嘉庆二十五年（1820年）七月，嘉庆帝病逝后，经过一番周折，近侍找到了藏在大行皇帝身边的镭匣御书。八月十二日，嘉庆帝的灵柩从避暑山庄启运回京。八月二十七日，旻宁正式即位于太和殿，颁诏天下，改第二年为道光元年。
即位之初，道光就利用文字疏漏，动手收拾前朝勋旧权臣，调整军机大臣班子。道光抓住机会先收拾了托津和戴均元。军机大臣托津和戴均元二人是嘉庆遗诏的撰拟者，又是公启镭匣者。他们在热河所拟的遗诏中，有乾隆帝生于避暑山庄之语。此说与《清高宗实录》所载乾隆帝生于雍和宫不同，却与民间逸闻合拍。事发之后，道光龙颜大怒，令军机大臣明白回奏。军机大臣声言是根据嘉庆《御制诗文初集》的诗注撰写的。诗注称乾隆帝于辛卯岁诞生于“山庄都福之庭”。道光断然否定这种解释，他说，其语意“系泛言山庄为都福之庭，并无诞降山庄之句”，当日拟注者系误会诗意。于是，原来的军机大臣一律交部严议，托津、戴均元都受到处分，罢军机大臣、降四级留任。另两位军机大臣卢荫溥和文孚虽然留任，亦受到“降五级，六年无过，方可开缺”的处分。
经常出入宫廷、从事文字事务的臣子们见道光帝如此注意文字，均为之震惊。曹振镛是一个“历事三朝，凡为学政者三、典颖会试者各四”，“殿廷御试，必预校阅，严于疵累忌讳”的人，此时他提出“抽阅数本，见有点画谬误者，用朱管描出”的办法来抽查控制臣僚思想，这自然很容易被道光接受，继而形成风气。这是道光即位后处理的第一件大事，然而却是一个不好的开头。
道光帝即位后第二桩大事是镇压张格尔叛乱。嘉庆时，随着吏治的日益腐败，清廷派往新疆地区的办事大臣、领队大臣及侍卫、章京人等，“或意存见小，子女玉帛，嗜欲纷营，又役使回人自恣威福”。这些满族大员，还与当地伯克相勾结，“敛派回户，日增月盛”，“赋外之赋，需索称是，皆章京、伯克分肥，而以十之二奉办事大臣”。清廷驻新疆各级官员和回部上层分子的倒行逆施，横征暴敛，激起回部人民的强烈憎恨，他们反抗贪官污吏的事件不断发生。张格尔（准确音译应为“江罕尕尔”）系乾隆时因叛乱被诛的大和卓木波罗尼都之孙。他起初匿居于浩罕，后在喀布尔。在英国殖民者的支持下，他长期以来即在南疆进行活动，“以诵经祈福传食部落”。
张格尔向浩罕汗国的玛达里汗透露，说他祖父波罗尼都当年撤离喀什噶尔时，曾在城西的“古勒巴格要塞”的地底下埋藏了无数的金银珠宝，企图以此引诱浩罕出兵助他复辟。但浩罕当局远不是那一点儿私人窖藏就能喂饱的，况且玛达里汗认为出兵清朝的时机也不成熟；为了不引起清朝的怀疑，便佯作姿态将张格尔扣押起来。但不久，却又听任张格尔“逃出”浩罕首府。
张格尔等不及了。玛达里汗对他明擒实纵，是对他行动的默许和支持。他立即着手网罗党羽，窜入帕米尔的深山老林之中。嘉庆二十五年（1820年）九月，张格尔利用南路参赞大臣斌静荒淫无度、回部离心的机会，纠众数百，袭击清朝卡伦（边防站）。清军有少量伤亡。
当时，喀什噶尔边境山区的柯尔克孜首领苏兰奇出于爱国之心，向喀什噶尔参赞大臣报告了这一敌情。参赞大臣斌静是个昏庸的贪官，听了之后并不在意。等到清军卡伦守军再次向他报警后，他这才感到事态严重，急忙派人火速飞报伊犁将军。
此时，张格尔已率领数百人顺利进抵图休克塔什卡伦，距喀什噶尔西北不过百余里，在山区村落烧杀掳掠，清军副护军参领音德布已英勇战死。
伊犁将军庆祥闻报后，日夜兼程亲自奔赴喀什噶尔。同时，喀什噶尔帮办大臣色普征额也率兵火速开赴边境御敌，与张格尔匪帮遭遇后，迅即获胜。张格尔仅率20余骑逃回浩罕。
道光四年秋至五年夏，张格尔伙同其弟巴布顶，集结200多人，自边界阿赖岭入境，进入乌鲁克仍伦（在今英吉沙县西依格孜叶）抢劫，伤清军官兵30余人，侍卫花三布阵亡。面对危局，清军游击刘发恒率卡伦守军奋力拒敌，张格尔与巴布顶抵挡不住，又退往边境山区。
道光五年（1825年）九月，领队大臣色彦图，以兵二百出塞400里追剿，无所获。色彦图竟纵杀无辜的游牧布鲁特妻子百余而还，部落头目汰劣克愤极，率所部2000人，追击官兵于山谷。张格尔叛乱势力益发猖獗。
道光六年（1826年）七月的一个深夜，张格尔又领着党徒200余人和浩罕汗国革职军官艾沙所带的60余名安集延士兵，第三次作乱。他们自开齐山入境，以最快的速度绕过清军卡伦，占领了喀什噶尔以北40余千米的阿图什。在喀拉汗王朝索图克·布格拉汗的陵旁，张格尔向民众宣布，他此行的目的只是要到喀什噶尔阿帕克霍加麻扎去，以祭拜先祖在天之灵。消息一传开，有不少白山派信徒信以为真，先后赶到阿图什参拜张格尔。
与此同时，喀什噶尔参赞大臣庆祥也已闻报，火速命令帮办大臣舒尔哈善与领队大臣乌凌阿等，率兵直奔阿图什围剿。张格尔忙带着由引诱哄骗而扩充为千余人的部队迎战。这些未经训练的叛军一战即溃。张格尔马上掉头就跑，先往东退往伽师，再向西悄悄迂回到喀什噶尔城东5千米处，占领了阿帕克霍加陵园。
庆祥闻讯，又派千余清兵前往包围了阿帕克霍加陵园。此时张格尔已派人混入喀什噶尔城内，串通内应发动了变乱，叛匪冲出东门，在清军外围又形成一道包围圈。清军受内外夹击，处于明显劣势。在一个雷雨交加的夜里，张格尔顺利突围。
短短的几天，张格尔疯狂地煽动宗教情绪与民族仇视，不断招兵买马加强攻势。喀什噶尔附近清军防线已无力再维持，舒尔哈善、乌凌阿等将领，甚至原先的代理喀什噶尔参赞大臣穆克登布等，都先后英勇牺牲。清军残部由庆祥带领退守喀什噶尔汉城（即徕宁城，其址在今喀什地区公安处驻地）。此后，英吉沙尔、叶尔羌、和阗等地清军，也相继被张格尔叛军包围。闻知张格尔已得手，浩罕汗国也应邀派出3900名侵略军赶来，企图与张格尔分享战利。两股强盗合兵，使塔里木盆地西南缘一带陷入一片硝烟战火之中。
张格尔探得喀什噶尔清军力量单薄，乃悔背前约。浩罕首领愤其背约，遂与张格尔叛军火并。这年八月，张格尔率部连续攻陷喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔、和阗，西四城全陷敌手；张格尔叛乱，使回部城镇沦于战火，人民的生命财产遭受战火的浩劫，也危及清王朝在新疆的统治，道光帝于是任命伊犁将军长龄为扬威将军，着手部署征剿张格尔事宜。
总指挥官扬威将军长龄调乌鲁木齐提督达凌阿、伊犁领队大臣祥云保分统满汉官兵各数千，又封陕甘总督杨遇春为钦差大臣率兵5000，再调山东巡抚武隆阿统吉林、黑龙江马队3000骑一齐出关，在阿克苏集结兵力共3.6万余，开始向喀什噶尔挺进。然后，清军仅用5个月的时间，即收复了张格尔盘踞的西四城，基本上粉碎了张格尔的叛乱。清政府平叛的迅速胜利，除了由于张格尔“需索科派，人心离散”，“暴虐已极，众心怨恨”的客观原因外，与道光帝的正确调度，也有密切的关系。
清朝此次发兵喀什噶尔，旨在全歼叛匪、活捉张格尔。然而敌军虽已瓦解，祸首张格尔却漏了网。为此，清朝责令长龄等人限期擒拿张格尔归案。
张格尔逃出喀什噶尔后，流亡于木吉、阿赖、拉克沙、达尔瓦斯等帕米尔深处山区，后来又纠集了200余人逃窜到柯尔克孜牧区萨克雅部落的托古斯托罗一带，伺机卷土重来。
道光八年（1828年）春节前夕，喀什噶尔代理参赞大臣杨芳派遣细作至边境，放风说清军已全部撤离喀什噶尔，此地防务空虚。张格尔果然中计，带500余骑兵，于大年三十除夕夜偷越边境，连夜抵达阿图什，想乘清军过年无备，袭击喀什噶尔。
喀什噶尔一带百姓饱受张格尔战乱之苦，不仅当地黑山派信徒对其恨之入骨，就连素被张格尔视为依靠力量的白山派信徒们也不再追随他。各族人民主动向清军通风报信，组织民军沿途袭击堵截。加以扬威将军长龄与杨芳早率6000余清军设伏以待，张格尔见势头不对，未及一战，就掉头回逃。
长龄命杨芳与库车固山贝子鄂对之孙伊萨克等，率兵星夜追击至喀尔铁盖山，终于堵住张格尔。经过一场激战，张格尔余党被斩杀殆尽。张格尔仅带30余亲信弃马登山，妄图隐没在群山沟壑之中。杨芳手下副将胡超、都司段永福二将，率部全力追击，几乎未经格斗，就将张格尔生擒。至此，张格尔叛乱才算彻底平息。
道光八年五月庚戌（1828年6月22日），喀什噶尔六品伯克迈玛特和库车五品伯克斯迪克及部分清军押解张格尔到北京城，献俘于紫禁城午门之外，张格尔被判处死刑。
张格尔死后，道光帝综合臣下建议，实行了一系列善后政策，他谕令要“重抚绥”，力图妥善地解决各回城伯克自治问题，明文制定了各回城补放伯克章程。规定各城三品至五品伯克缺出，由本城大臣照内地体制，造具四柱清册，一劳绩，二资格，三人才，四家世，出具切实考语，将应升应补之人开列四五员咨送参赞大臣验看。为杜绝边吏和伯克等对回民的需索贪求，道光八年，照那彦成等所议，道光帝令将过去边吏伯克等扰累之事勒石永远革除，一勒各城大臣衙门，一勒各城阿奇木衙门，同时通行刷印，分贴各回庄明白晓谕，明文规定，此后各城大臣或受已禁陋规或改易名目，仍有侵削，即照乾隆年间规定的办法，立行正法，所有滥应中饱之阿奇木等亦予正法。道光帝实行的这一系列善后之策，为西部边陲的安宁巩固提供了条件。
在平叛战争中，道光帝多次下达“殄灭丑类，俾无遗种”，“从逆者童稚不留”的残酷命令，因此，维吾尔族人民生命财产的损失自然十分严重。但是，道光帝领导的对张格尔叛乱的平定，无论是对防止西方殖民主义者的入侵，还是对维护国家的统一和领土完整以及西北边疆的和平安定，在客观上都有积极意义。
边疆之乱甫定，民族之乱又起。在嘉庆统治时期，蓬勃、迅猛发展的全国各族人民起义浪潮被残酷地镇压下去了，然而，封建社会内部的矛盾仍然在不断激化，道光年间，各族人民反封建的起义时有发生。其中规模较大的是湖南、广东、广西瑶族人民的起义。湖南衡、永、郴、桂四州郡，与广东连州、广西全州接壤，踞五岭之脊，是汉、瑶人民共居杂处之地。汉族地主阶级欺压瑶族人民，“掠攘侵侮”，而官府则“右奸民以朘瑶”。瑶族人民不堪封建统治者的欺压盘剥，奋而举起反抗的旗帜。
道光十一年（1831年）十一月，湖南永州江华县锦田乡瑶民联合广东瑶民六七百人，在赵金龙领导下，于两河口起义，迅速攻克两河口地区。道光十二年（1832年）正月，江华知县林先棵、永州镇左营游击王俊“带兵往捕”，为起义军所败。王俊滥杀无辜以泄愤，激起瑶民更激烈的反抗。起义军迅速发展，各寨响应起义的达1000多人，聚集于长塘夹冲，皆以红布裹首为号。永州镇总兵鲍友智调兵700人，永州知府李铭绅、桂阳知州王元凤各募乡勇数百合力进剿。赵金龙率军突围而出，至蓝山之王水瑶。起义军发展到两三千人，乘胜进至宁远地区。道光帝调遣总督卢坤、湖北提督罗思举赴剿，并令两广总督李鸿宾、广西提督苏兆熊各防边界。李鸿宾遣提督海凌阿率军进剿，海凌阿率宝庆协副将王韬以兵500余由宁远之下灌进攻。义军早有准备，一部分人扮成清军模样，混入军中，“伪充夫役，为官兵舁枪械”，大批义军则设伏于山沟陡狭之“池塘墟”。海凌阿率军至，义军四出冲杀，“乘高下突”，清军立即陷于混乱，王韬“披枪阵亡”，海凌阿亦被当场击毙。起义军声威大震。道光帝增调“久历戎行，身经百战”的贵州提督余步云至湖南，又布置各地实行“坚壁清野”，并令各瑶寨“自相团练”，使起义军“无食可掠，无人可裹”。官兵残酷征剿，到四月才镇压了赵金龙起义。但广西贺县、连州瑶民又分别起义，连败官军，清廷费了很大力气，才将义军镇压下去。
