康熙亲政以后，终于获得了一展宏图的广阔空间，但他却发现在这舞台之上，并非只有他一个人。掌握了帝国最高权力的他，仍有一个个敌人，虎视眈眈地看着他。此时的康熙有着年轻人的本色，锐意进取有时却鲁莽，险些铸成了大错。三藩之乱的出现，是对康熙亲政后的一次大考验，在他的一生成长过程中起着重要作用。面对气势汹汹的藩王，康熙与之斗智斗勇，上演了一出惊心动魄的历史剧。
剪除鳌拜党羽后，朝廷内部的异己势力基本上被肃清。年轻有为的康熙放眼四方，却发现天下并不太平，东南之隅台湾在郑成功之子郑经的统治下仍未归化，屡屡侵犯东南沿海；东北则有沙俄蠢蠢欲动，妄图侵犯；蒙古部落也未安稳，有发生战争的苗头。这其中最惹康熙注意的则是清朝南方的三藩：吴三桂、尚可喜、耿精忠。他们位处边疆，却素有野心，为了安抚他们，年年花费朝廷过半的金钱粮草，渐成尾大不掉之势。
清初三藩的出现，是清廷依靠前明降将平定南方后来又让他们去镇守南方的结果，可是到现在却成了朝廷的心腹大患。
因为满洲八旗兵力有限，清廷入关之后，为了对付仍然颇有势力的农民起义军和南明小朝廷，不得不利用明朝降将充当前驱，平定南方。在投降清廷的前明军官中，以吴三桂、耿仲明、尚可喜三人功劳最多，所以都被清廷封为王爵。他们所率领的军队成为八旗以外的一支重要力量，经过二十年的战争，农民军被打败了，南明政权也因为腐朽而垮台了，全国基本宣告平定。
于是，清廷把八旗主力安置在北方，而南方就先交由吴三桂等去镇守。这样，吴三桂驻扎云南，尚可喜驻扎广东，耿精忠驻扎福建，南方便形成了三藩局面。
尚可喜原来是明广鹿岛的副将，因为上司的猜忌，于天聪八年（1634）率众投降后金，后被封为智顺王，其部属被编入汉军镶黄旗。随着清军南下，尚可喜领军协助清军平定了湖南，因功晋封为平南王，并被赐予金册金印。打败南明余部后，清廷令尚可喜镇守广东。
耿仲明，原来是明朝的登州参将，毛文龙旧部。袁崇焕督师蓟辽，矫诏杀了毛文龙，并调副将孔有德和耿仲明配属山东巡抚孙元化指挥。孔、耿出兵与后金军激战，但粮饷却迟迟不来，怨恨之下，二将一起投降了后金。崇德元年（1636），清廷封耿仲明为怀顺王，顺治六年（1649），改封靖南王，与尚可喜进军广东，卒于途中。其子继茂袭封，后移镇福建。康熙十年（1671），继茂死后，其子耿精忠袭封。
三藩中，又以平西王吴三桂战功最高，势力最大。吴三桂原为明辽东总兵，手握强兵，守宁远。崇祯皇帝自缢后，吴三桂想投降李自成，行军途中却听说爱妾陈圆圆被李自成的属下刘宗敏夺走，大怒之下回师山海关，投降于清睿亲王多尔衮，请清军入关讨李自成。在多尔衮和吴三桂的联合进攻下，李自成大败。因其功大，故清廷封吴三桂为平西王，并平定西南。随后清廷仍命吴三桂镇守云南，并谕吏、兵二部，凡云南文武官举黜及兵民一切事，命吴三桂暂行总管，俟数年后，仍照旧例。顺治十八年（1661），清军入缅，迫于形势，缅甸王献出了永历帝。康熙元年（1662），吴三桂在昆明处死了南明永历帝朱由榔。不久，清廷加封吴三桂为亲王，并命贵州省也暂由吴三桂管辖。吴三桂于是久镇云贵。
三藩为清廷平定南方立下了汗马功劳，但他们久镇边疆，不仅拥有强大的军事实力，而且还享有任命官员、编制军队、管制经济等财政大权。平西王吴三桂甚至有权调迁别省官员来云贵任职的权力，魏源《圣武纪》就说吴三桂“其所除授号曰西选，西选之官几满天下”。对此，屡屡有朝廷官员挺身而出仗义执言，但吴三桂势大，朝廷为了安抚藩王，弹劾总是不了了之。
三藩的俸禄兵饷开支巨大，给清政府带来沉重负担。尽管朝廷对他们采取优待的态度，比如对吴三桂，朝廷就下令“户部不得稽迟”，“绌则连章入告，既羸不复请稽核”，但藩王并未因此收敛，反而变本加厉地向朝廷要钱，早在顺治十七年，户部奏疏里就说：“国赋不足，民生困苦，皆由兵马日增之故……合计天下正赋止八百七十五万余两，而云南一省需银九百余万，竭天下之正赋，不足供一省之用”，再加上福建、广东，朝廷竟要向三藩支付两千余万两饷银。
吴三桂自恃功高权重，强占明桂王五华山旧宫为藩府，骄奢日甚，又把前明黔国公沐氏的庄子计土地七百余顷占据为自己的藩庄，并且圈占周边百姓的田地，强迫他们“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃人”。不但如此，吴三桂还开矿卖盐，垄断其利益，而且私铸钱币，号称“西钱”。为了敛财，吴三桂还与达赖喇嘛通使，互市茶马，多得的银子概不上交。更值得注意的是，吴三桂通过这条途径，每年从蒙古经由西藏而入云南的马匹竟达数千匹。在统治云南期间，吴三桂日练兵马，打造兵器，购入战马，无一天放松战备。
吴三桂交游甚广，心腹亲信遍布于水陆要冲，各省提镇，很多出自吴三桂门下。他的部下将士很多都是李自成、张献忠余部，凶猛善战。吴三桂广交朝廷内外，很多官员都为其所收买，故而其爪牙非常多，成为朝廷的巨大威胁。他的儿子吴应熊为额驸，朝廷上的风吹草动，吴三桂都可以很快知道。于是，吴三桂以为自己的地位非常坚固，朝廷肯定不会从他手中夺走云贵。 靖南王耿精忠袭封王爵后，肆意妄为，“以税敛暴于闽”，放纵部下“苛派夫役，勒索银米”。耿精忠还广集宵小之徒，因为当时谶纬有“天子分身火耳”的谣言，便妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。 平南王尚可喜也常为不法之事，他在广东使人私充盐商，又私市私税。广州是当时的对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”，这些银子尚可喜从不上缴国库。但尚可喜内心对清廷还比较效忠，后来年老多病，将权力交给儿子之信。尚之信桀骜不羁，比其父蛮横残暴，肆意妄为，为官民所怨恨。尚之信又酗酒嗜杀，甚至常在尚可喜面前持刀威胁，所为所行，日益不法。三藩各据一方，相互通气，广布党羽，实际上已成为地方割据势力，成为朝廷的巨大隐患。
随着国家大部已经平定，三藩与中央的矛盾逐渐突出，他们位高权重，长期专制一方，解决三藩问题已成为朝廷迫在眉睫之事，这也是对年轻的康熙的重大考验。康熙曾说：“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤。”又说：“朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑会，曾书而悬之宫中柱上。”
