另一方面助动上层建筑失调。在中国经济结构转型中一方面是要实现经济体制由计划经济向市场经济的转变，在城市建立现代企业制度、在农村实行家庭联产承包责任制和发展乡镇企业都是这一制度变迁的表现；另一方面，中国的经济转型还要加快实现由二元经济结构向现代经济结构的转变。制度的变迁与经济的转型统一为一个完整的过程，表现出了转型增长的格局，形成了“双重演进”[28]。这种双重演进的特征延长了改革的实践过程，增加了制度变迁的成本。而这种“双重演进”是因为城乡二元经济结构形成的。城乡二元经济结构造成了城乡市场的分割，阻碍了地区及全国统一大市场的形成和市场经济体制的完善，形成了经济发展在空间布局上的巨大差异，从而使交易费用增加，阻碍了社会分工的发展和专业化组织的成长，加大了制度变迁的成本，延缓了制度变迁的过程。而农村土地制度是城乡二元经济结构的重要组成部分，更是城乡二元经济结构产生的重要原因之一。
由于农村土地制度而产生的交易费用及制度变迁根植于我国特定的经济体制。我国当前经济体系的一个主题是：经济体制正由传统的、中央高度集权的计划经济体制向强调市场竞争和分散决策的市场经济体制转轨，在此过程中，旧的经济体制逐渐被打破，而新的经济体制正在形成。在这个过程中，农村土地制度扮演了一个双重角色。其一，现行农村土地制度带着改革开放后的成功与辉煌，惯性地发展着，得到各方各界的支持和赞誉，已经成为我国上层建筑中的重要组成部分，现有的主流改革思路是对其丰富、提高和完善，在其框架下进行对城乡二元经济结构的破解。其二，现行农村土地制度本身具有诸多与市场经济相冲突的特质，同时，现行农村土地制度本身就是破解城乡二元经济结构的最大障碍之一。在现行农地制度框架下，不可能彻底解决农村土地与市场经济和城乡二元经济结构之间的矛盾。由此，必然造成经济基础与上层建筑之间的不协调，其表现是多方面的，由于农村土地的均分和不规模特性而造成的城乡收入差距扩大，由农村土地产权权能的不完全所产生的“小产权房”尴尬现象等等。这些表面看来是简单的经济现象，其实质反映出制度下的经济异化发展以及现实经济事物与现有制度、法规的冲突，其根本是上层建筑没有适应经济基础发展的需要。
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[14]见《中华人民共和国宪法》第十条（1982年12月4日第五届全国人民代表大会第五次会议通过，1982年12月4日全国人民代表大会公告公布施行。根据1988年4月12日第七届全国人民代表大会第一次会议通过的《中华人民共和国宪法修正案》、1993年3月29日第八届全国人民代表大会第一次会议通过的《中华人民共和国宪法修正案》、1999年3月15日第九届全国人民代表大会第二次会议通过的《中华人民共和国宪法修正案》和2004年3月14日第十届全国人民代表大会第二次会议通过的《中华人民共和国宪法修正案》修正）.
[15]见《中华人民共和国土地管理法》第二章第十条（1986年6月25日第六届全国人民代表大会常务委员会第十六次会议通过。根据1988年12月29日第七届全国人民代表大会常务委员会第五次会议《关于修改〈中华人民共和国土地管理法〉的决定》第一次修正。1998年8月29日第九届全国人民代表大会常务委员会第四次会议修订。根据2004年8月28日第十届全国人民代表大会常务委员会第十一次会议《关于修改〈中华人民共和国土地管理法〉的决定》第二次修正）.
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[22]见《中华人民共和国农村土地承包法》第二章第四节第二十六条（2002年8月29日第九届全国人民代表大会常务委员会第二十九次会议通过）.
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[24]见《中华人民共和国农村土地承包法》第二章第四节第二十九条（2002年8月29日第九届全国人民代表大会常务委员会第二十九次会议通过）.
[25]见《基本农田保护条例》第三章第二十一条（1994年7月4日******第22次常务会议通过）.
[26]见《中华人民共和国农村土地承包法》第二章第一节第十三条（2002年8月29日第九届全国人民代表大会常务委员会第二十九次会议通过）.
[27]见《中华人民共和国土地管理法》第二章第十四条（1986年6月25日第六届全国人民代表大会常务委员会第十六次会议通过。根据1988年12月29日第七届全国人民代表大会常务委员会第五次会议《关于修改〈中华人民共和国土地管理法〉的决定》第一次修正。1998年8月29日第九届全国人民代表大会常务委员会第四次会议修订。根据2004年8月28日第十届全国人民代表大会常务委员会第十一次会议《关于修改〈中华人民共和国土地管理法〉的决定》第二次修正）.
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