康熙二十八年（一六八九年）四月，索额图再次前往尼布楚，俄国则派出以戈洛文为首的使团，经过激烈谈判，索额图按照康熙帝旨意，做出一定让步，中俄双方代表于七月二十四日（九月七日）在平等基础上进行谈判，签订了《尼布楚条约》。划定了中俄东段边界。沙俄同意把侵入雅克萨的军队撤回本国，清朝同意把尼布楚一带原属中国的地方让给俄国。在准备谈判过程中，康熙皇帝曾指示中国的代表坚持收回包括尼布楚在内的被沙俄侵占的全部中国领土，说：“尼布潮（楚）、雅克萨、黑龙江上下及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯。”（《清圣祖实录》）清军在雅克萨之战中取得胜利，迫使沙俄政府同意通过谈判解决两国边界问题。当然我们不能说《尼布楚条约》是中国用武力强加给俄国的不平等条约。因为第一，它是双方通过平等谈判，中国作了让步才签订的；第二，当时在沙俄占领的尼布楚城下谈判，根本不存在中国武力的威胁；第三，条约的内容基本上反映了两国政府的主张，并符合双方的利益。
根据条约，额尔古纳河、格尔必齐河和直达于海的外兴安岭为中俄边界，外兴安岭和乌第河之间土地的归属另行议定；此外雅克萨地方俄人所建城堡须尽行拆毁；以后双方不得收纳对方逃亡人口，拿获后即遣返；双方进行贸易互市；两国永敦邦谊等。
雅克萨之战清军之所以取胜，首先是因为战争是正义的，得到了军民特别是边疆地区各族人民的热烈拥护和积极支持。其次是清军从长期的斗争中逐步掌握了边境斗争的经验，采取了有效措施，作了较充分的准备。第三是实行了军政兼施的指导方针， 在以武力为后盾的基础上，先对侵略者严辞警告，警告无效后，才发兵反击。反击时采取先扫外围，然后水陆并进、三面包围、一面堵截、断其外援的战法，迫使侵略军困守孤城而一举攻克之。
《尼布楚条约》亦是中国历史上第一个同外国签订的平等条约。此后，俄国多次派遣使节和商队来到北京，清政府还在北京建立了俄罗斯馆供俄人居住。这是中国人民在辽阔的东北边界为保卫边防而进行的长期反复斗争的一次振奋人心的胜利，它挫败了沙俄妄想跨越外兴安岭侵略我国黑龙江流域的企图，遏制了几十年来沙俄对中国的侵略，使清朝东北边境在以后一百七十余年的时间里基本上得到安宁。这亦是康熙帝独立自主外交的一次决定性的胜利。
自《尼布楚条约》签订后，康熙对俄国仍然高度保持警惕，在额尔古纳河、格尔必齐河及外兴安岭等边界处设立卡伦，派兵轮番驻守，不断加强清朝政府北部边疆的防御能力。
§§§第四节 剿灭噶尔丹 稳定西北局势
康熙在位年间，可谓是大事不断，仿佛大事难事特别垂青于这位有着雄才大略的愈战愈勇的皇帝。康熙八岁登基，生母去世，十六岁铲除专权的鳌拜集团，二十岁开始平三藩之乱、历时八年才得以平定，接着又是收复台湾，驱走东北的沙俄侵略者。
好不容易刚驱赶东北的沙俄侵略者，西北又有狼嚎叫着在一步一步逼近。
这匹狼就是噶尔丹，他就是当年准噶尔部首领巴图尔珲台吉（公元1635～1653年在位）的第六子。史书记载，噶尔丹的出生及少年时代充满了传奇色彩：“生而神异，有大志，好立奇功，父母欲立之为洪（珲）台吉”，但他后来却又“髡发为僧”去了西藏。据蒙古文文献记载，公元一六三五年，西藏黄教赴准噶尔的首领温萨活佛曾向巴图尔珲台吉的妻子玉姆夫人许诺，死后将会在她的怀里转世。在温萨活佛圆寂后的第二年，玉姆夫人正巧生下了噶尔丹。这更为噶尔丹的出生蒙上了一层神秘的面纱。在噶尔丹十三岁（一说九岁）时，被认定为西藏温萨活佛的转世，于是被迎请到了西藏。他先是在札什伦布寺拜四世班禅为师，后到拉萨在达赖喇嘛门下学经。由于他禀性聪颖，很得五世达赖的赏识。五世达赖想交他精心培植为一个德高望重的活佛：“达赖喇嘛之徒遍西域，特重嘎尔旦，所语密，虽大宝法王、二宝法王不得与闻”。
但是，在一六七零年，在争夺准噶尔汗位的斗争中，噶尔丹的哥哥僧格（公元一六五三年～一六七零年在位）遭到异母兄弟车臣台吉和卓特巴巴图尔的杀害。死讯传到西藏，达赖喇嘛立即准许噶尔丹还俗，并支持他返回准噶尔掌权，以在卫拉特蒙古中扩大黄教。一年后，噶尔丹自西藏返回准噶尔，并率领僧格旧部与车臣台吉和卓特巴巴图尔联军在阿尔泰山地区展开激战，车臣兵败被杀，卓特巴巴图尔携幼弟达哩及残部逃亡青海，其后裔后来成为青海蒙古的绰罗斯北中旗。
噶尔丹虽然出身喇嘛，却极具军事才干。凡遇战事，他战略战术得当，指挥果断，无所畏惧，身先士卒，奋力拼杀；所以每战必胜，自己则“身不着一矢”，由此树立了崇高威信。他还俗的目的不仅仅是为僧格报仇，更在于缔造一个如成吉思汗时期那样的不依附于任何政治势力的统一蒙古帝国。因此，噶尔丹在掌握准噶尔的统治权后接受了臣僚提出的“近攻计”，对卫拉特诸部和邻近部族发动了一系列征服战争，不断壮大实力。因此厄鲁特蒙古的准噶尔部，到噶尔丹为汗时期，就更加强盛起来，势力亦更加强大了。噶尔丹不仅统治了厄鲁特四部，而且占领了天山南路各回城，势力达到青海、西藏地区。为了实现割据一方的野心，噶尔丹还运用外交手段与正在对外扩张的沙俄勾结起来，于康熙二十七年（一六八八年）春率三万精兵东进，对喀尔喀蒙古发动了突然袭击。噶尔丹这次发动东侵喀尔喀的战争，正是受到沙俄暗中驱使的，沙俄还通过贸易给了噶尔丹大量火器的支援。不久中俄战争爆发，因此还曾干扰中俄尼布楚谈判，直接影响到中俄边界的划定，让清廷对俄做了让步，损失不少领土以抑换取沙俄不支持噶尔丹，噶尔丹暂时退兵。
康熙二十九年（一六九零年）五月噶尔丹在沙俄的支持下，自科布多起兵，向内蒙古大举进攻，于六月直抵距京师350公里的乌兰布通。康熙皇帝了解到噶尔丹无意和解，便决定亲征噶尔丹。康熙分兵两路，左路由抚远大将军硕裕亲王福全统率，出古北口；右路由安北大将军硕恭亲王常宁率领，出喜峰口。康熙自己则亲自率大国舅佟国纲、佟国维，内大臣索额图、明珠等人及士兵在后面压阵。右路军先遇敌，打了败仗，噶尔丹长驱直入进入了离北京只有七百里地的乌兰布通。而康熙此时水土不服，不得不因染病而回銮，但康熙帝之福生左路军部署严密，准备充分，清军战术得当，取得了乌兰布通之战的胜利。但因福全中了噶尔丹的缓兵之计（噶尔丹见清军力量强大，当时即派喇嘛来清营求和，而自己则带残兵逃至漠河），坐失战机，这一次没能达到全歼噶尔丹势力的目的，让噶尔丹逃跑了。噶尔丹逃跑后，表面向清廷表示屈服，而暗地里却招兵买马、煽动叛乱，还扬言向沙俄政府借到了六万鸟枪兵。根本不接受康熙想与他订立盟约的召见。康熙帝认为：“噶尔丹穷凶极恶，不可留于人世，一刻尚存，即为生民之不利，务必剿除”。 康熙遂决定第二次亲征噶尔丹。
康熙三十五年九月十九日（一六九六年十月四日），康熙帝再度出塞率军从京城出发前往呼和浩特，开始第二次亲征噶尔丹。出发前他多次听说噶尔丹生计艰危、难以存活的消息，因而这一次以招降作为制伏噶尔丹的重要手段。康熙在出征的第二天驻跸南口时，就亲自修订招降噶尔丹书，印三百份，沿途广为散发并派人送给噶尔丹。招降书这样写道：
今朕躬复统军而出，各处亦调兵为备。尔等既失妻子、马畜、什物，无衣无食，穷困已极，更无所之，天时渐寒，死在旦夕。朕不忍视尔属众、妻子仳离寒冻而死，特降敕招抚。尔等果悔前愆，能来归命，朕不分异同，无不豢养，俾得其所。尔属下众人亦得见其妻子，各安其生。朕断不念尔等后作之孽。倘犹迷而不从，试熟筹尔等长久之策，有能收纳汝等而活之乎？尔等已无所归，各当来降，朕必使尔等富贵，咸得其所，毋疑毋惧，特谕。
然而康熙帝信即使如此有诚意，但噶尔丹不会轻易相信。但这封语气真切、措辞严密的招降书对于身临困境的噶尔丹属众却颇具有感召力：“若数遣人招抚，则噶尔丹虽不即降，其部落必自溃散，众归附于我矣”。
这一年的九月二十三日，在沙城堡康熙帝得知副都统祖良壁于喀尔喀西部的翁金河击败噶尔丹侄子丹济拉抢粮兵队后，说：“噶尔丹穷蹙已极，虽不即征讨，亦必殒灭”。二十六日，驻跸下堡时，收到喀尔喀多罗贝勒根敦代青招抚噶尔丹属下60户，斩杀40余人，又招抚进贡噶尔丹之乌梁哈人160户的捷报，兴奋地说：“噶尔丹灭亡当必甚速，事已底定”。
正当形势十分有利于清军进剿噶尔丹时，康熙帝却主张停止进剿，认为噶尔丹迁徙至波罗乌纳罕、空根渣巴哈等地过冬，而这些地方距卡伦有四十余日之程，清军断不能到达噶尔丹所居之地，并强调：“此时，惟有遣其来降之人接踵前往招抚余众，令其散尽为上计耳”。由此可知，他还是把希望寄托于招降上，无意主动进剿。
十月十三日（11月7日），康熙帝一行浩浩荡荡进入呼和浩特。呼和浩特副都统阿迪率官兵、市民及喇嘛迎接。康熙帝游览了陀音库图克图庙、西勒图库图克图庙和默尔根绰尔济喇嘛庙等著名黄教寺院。康熙帝在呼和浩特驻跸11天，集中精力部署有关军政事宜：一、筹备粮草。责成于成龙、王国昌等官员给驻守在汛界的大将军费扬古军队运送粮食。遂于成龙出骆驼40峰，李鈵、喀拜各30峰，王国昌、喻成龙、辛保、范承烈各25峰，用于驮运粮食；二、增调兵力。命令内大臣吴巴什率500名察哈尔兵，携带两个月糇粮赴费扬古处以充实前线兵力；三、堵截噶尔丹。康熙帝认为：“噶尔丹窘迫已极，必亡命走哈密，继而逃往西藏”，因此命令清军严防哈密一带各口以捉拿噶尔丹。昭莫多之战后，一等侍卫阿南达仅率250兵布防哈密一线诸口数月，所携口粮早已用尽，他请求朝廷急拨兵丁、粮草。康熙帝命令西安将军博济率2000兵赴阿南达处布防。同时从肃州调集绿旗兵2000人到额济内、昆都伦等处驻防。这样，哈密以北各口防务显著加强，部署兵力约达5000人。
从以上军事部署中不难看出，康熙帝全力封锁噶尔丹逃往西藏的所有路口，并在边境沿线严密布防，以待噶尔丹前来时即行剿灭。由于清军越严防死守，噶尔丹越因无机可乘而不敢前来防线。实际上，康熙帝在被动的等待中失去了及时追灭噶尔丹的有利时机。
康熙帝坚信噶尔丹窘迫已极，必会来投诚。从喀尔喀各地探哨归来之诸王、贝勒、台吉等向康熙帝奏言：
我等在军前知之甚详。噶尔丹信息今已急迫。噶尔丹所居之地原系我等所居，极其寒洌。所食者虽无，犹可食人马之肉，至衣服无有，一夕遭遇极寒，惟有冻毙而已。
康熙帝觉得趁此机会频繁遣人招降尤为必要。十月二十一日，使厄鲁特俘虏曼济携带康熙帝致噶尔丹招降书遣回准噶尔部。这次招降书着重强调要遣回愿归之厄鲁特俘虏、降人，不愿归者使其各得生养，皆富贵之，以宽容和优待吸引厄鲁特部众。并敦促：“噶尔丹博硕克图汗、丹济拉等可领余众，作速来降，朕必令尔家富身荣，各遂生养”；二十六日，遣和硕扎萨克图亲王之长史马尼图等赍敕前往噶尔丹侄子阿喇布坦和丹津俄木布处进行劝降。敕曰：
尔阿喇卜滩、丹津鄂木布前虽附噶尔丹，然皆非昌乱之人。今投附之人皆云，尔等与噶尔丹分析各居。朕嘉尔犹知天道，能自振拨怜。尔之马畜等物被掳，衣食已绝。特遣和硕扎萨克图亲王之长史马尼图、多罗郡王昆都伦博硕克图之乌勒木济、多罗郡王墨尔根济农之阿玉西，又尔属下之喇嘛罗卜藏班珠儿亦愿招安尔等，今同持谕前往。敕书一到，著即率尔部落来降。前此依附噶尔丹博硕克图汗之咎概不介意，必待尔以富贵显荣，尔之部落亦使各得生业，妻子完聚，从容度日。丹巴哈什哈等朕尚怜恤，使之富贵，况尔等乎！
特意强调如果噶尔丹不前来投降，必追灭之，而阿喇布坦、丹津鄂木布若离开噶尔丹投奔与清朝尚有往来的准噶尔部另一首领策妄阿喇布坦就不予深究，二者之间栖身苟免则断不姑容，必行剿灭。康熙帝通过不断遣返厄鲁特俘虏、降人，分化噶尔丹属众，使他们陆续归附清朝。
十一月底，噶尔丹亲信大寨桑吴尔占扎布之母齐布冈查被遣回来劝降噶尔丹。吴母在昭莫多之战被俘，因身份特殊而受到皇太后的设宴招待，其他内大臣也纷纷设宴压惊。康熙帝亲自接见她并赐给佛尊、黄袍、凉帽、数珠、小刀，使老太太受宠若惊，深感皇恩浩荡。康熙帝令她回准噶尔部劝降噶尔丹及诸寨桑。她愉快地接受这一重要使命踏上归途，到达噶尔丹驻地后，依仗自己身份大赞清朝富足强大、康熙对厄鲁特俘虏的宽厚优待，劝说道：“皇上之英明、国之富饶，言之莫尽。倘无命则已，有命则皆享安逸耳。”并指责、劝说噶尔丹：“由于你的罪过，致使众生灵四散，遭受苦难。你若知错而去寻圣主，便可使众人幸福矣”。噶尔丹十分尴尬：“这些都是我之过也。”但噶尔丹没有接受母亲的劝说。吴尔占扎布母亲的安全归来及其对清朝的由衷赞美，使众寨桑惊叹不已，说：“圣主如此贤明，使敌国离散之母子、夫妻团聚，恩养投去的厄鲁特人”。可见他们对清朝的好感油然而生。
继吴尔占扎布母亲之后，康熙帝又把昭莫多之战中被俘的厄鲁特人曼济放归准噶尔部。曼济也给噶尔丹带来了许多新的消息：康熙帝在呼和浩特一带行猎；清军不断加强沿边布防；丹巴哈什哈、查干席达尔哈什哈、沙克珠木等投附清朝之厄鲁特贵族均被擢为内大臣并住北京；很多厄鲁特人投附清朝后被妥善安置等等。噶尔丹听完这些对他无一利的消息，沉默寡言。众寨桑的心理防线则开始动摇，诺颜格隆说：“仁圣太平皇帝断断宽宥我等而恩养之，可信乎？”在回归人员的不断影响下，很多人认为投奔清朝才不失为一条生路，都决然离开噶尔丹投奔清朝。康熙帝的招降措施初见成效。
