛旧部，又与张同为甘籍。张兆钾遂借是阴相联结。刘郁芬得悉各方情形，对孔繁锦表示优遇，对诸回族镇守使亦极笼络，欲利用民族关系，以甘人制甘，对张兆钾早就注意。因刘上年秋到宁夏时，独陇东无电欢迎。李、包事出后，对张益加戒备，密令派往陇东各县招兵人员，随时侦察张部行动。至本年春，蒋鸿遇分带所部赴绥，省城兵力减少，刘恐张兆钾乘机发动进攻，欲事羁糜，随派其督署副官长张执中为代表，三次至平凉通候洽商。凡陇东一切要求，莫不曲意应允。惟冀避免战争，以保持甘肃地盘。张兆钾为获知兰州兵力，派其讲武堂堂长施国藩为代表，以报聘为名，到省谒刘，便中调查刘之实力。刘对施招待优隆，知其此来的用意，邀施阅兵，集中在省全体部队及各种武器，排列大校场，并请省城各界人士参加，显示威武。施在兰州暗与在煤山的黄得贵约妥，令其相机动作。又与西宁镇守使马麒的副官长魏敷滋相商，密电西宁征求意见。得到马氏复电决守中立诺言。施国藩离兰东返，刘郁芬又派张执中同往平凉。
此时吴佩孚代表花天一（甘肃武都人）早在平凉守候，催促陇东动员，张兆钾不待施国藩回平报告，遂于五月初旬，派其支队长刘福生率巡防军回营，以修汽车路为名，出平凉西进。令韩有禄率所属部陆军三营，骑兵一营（号称一团），自固原推进，与刘福生会合。陇东各县县长、局长，均由镇署更换，刘郁芬所派人员，均自离去，成为独立状态。刘福生部前锋进至会宁县之鸡儿咀，半日可达定西。回民军驻防定西的旅长梁冠英，见其逼进，请出兵迎击，刘郁芬弗许，惟令在定西东十里铺以南十里许，及西山一带构筑阵地，严密防守；一面派员慰劳张部官兵，并补给军衣、银币，以观动静，拟俟张执中到平凉争取缓和。梁冠英奉令严守定西，然恐张兆钾部由会宁小道绕过县城，潜进巉口，断兰州交通，乃编游击队三十名，驻县东六十里之西巩驿以为哨探。五月十一日，刘郁芬的代表张执中偕施国藩行至该处，被定西驻军劝阻，施亦劝张转回。
陇东军与国民军开战于西巩驿，黄得贵、宋有才联合拒国军五月十二日，陇东军与国民军战于西巩驿。陇东军突进至西巩驿，向梁部游击队射击，梁部进入一庙内相持，战争遂起。梁冠英得报，派兵驰援，与庙内兵夹击，陇东军少退。梁撤出西巩驿，防守巉口，此为两军接触的开始。十三日刘福生率全部占领西巩驿，攻青岚山，向国民军阵地猛扑。梁部焦、黄两营连队竭力抵御，互相冲击，剧战竟夜。梁部以伤亡重，据地坚守。十四日，韩有禄部继至会攻，梁部退到定西城郊。先是刘郁芬委派之狄道（今临洮）县县长牛鸿，到职后办事风厉，与驻军宋有才磨擦积怨，及宋与陇东密约起事，遂于一九二六年（民国十五年）四月二十三日，派兵冲入县署，刺杀牛鸿。并以牛逼兵变为词电省。至是，定西战起，刘郁芬派旅长张维玺，率部开往省城西南的关山，预防宋旅由狄道（今临洮）来犯。五月十七日，张部开行。因黄得贵驻阿干镇煤山，当派军校教育长李呜珊、参谋苗瑞生，先往黄营接洽，张率兵随进。
中途闻煤山一带枪声大作，附近居民四奔，黄军已占尖山要地，向张部射击。旋苗参谋回报，黄营已伤兵士多人，并拘留李呜珊。张停前进，致函与黄交涉让路，一面披告督署。李鸣珊逃匿一民家得脱走回。刘郁芬令张旅先解决黄得贵，再进向关山。时黄据关山各山头，布置阵地，以拒国民军，并驰约宋有才出兵支援。刘郁芬早虑黄、宋联合，东向袭击国民军梁旅后路，乃决定缩短战线。先规取关山以固省城西南屏蔽。电令梁冠英疾速撒出定西回省。十八日夜，梁部退驻兰州以东四十里之响水子，扼守东路，出猪咀岭环皋兰山达阿干镇与张军联络，互为犄角。
刘郁芬部置省防刘郁芬令骑兵分驻守靖远县的北湾，金沟口，皋兰县的泥湾，防范陇东军渡河。在省城西南一带，则西起新城、河口，南起三岔口、窦家山，于崔家崖、阿干镇、沈家岭、狗娃山等处，分为第一、第二两路，布置阵线，驻军守御。并置第三路兵于白塔山，注意河防。
陇东军西上与梁冠英对峙于晌水子，黄得贵、宋有才占据关山五月十八日，陇东军刘、韩两部入定西县城。二十日自定西出发，节次前进。韩部骑兵由团长白连陛率先疾驰甘草店，见国民军大炮沿途遗弃。陇东军西上至榆中夏官营、皋兰金家崖驻扎，与梁冠英部对峙于响水子。六月初旬连续猛攻响水子东南的七铣沟、马厂岭等地。国民军据守深沟，坚垒不战。刘、韩屡攻未克，每有伤亡，加以军火不甚充足，遂呈胶着状态。又张兆钾既发动西攻，已自命为未来的甘督，并拟以其第四子张柱继任陇东镇守使，于致洛阳报捷进兵电内，皆以张柱领衔为告，欲以军功归其子，预为后来地步。吴佩孚于催孔繁锦出兵电中，有陇东帮统张柱兵达定西之语。
孔以原电转韩有禄，因而顿失军心。兼之张极爱钱，吝于恤赏，日久士气消沉，人无斗志。而刘福生为前敌指挥，措置疏略，于兵达金家崖后，骄气已盈，置酒高会，谓兰州旦夕可下，不复谋商同列，策划机动作战，渐致众心解体。刘郁芬于东路先取守势，侧重南路进攻，夺取关山。
南路狄道（今临洮）的宋有才旅，由洮河一线分布军队，进至兰州南境，与黄得贵联合，派所部鲁大昌一营，占夺关山。黄则移驻其东的羊寨、马坡等地，与陇东军及宋部东西联系，双方无大接触。刘郁芬则拟召开平番（今永登）会议，号召各镇守使和商甘局，以缓张、宋之攻。
吉鸿昌旅由绥远援甘，国民军两路反攻。宋有才兵退狄道。黄得贵兵退定西六月下旬，国民军吉鸿昌旅由绥远援甘，开到兰州，兵力加充。
