次年，苏曼殊住进了上海霞飞路某医院，陈果夫回忆：“先生生的是胃病，在医院里很苦，……邓孟硕先生和先生很密切的，常常送菜来给他吃。他是没有主意的，胃口稍微好些，一餐就吃完了，所以他的病总不容易好全。那些时来看望他的同志很多。每天晚上，我总到他那里谈谈。有时他讲些游玩风景，有时讲些佛经的真谛。他自己也讲到他病的原因，必须自己改过自己的性情。”
张卓身来探望，问苏曼殊室内何以将炭火烧得如此炎热，曼殊告诉他，自己体温低，极度畏寒。
不久，苏曼殊住进宝昌路某医院。周南陔前去看望，曼殊握着他的手说：“身畔无一时计，日夜昏昏，不知命尽何时？”周解下所佩的怀表相赠。曼殊又骂医生不善看护，请周代他和医院交涉。周去找院长，院长拿出三四包糖炒栗子，反而抱怨说，曼殊不遵医嘱，私下食用禁忌之食物，这便是从曼殊枕畔搜出来的，这样病怎么可能迅速痊愈。
程演生到医院看望苏曼殊，曼殊拿出多张当票，让他为其赎当，程亦无钱，未能相助。之后程北上，曼殊犹托他带书信一封交予陈独秀、蔡元培，说想请二人为其谋取学费，准备病愈后到意大利留学，学习绘画。
1918年春天，苏曼殊转到金神父路的广慈医院，居正也在广慈医院治疗，住在曼殊隔壁。周南陔去看望曼殊，听居正说，曼殊已病入膏肓，无法治愈，但他又特别怕死。周让居正编个神话宽慰他，居正便去对曼殊说：“夜来梦一神人如佛状，云中宣言曼殊病当速瘳，予复为子求福，良久乃寤，子疾必愈矣。”曼殊闻而大乐，于衾中合十谢佛祖及居正，其状尤可悯。
苏曼殊墓（今不存）
2月中下旬，苏曼殊写信给柳亚子，告知已经不能起立，日泻五六次，待到3月，再致信柳亚子，病已愈深，日泻达六七次之多。
苏曼殊去世前，郑桐荪与朱少屏去看望他，他对郑说：“前几天几乎要死，现在已经出险，以后我的雪茄烟及糖，不能再乱吃了。”
平智础过上海，与龚未生到医院看望，曼殊已经病骨支离，奄奄一息，弥留之际，对诸友说：“对不住……”待孙伯纯得悉到病榻前探望时，已不能语。
1918年5月2日下午4时，苏曼殊留下一句“但念东岛老母，一切有情，都无挂碍”，然后离开了人世。除了几只粗陋的箱子和一些胭脂香囊，曼殊再无遗物。友人在其枕畔发现一纸球，上书“僧衣葬我”四字。但是最后入殓时，穿的是他平生不曾穿过的一般绅士所穿的蓝袍马褂、黑缎鞋。
苏曼殊的后事由汪精卫等料理，办丧事的费用为戴季陶、叶楚伧等友人所凑，孙中山夫人也捐了四十元。5月4日，其灵柩暂厝广肇公所，时许多革命党人因被通缉，无法走出租界，故送灵的只有孙伯纯、日本人滔天氏的夫人、日本人龟井以及一位不知名的广东人而已。
6年后的1924年6月9日，由孙中山出资千金，令苏曼殊友人陈去病营葬西湖，陈的女弟子徐忏慧慨然从西湖孤山之阴自营生圹（生前预造的坟墓）中划出一部分，作为曼殊安眠之地；与之遥对相望的，是南齐名妓苏小小的义冢。
安葬苏曼殊后，众人到附近饭馆就餐。陈去病、居正、林之夏皆纵酒而饮，大醉不止，历诋时人，批评政局。诸贞壮让酒保藏了酒具，谎称酒尽，但三人仍不肯休。诸说：“今天是什么日子？座中各位已为曼殊之死无限悲伤，何可更作酒悲！”乃共罢饮。林之夏醉得踉跄难行，若不是诸贞壮搀扶，他几乎无法渡湖回家。
景慕
苏曼殊死，柽山先生挽之曰：“君与基督同年死！”盖苏曼殊死时三十五岁，与基督同。
苏曼殊去世后，其友人柳亚子为其作传，搜寻、编撰遗诗遗稿，对其身世、作品进行了大量的考证工作，使世人得以了解曼殊其人其作。柳亚子之子柳无忌亦承父业，进行苏曼殊研究。
日本学者增田涉研究苏曼殊，鲁迅曾致书云：“研究曼殊和尚，确比研究《左传》《公羊传》等更饶兴趣。”
苏曼殊去世后，有人说其作品非革命党人所作，李焰生为之辩护道：其一，曼殊之为人笃于性情，其见诸文字，芬芳悱恻，一如其人。其二，曼殊之为人天真未凿，行年三十余，犹不失其赤子之心。其三，革命党人最要富贵不能淫，威武不能屈。然在曼殊心目中，则直不知富贵威武为何物，尤不知其何能淫人屈人。“盖曼殊胸次湛然，殆如秋水之不着尘埃。有此三者，党人自孙公一下皆敬爱之”。
传闻苏曼殊生前颇多女弟子，其中一位罗曼英女士，素有洁癖，衣服日易三四次，且必亲自洗濯。居室之内，窗明几净，洁无纤尘。偶有人过访，则危坐一旁，不敢稍近。其人去后，即加洒扫。客坐之椅，拂拭者再，比之医院对待病床犹且过之。进食必用特设之碗筷，肴膳都是亲自烹饪，如经他人之手，则摒弃不食。倘碗内发现灰尘飞虫之类，则并碗亦弃之不复用。惟于其师曼殊前，则极力隐忍，不敢稍加轻慢。
1928年1月，有人冒用鲁迅之名，到杭州孤山苏曼殊坟凭吊，题诗云：“我来君寂居，唤醒谁氏魂？飘萍山林迹，待到它年随公去。”
30年代初，有人在杭州西湖苏曼殊墓前，看到一位日本女子，盈盈瞻拜。此女徐娘半老，风韵犹存。游客中有懂日语的，讶而询问，始知女名千叶子，在东京以唱歌为生，曾与曼殊有过一段情缘。此次因献艺来华，故特拜谒曼殊之灵。
许多诗人、作家也慕名到孤山凭吊曼殊墓。诗人严梦归来后，还由此创作了诗剧《曼殊的春梦》。
苏曼殊之侄女苏绍琼天生聪明多感，与其叔曼殊同。苏绍琼观《曼殊集》，每读至缠绵悱恻处，时见嘤嘤啜泣，尝曰：“世界上与我情同者，三叔之外，又有谁人哉？”又曰：“精神痛苦，唯一的药就是死。”又作诗云：“孤寂的孤山呀！只有曼殊配作你的伴侣！”因其聪慧，为教师王晶慈所喜爱，同学中有嫉妒者，传言其与教师恋爱，遂被其母所恶。遇此变故，苏绍琼遂生厌世之心，饮药自尽，年仅16岁。
上海崇明岛一黄姓人家的儿子，生活遭遇与苏曼殊相似，熟读曼殊作品，热烈信仰曼殊，处处学习曼殊，作风同曼殊几乎一样，被称为“又一个曼殊”。
一度，东洋留学生捧苏曼殊，西洋留学生捧黄公度，留学生甚至不知苏东坡、黄山谷，心目间只有这一对苏黄。
苏曼殊的作品尤为女读者所钟爱，有女子竟取曼殊遗像，嵌诸金边画框内，香花供奉，视如兰闱知己。杭州一女子读曼殊作品，寝食为忘，在书上题道：“苏僧画品清洁，诗亦新颖可喜，其怀人诸作，深情绵邈，尤令人有愿见颜色之思。”
品评
陈独秀说苏曼殊：“至于人情世故上面，曼殊实在也是十分透彻，不过他不肯随时俯仰，只装作癫癫疯疯的样儿，以佯狂免祸罢了。章太炎做的文章上，说他不解人事，几乎形容他是个傻子，其实他住在日本的时候，太炎和刘申叔冲突的原因，他完全是明白的。好在他们都当他是傻子，什么事不去回避他，而他也一声不响，只偷偷跑来告诉我。”晚年，陈在狱中说：“苏曼殊是个风流和尚，人极聪颖，诗、文、书、画都造上乘，是大有情人，是大无情人，有情说他也谈恋爱，无情说他当和尚。”
孙中山将苏曼殊与当时的名僧太虚和尚进行比较道：“太虚近伪，曼殊率真。内典工夫，固然曼殊为优；即出世与入世之法，太虚亦逊曼殊多多也。”
周作人对苏曼殊作了多方位的评价：
评价曼殊其人云：“曼殊是一个很有天分的人，看他的绝句与小品文可以知道，又生就一副浪漫的性情，颇足以代表革命前后的文艺界的风气。”
批评他的思想云：“但是他的思想，我要说一句不敬的话，实在不大高明，总之逃不出旧道德的樊篱——这在诗人或者是难免的？……曼殊思想平常，或者有点像旧日读书人……”
评价他的诗文云：“他的诗文平心说来的确还写的不错，或者可以说比一般名士遗老还要好些，还有些真气和风致，表现出他的个人来，这是他的长处。”
评价他在文学史上的地位云：“先生说曼殊是鸳鸯蝴蝶派的人，虽然稍为苛刻一点，其实倒也是真的。”“曼殊在这派里可以当得起大师的名号，却如儒教里的孔仲尼，给他的徒弟们带累了，容易被埋没了他的本色。”
茅盾评论苏曼殊的作品说：“我好像看见作者的太赤热的心，在冷冰冰的空气里跳跃。它有很多要诅咒，有很多要共鸣，有很多要反抗。它焦灼地团团转，终于找不到心安的理想、些微的光明来。”
苏曼殊友人姚鹓雏评价道：“君心胸意趣如魏晋间名流，吐属妍雅，而蕴藉不露圭角。游人间世，翛然如闲云野鹤，不可以常意拘，类如此矣。张融所谓：’不恨我不见古人，所恨古人不及见我耳。‘又曰：’不可无一，不可有二。‘君其几之。……曼殊遗落一切，逸韵自喜，故著述不多，亦非经营刻意以为之者。天资绝特，于学无所不通，而深自敛抑，勿以炫世。善言《易》者不言《易》，朋辈中一人而已。”
梦舟将苏曼殊与李白相比较道：“太白肆傲人间，以获得后而贱视高官厚禄为得意；曼殊不傲也不谄，悠然物外，除了吸吕宋烟、吃冰、写作和病以外无他事，老早把高官厚禄看不上眼。翻开曼殊的遗札一看，任你如何找法，也找不出《李白与韩荆州书》那样的东西。在诗方面说，李白诗天马行空，雄放绮丽。而曼殊的诗，却没有一首不是充满了秀逸悲愁的意境的。……曼殊死在壮年里，人们多说他据有天才的华宫外，也有着非常之努力，故能够懂得几国的文字，同时又能够欣赏了那么多的古文艺作品。如果用普通人的学力去衡度，就在时间上算，曼殊也决不能学得那么多东西。其实曼殊有的，只是天才，天才之外，就是兴味。”
郁达夫说：“苏曼殊是一位才子，是一个奇人，然而绝不是大才。天才是有的，灵性是有的，浪漫的气质是很丰富的，可是缺少独创性，缺少雄伟气，……曼殊的才气，在他的译诗里、诗里、小说里、画里，以及一切杂文散记里，都在流露闪耀，可是你要求一篇浑然大成的东西，却在他集子里寻找不出。……笼统讲起来，他的译诗，比他自作的诗好，他的诗比他的画好，他的画比他的小说好，而他的浪漫气质，由这一种浪漫气质而来的行动风度，比他的一切都要好。”
郁达夫又说：“苏曼殊的名氏，在中国文学史上，早已是不朽的了。”
有人评价道：“作家许地山（落华生）是入世的’真人‘，而和尚苏曼殊是出世的’情人‘。”
文公直叹道，曼殊“如孤芳自赏之菊花，如出泥不污之莲花，如傲雪冲寒之梅花，如幽香淡雅之兰花。……曼殊之性情，过于狷洁，过于明白，故不为浑浊之时代所容”。
刘太希总结道：“曼殊上人一生，行畸，遇畸，文畸，诗畸，画畸，殆无不畸，庄子曰：畸人者，畸于人而侔于天，观于上人良信。上人之画，不必师南北二宗诸大师，而自合榘度，其所作，疑皆寓身世难言之恫，以不着点尘之笔，写不可一世之情，扣于窈冥，诉于真宰，一丘一壑，妙极其微，或钓艇荒滩，灵旗破庙，或金轮飞锡，千刃振衣，或敷行衰柳，摇落山川，或红叶小桥，有人吹笛，莫不神出古异，灵光接天，表圣有言，性情所至，妙不自寻，遇之自天，冷然希音，上人画境，当于此中喻之，殊不能以一家一派，量度其价值也。”
友人高燮曾诗赠苏曼殊曰：“住心常觉众生苦，冷眼犹嫌热泪多。”
顾彬说：“苏曼殊是文言文最后一位大师，同时也是第一位对于病态没有采取回避态度的作家，在作品中对病态做了不加粉饰的描写。”
在陈平原看来，苏曼殊出于脱苦脱俗的需要，强迫自己信仰佛教，潜意识里却始终浮躁不安，他的作品正是“在东西文化、俗圣生活的矛盾中苦苦挣扎的心灵的自白”。
茗山大师说，自己在“禅堂参悟，而曼殊于妓院得道”。
印顺大师说：“中国有两大诗僧，前有佛印，今有曼殊。”
戴季陶回忆道：“我还记得死朋友中，有一个苏玄瑛，这个人是我所不愿学，同时也是我所不能学的一个人。他的性情，也很有超绝一切的去处，但是他到底是一个个人主义的结晶。就超生活的一面看，他也是一个人类中的优秀，却是在生活里面看，他倒是一个累世的人。这样的人，高而不崇，洁而不纯，于个人可成为良友，与社会绝不能不说是赘疣。”
