光绪帝即位后，李莲英明白，慈禧太后总有一天会死去，到时候，光绪帝自然会执掌大权，醇亲王奕谖就成为太上皇了。
在复杂的关系中，李莲英多方巴结，对哪一方都不敢怠慢。他既想从慈禧太后那里受宠，又想从光绪帝那里受宠。不过，他知道慈禧太后才是牢固的靠山。
光绪十五年（1889年），光绪帝年满18岁，到了大婚的年龄。慈禧太后仍不肯将大权还给光绪帝。为光绪帝选什么样的女子为皇后呢？李莲英对慈禧太后说，皇太后可以不征求皇上的同意，直接为皇帝选后。慈禧太后决定让亲侄女静芬当皇后。封侍郎长奕叙的两个女儿瑾、珍被选为嫔妃。这一次，李莲英的妹妹未能选为嫔妃，他对瑾、珍二妃产生了仇恨，对光绪帝也产生了仇恨。
光绪十五年（1889年）正月，在慈禧太后的主持下，光绪帝举行大婚典礼。大婚典礼由大总管李莲英大操大办。婚礼过后，慈禧太后重赏了李莲英。
从此，李莲英所面临的宫廷关系比以前更加复杂，必须关照慈禧太后、光绪帝、皇后三方面的关系，哪一方都要小心应付。
聪慧过人，擅长书法绘画的珍妃受到光绪帝的恩宠。珍妃大胆而热烈地深爱着光绪帝。光绪帝本来就对隆裕皇后没有兴趣，便把感情转移到珍妃身上。
隆裕皇后是慈禧太后亲选的，李莲英从中挑拨离间，多次中伤珍妃。隆裕皇后、慈禧太后和李莲英对珍妃的忌恨，与日俱增。
由于光绪帝对珍妃厚爱有加，隆裕皇后受到冷落。李莲英为了讨好隆裕皇后，经常在慈禧太后那里说珍妃的坏话。
隆裕皇后也经常向"老佛爷"告珍妃的状。慈禧太后对珍妃的意见越来越大了。
在李莲英的挑拨离间下，慈禧太后把珍妃打进冷宫。阴险毒辣的李莲英向慈禧太后建议，把珍妃改关在北三所，珍妃最后惨死。
年事渐长的光绪对慈禧的霸权十分不满；对外族的入侵和王朝制度的落后，十分担忧。康有为等人趁机上书，要求维新变法。
6月21日，光绪突然发布诏书，任用康有为、梁启超、谭嗣同等人实行变法，又称"戊戌变法"。
变法从政治、经济和文化等领域进行改革。从6月11日起，到9月21日止，一共103天，故称"百日维新"，又称"戊戌变法"。
9月21日，慈禧太后用血腥的手段，镇压"戊戌变法"，使资产阶级维新改良运动被迫流产。慈禧太后把光绪帝囚禁在瀛台，下诏捕杀维新派人士。
1900年，中国被迫列强签订《辛丑条约》，慈禧太后从西安回到北京。李莲英献计把光绪帝囚禁在京城中南海的瀛台。光绪到瀛台后，李莲英亲自带着一批小太监把小曲桥拆除，瀛台变成孤岛。
被囚于瀛台的光绪帝落入了李莲英的魔掌，皇帝竟然成为太监的阶下囚！李莲英抓住机会，想从精神上折磨他，生活上虐待他。为了防止光绪帝把被囚禁的处境通报给洋人，慈禧太后派人将瀛台的纸砚笔墨都撤走。
光绪帝在无限的孤独、忧郁等精神折磨、肉体摧残中度过了十年。身心备受折磨的光绪帝骨瘦如柴，步履艰难。光绪帝卧床时，只有一个老太监服侍，隆裕皇后、瑾妃也不能来看望。慈禧太后每天都让李莲英来看一看。
光绪三十四年（1908年），慈禧太后74岁了，年老体衰。光绪被囚后，非常苦闷，曾秘密记日记，把每天的思想记录下来。其中一部分日记传了出去："我现在病得很厉害，但是我认为老佛爷一定死在我前面。到时候，我一定下令斩了袁世凯与李莲英。"
李莲英知道后连忙向慈禧太后通报，慈禧太后派李莲英去"专心致志"地"服侍"皇帝。李莲英把光绪的饮食医药等事务都包揽过来。光绪的病情一天天加重了。李莲英早就为光绪帝准备了寿衣。
光绪帝重病缠身，明知道李莲英捣鬼，也无能为力了。李莲英一天也不离开光绪帝，光绪帝终于在慈禧太后之前被毒死。
