当晚9时，清华大学将王国维的灵柩运回清华大学，停在清华园南面的刚秉寺。由于天气炎热，遗体不宜久放，清华大学在征得王家同意后，便在清华大学的刚秉寺内举行了简朴的葬礼。参加遗体告别仪式的，除了王国维家属和部分学生外，还有梅贻琦、陈寅恪、吴宓、梁漱溟、陈达等人以及北京大学的马衡、燕京大学的容庚等人。因为是文明社会，追悼会上大家一般都行鞠躬礼，学生们对王国维遗体行三鞠躬。而据姜亮夫先生回忆，王国维在北京昆明湖鱼藻轩自沉，遗体被运回清华园。清华国学院的师生列队默哀，人人都很悲痛。那时，走来一人，在远远的地方开始跪下，向王国维遗体行三跪九叩之礼，此人便是陈寅恪先生。陈先生不说话，单单因为陈先生这个突兀而震撼的告别礼，就使清华国学院的师生都放声大哭起来，让在场的人一下失去了控制。学生们全都跟着陈寅恪先生重新行三跪九叩的大礼。似乎只有用这种传统的大礼才能表达师生之间的情谊，才能体现人们对这位国学大师的尊敬。
世事多变，湖南国学大师叶德辉的被杀，长子王潜明的因病去世，与罗失和均在焦虑的王国维心底投下阴影。熟悉王国维的人知道，他看起来表面上不苟言笑，不喜欢聊天，却有浓厚的情感。梁启超《王静安先生墓前悼词》载：“王先生的性格很复杂而且可以说很矛盾：他的头脑很冷静，脾气很和平，情感很浓厚，这是可从他的着述，谈话，和文学作品看出来的。只因有此三种矛盾的性格合并在一起，所以结果可以至于自杀。他对于社会，因为有冷静的头脑所以能看得很清楚；有和平的脾气，所以不能取激烈的反抗；有浓厚的情感，所以常常发生莫名的悲愤。积日既久，只有自杀之一途。”王国维一生致力于学术，也将生命献给了学术。昆明湖拯救了王国维，成全了王国维。
王国维自沉三天后，罗振玉派四子罗福葆前来王家吊唁。罗振玉原本想亲自过来，“因旁人恐彼来有所感或有他变，故不肯使他来京。”不过，罗振玉还在悲痛之中，尽了后死者之责。他先代拟了一份伪遗折，然后又叫四子罗福葆模仿王国维笔迹予以誊抄，接着急速送呈已被冯玉祥赶到天津的逊帝溥仪。溥仪接到落款王国维的“遗折”后，大为感动，下诏封王国维为忠悫公，并赏银二千元治丧。由于世人不知“遗折”的来源内幕，加上王国维不但出任过溥仪的南书房行走，而且他至死都在脑后留着辫子，故王国维之死被染上浓厚的“殉清”色彩。王国维自沉昆明湖后的第四天，即1927年6月6日，北京《顺天时报》刊载一篇题为《王国维在颐和园投河自尽之详情》的文章，对6月2日至6月3日王国维自沉前后的一应情形叙列甚详，全力为那些不知底里，而又想探知真相的公众解开疑窦，起到正彼视听的作用。这篇文章署“清华学校一分子、爱敬王先生之一人启”，实为吴宓所写。
1927年6月16日，在北京下斜街全浙会馆祭奠王国维，海内诗人共申哀悼。祭奠活动共收到数百幅挽联，在罗振玉的帮助下，将其中的一百六十六幅交由王国维的儿子高明、贞明、纪明、慈明、登明编成纪念册《王忠悫公哀挽录》。其中陈寅恪的挽联为：
十七年家国久魂消，犹余剩水残山，留于累臣供一死；
五千卷牙签新手触，待检玄文奇字，谬存遗命倍伤神。
梁启超以“通方知类”来概括王国维的治学方法，他的挽联为：
其学以通方知类为宗，不仅考字译鞮，创通龟契；
一死明行已有耻之义，莫将凡情恩怨，猜拟鹓雏。
梁启超在王国维自沉那天本想去天津，并且进了候车室候车，听说王国维出事的消息后，立刻赶回清华并积极参与料理王国维的后事。利用他在社会上的影响力，积极在清华的上级主管部门外交部为王国维的抚恤金而奔走。他还在《国学论丛》的《王静安先生纪念专号》写序，大力宣传和肯定王国维的学术成就。
除了挽联，更多的是以诗文来祭奠。顾颉刚《悼王静安先生》将王国维与三个月前去世的康有为对比，还原具体的历史文化环境，褒奖王国维坚持学术信念的传统知识分子品格。吴宓认为王国维临死前将整理书籍的重任托付于他，完全是学术知音的表现，同时也为清华国学院失去王国维而痛惜和忧虑，他的《空轩诗话》记载：“自静安先生之殁，清华国学研究院即甚零落。”海内外学术界纷纷举行纪念活动，出版纪念专号四章，与前一年学界巨子俞樾离世之寥落适成对比。但王国维正当盛年，在学术研究如日中天之时，遽尔自沉，给后人留下了诸多疑问。
8月14日，遵照王国维的遗命，人们把他葬在清华园东二里西柳村的七间房墓地。下葬当天下着雨，道路泥泞难行。又正值暑假，绝大部分学生已经离校，前来送葬的，有曹云祥校长及其他教员十余人，留校学生何士骥、姜亮夫、王力、毕相辉、刘节等人也参加了安葬仪式。王国维的坟由清华泥水匠修建，上面立有一碑，上书逊帝溥仪“赐予”王国维的谥号“王忠悫公”，并由杨钟羲撰写墓志铭，袁励准书于石上。
1929年6月3日，王国维逝世两周年纪念日。清华大学国学研究院师生集资，在校内为他建了一座“海宁王静安先生纪念碑”。碑文由陈寅恪亲自撰写，其文曰：“海宁王先生自沉后二年，清华研究院同人咸怀思不能自已。其弟子受先生之陶冶煦育者有年，尤思有以永其念。佥曰，宜铭之贞珉，以昭示于无竟，因以刻石之词命寅恪。数辞不获，已谨举先生之志事，以普告天下后世。其词曰：士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏，真理因得以发扬。思想而不自由，毋宁死耳。斯古今仁圣所同殉之精义，夫岂庸鄙之敢望！先生以一死见其独立自由之意志，非所论于一人之恩怨，一姓之兴亡。呜呼！树兹石于讲舍，系哀思而不忘。表哲人之奇节，诉真宰之茫茫。来世不可知者也，先生之着述，或有时而不章；先生之学说，或有时而可商。惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光！”
正当学术盛年的王国维，以非常的方式蹈水自杀，这个事件震惊了全国，也留下一连串耐人寻味的“斯芬克斯之谜”。在这一碑文里，陈寅恪不仅剥离了覆盖在王国维蹈湖之事上的“殉清”说以及其他传言，鲜明地指出王国维之死的“殉文化”色彩，还指出王国维之死旨在追求“独立之精神，自由之思想”。陈寅恪此论引起学人的强烈共鸣，并在文化界也产生了深远的影响。或许，这就是王国维自沉的真正原因。
王国维死因之谜
王国维的死因之谜是20世纪文化界最大的公案之一。世人对于一代学术大师的死，一面痛惜他过早逝世，一面怀念他生前的璀璨成就。他的学问就如一颗大宝石，每个切面都会发出耀人的光芒。梁启超称“若说起王先生在学问上的贡献，那是不为中国所有而是全世界的”，“今年仅五十一岁，若再延寿十年，为中国学界发明，当不可限量”。郭沫若认为他“留给我们的是他知识的产物，那好像一座崔嵬的楼阁，在几千年的旧学城垒上，灿然放出了一段异样的光辉”。文化名人自杀，不只是一个纯粹的文化事件，它有着复杂的社会原因。王国维并不将自杀看作是解脱的良方。他在《红楼梦评论》言：“解脱之道，存于出世，而不存于自杀。”话虽如此，但是他还是选择自沉作为终止生命的方式，其中必有不可化解的文化症结。
王国维生活于中国前所未有的社会大变局之中，他突然自杀，是学术界的一大损失，引起社会的巨大反响。海内外人士，无论认识与否，莫不悲痛哀悼。遽尔自沉，留给世人一连串的疑问，至今仍未有一个令人信服的结论。其《教育小言十则》分析自杀之原因时论：“至自杀之事，吾人姑不论其善恶如何，但自心理学上观之，则非力不足以副其志而入于绝望之域，必其意志之力不能制其一时之感情，而后出此也。”个中原因很复杂，有复杂的社会背景，王国维自身的矛盾性格、分析者的立场纠缠也是重要的因素。因此，追溯各种有关王国维的自杀原因，其本身就是一件有意味的事情。王国维投湖之谜，当时有诸多说法，一时莫衷一是，归纳起来主要有以下几种：
（一）“殉清”说
对于王国维的死因，影响最大、流传最广的要数“殉清”说。王国维一生都留着那代表保守、作为时代象征的辫子，王国维以秀才身份，被溥仪打破大清南书房行走须翰林院甲科出身的旧制，召其入直南书房，有了“殉清”的思想基础，更对逊帝溥仪有国士知遇之感。1924年11月，冯玉祥发动北京政变，驱逐溥仪离开紫禁城，王国维跟随溥仪，未尝离开，以致屡次欲跳神武门御河自杀，因此他有清朝的遗老心态。“殉清”说有广泛的社会传播渠道和接受基础，最具代表性的是罗振玉、吴宓及溥仪三人。
辛亥革命后，他随罗振玉东渡，成了所谓的清遗老。1923年，受逊帝溥仪征召出任南书房行走，自杀前还托罗振玉将“论政事疏”转交给溥仪，以表明心迹。而溥仪正是读了王国维的疏论后，感到“孤忠耿耿，深恻朕怀”，以致加封论赏。激进的思想家们则指责王国维保皇，为清朝完节。现代学者陈元晖《王国维的美学思想》认为：“王国维是保皇派，他终其一生都是尽忠于清朝皇帝的……对于历史发展的必然结局，他不敢设想，最后只能用自杀来结束他的一生。”但是“论政事疏”的真实性一直受到质疑，王国维的弟子赵万里认为此遗折乃是罗振玉伪造。遗书中并无一语涉及清王朝及溥仪，更无有关遗折的交代，就是一个有力的注脚。
罗振玉《海宁王忠悫公传》载：“乃十月值宫门之变，公援主辱臣死之义，欲自沉神武门御河者再，皆不果。及车驾幸日使馆，明年春幸天津。奉命就清华学校研究院掌教，以国学授诸生。然津京问战祸频仍，公日忧行朝，频至天津，欲有所陈情，语呐辄不达。今年夏，南势北渐，危且益甚，公欲言不可。欲默不忍，乃卒以五月三日自沉颐和园之昆明湖以死。”在某种意义上说，王国维之死的“殉清”色彩是罗振玉的人为涂饰。他先是拿出逊帝溥仪“赐予”王国维的“诏书”，亮出谥号“王忠悫公”，给处于惊愕之中的世人定下一个基本的格调。接着大肆邀请在京的日本名流在日租界为王国维举行公祭，在祭文中，罗振玉做足了文章，伪造他与王国维三次约死的故事。这段富有传奇色彩的故事又增添了王国维的遗老色彩，以致当时出版有关王国维的纪念文章大多提及王国维为亡清轻生的念头。最后在编选王国维遗稿之时，冠以“王忠悫公”，无形之中强化了王国维的“殉清者”形象。
从王国维之死的时、地来看，1927年6月2日是端午节前两天。端午节习俗本来就跟屈原自沉以殉故国之事密切相关，王国维一向推崇屈原，以致当时的一班遗老们把王国维比作屈原怀忠而自沉汨罗，《清史稿》还将其纳入“忠义传”。遗老金梁援引《诗经》和《逸诗》来证明王国维的自沉之地——鱼藻轩，具有“忧王居之不安”、“忧世变之日亟”的深意。王国维的丧葬亦极具遗老色彩，以清朝冠服入殓，由杨钟羲撰写墓志铭，袁励准书于石上。杨、袁二人，都出身进士，是典型的遗老，其墓志铭的内容也强化了王国维为清朝尽忠的形象。
与王国维过从甚密的吴宓，最初也持相同的看法，尽管日后他极力反对“殉清”说。其《雨僧日记》认为：“王先生此次舍身，其为殉清室无疑。大节孤忠，与梁公巨川同一旨趣。若谓虑一身安危，惧为党军或学生所辱，犹为未能知王先生者。”溥仪虽为废帝，但其一份“诏书”确也干扰视听：“南书房行走五品衔王国维，学问博通，躬行廉谨，由诸生经朕特加拔擢，供职南斋。因值播迁，留京讲学，尚不时来津召对，依恋出于至诚。遽览遗章，竟自沉渊而逝，孤忠耿耿，深恻朕怀。”从日后的实际情况来看，溥仪未免有些自作多情，更大程度上是被罗振玉蒙蔽和利用了。
