然而，在20世纪之前，疟疾被认为是由不良的景观所引起，疟疾的原文malaaria在意大利话是“不良空气”之意，特别是指沼泽地区的潮湿空气，那正是早期欧洲探险者避之唯恐不及的捧气。蚊子扰人是不假，但把蚊子与这种夺命恶疾所引起的难过发烧给连在一起，可是一直要到现代医学兴起后才得到确认。不过，早期欧洲人的认知在某方面来说是正确的：不良的地理环境确实导致了这种疾病，但并非由沼泽附近的不良空气质量所造成，而是由于沼泽地带有适合蚊子繁殖的潮湿环境，因而带作造了大批饥饿的雌蚊，也就有助于疟疾的传递。
法国流行病学家维尔哈吉（JacquesVerdrager)在1992年发表了一篇论文，提出吴哥的水稻田之所以遭到废弃，是因为那提供了疟蚊完美的繁殖场所，特别是对东南亚常见的蚊种大劣疟蚊（Anophelesdirus)来说。随着传递疟疾的蚊种数量增加，人类族群里遭受感染的数量也增多，因而形成了恶性循环：
更多的人死于疟疾或离开吴哥，造成更多废弃的稻田。在短短几个世代的时间，吴哥就几乎完全没有人居住了。虽说疟疾在吴哥没落过程中扮演角色的重要程度还不确定，但疟蚊这种扰人的昆虫很有可能促成了世上最伟大城市的毁灭。
全球都有疟蚊的存在，有将近四十种疟蚊者卩能收留疟原虫，其中大多数属于热带及亚热带种，在非洲、东南亚以及拉丁美洲特别常见。部分是由于蚊子的分布广泛以及它们在传递疟疾上扮演的角色，许多研究人类史前史的学者一向认为，在人类的整个演化史上，疟疾一直是个祸害。不过最近从基因的研究，却揭露了一段更复杂的故事。
美国国家卫生院研究员乔伊eirdreJoy)和同事研究疟原虫的DNA，发现恶性疟原虫（Plasmodiumfalciparum)全球族群开始分歧，至少已有五万年的历史；恶性疟原虫引起的疟疾是最危险的一种。这个时间点显示早期人类离开非洲（最早的一批从五万年前开始出走），走上殖民全球的旅程时，是带着非洲疟疾同行的。乔伊和同事发现的证据里可能更有意思的是，恶性疟疾在过去一万年间从非洲向外的大幅扩张，与新石器时代农业扩张的时间相同。
另外还有一项基因研究，对于晚近发生的改变提供了互补性的认识，只不过这回是从人类基因组的模式里得到的。宾州大学的遗传学家提史科夫（SarahTishkoff)和同事仔细分析了与G6PD基因有关的变异，发现该基因在过去一万年里遭到强的。
G6PD是帮忙把食物里的葡萄糖在细胞内转换成烟碱酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸（NADPH)的酵素；NADPH是细胞里的能量货币，我们吃进食物里的能量，最终都会转换成NADPH及同类生化物质NADH与ATP。换句话说，G6PD是个相当重要的酵素，其功能在过去数亿年的演化史当中，受到了仔细的调整。然而在某些人类族群当中，其G6PD酵素带有造成功能下降的突变，由此导致了俗称蚕豆病的毛病，因为病人会因吃了蚕豆而表现出病征。这些症状包括贫血、黄疸以及肾衰竭在内。全面发作的蚕豆病是种极为恶劣的毛病，连敌人你都不见得愿意看他患上，更不用说自己的小孩了。
然而，某些G6PD功能的下降却带来有趣的副作用；由于G6PD在红血球当中似乎特别活跃，其功能缺失在红血球当中也特别明显。疟原虫在红血球里进行生殖周期时，会搜刮细胞里的NADPH作为己用（它本来就是寄生虫）；如此一来，细胞的代谢压力过大，会导致细胞进行自杀，把寄生的疟原虫也一并杀死。遗传到G6PD这种功能缺失的小孩，虽然一并遗传了好发蚕豆病，同时也取得了对疟原虫的保护力。
提史科夫和同事使用的方法，与第一章里介绍过的普里察所用的方法类似检视G6PD基因变种当中的差异。他们特别针对其中两个变种，一种常见于爿洲族群，另一种则盛行于地中海族群(随族群不同，发生率也不同，一般来说，这些变异有20%的发生率）。经由评估变种当中的基因变化形式，遗传学家估计非洲变种的历史在距今3840年前到11760年前之间，地中海变种看来更年轻些，在1600年前到6640年前之间。换句话说！两者都约是在过去一万年里出现的。这可是个惊人的发现，与疟原虫基因组的研究结果一并来看，显示疟疾是在过去一万年内才成为人类重要的祸害。
一路专心看到这里的读者应该已能了解，那正是新石器时代人类社会发生巨幅变动的时刻。疟疾是个非常古老的疾病，好几万年前就可能在热带地区的狩猎采集族当中肆虐；等到人类定居下来从事农牧业后，疟疾进一步成为人类更大的威胁。
虽说部分成因是农业社会人口密度的增加，还有一部分也可能归咎于农作采用的方法；特别是早期农人选择疟疾肆虐的地区，改变自然景观作为农地，不可避免地造成了更多人罹患疟疾。一如吴哥的情况，在森林当中开辟空旷农地(热带非洲），修筑蓄水池与水流缓慢的运河（中东地区h都将提供疟蚊理想的繁殖场所。疟蚊需要在有阳光照射的浅水中繁殖，在农业兴起前的时代，并没有那么多的水塘。一旦人类开始铲平树林、种植谷物，这些昆虫就变得更常见了。
看来早期的非洲农民在种植食物及改变自然景观之际，可能也同时种下了生出新流行病的种子。
因此，疟疾与其他在新石器时代发病率有所增加的传染病模式也若合符节，第二波的疾病潮至此全速展开，其病原以及人类本身基因组的影响，至今仍可见及。过去两百年来人类行动能力的增进，等于是把传染病这锅混水以惊人的速率翻搅，现代的飞机就是过去的灌溉运河。新兴传染病注定会在未来几十年间成为严重的挑战，就这一点，猪流感、变异型库贾氏症以及人类免疫缺陷症候群等疾病，都可作为佐证。
然而人类更长期的战斗对象，并不是这些微生物，而是人类自身的生物学。作为第三波的慢性疾病仍方兴未艾，这些慢性病如何发迹成长，是接下来我要讨论的题目。
碳水化合物与蛀牙
今日属于巴基斯坦的梅赫尔格尔村（Mehrgarh)位于多巴加格尔山脉(TobaKakarRange)的山麓，这条山脉在喜马拉雅山脉西部，平均高度超过三千公尺，地处偏僻，人踪稀少，据说本拉登于2004年曾藏匿此间，以躲避西方军队的搜捕。其中唯一还算容易通过的通路“波伦山口”，几千年来都是南亚的门户。从中亚往南到印度的旅客经此山口离开山区后，会发现自己来到印度河西岸干燥的喀蚩平原（KachiPlain)印度河从西藏高原发源，蜿蜒三千多公里后在此注人阿拉伯海。这里似乎不是建立村落的理想地点，但梅赫尔格尔村早在九千年前就存在了。
梅赫尔格尔村是全球最古老的新石器时代部落定居地之一，在南亚地区则居首位，是公元前3世纪印度河流域文明的前身！印度河流域文明还包括梅赫尔格尔以东的哈拉帕（Harappa)与莫亨佐达罗(MohenjoDaro)两遗址在内的广大屯垦区。
自20世纪70年代起，考古学家在梅赫尔格尔村就进行了大量的发掘工作。一如中东地区的新石器时代屯垦区，该地也可以发现人类对驯化的动植物愈来愈依赖的模式。从最古老一层的出土物可以看出，当时的人仍以猎取大型动物为食；一旦驯化的家畜现身后，打猎活动就突然停止了。梅赫尔格尔村的居民种植小麦与大麦，并饲养牛、山羊与绵羊。他们作t在以泥砖建造的房屋里，并制作陶器。他们也使用金属制作物品，与附近区域的族群交易。譬如该地发现有来自东北方八百公里外帕米尔高原的青金石，也有来自印度洋的贝壳。在许多方面，新石器时代的梅赫尔格尔村居民过的是典型的新石器时代生活；此外，他们也有蛀牙。
梅赫尔格尔村的研究工作中，最饶富兴味的发现之一，是最早有牙医工作的证据。该证据是从遗址最古老的一层出土的，时间在九千年前到七千五百年前之间。由于那属于新石器时代，因此用来钻洞的工具也理所当然是用石头做的。一份研究该址出土牙齿报告的作者群认为，新石器时代的牙医使用一把弓来旋转一只精巧的石制钻头，只需几秒钟就可以在牙齿上钻出一个洞来。由于这些洞都位于后方的臼齿，显示其目的不是为了装饰(这可不是嘻哈风牙齿艺术的古代版本）。同时还有证据显示牙洞周围有磨损的痕迹，显然是牙齿钻过洞后继续使用所造成的，也证实牙洞是在活人身上钻的。这样的发现显示，当时的人之所以会忍受这种痛苦的治疗，是为了减轻蛀牙造的。
在更早期的旧石器时代出土的牙齿，以及现代的狩猎采集族身上，蛀牙是很少见的，但在新石器时代的群落却有显著增多。其中研究最详细的例子，来自拉森(ClarkSpencerLarson)针对古代美洲原住民的研究工作。最早以狩猎采集为生的美洲原住民，有蛀牙的比例不到5%，但当他们实行农业生活之后，该比例就达到将近四分之一，增加的程度可是相当惊人。
因此梅赫尔格尔村民愿意让人以人力转动的石制钻头在牙齿上钻洞，就不见得那么让人奇怪，因为他的牙齿可以说是把他们的嘴巴都给蛀烂了。
