清王朝是少数民族入主中原而建立起来的一代政权，虽采取一些措施，如实行中央六部堂官旗员与汉员缺额对等，地方官旗员与汉员参用，吸收一部分汉族士绅参加满洲贵族为主的各级政权，但满汉藩篱坚固，民族歧视明显。这就无形中不断提醒汉族官绅民众的民族意识，使他们无时不感到自己在遭受着异族的统治。这个统治者高高在上，指挥一切，而自己面对着一些民族间的不平等、不公平，则只能服从，只能忍耐。这样，无疑会对清朝统治者产生不利影响。然而，这又是清王朝对待汉族官绅民众的根本方针，绝对不可能改变。因为满洲贵族只有通过这种方式，使旗人凌驾于汉人之上，给它种种特权和恩惠，才能增加本民族内部的凝聚力，达到利用少数人统治多数人的目的，借以保持其在中原的统治地位。再者，满洲贵族虽以弓马强悍征服了人数众多的汉族，但人数既少，文化程度又低，若打破民族界线，用人唯贤、科考取士，他们很快就会淹没在汉民族的汪洋大海之中，难以维持其统治地位。清朝统治者为了达到既能保持其特权地位、又能模糊汉人民族意识的目的，取得一箭双雕的效果，就在采用哪一学派的思想作为本王朝的统治思想方面，作了认真的选择。由于程朱理学特别注重伦理道德，将三纲五常强调到空前未有的高度，而其中作为纲中之纲的“君为臣纲”一条，尤为适合满洲贵族的口味。所以，他们几经审慎地考虑，决定采用程朱理学作为他们对全国官绅民众实行思想统治的主要工具。正是出于这一原因，清初的几代帝王都采取种种措施，极力推崇和倡导程朱理学。清代野史称，康熙帝“在位六十一年间，虽外讨内绥，兵威甚盛，亦知汉族不可以武治之也，乃用儒术以束缚之。计其策有六”，而尤以“崇祀孔子”为上上之选，不仅“饬国子监讲求程朱性理之学，以风示汉民”而且身体力行，亲自讲习，刻苦钻研理学典籍。据昭梿说，康熙帝“夙好程朱所著，几暇余编。其穷理至性处，虽夙儒耆学莫能测”，“尝出‘理学真伪论’以试词林。又刊定《性理大全》、《朱子全书》等书，特命朱子配祀十哲之列”（《啸亭杂录》，第1卷，第2页。），将朱熹的塑像塞进孔庙大成殿，与孔子最著名的弟子并列排放，从而将他的地位抬到空前未有的高度。企图借助于朱熹的伦理说教，将满汉间的民族关系变为君臣政治关系，使汉人自觉接受满洲贵族的统治，服服贴贴地称臣、真心实意地效忠，而忘记满汉间的民族界线。同时，对一批热衷于“君君臣臣”的伦理说教的理学家，大加提拔重用，一时汉员显官如熊赐履、李光地、汤斌等，“皆理学耆儒”（《啸亭杂录》，第1卷，第2页。）。不过，这些人只会重复前人的说教，学术上没有创新，虽在统治者的大力扶植下名利双收，煊赫一时，但除方苞以文学名世外，在学术发展史上都没有什么名气，更很少为后人所知。
然而，这只是清代政治与学术的一个方面，而事实上还存在着与之对立的另一方面。清军入关之后，虽将汉族各阶级、阶层的反抗残酷地镇压下去，但却无法征服民心。这不仅表现在以天地会为代表的下层人民经久不断地反清复明活动，即在汉族士人之中，也仍有一部分人不满于满洲贵族的统治。正像有人说的那样，“天下几乎大定，明季遗臣义士犹多树独立之帜，挥鲁阳之戈，舍生殉义，力图恢复者，视他代鼎革之际尤为惨烈。康熙削平三藩，中原驯伏，然士大夫犹多以逸民自居，慨然存故国之思。”（《清朝野史达观》，第3卷，第202—203页。）这样，他们的这种情绪，必然通过他们的学术著作与学术活动，采取这样那样的形式表现出来。其中有些人通过一些文字游戏，有意无意地表达对前明的怀念或对满清的藐视，但很快遭到清政府“文字狱”的残酷镇压，不仅自己身陷囹圄，且使亲朋好友受到株连。于是，另一部分人便总结经验教训，采取更隐蔽、更高级，但却完全合法的斗争方式，以名物考据打击清朝统治者所刻意扶植的程朱理学，以汉宋门派之争的形式，曲折地表达汉族士人对清朝统治者更深层次的反抗情绪。他们不仅在政治高压下表现出高尚的独立人格，而且在学术上取得很大的成就，一时硕果累累，名儒迭出，在中国学术史上创造出一个辉煌灿烂的时代。
清代汉学家对程朱理学的致命一击，是采取釜底抽薪的办法，通过有理有据的考证，否定了理学家赖以立论的学术基础，从而推翻了它的整个学说。例如，阎若璩积三十年之功力，撰成《古文尚书疏证》一书，从篇数、篇名、字数、书法、文例等方面，列举一百二十八条确凿证据，证明东晋梅赜所献《古文尚书》是后人伪造的。而据丁晏所著《尚书余论》的考证，该伪书出于魏人王肃之手。这部《古文尚书》是宋代理学家尊奉的经典和赖以立论的根据，否定了它的经典性，也就推翻了理学家据以著论的根基，使理学变成以讹传讹的伪道学，从而失去信用。再如另一汉学家胡渭著成《易图明辨》一书，经考证指出，宋代的“河图”、“洛书”之说，同唐以前完全不相符合，是陈抟、邵雍编造的。而朱熹所著《周易本义》一书，正是采用了宋初道士陈传关于“河图”、“洛书”的说法，并进而推衍出理、气、性、命诸说。这样，对陈传学说的否定，也就否定了程朱理学关于理、气、性、命诸说的理论基础，从而推翻了宋代理学的哲学根据，使之威信扫地，沦至人人喊打的惨境。学兼汉宋的曾国藩在追述嘉道士风时称：“嘉道之际，学者承乾隆季年之流风，袭为一种破碎之学。辨物析名，梳文栉字，刺经典一二字，解说或至数千万言。繁称杂引，游衍而不得所归；张己伐物，专抵古人之隙。或取孔孟书中心性仁义之文，一切变更故训，而别创一义。群流和附，坚不可易，有宋诸儒周程张朱之书，为世大诟。间有涉于其说者，则举世相与笑讥唾辱。以为彼博闻之不能，亦逃之性理空虚之域，以自盖其鄙陋不肖者而已矣。”（《曾文正公文集》，第2卷，第68页。）于是，在这种风气的压力之下，尽管统治者大力倡导，官绅士人中却很少有人讲习理学。有人描述这种怪现象说：“近日士大夫皆不尚宋儒，虽江浙文士之数，无以理学著者。转于八旗得二人：一为松尚书筠，蒙古人”；“一为唐水部嵩龄，满洲人。”（《啸亭杂录》，第8卷，第14页。）这就愈加使人相信，在汉、宋学术之争与满、汉政治关系之间，确实存在着某种微妙的联系。
汉学家对程朱理学的打击是致命的，其目的绝不只是为了在清朝统治者面前同它争宠，而是从根本上摧毁这一学说，必欲置于死地而后快，“以为不足复存”（《曾文正公文集》，第3卷，第20页。）。这就不能不使汉、宋两派结下深仇大恨，以致晚清、民国年间还有人大张挞伐，（见本章左宗棠、孙鼎臣理学门户之见部分。）将太平天国革命的爆发和西方殖民主义者的入侵，统统归罪于汉学。亦属横加罪名，力图铲除之。如果没有政治上的因素包含其中，仅只出于不同学术观点的争论，何至倾毕生精力，去追求这样一个结果？如果说他们完全是出于学术上的追求，并不想同理学家为难，作为个人或许难料，但若作为一种社会时尚，就很难作出这样的解释。孔子及其学说曾被冷落多年，直到西汉初年才得到最高统治者的重视，以致《尚书》失传，仅据年老齿稀的伏生的口授成书，而仍被尊为经典，谁也不去追咎其中的真伪和可信程度。直到汉武帝时在孔子宅壁中发现用古蝌蚪文写成的《古文尚书》，似乎才算找到了真凭实据，但也由此引发了一场有关《尚书》的今古文之争，从此出现今文经学和古文经学两个学术派别。所不幸的是，西晋永嘉年间，汉武帝时在孔子宅壁中发现的《古文尚书》因战乱遗失，直到东晋元帝时才由梅赜奏献一部《古文尚书》。唐代时由孔子后人孔颖达作疏，多年来一直被人们奉为经典，不只理学家，古文经学家也是如此。因为他们所能看到的《古文尚书》只有这一本。该书比孔宅《古文尚书》多九篇，显然不是原来那一本。然而，一千多年来读过此书的人何止千万，怀疑此书的人也大有人在，却很少有人揭露此事。其原因无他，无论王朝的统治者还是理学家、今文经学家、古文经学家，他们需要的只是孔子学说，至于书本、史实、具体材料，则只看其有用无用，不看其是真是假。为了政治上和学术上的需要，儒家曾对中国历史上的不少重大事实，诸如尧舜禅让、周公圣贤、西周井田等，进行了歪曲和捏造。所以，人们虽知其伪，仍当作真，更不会去揭露。因为伪书也比无书好，揭露之后还要用它，就不如不去揭露。时至今日，梅赜所献《古文尚书》仍被视为儒学经典，大量翻印，广为传布，就是最好的明证。因而，清代汉学家拼一生精力去论证它为伪书，不能不令人认为他们在学术背后隐藏着一个政治目的，通过考证揭伪，直接打击的是理学，间接打击的是对其备加推崇的清朝统治者。而这种学术风气的盛行，广大知识分子热心考据而冷淡理学，则表明当时确实曾有一大批知识分子在内心深处不愿同满洲贵族合作，有时甚至隐隐相抗，不顾政治上的高压，利用一切机会继续在思想上进行合法的、隐蔽的斗争。
然而，这种历史现象的存在是有条件的。随着时间的推移、民族仇恨的淡忘，尤其清朝统治者对汉族知识分子拉拢政策的加紧实施，具有较强民族意识的汉族知识分子亦逐步发生分化。有些人逐渐转变立场，由反清转而拥清，由对清廷不合作转为效忠。桐城文派的创始人方苞，就是这样一位具有典型意义的代表人物。
方苞字凤九，又字灵皋，安徽桐城人。晚年自号望溪，诸门生、学者称他为望溪先生。他出身于官绅名士之家，其父“民族意识甚强”（王献水：《桐城文派》，中华书局1992年版，第13页。），清代初年仍经常书写一些怀念亡明的诗词，以抒发内心的感慨。与之友善而过从较密者，亦多为前明遗老。父辈的这种思想感情，对青年时代的方苞产生很大影响。后来他在回忆这段经历时曾说：“仆少所交，多楚越遗民，重文藻，喜事功，视宋儒为腐烂。用此，二十年未尝涉宋儒书。”（《桐城文派》，第14页。）正是这种思想基础，导致他与怀有反清情绪的同乡学者戴名世结为密友，并为其《南山集》作序。康熙四十九年戴名世的《南山集》为御史所劾，本人被收狱处死，方苞亦因为该书作序而株连入狱。解至京师后，先判死刑，后经多方营救免死，而将本人与整个家族改隶汉军旗籍充当奴婢。康熙五十一年以其为天下名士，奉旨转隶武英殿总管和素名下为奴。嗣后，连日奉命撰写为清王朝歌功颂德的文章，受到皇帝的赏识，旋即以白衣入值南书房，教诸王子读书。如此度过了长达十年半是人犯、半是王子师的生活。雍正元年新君继位，将方苞及其家族赦免放归原籍。从此，方苞对清朝统治者又是恐惧又是感激，完全放弃了原来不合作甚或反对的立场，彻底归顺新王朝，不断用自己的作品向清王朝效忠。这样，他也就愈益受到清朝统治者的信任与重用。又十年，即雍正十一年擢内阁学士兼礼部侍郎衔。又四年，即乾隆二年擢礼部侍郎。这时，方苞年已七十，不仅身跻卿贰，且成为皇帝的亲信。雍正遇有大政方针，往往咨询于方苞。方苞遇咨多密陈己见，“于是盈廷侧目矣。”（《桐城文派》，第15页。）只是原因不明，不知究竟是出于嫉妒还是对其人格的卑视。服刑反而成为接近皇帝的机缘，钦犯变成了亲信，人们的惊讶总是不可免的。
不过，这究竟是个别的例子，虽较为典型，但却不能代表大多数。大多数汉族知识分子对清王朝政治态度的根本转变，当在嘉庆年间，而推动这一转变的根本原因，应是嘉庆初年的白莲教起义。川楚白莲教大起义给予清王朝以沉重的打击，成为其由盛到衰的转折点。它无情地揭去清王朝“太平盛世”的面纱，将各种社会矛盾暴露出来，使清朝统治者与广大士人受到巨大的震惊。面对共同的敌人，汉族知识分子的头脑渐渐清醒起来，他们终于认识到，只有将农民起义镇压下去，保住清王朝的统治，才能保住自己的身家地位。这样，阶级利益压倒了民族利益，阶级矛盾掩盖了民族矛盾，往日的一切“复明”梦想也就变得毫无意义。况且，经过一百数十年的时间，清王朝的统治已经完全巩固下来，他们也看不到有如元朝统治者那样的迅速败亡的迹象。于是，广大汉族知识分子的政治态度也就产生根本性的变化，由反对或不合作转而拥护、归顺，甚至主动、自觉地去效忠清王朝。他们逐渐将自身的利益同清王朝联为一体，其政治希望不再是清的灭亡和明的复兴，而是寄托于清王朝的巩固与发展。这样，他们的注意力也就渐渐开始转移，不再集中于学术上的一些旧案，不再向故纸堆中寻慰藉，更不再借打击归顺清朝的理学家来发泄自己对异族统治的不满。其中的一些有识之士，开始逐渐把自己的眼光转向社会现实问题，探索解决这些问题的方法，以求得清王朝的长治久安。于是，广大汉族士人对清王朝政治态度的变化，带来学术风气的转变，盛极一时的考据学经过乾隆、嘉庆两朝的发展，终于在道光年间衰落下来，其在学术上左右潮流的领袖地位，渐为方兴未艾的经世致用之学所取代。学术风气为之一变。
经世致用之学又称经世济用之学，简称经济之学，但不是今天的经济学，而是包含政治、经济、军事、科学、技术等项内容的综合学科。咸丰元年曾国藩曾把它的内容概括为官制、财用、盐政、漕务、钱法、冠礼、婚礼、丧礼、祭礼、兵制、兵法、刑律、地舆、河渠十四大项，实际上是当时的政治学。故他在谈到儒学的分科时称，经世致用之学“在孔门为政事之科，前代典礼政书及当世掌故皆是也。”（《曾文正公杂著》，第4卷，第4页。）这一学派倡导学以致用，着眼于当前急需解决的政治与社会问题，也恰是一个国家官吏的应尽之责。故常常被那些坐而论道的理学家和发掘故纸的考据学家目为“做官术”，摒之于学术研究之外。姚鼐、唐鉴论为学之道，皆称义理、考据、词章三门，而不及经世致用之学。唐鉴甚至将它归入理学，说“经济之学即在义理之中”（《曾文正公手书日记》，道光二十一年七月十四日。）道光年间这一学派的主要代表人物是陶澍、林则徐、魏源等人。鸦片战争前他们的主要精力放在内政方面，诸如兴修水利、清理财政，整顿漕务、盐务等，取得了显著成效。时任两江总督的陶澍对两淮盐政的治理，成效尤为突出，其所行淮南纲盐之法、淮北票盐之法遂成定制。同治年间曾国藩整顿两淮盐政，乃不过恢复陶澍的旧制，亦取得很大成效。两淮盐政由两江总督专任，亦自陶澍始。
