黄州城门紧闭，数名兵丁把守。府衙内，于成龙从容饮酒，捋须端坐，倾听属官的谋议。属官皆认为起义军拥众十万，而黄州官兵二三百人很难力挽狂澜。三十六计，走为上策，不如及早退向麻城。于成龙正色而言：“黄州为湖北七郡门户，我师屯荆岳者数十万，水陆转运取道于此，且濒江而城，控制阻险，前倚兴宁庐阜，后压天堂金刚诸寨，虽只一郡，实为东南之关键。释此不守，则荆岳有狼顾之虞，七郡成瓦解之势，所系非仅一城已也。吾誓死不去此。”
众僚属见于成龙誓死不离黄州，纷纷喋血盟誓，愿与于成龙同舟共济，死守黄州。于成龙话锋一转：“然吾坐困以待毙，不若相机进剿，犹可侥幸。”
“彼众我寡，以一抵百，此自投水火是也。”众僚纷纷说道。
于成龙笑道：“贼势虽众，并不足十万，且众贼尚未云集，善征战者寥寥无几，各路贼兵皆以士荣为核，若先破士荣，余可不战而下，吾意已决矣。”
于是，于成龙遣门下诸生征集各区乡勇，分守山隘，令逃兵不得入与贼兵合，余众皆随他征剿。十一月二日，于成龙派飞骑禀告张朝珍，要求派兵驻防府城，并帮助剿抚第二次东山之乱，然后带领马步官兵二十二名向东山进发，黄州沦为空城。
于成龙表面从容自若，但实则忧心如焚。他在给张朝珍的信中说：“时事多艰，忧心如焚……府城空虚，人心汹汹，中怀忧虑。又恐一入山中，外寇难于照应，一身进退维谷，再四筹度，出其不意而临之，迅雷不及，事或可济。平黄兼以平麻安危之势，在此一举耳。”
四日，于成龙轻骑潜行，孤军深入，到达贾家店，离起义军十五里。五日，黄协千总李茂升，把总罗登云、吴之兰率所部五十余人投见。各区长接到于成龙的檄文后也纷纷率领乡勇投见，一日之间征剿队伍增至两千余人。然后于成龙召开誓师大会，鼓舞士气。恰好谍报何士荣已到黄土坳，即派遣罗登云和张尚圣带领侦察小分队绕小径至黄土坳，探知何士荣动向，自己则率领大队人马进发。
七日，侦察小分队与何士荣相遇。何士荣大为惊诧，没想到于成龙自作主张，擅离府城，数日之间，即兵进东山。虽然遇上小股部队，但不知于成龙到底带有多少兵马，所以不敢恋战，退入深山密林。于成龙飞骑至张尚圣营地，众乡民见于成龙至，皆欢噪请赏，于成龙两手空空，只有抚一抚他们的耳朵和鼻子，拍一拍他们的脖子和肩臂，以平易仁慈的仪容和落落有度的举手投足来安慰乡勇。乡勇们士气倍增，队伍迅速扩大至五千余人。大军驻于泊金寨。
八日黎明，何士荣和鲍世荣、陈恢恢和李公茂率领起义军数万人自牧马崖分东西两路夹攻于成龙。起义军手舞杂色旗帜，呐喊着似潮水一般向于成龙攻来。于成龙匹马仗剑，挡住营门，见东路起义军势弱，便当机立断，命令罗登云率领千名乡勇抵御；自己率大军挡其西路，命尚圣攻右，之兰攻左，自己居中。罗登云一路和起义军展开白刃战，起义军一个个舍生忘死，罗登云节节败退。于成龙刚刚冲出营门，吴之兰就被起义军一箭射于马下，登时毙命。整个部队乱了阵脚。起义军斗志冲天，鸟枪连放，保护于成龙的官兵纷纷倒地，处境十分危险，左右劝说于成龙暂避一下，于成龙呵叱道：“今日吾死日也，敢言退者斩！”说完一马当先，冲入起义军中，左右砍杀。
旭日东升，黄土坳上喊杀阵阵，刀戈“叮当”，鲜血喷溅，泊金寨百姓见乡勇势寡难支，纷纷鼓掌喧哗，为起义军呐喊助威。
于成龙情知事急，便吩咐左右传令士民，一齐呼喊“于糠粥在此，交械者免罪，胁从者无罪”。起义军闻听“于糠粥”三字，斗志大减。于成龙乘机对千总李茂升说：“我死可归报张公。”说完鞭马直前。李茂升被于成龙一激，勇气倍增，且恐怕于成龙有失，便对士兵振臂而呼：“岂有文官死而武官独生之理！”说完手持硬弓，发一箭，射倒起义军的大旗，起义军阵脚顿乱。激战中，李茂升坐骑被起义军刺死，他弃马步战，盔丢甲破，又挽马进战，短兵相接。起义军将他重重包围，让他顾于成龙不上了。正在这时，张尚圣西路军自右山绕出，起义军腹背受敌。何士荣命令起义军撤退，自己手执长矛断后。他的左臂已经断为两截，仍然坚持战斗，掩护起义军撤退，不幸陷入泥潭，不能自拔而被俘。是日，何士荣被押送至武昌处斩。
鲍世荣、周铁爪率领起义军败退至白水石陂等地，于成龙乘胜追击十几里。李茂升传令埋锅造饭，少歇再战。于成龙对李茂升说：“白水石陂诸贼，本以士荣为盟主，今士荣既擒，诸贼胆落卷甲，急趋将自崩解，所谓破竹之势不可失也。若纵贼缓息，贼备更深，据险死敌，将何以为之？”这时，各营刚开午饭，于成龙命令将半生不熟的饭全部倒掉，然后向白水石陂开进。黄土坳一役，双方伤亡惨重，十分酷烈。于成龙得胜，并获得整个起义军的花名册。他当场将花名册焚烧，宣布：“能擒来献者重赏；投诚者待以不死；胁从欲归者免罪；东山士民闭门坐家，无鸟枪军器者，即从贼概不追问；身无乡勇印号，家藏兵仗，即良民亦诛死。”（光绪《麻城县志》）九日，于成龙兵进吕王城，料定鲍世荣、陈恢恢和李公茂不走龟峰山什子寨，必走商城英霍，因此分别派乡兵把守龟峰八叠山和通往商城英霍的水陆要道。
鲍世荣等人退至白水畈尚有近千人的武装力量，整训一番之后，决定上龟峰什子寨。十一日，于成龙兵进白水畈，得知鲍世荣已退往什子寨，当即命令搜山。因为擅离府城，于成龙恐事后被查究，到白水畈就给张朝珍上《进剿情形书》说：“地方已称无事，成龙为事后之虑，周铁爪竟无下落，英霍麻埠之贼将归何处？是必匿遁密箐深洞，为将来害也。且本地鲍世荣、陈恢恢、李公茂尚未见分晓。成龙一府簿书，承上接下，咸属要件，再迟数日，则积委尘封。欲即回府，则根株未绝，死灰必至复燃。总之，崇山峻岭之中，人易为非；四省交界之地，性惯窝恶。伏惟宪裁，俾余党悉除而府事不误，幸甚！”（《政书》卷3《次白水畈上张抚台呈进剿情形》）十一日，于成龙得知石壁的万野予造反，罗山的周铁爪等又群聚加入，并有广西孙延龄派的奸细孙麻子（自称孙将军）在内。黄土坳战败的鲍世荣、陈恢恢、李公茂也率众到达石壁。十二日，于成龙与李茂升到达定惠寺，得知张朝珍派来的援兵于次日即到，信心大增，立即布置把守山口，将甑山河、燕子崖、龟山口、什子寨、八叠山、百神庙等地方封死。十四日，于成龙同李茂升从定惠寺移营至黄市（今湖北省麻城市张家畈乡黄市），扎营什子山下。于成龙得知东山起义的农民军在石壁，料定援兵由麻城县进攻石壁，起义军必然由龟峰山和八叠山逃退，因此又派大军驻扎白水畈，截断了起义军的退路。
十八日，起义军在清军援兵的血腥镇压下，终于失败了。周铁爪（实为其弟子冒充）、鲍世荣、陈恢恢和鲍世荣的次子鲍自性均被生俘。李公茂带矢逃脱。十九日，于成龙派人将周、鲍、陈、鲍四名起义首领押送至武昌，并给张朝珍捎去一封《擒获众逆报文》（《政书》卷3），叙明擒拿四名“贼首”的过程，并说“自二日擅离府治，调集乡兵，身不解衣，食不下咽，老病十分沉重。至于胁从，原系良民，自应安抚。成龙已体宪慈晓谕，概不过问。惟有鲍世荣、陈恢恢、万野予，乃麻城居民，自取灭亡，不无嫉害亲友，扳巫良善。一切供词笔札，似应投之水火，以彰天地之仁，以安良善之心。”
麻城东山至今仍流传着许多关于鲍世荣起义的故事，下面两个故事就很耐人寻味。
传说鲍世荣起事之初，遍访异人，招贤纳士，以便为自己干一番大事业助一臂之力。一日，鲍世荣访到一位异人二喜和尚，便去请他出山。二喜和尚设便饭招待鲍世荣，拿出几盘家常菜，请鲍世荣吃，实际上是试探鲍世荣的底细。鲍世荣一下筷便吃韭菜。这二喜和尚也不是等闲之辈，一下就明白了鲍世荣不过是个“草寇”，不是真命天子，终究成不了大事。于是二喜和尚婉言谢绝了鲍世荣的邀请。鲍世荣便去请另一位异人僧顿彻，僧顿彻俗姓陈，即另一位农民起义首领陈恢恢。
还有一个关于破什子寨的故事。什子寨也叫石头寨。山势陡峭，地形奇险，山上山下只有东西两条小道，逼仄的石径只容得下一个人落脚。这寨也名副其实，像石头一样牢固，只要粮草充足，可以说是一夫当关，万夫莫开。当初于成龙调集清军和乡勇进剿东山，鲍世荣兵败后爬上了什子寨，于成龙察看形势后，估计鲍世荣仓促上山，人员众多，一定粮草不足，只须把山围住，便可来个守株待兔，等着鲍世荣水枯粮绝，自投罗网。
山寨中缺粮少水，眼看山寨即将不攻自破，义军士气低落。鲍世荣心生一计，将剩下的一点大米全部喂给一头肥猪，然后趁围寨清军不备时将猪推出寨外，让清军误认为是此猪不小心跑出了山寨。清兵把猪屠杀后剖开一看，发现满肚子大米饭，便上报于成龙说山寨粮草仍很充足，连猪吃的也是大米，恐怕一时难以破寨，倒是围寨清军粮草将尽，要求暂时撤退后再另谋攻寨时机。于是，于成龙下令围寨清军，暂退三十里，待援兵粮草补充后再围剿山寨。
当围寨清军撤退到余家河出口的塔儿河处，于成龙回头一望，只见寨东一对白鹅飞来余家河的河里喝水，推测寨内已缺粮缺水，识破了鲍世荣的计谋。见破寨时机已到，于成龙立即下令调转清军，全力攻寨。这时，石头寨内毫无防备，又饥又渴的义军正在为清军已撤退而大松一口气，纷纷下山找吃的喝的，遇上清军反扑，一片溃乱，或死或降。鲍世荣带领少数官兵弃寨而逃，后被活捉送往武昌斩首。
深层次地看这两个颇有传奇色彩的民间故事，中间实际上隐含着不同的民众心理。第一个故事寄寓了东山人对鲍世荣终不能举大事、成大器的遗憾和失望，甚至有对他当时举事当否的观望与怀疑。第二个故事则表现了鲍世荣和于成龙两人的机智，而于成龙终究胜出一筹。
十九日，于成龙在黄市新桥路口的一块大石上勒石纪功：
龟山以平，龙潭以清。
既耕既织，东方永宁。
黄州太守于成龙康熙甲寅年。
此石至今犹在，字迹尚依稀可辨。《于清端政书》中《东山平定勒石铭》注明位置“在黄市龙潭冲什子寨路口大石上”，正文与此无异，只是落款不同，为：“康熙十有三年十一月十九日黄州知府汾阳于成龙勒石。”《麻城县志》所记铭文略有差异，后二句为“既耕既种，万世永宁。”
史家对于成龙第二次平定东山之乱评云：“是役也，斩馘数千，山谷填溢，溪水尽赤，获军资器械无算……班师而还。自出军至是仅二十四日，以乡民数千破贼党数万，不费公家半菽，不烦师旅远征，徒手奋身，摧锋陷坚，不急而速，克奏肤功，近世以来，未尝有也。”（光绪《麻城县志·大事记》）于成龙勒石之后，扶病回麻城料理地方事宜。临行前，针对乡勇趁火打劫的现象，颁布《禁止掳掠告谕》（《政书》卷3）严责各乡保“严束各乡兵，勿擅离营盘，惊扰地方”，“敢有故违，定以军法从事”。针对乡民落井下石、乘机打击报复以泄私仇宿怨，以及地方恶棍借机敲诈勒索的现象，颁布《禁止株连告谕》（《政书》卷3），该文曰：“薮泽已清，祸根已绝，从此山畈内外太平安乐，共享圣化，高枕无忧。今镇标官兵纪律严明，分别善良，秋毫不犯。尔等始知作善得福，作恶得祸。王法天理，分毫不爽，可为殷鉴，合行出示。为此，示仰士民人等知悉：自今日为始，一概株连牵引尽行禁绝，各宜乐业安心，宁尔室家，修尔田园。不循谨之子弟，早加训戒；必无益之交游，早行屏绝。消释嫌疑，和睦乡里。敢有借旧案胁制者，告发立行重处；怀私报复者，访出即寘极刑尔！地方乡保区长，即行晓谕劝戒。本府当分别奖励，以上报朝廷洪恩，下恤尔民困苦也。”
“上报朝廷洪恩，下恤尔民困苦”，这是于成龙作为一名清官“进亦忧，退亦忧”的真实写照。至于置生死于度外，剿抚第二次东山之乱，也不能看做是为了建功立业，飞黄腾达。张朝珍就于成龙征讨何士荣、鲍世荣之举，复札赞誉他“以安辑地方为心，未必以功名动念”。他在到达麻城之后，一病不起，给张朝珍上《乞休致禀》（《政书》卷3），诉说自己“在麻病沉，已详守宪，请乞休致，伏恳宪恩，乖念劳使。桑榆暮景，实难任事，俯允题请，成龙生死感哉”。
于成龙建奇功而不以之为政治资本，从实际情况出发，乞求离任回乡。至于于成龙后来飞黄腾达，是因为张朝珍向康熙多次上疏汇报，深得康熙的信赖。
鲍、陈遇难之后，万野予、李公茂和真正的周铁爪次第被俘。陈鼎业亦被黄冈知县李经政剿灭。原来先俘的所谓周铁爪，实际上是周铁爪的弟子郑少兴。郑少兴为解救周铁爪，冒名顶替，押到武昌后，经张朝珍严刑拷问，方才供认，结果真伪周铁爪都被杀害。李公茂在黄土坳挂彩潜逃，于十一月二十七日从山中搜出，捆绑驴上，行至破头岭，飞撞岭石，昏迷不醒，当夜气绝而亡。
倡行第二次东山起义的农民首领一一落网后，于成龙解除了对东山的戒严，实行“胁从概不追究”的怀柔政策。康熙十四年（1675）正月，于成龙又一次颁布《严禁吓诈谕》（《政书》卷3）：“不料人心不良，辄起贪残，藉端生事，遍地吓诈，民不安生，此岂是仁人长者所当为！此岂是同乡共井所忍为！生死切齿，反令本府为善不终，召憾于鬼神，敛怨于百姓。兹当新正，诸神下降，清查人间善恶，本府每夜泣祷，如本府为利伤命，刻薄乡愚，忍心屠戮，株连无辜，乞神速诛，及其子孙。但上自官长，下至保练，咸籍本府为名，酿恶无穷，是尔等之罪，即本府之罪……见示之后，急行忏悔，有掳妇女者速还妇女，有抢掳牛只者速还牛只，有吓诈银钱者速还银钱，有逼索货物者速还货物，尚可挽回神怒，苟免凶报。若执迷不悟，小之得病丧躯，大之合家遭瘟，绝灭子孙，不义之物仍被旁人争夺，惹得鬼哭神号，而本府亦不能逃其连累。阴司罪案昭彰，勿占一时便宜，不听本府之言，三日内外，定有报应，速宜遵行，勿自贻悔。”
正月将尽，黄州的又一起义首领黄翠林带领一百余人出山向于成龙乞降。原因是躲藏深山，无衣无食；侵扰地方，又于心不忍，且必遭于成龙剿灭。于成龙为此捐钱买米赈济，并妥善安置了黄翠林等人，明令地方不得歧视虐待。
于成龙身为文吏而擅武略，荷戈擐甲，跋涉山中，屡建奇功，在清代名噪一时。在此笔者不以是饰非，是者是之，非者非之。于成龙在第二次平定东山之时，不仅督乡勇进剿，而且亲刃四十八人。然而，他并非嗜杀之人。所杀之人，在他看来，都是非杀不可的。
对于东山之乱，是义兵被镇，还是叛乱被平，站在不同的角度，不同的立场，得出的结论自然不同。罗田著名学者王葆心在其《蕲黄四十八砦纪事》中就对东山之乱有不同看法，对于成龙亦有微辞。他说：
