北宋初年，以讲论经籍为主的私人书院日渐增多。宋代最著名的有四大书院：江西庐山的白鹿洞书院、湖南长沙的岳麓书院、河南商丘的应天府（睢阳）书院、河南登封的嵩阳书院，此外还有湖南衡阳的石鼓书院、福建的紫阳书院、浙江的象山书院等。到仁宗末年，北宋前期较有影响的书院全部消失。熙宁四年（公元1071年）朝廷直接向州学派出教授，以削弱书院和县学；七年将有教授的州中书院并入州学。
南宋初年，随着理学的发展，张栻、朱熹、吕祖谦、陆九渊等学者开始陆续修复书院，并成为学派活动基地及讲学的场所。理宗（公元1224～1264年）即位后，将理学定为正统学说，书院教育成为朱熹等理学大师的遗产被官府继承。景定元年（公元1260年）起，正式通过科举考试或从太学毕业的官员才能成为每个州的书院山长，朝廷借此控制书院。
书院大多是自筹经费，建造校舍。教学采取自学、共同讲习和教师指导相结合的形式进行，以自学为主。它的特点就是为了教育、培养人的学问和德性，而不是为了应试获取功名。
元至元二十八年（公元1291年），世祖忽必烈首次下令广设书院。民间有自愿出钱出粮赞助建学的，也立为书院。后多次颁布法令保护书院和庙学，并将书院等视为官学，书院山长也定为学官，是书院官学化的开始。元代将书院和理学推广到北方地区，缩短了南北文化的差距。并创建书院296所，加上修复唐宋旧院，总数达到408所，遍及各路、州、府。但受官方控制甚严，没有书院争鸣辩论的讲学特色。
明初时，宋、元留存的书院多被改建为地方学校和社学。成化、弘治年间以后，书院逐渐兴复。嘉靖十六年（公元1537年），明世宗以书院倡邪学下令毁天下私创书院；十七年，以书院耗费财物、影响官学教育再次禁毁书院。到嘉靖末年，内阁首辅徐阶提倡书院讲学，书院得以恢复。万历七年（公元1579年）张居正掌权，在统一思想的名义下，下令禁毁全国书院。张居正去世后，书院又开始盛行。天启五年（公元1625年），魏忠贤下令拆毁天下书院，造成“东林书院事件”。崇祯帝即位后，书院陆续恢复。期间书院总数接近2000所，包括新创建的1699所，出现了陈献章、王守仁（阳明）等学派。
明朝的书院分为两类：一种重授课、考试的考课式书院，为习举业而设，同于官学；另一种是教学与研究相结合，各学派在此互相讲会、问难、论辩的讲会式书院，有1200多所。后者自由讲学，抨击时弊，成为思想舆论和政治活动场所，多为统治者所禁毁。其中最著名的是江苏无锡东林书院。明朝统治阶级曾先后4次毁禁之，然而书院有着顽强的生命力，多次毁而不绝。在严酷的政治压迫下，书院师生宁死不屈。东林书院的对联写道：“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。”
清代书院达2000余所，但统治者抑制私人书院发展，官学化达到了极点，大部分书院与官学无异。顺治九年（公元1652年）明令禁止私创书院。雍正十一年（公元1733年），各省城设置书院，后各府、州、县相继创建书院。乾隆年间官立书院剧增，绝大多数书院成为以考课为中心的科举预备学校。
清代书院分为三类：其一为义理与经世之学；其二以考科举为主，主要学习八股文制艺；其三以朴学精神倡导学术研究。
光绪二十七年（公元1901年）诏令各省书院改为大学堂，各府、厅、直隶州书院改为中学堂，各州县书院改为小学堂。至此书院退出了历史舞台
5、公元1127年：陈东事件
宋高宗
相国李纲
陈东（公元1086～1127年），字少阳，今江苏丹阳人。“早有俊声，倜傥负气”。宋徽宗崇宁二年（公元1003年）始，先后入丹阳县学、润州儒学堂读书。政和三年（公元1113年）以贡入太学。
政和年间，朝廷大作雅乐，曾命太学生学习弹奏，择日试于廷殿，并迁官给赏。陈东力辞，曰：“岂有此事，万一有之，吾可以侥幸进身耶？”陈东刚直无私，不戚戚于贫贱，令众学子大为惊叹。
北宋末年，朝廷宰执蔡京、王黼、朱勔及宦官李彦、童贯、梁师成等植党营私，柄权祸国，妄起边衅。宣和七年（公元1125年）十二月，金军攻宋，蔡京等坚主和议，激起中原百姓的强烈反抗。廿三日，钦宗即位。4天后，陈东率在学诸生数百人，奔登闻检院向钦宗上书，首论蔡京、王黼等误国奸状，曰：“蔡京坏乱于前，梁师成阴政于内，李彦结怨于西北，朱勔结怨于东南，王黼、童贯又从而结怨于金敌，遂使天下之势危如丝发。此六贼者，异名而同罪，伏愿陛下乾刚决断，擒此六贼，肆诸市朝，传首四方，以谢天下！”
靖康元年（公元1126年）正月初，金军围汴京（今河南开封），太上皇徽宗以赴亳州（今属安徽）太清宫烧香为名，连夜逃出汴京，蔡京、童贯等亦随徽宗出逃。初六，陈东再次上书，请追回并诛杀六贼，以正刑典。三十日，陈东又上书，以为朱勔等人罪大谪轻，曰蔡京、童贯等六贼“盘根错节，牢不可解”，理当严惩，以平民愤。钦宗为不违天下公议，分别将蔡京、王黼等六贼及蔡京子攸、翛赐死、诛杀。
二月初一夜，京畿宣抚司都统制姚平仲擅袭金营失利，钦宗移罪罢李纲相。陈东闻讯，于二月初五率太学生数百人伏阙宣德门，为李纲请命，谴责投隆派李伯彦等人的卖国行径。书曰：“在廷之臣，奋勇不顾以身任天下之重者，李纲是也。……臣等闻纲此日用兵偶然小有不利，邦彦等遂得乘间投隙归罪于纲，然一胜一负兵家常事，岂可以此倾动任事大臣？”当时，汴京军民十余万人不约而期，喧呼震动，人们愤怒至极，打破登闻鼓，又杀宦官数人。钦宗见状，遂命复李纲职务。
事后，朝廷欲治罪于陈东，但遭到正直之臣的反对。四月，赐陈东迪功郎同进士出身，补太学正录。然陈东却不为所动，愤然作《辞诰命书》，踏上了归乡之路。
是年闰十一月，金军攻陷汴京。翌年四月，徽、钦二帝为金北掳，北宋亡。五月初，康王赵构即位，是为高宗。
南宋初，高宗闻陈东之诚直敢谏声名，诏其赴南京（河南商丘南）。八月十四日，陈东应召至。适逢李纲又被罢，陈东怒不可遏，以为李纲为社稷之臣，而进退任事大臣，事关宋室中兴大计，于是月十七日、十九日、廿五日连上三书，力谏李纲不可罢，黄潜善、汪伯彦不可用，并请求高宗御驾亲征，迎还二帝；治诸将不进兵之罪，以鼓舞士气；再请高宗车驾还归汴京，勿幸金陵。疏章言辞直切。而高宗听信奸佞之言，对陈东上书置之不理。由于上书直指黄、汪等人，群屑处心积虑欲置陈东于死地。
时布衣欧阳澈伏阙上书。黄、汪等见时机已到，以言语激怒高宗，声称若不赶快诛杀陈东，恐又有骚动情事。高宗听罢，将此事交于黄潜善，并命核罪照办。
就在陈东最后一次上书后当日，开封府尹以议事为名召陈东。陈东知自己固以言忤朝中权贵，此行必无生还之望，乃索纸墨修家书，处理后事从容镇定，言笑自若。拘前，陈东与官吏谓：“我陈东也！畏死即不敢言，既敢上书，又怎肯逃避一死？”遂惨遭杀害，时年42岁。
陈东死后，由生前好友李猷出资赎尸，丹阳同乡胡中行护柩以还，葬于丹阳城东郊。
绍兴四年（公元1134年），宋高宗追赠陈东为朝奉郎、秘阁修撰，赐钱500缗、祭墓田40顷。
6、公元1594年：东林书院
东林书院
顾宪成
位于江苏无锡城东的东林书院，原本是宋儒杨时创立的。杨时是宋代大儒程灏、程颐两兄弟的门徒，是“二程学说”的正宗嫡传。后来的另一位宋代大儒朱熹，则是杨时的弟子。
明朝万历二十二年（公元1594年），吏部文选司郎中顾宪成（1551～1612年）受到朝中奸臣、权阉的排挤，被削去官籍，返回故乡无锡。他和弟弟顾允成一道，倡议修复了东林书院。顾宪成十分明确地宣布他是讲程朱理学的，也就是说，他是继承杨时衣钵的。
重新营建东林书院，常州知府欧阳东风和无锡知县林宰帮了很大的忙。落成之后，顾宪成与志同道合的高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼及其弟顾允成等人讲学其中。来听讲求学的人称顾宪成为泾阳先生，后来也有人称他为东林先生。
当时，不少怀抱道义而不被当政者所接纳的士大夫退归林野，东林书院的重建使他们找到了知音，因此都争相前来，使得“学舍至不能容”。顾宪成常说：“当京官不忠心事主，当地方官不志在民生，隐求乡里不讲正义，不配称为君子。”“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。”（东林书院的办学宗旨。）他的这些观点博得同志者的响应。
讲学之余，他们聚在一起，“往往讽议朝政，裁量人物”，用委婉的语言议论朝政，褒贬品评执政的大臣，用“君子”和“小人”去区别政治上的正邪两派。这样一来，朝中的一些官员，如孙丕扬、邹元标、赵南星等人，也与东林书院遥相应和、互通声气。在朝在野的各种政治代表人物、“三吴士绅”、东南城市势力、某些地方实力派等，一时都聚集在东林书院周围。他们怀着忧国忧民的意识，意在有所作为，就形成了一股不容忽视的政治势力，这种政治性讲学活动具有广泛的社会影响。
他们号称“清流”，影响着天下的舆论。与他们唱反调的那一派，便别有用心地称他们为“东林党”——在古代，党是一个贬义词，就像前面提到的东汉“党锢之祸”一样。
当时，明神宗长时间不上朝理政，久居深宫，过着“每夕必饮，每饮必醉，每醉必怒”的生活；身边的侍者办事稍不称意“辄毙杖下”。且又极其贪婪，恨不得把天下财货都搜刮进宫中供其挥霍。他把大批太监派作“矿使”、“税监”，前往各地横征暴敛，阉党擅权，倒行逆施，搞得民怨沸腾。他把朝廷官员的任免都丢在一边，使在职的官吏无法得到升迁，空缺的职位难以及时补充。最糟糕的时候，六部的尚书只有1位，都御史10年不补。为了增置不足的内阁大臣，首辅大臣竟然上了一百多道奏章请求。这样一来，就助长了朝野上下的派别纷争愈演愈烈。同时政治日益腐化，社会矛盾激化。
与东林党政见不合的，是内阁大臣王锡爵、沈一贯和方从哲等人，他们被称为“浙党”；另外还有什么“秦党”，成员都是陕西籍的官僚；还有什么“齐党”、“楚党”、“宣党”，都是以首领的籍贯命名的。“秦党”的政见与“东林党”相吻合，其他各“党”都与“浙党”声气相通，党争之风甚嚣尘上。
东林党人往往不畏强权，为民请命，大胆弹劾朝中权贵，提出反对矿监税使掠夺、减轻赋役负担、发展东南地区经济等主张。他们还主张开放言路、实行改良等针砭时政的意见，得到当时社会的广泛支持，同时也遭到宦官及各种依附势力的激烈反对。当凤阳巡抚李三才受到内阁大臣论处的时候，在东林书院讲学的顾宪成就上书给叶向高、孙丕扬，称颂李三才的政绩。御史吴亮把顾宪成的信抄在邸报中，使攻击李三才的人大为恼火。
李三才是一个正直勇敢的好官。他在任职凤阳巡抚期间，曾经查抄了太监陈增的爪牙程守训的几十万赃款及大量奇珍异宝，并将程守训依法治罪，办了一件大快人心的好事。他还在万历二十七年和二十八年多次上疏，陈述矿税的弊害。万历三十年和三十一年，他又一再上疏反对矿税，并且提议修浚河渠、建筑水闸、防范水旱，这些主张非但没有被采纳，反而被罚了5个月的俸禄。李三才在反对矿使税监的奏章中指责神宗皇帝说：“陛下宝爱珠玉，百姓也想温饱；陛下爱护子孙，百姓亦爱恋妻儿。何以陛下要拼命聚敛财宝，却不让百姓满足升斗之需呢？为什么陛下要延福万年，却不让百姓享受朝夕之欢呢？”
对于后妃干政和宦官专权，东林党人始终加以反对，哪怕是削职罢官、逮捕问罪也坚持不改。在万历后期“争国本”事件和以后发生的“梃击”、“红丸”、“移宫”三案中，东林党人都从维护皇权的立场出发，坚持反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后主使。
东林党人还在京察大计中力图整肃吏治。“京察”和“外察”是对官吏进行考核的两种制度。京察是考察在京任职的官员，每6年一次；外察是考核在地方上任职的官吏，每3年一次，一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。京察是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是京察中被罢了官，就将终生不再起用。
万历二十一年的京察，主持者是吏部尚书孙考功、郎中赵南星和左都御史李世达。他们都比较正直，不徇私情。文选员外郎吕胤昌是赵南星的外甥，都给事中王三余是赵南星的亲戚，都因考评不佳被罢黜。东林党也借此机会罢黜了一些与内阁大臣交往很深的官员。
万历三十三年，主持京察大计的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，就把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪。但南京的京察大计则是由齐楚浙党主持，他们借机斥逐东林党的官员。
到万历四十五年，浙党首领又当上了内阁首辅。这一年的京察大计，东林党人受到很大的打击。这样一来，就形成了一种朋党混争的局面。东林党人的政治主张，也和他们排除异己的动机纠缠不清，给攻击他们的人制造了口实。
天启帝时期，宦官魏忠贤专政，形成明代势力最大的阉党集团，齐楚浙诸党争相依附，对东林党人实行血腥镇压。天启四年（公元1624年），东林党人杨涟因弹劾魏忠贤二十四大罪被捕，与左光斗、黄尊素、周顺昌等人同被杀害。魏忠贤又使人编《三朝要典》，借红丸案、梃击案、移宫案三案为题，毁东林书院，打击东林党。东林著名人士魏大中、顾大章、高攀龙、周起元、缪昌斯等先后被迫害致死。齐楚浙党又造天鉴诸录，加东林以恶名，并列党人榜于全国，每榜少则百人，多至五百余人；凡列名者，生者削籍，死者追夺，朝中善类为之一空。魏忠贤还指使党羽制造《东林点将录》，将著名的东林党人分别加以《水浒》一百零八将绰号，企图将其一网打尽。天启七年明思宗朱由检即位，魏忠贤自缢死，次年毁《三朝要典》，对东林党人的迫害才告停止。但东林与阉党的斗争一直延续到南明时期，前后达40多年。
东林党（其中包括东林书院的大量师生）是明朝后期出现的以中下级官员、中下地主及知识分子为主的反对王公贵戚、权臣宦官的政治集团。他们企图以儒家正统思想挽救国家，但在强大的统治集团剿杀下遭到重大打击。而其敢于斗争、为民请命的精神却万古流芳，影响至今。
