清道光二十一年（1841），鸦片战争时，英帝国主义者占据了宁波城。战乱中，天一阁藏书多有散佚。
兵燹后，于道光二十七年，当时的浙江布政使刘喜海登阁看书，随手抄录，编成《天一阁见存书目》十二卷。基本上依照阮目分类次序排列，卷十二外编，收录丛书，前后均无序跋，有例言七则，称“原目（阮目）所载御题书二种，佚于兵燹，御赐《图书集成》一万卷见缺一千余卷。”共收录藏书二千二百二十三种。
刘目未曾刻印，原稿的发现亦较迟，据天一阁现藏传抄本上一九三五年张镜夫跋文云：“予于甲戌春间，由诸城旧家获一天一阁旧目四册，既无岁月，亦无撰人，惟卷首有例言一篇，相传为刘燕庭先生登阁观书随手所记录者，然无序跋印章，未能遽信。”次年，张镜夫再识云：“书目抄录毕事，详校一过，忽于末叶左角下发现白方小印‘嘉阴簃’三字，乃知为燕庭先生故物。既而刘少文表兄自诸城来，叩以燕庭先生与天一阁观书事，兄云：‘道光二十七年秋，先生升浙江布政使，署浙江巡抚，曾倡修天一阁，及刊阁中藏书目未果而罢官，此或阁目底本。’少文兄是先生嫡孙，言必可信。”刘喜海号燕庭，诸城人。此目增出阮目所不载的书籍共四百六十三种，但是失收的书则更多。这大概是由于刘氏编写未竟，即被罢官的缘故吧！
咸丰十一年（1861），太平天国军队进驻宁波前后，当地歹徒乘混乱之际，拆毁阁后墙垣，潜运藏书。此后辗转流散，许多珍贵书籍被当做造纸原料，有的厄于兵火，有的落入外国传教士手中，天一阁藏书再次遭到了浩劫。
光绪四年，宁波知府宗源瀚见阁书亡失过半，欲编见存之书以为目，便聘慈溪人何松等三人登阁分编。何松《梦璞居诗抄》有“校书登杰阁，订误并搜遗，两席分经史，三秋恨别离”之句。当时杨晋蕃校经子两部，何松校史集两部，自四月二十二日至中秋节，阅时六月，成《天一阁校书记》。后因宗源瀚去官，未及刊印，残稿今藏上海图书馆。
光绪十年（1884），浙江宁绍台兼管水利海防兵备道薛福成，命钱学嘉等三人，重编《天一阁见存书目》四卷，首末二卷，体例仍仿《四库全书总目》编排，对于当时每部书的存缺情况，著录比较详细，尤其是《进呈书目》，经过校对，增补了阮目失收的三十六种，而且在著录上也胜过阮目。卷首附刻阮元《天一阁书目序》，钱大昕《天一阁碑目序》，黄宗羲《天一阁藏书记》，全祖望《天一阁藏书记》，及《天一阁碑目记》，还有乾隆圣谕、御赐书画目等。卷末有《天一阁奇书目》、《见存碑目》、《见存石刻》、《新藏书目》，及光绪《鄞县志》范钦传、光绪十五年范钦十世孙范彭寿跋。
薛目反映了鸦片战争以来的四十多年中，遭到二次浩劫以后的藏书情况。凡例云：“阁书经兵燹后，完善者鲜……见存书不及旧日十之四，而旧无其目，今有书者亦复不少。”范彭寿跋云：“咸丰辛酉，阁既残破，书亦散亡。于时，先府君方避地山中，得讯大惊，即间关至江北岸，闻书为洋人传教者所得，或卖诸奉化唐岙造纸者之家，争借赀赎回，又偕宗老多方购求，不遗余力，而书始稍稍复归。”当时还藏阁中之书，数量甚少。薛目除“科举帖括、家传行状、唱和劝善诸刻”和“虫残水渍，不复成书”的弃置不录外，共著录原藏书二千一百五十二部，计一万七千三百八十二卷，乾隆御赐的《古今图书集成》尚存八千四百六十二卷。
此外，见存碑拓，包括乾隆、道光时据阁藏本重模的“石鼓文”、“瘗鹤铭”在内，仅二十六通，注云：“阁中碑本，十不存一，编以为目，不复成卷，因附于末。”见存石刻有丰道生重模“神龙本《兰亭序》”等十三种，至今尚存。
