这场琪莎拉与利希德的决斗，最终由于利希德的昏迷判定为琪莎拉的胜利，而在决斗结束后，李继默几人就回到了房间之中，也没有再去观看剩下的决斗，毕竟这次的事情差点让琪莎拉受伤，这让李继默有些惭愧，因为是他忘了原著中神之卡失控的事情。
对抗神明，消耗了琪莎拉不少的魂力，此时的她已经进入了沉睡之中。而孔雀舞本来就是普通人，虽然与李继默在一起后身体变强了不少，但现在也是睡觉时间，所以她也在休息了。
只有李继默，独自坐在窗口处，望着下面无边无尽的暗蓝色大海。
忽然，飞艇发生了剧烈的抖动，然后在不远处的海平面上，一个纯金属的平台从海底冒了出来。
这晃动持续了好一会，正在熟睡中的琪莎拉和孔雀舞都被这强烈的晃动所吵醒。
“怎么了？”
“发生什么事了！”
几乎同时醒来的两个女孩，向李继默询问着如今的情况。
经历了不久前的神之卡失控事件，李继默为了防止再出现这种事情，对整部游戏王的剧情进行了一番梳理。虽然关于游戏王的记忆已经有些遥远了，但在李继默用心回忆之中，基本已经掌握了大概剧情。
对于接下来要出现的东西，李继默的内心之中已经有了一个大概的印象。虽然游戏王的剧情在他的影响下发生了一些小的变化，但总体来说并没有太大的出入。
“别担心了，只是一件小事而已，等一会就好了！”
李继默给与的肯定回答，让两个女孩的内心安定了下来。
在神秘人的操控下，这飞往决赛小岛的飞艇减慢了飞行速度，精准的停到了那个神秘的纯金属平台之上，随后被吞入了这座钢铁要塞之中。
“要下去看看吗？”飞船停稳后，孔雀舞看着已经走下飞船的武藤游戏等人，向李继默问道。
“没什么必要，你们休息吧，不用理会他们！”虽然在李继默的记忆中不会有什么太大的危险，这次的事件还是有点曲折，为了避免两个女孩再次遇到意外，就不必要介入这次事件了，反正也没什么好处。
既然李继默都这样说了，琪莎拉她们也没有提出反对意见，两个女孩重新进入了梦想，而他则继续呆在两女的身边，同时他也通过Darkness暗之魔力的能力将做自己的意识寄托在本田广的身上，去看看他们的冒险。
进门之后，几人就看见了几个“熟人”。
这几个出现在他们面前的人，就是海马集团的五巨头，除了海马濑人以外掌控着海马集团股份最多的人。而这五人，当初在决斗王国的比赛后，被武藤游戏击败，而被彻底封印在虚拟世界之中，没想到会在这里出现。
武藤游戏与海马濑人，看着出现在自己面前的五人，有些震惊。
作为反派的五巨头简单的介绍了一下情况之后，在武藤游戏等人的脚下便出现了一个光圈，然后所有的人都掉了下去。
几人落入一片虚无之中，下坠感然作为女生的真崎杏子有些恐惧。
对于这种感觉，李继默十分的熟悉。
这就是穿越时空的感觉。
己过一番下坠之后，所有人的陷入了眩晕之中，瘫倒在地上。而李继默则用他的意思，观察这周围的情况：如今本田广掉在了一个密闭的房间之中，在他的周围躺着御伽龙儿，而其它的几个人都不知所踪了。
过了一会，两人醒了过来，踏上了寻找其他人的道路。
路上遇到了几个阻拦的敌人，但对方的实力都不算强，本田光和御伽龙儿有惊无险的击败来敌人，成功的与川井静香相聚，然后又在一次战斗中与武藤游戏几人碰面。
就这样，失散的一群人终于再次汇合。
只是少了一个人，海马木马被五巨头的人强行带走了。为了救回海马木马，武藤游戏几人决定陪同海马濑人一起去击败五巨头。
经过一番寻找，众人找到了五巨头，并与他们进行了一场决斗。决斗场面异常宏大，决斗过程非常精彩，最终当然是以主角队的胜利告终，而他们也迎来了最后的敌人——海马乃亚。
海马乃亚是海马濑人的养父海马刚三郎之亲子，他与海马濑人幼时十分的相似，但在一场车祸之中，使得他只能在机器的辅助下生存。而为了向海马濑人复仇，他谋划整件事情。
海马乃亚以海马木马的性命作为威胁，迫使海马濑人无法做出反击，而将他击败，把海马濑人化作了一座石像。
只有武藤游戏一人活着，在他经过一番战斗之后，以100的生命值击败了拥有10000生命值的海马乃亚。然而，在海马乃亚被击败后不久，天空之中发生了异变，一个人的面孔出现在空中。
从那人的话中，武藤游戏几人得知，此人就是海马濑人的养父——海马刚三郎。
当初，海马濑人发明了虚拟现实系统。但海马刚三郎将他的发明运用到了军事之中，并且谋划着毁灭世界。知道了这件事的海马濑人，通过智慧获得了整个海马公司的控制权，并逼死了海马刚三郎。
而海马刚三郎临死前，借助着虚拟现实的功能，将自己转化为了程序，存在于网络空间之中。至于海马乃亚，不过是他计划中的一颗棋子罢了。
知道了真相之后，众人都很愤怒，但如今之际最重要的是如何逃出这种钢铁要塞，因为海马刚三郎已经操纵导弹瞄准了这里。
最终经过一番波折，众人终于在导弹击中钢铁要塞之前，座上了飞艇，逃离了即将死亡的命运。
而海马乃亚，再得到了海马木马的肉体后，最终还是选择了放弃肉体，回到了虚拟世界之中，与他的父亲海马刚三郎一起走向灭亡。
武藤游戏几人，坐上飞艇前往决赛的地点，准备迎接最后的战斗。
天边划过一线光芒，沉睡中的两个女孩也醒了过来。看着越来越近的那座高塔，李继默知道决斗都市的战斗，将要迎来一个结局了。
