多尔衮独掌大权后，审时度势，敏捷果断，在政治上、军事上迅速进行了一系列战略性的调整，使清军得以顺利入关，占领北京，争取到了政治上、军事上的优势，掌握了主动权。
顺治元年（1644年）三月，李自成农民起义军攻克北京，崇祯帝自缢身死，明朝灭亡。听到这一消息，清朝大学士范文程急忙从养病的盖州温泉返回沈阳，上书多尔衮，建议清兵尽快入关，夺取天下。多尔衮也敏锐地观察到形势的变化，他采纳了范文程的建议。
四月初七，多尔衮统率大军，出师中原，行前祭告太祖、太宗。
清军一路缓行，四月十五日抵达翁后（今辽宁阜新一带）。这天早晨，遇到了明军辽东总兵吴三桂请援的使者——副总兵杨坤、游击郭云龙。他们向多尔衮呈交了吴三桂的请援信，在信中，吴三桂除了说明当时形势及一些客套话之外，主要表明他站在明王朝立场上请求清军支援的态度，还没有表示降清。他的条件是与清军分治中原，“黄河为界，通南北好”。
多尔衮看了信，当然感到意外。他没想到屡招不降、拒宁山海关、宁远的吴三桂会投书乞降。但他还有些疑虑，怕这是阴谋。便给吴三桂写好复信，信中以一国之主的口气，用“封以故土，晋为藩王”的条件招降吴三桂。同时，命大军加紧向山海关进发。
清军以平均每天60公里的速度进发，四天以后来到连山驿（今锦西）。这时候，李自成已开始攻打山海关了，吴三桂又派人给多尔衮送去第二封信，希望清军“速振虎旅，直入山海，首尾夹攻，逆贼可擒”。
多尔衮知形势急迫，立即命令大军星夜出发，昼夜兼程。清军越过宁远（今辽宁兴城）进抵沙河地区，小驻于沙河驿（中后所与前屯卫之间，距连山城75公里，距山海关50公里），然后继续进发。二十一日，清军在距山海关5公里外，得到吴三桂军中哨骑的报告，说：“贼已出边立营。”多尔衮遂命精兵往击，在一片石首遇大顺军唐通部数百人并迅速将其击溃。傍晚，清军再进离山海关5公里处，已隐约可闻关内炮号轰鸣、喊声阵阵。清军发现山海关城中的炮火向东轰击，遂迟疑不敢冒进，扎营于关外欢喜岭。在对关内战况毫不掌握的情况下，多尔衮与阿济格、多铎说：“不如分兵固守，以觇动静。”然后，清军“披甲戒严”，“高张旗帜，休息士卒”，“蓄锐不发”。并遣人到吴三桂营中打探虚实，以免上当。
此时农民军正在与拒守关城的吴三桂军激烈交战。历史上著名的山海关之战就在这天开始了。
“两京锁钥无双地，万里长城第一关。”号称“天下第一关”的山海关，古称榆关，是万里长城东部的起点。关城南临渤海，北依燕山，横亘辽西走廊，东西为出入关门的必经孔道。在明朝，它“外控辽阳，内护畿辅”，是明朝经营辽东的陆路咽喉之地，一关雄踞，万夫莫开。
李自成大军猛攻山海关的翼城，两方拉锯，喊杀声震天。到二十二日黎明时分，吴三桂见情形不妙，又知清军已到关外，赶忙亲率五百骑，冒着矢林弹雨，赴欢喜岭拜见多尔衮。在营中，多尔衮与吴三桂对天盟誓，吴三桂剃发称臣，以白马祭天，乌牛祭地，歃血斩衣，折箭为誓。而后，多尔衮令吴三桂先行一步，与农民军进行决战，并答应清军随后就到。二十二日上午，三方军队，在关内石河摆开战场。李自成知道“成败待此一决，驱其众死斗”。农民军在石河以西列阵，马步兵二十多万“北至山，南至海”，排成一字长蛇阵。吴三桂也是“悉锐而出”先行迎战。清军以英王阿济格为左翼，率领万骑入北水门；豫王多铎为右翼，率万骑入南水门，为吴三桂两翼助战。多尔衮自率主力部队殿后指挥，从关中门进，并即赴石河西。这时吴三桂已挥兵上阵，一场恶战开始了！这天，“大风迅作，尘沙蔽天，咫尺莫辨”。因为几乎对面不见人，所以根本谈不上整整齐齐地交手。有些八旗将领不禁急躁起来，想乘势杀将过去，但都被多尔衮制止住了。然后他把八旗主力部队面向大海，分层排开，主要针对农民军的阵尾。令吴三桂军为右翼之末，即最西端，实际上就是让他作为前锋，与列阵于石河西的农民军首先交战，自己衔住农民军长蛇阵的结尾，使其无法合围自如，这体现了多尔衮战术的高明之处。
由于风卷黄沙，对面不见人，所以吴三桂军出其不意地出现在农民军阵前。李自成在庙冈之上立马观战，见此情形，急令农民军包围吴军。一霎时，金鼓之声、呐喊之声传到百里之外，在农民军层层包围之下，吴三桂率军左冲右突，拼命死战，但农民军数量上胜于吴军，战斗力亦很强，因此步步进逼，前仆后继。吴三桂军被围在核心，向左突围，便有农民军号旗向左指，使军队向左迎击；吴军向右冲击，号旗便向右挥，农民军又向右堵截，吴三桂恰如瓮中之鳖，几无脱身之路，“阵数十交，围开复合”，“炮声如雷，矢集如雨”。双方苦战了大半日，直至下午时分，吴三桂开始支持不住了。就在他精疲力竭的时候，多尔衮抓住战机，突令清军出击。于是清军三吹号角，呐喊三声，以白旗骑兵二万从吴三桂军右侧突入，“万马奔腾不可止”。农民军不畏强敌，仍然奋勇拼杀，刘宗敏勇冠三军，但中箭负伤。
由于农民军已与吴三桂军相持了大半日，伤亡者较多，而且力气耗费甚大，因此无法抵挡一直养精蓄锐、在双方交战中作壁上观的清军，见到这种情况，李自成惊慌失措，当即下令撤退，自己麾盖先走，避开锋芒，于是农民军阵脚大乱，一败不可收拾。清军则乘胜追杀20多里，缴获了许多驼马缎币。农民军被杀者无计其数，投水溺死者，不知其几，横尸遍野，沟水尽赤。夜幕降临了，两天来一直震耳欲聋的炮声和呐喊声渐渐停息了。清军追击还师后，在关内五里处扎营。至此，这场各方投入总兵力近40万人，连续激战两天一夜的山海关大战终于结束了。
据当时目击者说：战役中“凡杀数万人，暴骨盈野，三年收之未尽也”。山海关之战对李自成农民军、清军，乃至吴三桂都是至关重要的，这场战役的结果已远远超过了战争胜负的意义，中国历史又将从此翻开新的一页。
取得山海关战役胜利的当日，多尔衮即封吴三桂为平西王，赐给他玉带、蟒袍、貂裘等物，并令山海关城内军民一律剃发。以马步兵一万隶属吴三桂，让他和多铎、阿济格一起率兵前往追击李自成。
为了改变清军烧杀屠掠的行为，以期夺取全国统治，大军出发前，多尔衮与诸将誓约：“此次出师，所以除暴救民，灭流寇以安天下，今入关西征，勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍，不如约者罪之。”
从山海关逃回的大顺军士兵拖着疲倦的步履，又回到了原来的营地。李自成连遭挫折，士气大落，预料很难坚守北京，因而决定回师晋、陕，以图东山再起。二十七日，为了发泄仇恨，李自成又杀了吴三桂全家的三十余口，悬首城上示众。
为了证明自己曾经真正统治过天下，李自成最后决定在北京举行登基称帝仪式。二十九日，李自成在武英殿举行即皇帝位仪式，立妻子高氏为皇后，追尊七代考妣为帝后，牛金星代行郊天礼，并由六政府各颁一大诏书，以当年为大顺永昌元年。李自成身加衮冕，受各官朝拜。同时，出牌晓谕百姓速速出城躲避清兵。然后将木柴、硝磺之类运入承天门，这位大顺永昌皇帝计划烧毁这座自己刚刚享用过的宫殿。二更时开始放火烧宫，再烧九门城楼。五更时，农民军开始撤出北京，李自成命左光先、谷可成统领万骑殿后，载其所熔金饼数万狼狈地离开了北京。在他们身后，大火正燃烧着他们曾一度占有的地方。自三月十九日农民军雄赳赳、气昂昂地开进北京城，推翻了朱明王朝的统治，到四月三十日仓皇撤退，其间不过四十二天。时间之短，变化之大，真是发人深思！
与此同时，山海关的清军正以锐不可当之势，积极向北京进发。多尔衮一方面派出吴三桂军追剿李自成，另一方面仍考虑到用招抚的手段争取民心，特别是争取汉族地主阶级分子的支持。这样，前途的障碍就会大大减少。山海关之战时，多尔衮就再次告诫将士：“不能乱杀无辜百姓，乱抢财物，乱烧房屋，否则，要论罪。”多尔衮曾发布令旨说：“谕官兵等人知道，曩者三次往征明国，俱俘掠而行。今者大举，不似前番，蒙天眷佑，要当定国安民，以希大业。入边之日，凡有归顺城池，不许杀害，除剃头而外，秋毫勿犯。其乡居散屯人民，亦不许妄加杀害，不许擅掠为奴，不许跣剥衣服，不许拆毁房舍，不许妄取民间器用。其攻取之城，法不可赦者，杀之。可以为俘者，留养为奴。其中一应财物，总收公用。其城屯不论攻取投顺，房屋俱不许焚烧。犯此令者，杀以儆众。”多尔衮反复严肃军纪，确实收到了一定的成效。清军“入关之初，严禁杀掠，故中原人士无不悦服”。
此外，多尔衮还向百姓宣布清军严守军纪、安定国家的规定，招纳逃避四方的百姓还乡返里。尤其是，多尔衮利用明朝地主阶级的复仇心理，宣布清军入关的目的是：“为尔等复君父之仇，非杀尔百姓，今所诛者惟闯贼也。”告诉明朝官民：“官者归来复其官，民者归来复其业，师律严肃，必不害汝。”由于吴三桂是明朝旧官，他的话更易为汉族官绅所接受、相信，所以多尔衮又让吴三桂以自己的名义发布檄文，号召汉族官民归顺清军。京东州县，本来已无明军，农民军败退后，就更没有什么抵抗力量，顺利得让人吃惊。而且吴三桂已先发榜文到前路州县，所以各地士绅纷纷望风而降。
从山海关到北京不到千里的路程，多尔衮开始了他收买民心、招抚汉族地主阶级的计划。他每到一处，对百姓进行安抚，开仓济贫；还不让军队入城住宿，严申军纪；又对投降的地方官好言劝慰，赏赐袍服，保证他们原有的地位，这不仅使这些士绅感激涕零，也使当地百姓松了口气。更重要的是对京城内外各阶层人士产生了较好的影响，为建立清朝未来的统治打下了较好的基础。
李自成农民军撤出后的北京，已重新成为故明官员的天下。御史曹溶自任城西巡视，在城隍庙中设立了崇祯帝的灵牌，故明遗老如高尔俨、孙承泽、梁兆阳等纷纷发丧哭临，张懋爵、柳寅东、韩文铨、朱朗绍也自任五城中其他四城的御史，暂时行使起统治职权，恢复统治秩序。一些投降过农民军的明官如王鳌永、沈惟炳、骆养性等也与各官一起在午门设立崇祯牌位，行礼哭临，准备恭迎吴三桂以及大清义师，以为他们会奉还崇祯太子，重新中兴大明王朝。
一场大雨，使京城熊熊燃烧的烈火渐渐地熄灭了。宫中除武英殿、文华殿，宫外除大明门、正阳门之外，主要建筑都已半成灰烬。宫城内外的白玉石桥虽被烟火熏成褐黑斑驳，但还完好无损。只有那昔日结巢于宫殿重檐之下的泥燕被大火烧得无家可归，只好在荒凉残破的庭院里上下翻飞，几乎遮住了天空，叫声凄凉。
五月初二日，故明遗官、遗民们早早就等候在朝阳门外，他们都以为是吴三桂奉太子回归。于是，锦衣卫指挥骆养性准备好銮仪法驾，百官随卤簿齐集朝阳门。远处一股尘埃扬起，众人连忙跪伏在大道左边，一些百姓烧香拱手，甚至有人高呼万岁。可车马行到眼前，既不见明太子，也不见吴三桂。不久，北京城里人才知道，此时的吴三桂已被多尔衮径直差去追击农民军，自卢沟桥向西而去，连京城的影子都未看到。众人等到的是衣服、语言俱异的清朝军队，领头的是大清的摄政王多尔衮！
多尔衮说：“我摄政王也，太子随后至，尔辈许我为主否？”众人不禁面面相觑，惊愕不解。此时清军大队已进入北京城，门上遍插八旗中白旗标志。百官在相顾惊异后就迅速默认了现实，然后俱劝进表。范文程告诉他们：“皇帝去岁登基矣，何劝进之有？”这些人又请多尔衮乘辇进城。多尔衮推辞说：“我是效法周公辅佐幼主，不该乘辇。”众人叩头请求：“周公也曾是负扆摄国事的，现在应该乘辇。”于是，多尔衮不再推辞，说：“我如今来安定天下，自然不能违背众意。”多尔衮下令把卤簿向宫门陈设，排仪仗于前，奏乐，从长安门进皇宫。在此对天行三跪九叩头礼，再向关外方向行三跪九叩头礼，然后乘辇直入武英殿，以金瓜、玉节等罗列于殿前。多尔衮下辇升座，接受故明大小官员以及宦官七八千人的朝拜。在一片欢呼万岁声中，多尔衮顺利地进占了北京城。
正是多尔衮这种迅敏的机变，使清军在尔后的一系列军事行动中占尽先机，牢牢掌握着主动权，兵锋所至，势如破竹。
从多尔衮出兵至清军占领北京，前后不足一月。
