世事就是那样难料。自1917年羞赧请辞之后，回到天津的黎元洪根本没有想到，竟然有咸鱼翻身的那一天。当接到曹锟吴佩孚吴景濂一干人让他“补齐任期”的邀请时，黎元洪先是坚决推辞，心有余悸的他再也不想蹈这浑水。没想到国会议员轮番上门相劝，每天劝进的电报如潮水般涌来，曹锟率直、苏、鲁、鄂、豫、察、陕、甘、绥十省督军、省长、都统联合通电恭请复位。吴景濂也放弃了原先打算澄清黎元洪当年解散国会的法律程序，请求黎元洪回到总统位置上来。直隶省长王承斌甚至长跪在黎元洪面前，非得黎元洪答应复职。巨大的压力之下，黎元洪动心了，毕竟，当年自己任期太短，不明不白下台，很有点壮志未酬的感觉。不过还算清醒的黎元洪仍保持某种警惕，发出三千字的“废督裁兵”“鱼电”，揭批了五大恶政现象，提出“废督”、“裁兵”、“整理财政”这三大复职条件。黎元洪的“鱼电”很快得到回应，控制北京的各方力量纷纷承诺不干涉政府事宜，以促成黎元洪“官复原职”。
黎元洪在复职上的迟疑，让时任北京大学校长的蔡元培觉得有责任有义务进行敦促，在蔡元培看来，黎元洪和那些富有野心的军阀们有着本质区别，这不是一个手腕毒辣心术不正玩弄权谋的“坏人”，而是宅心仁厚可以信任的“好人”。更何况黎元洪对自己有知遇之恩，对教育积极支持。一个好人当总统，总比一个坏人要好得多。所以，当胡适提出要不要发电催促黎元洪来京就职时，蔡元培于6月8日联袂王家驹、李建勋、毛邦伟等十人，代表教育界发表通电，欢迎黎元洪来京复职。电文云：
天津黎大总统钧鉴：中央政府负责之人，考量事实，非公莫属。务恳俯顺舆情，维持大局。事关国脉，万乞即日莅京，勉任艰巨，无任祈祷之至。
社会各界如此盛情，“忠厚”的黎元洪无法再拒绝，毕竟，自己后半生与“共和国”息息相关，没有这个动荡不安的共和国，哪有他黎元洪的今天？1922年6月11日，黎元洪抵达北京，在幕僚和各界名流的前呼后拥下，前往中南海怀仁堂参加总统就职典礼。据总统侍从武官唐仲寅回忆，黎元洪大有前度黎郎今又来的畅快和得意。复职典礼前，颇有性情的黎元洪穿着礼服来回踱步，对着镜子顾盼大笑：“大家都说我是黎大苕，今天我黎大苕，又回来坐天下了！”“苕”是湖北话红薯的意思，在很长时间里，民间一直以为黎元洪又憨又土赐予他如此外号。黎元洪还拿出三年前拍的一张十二寸标准照底片，一次就洗了五百张签名送人。6月12日，黎元洪颁布总统令，宣布撤销1917年解散国会的命令，继续民国六年第二期常会。一切真算是“解铃还得系铃人”，这一天，离黎元洪当初下令解散国会，正好是整整五年。
对于黎元洪的复职，社会上也有一些不同看法，南方议员褚辅成、孙洪伊指出，黎元洪的任期，实际上已由冯国璋代满，无职可复。对此，北方议员则由曾任众议院法制委员长的张耀曾给出“法律解释”，根据约法和《总统选举法》，总统在任内离职，只有三种情况：一是死亡缺位，二是弹劾去职，三是因故不能执行职务，而1917年黎元洪的离职，不在这三种情况之内，是基于事实而非基于法律，因此不具法律效力，冯国璋的代理，也只是事实上的代理，而不是法律上的代理。这样，反对和质疑看似平息下去了，不过，一有风吹草动，这样的质疑还会兴起。
在“法统重光”的旗帜下，黎元洪总统复职。北京政府以为南北双方根本分歧已消除，于是分别电劝孙中山、伍廷芳、李烈钧北上，共谋国是。此时，经过前一段时间的工作，民国六年国会也得到一定程度恢复。6月12日，天津旧国会移至北京，到者二百一十四人。不过这个数字，跟当初“八百罗汉”规模相比，一半都没有到。想恢复最初的国会，明显存在很大难度。北方发出号召，希望当初南下的国会议员迅速北上。陈炯明也派人到广东的议员家中，一一拜访，劝他们北上参加国会，推动统一。除了一些国民党议员之外，不少议员都离开广东北上。不过，最让广州议员们纠结的问题是，1918年，为了凑够法定人数在广东开正式国会，曾经补选了一批议员以顶替未到会的议员，现在，这些增补者的“名份”怎么办？因此，广州国会主张国会重开，法统上，应该是1919年的国会，也即“民八国会”，而不是1917年的国会即“民六国会”。国会重新组合所不可回避的重大分歧，也为后来的分裂埋下了伏笔。1922年8月1日，参众两院在北京正式开会，由于众议院副议长、研究系议员陈国祥病故，会议选举张伯烈为副议长；参议院院长仍为王家襄，副议长王正廷。据《中华民国立法史》一书所载，旧国会恢复后，政党势力重新整合，分为九大派别：一是中国国民党系，主角谢持、周震麟、田桐等；二是政学会系，主角谷钟秀、张耀曾、李根源、汤漪、王有兰等；三是段祺瑞系，主角乌泽声、褚辅成等；四是奉天系，主角刘恩格等；五是益友社系，主角吴景濂、罗家衡、胡鄂公、易次乾等；六是新共和党系，主角张伯烈、胡祖舜等；七是孙洪伊系，主角温世霖、景耀月、张益月、王湘等；八是讨论会系，主角司徒颖、江天铎、谭瑞霖等；九是研究系，主角王家襄、蒲伯英、蓝公武、籍忠寅等。
上任虽体面风光，不过黎元洪所面对的却是繁杂而头痛的事务。首当其冲的，是面对各路军阀对于政府的干涉，如果权力集中在各路军阀手上，宪政必为空谈。黎元洪发现，上任前那些军人们不干政的承诺，只是一句空话。当他的作为牵涉到某些人的利益时，就像愚公移山一样艰难了。曹锟借口全国战事还未停止，督可废而兵不可裁，一再电催任命蔡成勋为江西督军；吴佩孚虽口称拥护裁兵，却在直、鲁、豫三省大招新兵，补充第三师的缺额。为了适应各省自治潮流，实现军民分治，黎元洪分别任命了七个省长。其中五个省长遭到当地拒绝，根本不能到任。黎元洪任命的湖北省长汤芗铭，是研究系领袖汤化龙的弟弟，民国四年就做过湖南督军，当时曹锟还只是第三师师长。到任之前，黎元洪派汤芗铭到保定和洛阳分别拜见曹锟和吴佩孚，以争取支持。汤芗铭到保定后，曹锟态度非常冷淡，推说湖北不是他的管辖区，叫他去找吴佩孚。汤芗铭到了洛阳后，吴佩孚竟拒之门外。与此同时，曹锟和吴佩孚都去电黎元洪，推荐萧耀南兼任湖北省长。曹锟和吴佩孚对中央的软磨硬抗，让黎元洪十分恼火，气愤地说：“湖北是我的家乡，别的地方我可以不管，我的家乡，我一定要管！”于是派汤芗铭直接去湖北上任。没想到汤芗铭到达汉口时，萧耀南竟指使“拒汤派”以死抗争，横卧在京汉路的轨道上，阻止汤芗铭所乘火车通行。汤芗铭只好下车改乘军舰在汉口特区登陆，没想到江岸上仍有不少“拒汤派”示威，阻止汤芗铭上岸。双方发生冲突，有四五十人受伤。萧耀南派副官邹海清到军舰面见汤芗铭，劝说不要登陆，以免引起骚乱。汤芗铭不听劝阻，登陆后到武昌见萧耀南，萧耀南拒而不见，在军署内召集一帮人举行所谓湖北各公团联席会议，当场推举自己兼任省长，并且马上宣布就职。
汤芗铭气急败坏之下，将情况向黎大总统作了报告，并请求辞职。黎元洪非常生气，说：“这不是你干不干省长的问题，而是我干不干总统的问题。”不过黎元洪之后的举动，根本不起作用。在这种情况下，经汤芗铭的秘书卢蔚干与萧耀南的政务厅厅长邓振矶协商，双方达成协议：汤芗铭辞去湖北省长，推荐萧耀南为湖北省长，萧耀南则荐汤芗铭为武阳夏商场督办（相当于武汉市市长）。算是双方各退了一步。不过汤芗铭到任后一直领不到办公经费，无法正常工作，因而形同虚设。
地方不支持，黎元洪知道是曹吴二人的原因。黎元洪横下心来，想通过“杯酒释兵权”的方式削弱吴佩孚势力：任命吴佩孚为陆军总长，想以此取消他的直鲁豫鄂巡阅副使。哪知道吴佩孚根本就不买账，把这个空名推得很远。黎元洪任命的第一个总理是颜惠庆，组成一个亲美的班子，不过颜内阁从组建开始便残缺不全，不到两个月，颜惠庆便因为财政危机辞职。随后，黎元洪又提名唐绍仪来做总理，吴佩孚忘记了“不干涉”的承诺，通电坚决反对……玉帅都站出来了，黎元洪只得打退堂鼓。
1922年9月19日，黎元洪任命王宠惠担任总理，阁员有外交总长顾维钧、内务总长孙丹林、财政总长罗文干、陆军总长张绍曾、海军总长李鼎新、司法总长徐谦（石志泉代）、教育总长汤尔和、农商总长高凌霨、交通总长高恩洪。由于王宠惠、罗文干、汤尔和等人都是提倡组建“好人政府”的知识分子和大学教授，有报章把这届政府称为“好人内阁”。名单当中大多是吴佩孚的势力：陆军总长张绍曾是吴佩孚的儿女亲家，内务总长孙丹林以前是吴佩孚的秘书长，交通总长高恩洪是吴佩孚的同乡和追随者，王宠惠本人也是亲吴的。内阁向国会提交审核时，遭到了亲近曹锟势力的吴景濂一帮人的强烈质疑。黎元洪和王宠惠为回避矛盾，保住内阁，竟然不向国会提交内阁名单。这样的行为，让众多国会议员很恼怒。
全力支持黎元洪的，似乎只有那些文人们。1922年10月10日，北大校长蔡元培等人发动北京八十六个团体，在天安门前召开了声势浩大的国民裁兵大会。蔡元培亲自担任大会主席，专门请出黎大总统发表同意裁兵的演说。广场上彩旗招展，五六万人的口号声响彻天空。虽然声势浩大，只是没有掌握枪杆子的黎元洪，又有什么资本对军阀们“杯酒释兵权”呢？
黎元洪另一个回避不了的是财政问题，摇摇欲坠的北京政府一直入不敷出，徐世昌在任时，连军费都没法正常付清，曾引发陆军总长靳云鹏与财政总长龚心湛产生激烈冲突。这个事情，经报章一渲染，曾引起社会大哗。黎元洪上任时，教育部和北大的员工，都已欠薪很久，一直无法完全兑现。冯玉祥曾在回忆录里写道，黎大总统经常向他抱怨：“唉，总统真不是人当的，这个月我又赔了三万多！这样计算，我每年就要赔上三十六万。长此以往，我实在不能支持了。唉，你们看，这个月，我的煤矿股票和盐票的利息，差不多都赔贴光了。东也捐款，西也募钱，叫人无法应付。每月进个十万八万，仅只捐款一项，就不够开销！”冯玉祥的笔下，有着明显的揶揄意味，不过黎元洪当总统的难处可想而知。
新政府没钱仍是无法运转，怎么办，只好借钱。1922年11月14日，北京大学教授出身的财长罗文干，与委托代办此事的华义银行经理罗森达·柯索利签订奥国借款长期合同，同意将旧债票换为新债票，照票面九折发行，本息合计为五百七十七点七一九万英镑，分十年偿清，年息八厘。因为这一笔钱，“好人内阁”粉墨登台，发放了拖欠高校员工们好几个月的工资，缓和了一些矛盾。这样的局面，与其说是粉墨登场，还不如说是按下了“撬撬板”，拆了东墙来补西墙。不过借钱一事王宠惠内阁没有提交国会，并且传说中接受了对方的贿赂，很快引发了大事端——1922年11月18日晚，众议院议长吴景濂、副议长张伯烈携同华义银行买办李品一来到东厂胡同黎元洪总统住宅，指责财政总长罗文干未经国会同意、总统批准，擅自与华义银行代理人签订与奥国的巨额借款合同，损失巨大，罗文干从中受贿八万多英镑。吴景濂要求黎元洪立刻拘捕罗文干，以防其遁逃。按理，罗文干是内阁成员，非经法律程序不应擅自逮捕，黎元洪情急之下一时疏忽，下令将罗文干抓起来审讯。11月20日，吴佩孚电黎元洪，指责逮捕罗文干违法。内阁总理王宠惠带着阁员前来质问为何逮捕罗文干，王宠惠激动地说，如果总统下令逮捕阁员，也请一并将他送交法庭处理。黎元洪拿不出实际证据与合法手续，一时无言以对。
11月20日，众议院通过了查办罗文干案。当天京师地方检察厅开始审理此案，华义银行代理人出庭作证，声明此案发生问题的支票是酬劳费，跟罗文干无关。11月22日，英国和意大利公使致函外交部，声明展期合同并无手续上的不妥。京师地方检察厅判定无效债票一说不能成立，八万英镑为对方按合同规定付给中国政府，折合成华币约八十万元，转给交通部五十万元，余下作为行政日常开支；另三万英镑是付给安利洋行经理的手续费，五千英镑是付给安利洋行买办的手续费，罗文干并无贪污行为。并且，这一份借款合同确定虽未经国务会议讨论，也没有请求总统和国会同意，但财政部办理展期合同一向如此，算是有章可循。京师地检当天无罪释放了罗文干。
罗文干被释后，认为人格和名誉受到侮辱，提请法庭接受审判黎元洪越权，以洗不白之冤。黎元洪理屈之下，只好请孙宝琦、汪大燮、黄开文、荫昌迎罗文干到总统府，降阶相迎，握手致歉。吴景濂也不依不饶，率三十多位议员进入总统府，对释放罗文干表示抗议。黎元洪两面受敌，十分尴尬。
几天之后，曹锟发来通电，攻击财政总长罗文干丧权辱国，纳贿渎职，主彻底追究。身为直系一号人物的曹锟，与二号人物吴佩孚面和心不和，已是人所皆知。不过这一次公开表现出与二号人物吴佩孚完全不一样的立场，倒是出乎黎元洪和众多人意料。当中原因，有说法是因为罗文干在财政中拨给吴佩孚部的军费，比给曹锟部多得多，让曹锟很生气，所以发出电报支持严办“罗文干”。曹大帅一生气，后果很严重，国会要求惩治罗文干的意见占了上风，吴佩孚不敢公然反对上司，只好通电拥护黎元洪，电告曹锟与王宠惠、罗文干素昧平生。11月27日，众议院通过查办国务总理王宠惠、外交总长顾维钧案。气愤之下，以内阁总理王宠惠为首的“好人内阁”愤而辞职。这样，“好人政府”只维持了两个多月，即宣布下台。支持“好人政府”的胡适心灰意冷，提出休息一年，北大教务长一职，改由顾孟余担任。胡适对于中国时局的失望，反映了当时知识分子对于时局的灰心。1923年1月17日，众议院通过重新查办罗文干的决议，同时要求查办京师地方检察厅的检察官。罗文干再次入狱。
争论罗文干是否有罪的文章充斥着那一段时间报纸的重要版面，北京大学校长蔡元培宣布，鉴于教育总长彭允彝在内阁会议上提出再办罗文干，明显干涉司法，羞与为伍，提出辞职。1月27日，东三省特别法庭发出抗议，通电北京政府司法部等，抗议罗文干案再议。随后，湖北、安徽、奉天、河南、山东、直隶等地纷纷响应，抗议行政权对于司法权的干涉。1923年8月30日，京师地方检察厅宣布罗文干无罪，再次将其释放。
