休眠是指生物的各种活动处于相对静止的一种状态，在这个状态下生物的代谢活动明显降低。从时间上看，休眠分为两种类型，即冬眠和夏眠，但动物的日周期的生理睡眠不属于休眠。休眠在多数情况下是季节性的，有些动物在冬天借休眠躲避寒冷，有些动物在夏天借夏眠度过酷暑。季节性的气候变化既影响生物的生理活动，又影响生物的食源，因此在长期进化过程中生物各自发展不同的适应方式，借休眠以抗御不利条件。季节性的休眠常受机体的内在节律控制，外界条件的变化只起促进作用。为增加体内的能量储备，鱼类和其他高等生物一样，入眠前常常需要较长的准备阶段。
夏眠
在大部分地区，水域的条件比较稳定，绝大多数鱼类能够在水中正常生活，因而它们缺乏典型的休眠状态，但是赤道区的沼泽常有数周或数月干涸，生活在这里的鱼类必须进入夏眠来抵御酷暑。
不少迷器族鱼类如攀鲈、丝足鱼和乌鳢以及其他具有副呼吸器官的鱼类在酷暑状态下将自己埋在泥中，保持麻木过夏，降雨后，池沼和河川充满水时，它们再度恢复正常的生活。
肺鱼类为了在枯水期内避免死亡，有着更为复杂的夏眠方法。非洲肺鱼泥鱼栖息的小河每年有相当长一段时间干涸，完全没有水，由于热带的太阳很厉害，酷热烤得河底的泥巴干得非常坚硬，在旱季临近之前，泥鱼就会钻入泥中，由皮肤分泌大量的黏液，这些黏液和泥混合在一起，形成一个坚硬的泥壳，鱼包在泥壳中睡眠，一直到下次降雨时才复苏。在泥壳的内部有一条小路和外界相通，肺鱼在壳内休眠时，全靠这条通路来呼吸空气。肺鱼在泥壳中，即使被人掘出来，只要不剥开泥壳，放置半年时间，肺鱼仍然安全无恙。如果把泥壳投入微温的水中，待泥溶去后，鱼在数分钟内就苏醒并活泼地游泳。南美肺鱼夏眠时也在泥中造成与非洲肺鱼相似的洞穴，不同之处是南美肺鱼与外界相通依赖于一个多孔的泥盖。
生活在多瑙河沿岸水域里的泥鳅，到了夏天河水干枯时，就钻进泥浆里不吃不喝，进入夏眠状态，只靠体内特殊的肠子来呼吸空气，维持生命。
在南非有一种奇特的树鱼，到了夏天，就爬到树上的阴凉处，睡上两个多月，以度过酷暑之日。
冬眠
温带和寒带地区的多种无脊椎动物，两栖类、爬行类和一些哺乳类动物，在冬季寒冷的外界环境条件下不再活动或心跳缓慢、体温下降和呈昏睡的状态，这种现象称为冬眠。虽然动物在冬眠期间体温与环境温度相近，但当它遇到适宜刺激或按自身节律达到觉醒期时，其体温即可在短期内上升，恢复正常体温。动物在冬眠期间，呼吸次数、心跳频率、呼吸耗氧量均大为减少。休眠动物的生理机能的改变主要受神经中枢控制，在休眠期所有内分泌腺均停止活动，各种代谢水平普遍降低，但至觉醒时，各器官的生理活动按一定顺序迅速恢复正常，这个过程要消耗大量能量。经过整个冬眠期后，冬眠动物的体重将明显减轻。
绝大多数鱼类没有冬眠期，当然也有一些例外。有少数鱼类为解决严寒的困难，在冬季温度快下降时开始冬眠，直至翌年春季水温再度上升时才苏醒。鱼类的休眠不像两栖类、爬行类和哺乳类动物那样完全处于无意识状态，而仅仅是中止摄食，隐藏在水藻和岩石间或钻入泥底洞穴中。例如鲤鱼常成群在水的深处越冬，它们数十尾到上百尾在水底造成一洼，围成一圈，把头互相倚靠，一直到翌年春天才分散。鱼类休眠时呼吸非常迟钝，鳃盖的动作好像是很艰难似的。
丁岁鱼埋在河泥中过冬，即使是把它们从泥中挖掘出来并放到岸上去，若不用棍棒打一下，还看不出它是活着的。乌鳢到了冬季，移居于深水处，将身体埋在淤泥中越冬，停止摄食，处于蛰居状态。鳗鲡在冬季有着与乌鳢相似的休眠，它们通常找到深水区后即埋入泥中，然后迅速使自己进入麻痹状态。海产鱼类的冬眠现象非常少，已知鲽的幼鱼生活于浅海，冬季埋在沙中，成安息状态。
