既然童心是私心，肯定童心就是肯定私心，那就必然要尊重个体，张扬个性。若张扬个性，就要摆脱束缚，反对奴役。于是，他又提出了“不属人管”“不庇于人”“自然而然”等一套明心见性的理论来。庄子“不为物役”的自由精神，到了李贽这里又大放光芒，隐逸文化呈现了新的面貌。
孔子千百年来人人敬为圣人，朱熹更是说“天不生仲尼，万古如长夜”。李贽回答得很风趣难道羲皇以前的人都大白天点着蜡烛走路？”又说孔夫子不过是个和别人无异的庸众而已。
李贽批这个，骂那个他心中难道就没有一个可以看得上眼的人？有，就是王阳明。李贽说王是真夫子，不过又说王“有识而才不允胆不足”，也有不满。
大概他只有看得起自己了。
李贽从万历九年到万历三十年，有22年的隐居生活。正式隐居时52岁，当时正做云南姚安知府，这个位置，对于举人出身的人来说绝对是高位。他在姚安干得也是如鱼得水，临走时，
“士民遮道相送，车马不能前行”，场面也够感人的。
3年任满之后，本来可以升官的，但他却对继续做官没什么兴趣。他知道自己不是做官的材料，在去姚安前，就作好了离官归隐的准备。他巳经和好友耿定理商量好，任满3年，就来耿家居住。果然，3年后，他就携带家眷住到耿家来了。在耿家一住就是4年。耿的思想性情和李贽相投，两人甚是投缘。这4年，他主要从事两件事：教授耿家子弟，读书着述。只是耿定理的弟弟耿定向和李贽不合，在教育孩子的事情上和他多有冲突。没想到，李贽后半生的悲剧，居然和这个耿定向挂起钩。
万历二十四年，耿定理病逝。第二年，李贽被耿定向赶出门，搬到麻城龙湖寺院芝佛院。这一年李贽过得焦头烂额，失去好友的打击不算，自己一大家子人的生活也成了问题，他只好到寺院里去谋生。但是，到寺皖居住不可能拖家带口，只好狠心将家里人全都打发回老家去。又过了4年，李贽居然刹发出家了。
李贽为什么要出家？他自己的解释是这样的：“所以落发者，则因家中闲杂人等……以俗事强我，故我剃发以示不归……又此间无见识人多以异端目我，故我遂为异端以成坚子之名。兼此数者，陡然去发，非其心也。”
《焚书》问世以后，引起轩然大波，他遭遇的第一个杀手就是耿定向。耿定向写了一篇文章，号召弟子围攻李贽，后来又策划了“驱李”事件，李贽在麻城待不下去了。道学家恨不得将李贽置于死地，而李贽也有自己的崇拜者，到处有人接他过去居住，一会武昌，一会山西泌水，一会大同，一会南京，最后去了通州。李贽孤独一身，四处漂泊，访朋友，求知己，苦其身，乐其道。环境虽恶，心内宁静，俗事不用于心。他在一篇文章中这样说：“平生所贵者无事，而所不避者多事。贵无事，故辞官辞家，避地避事，孤孤独独，穷卧山谷也。不避多事，故宁义而饿，不肯温饱；宁屈而死，不肯幸生。”这也算是李贽隐居生涯的一段自我表白吧。
李贽对隐士有自己的研究。他在自己最得意的着作《藏书》中，特为隐士留出一段篇幅，称隐士为“外臣”，专辟“外臣传”，记67人，首次将隐士分为“时隐”“身隐”“心隐”“吏隐”四类。他认为邦无道则隐的时隐，稍有志的人都可以做到，不足为奇。“以隐为事，不论时事”的身隐，又分几等：“有懒散不耐烦，不能事生产作业，而其势不得不隐者”；“有志在长林丰草，恶嚣沉寂而隐者”，此类都不足为奇。他所赞赏的是“志在神仙，愿弃人世”的陶弘景式身游物外，心切救民”的鲁仲连式志趣超绝不屈一人之下”的庄周式。然而他认为，心隐又在身隐之上。
四种隐士中，李贽最赞赏的居然是吏隐，这也是他见解不与常人一样的地方。他说嗟夫！带你居朝市，东方生其人也！彼阮公虽大，犹有逃名之累，尚未离乎隐之迹也。”吏隐毕竟不是隐士的正宗，毕竟与“不为物役”的精神境界大异其趣。但吏隐似乎比身隐和心隐的境界更高一等因为他连隐居的形式感都省略了，不必拘泥于山林石泉，随处都可隐而藏之，更何况为一小吏呢？李贽认为自己就是典型的吏隐。“吾迹其终之所就，又安得不谓之吏隐乎？”
李贽住在芝佛院，常与侍者谈论出家的事情。他常说“世间有三等人宜出家。其一如庄周、梅福之徒，以生为我梏，形为我辱，智为我毒，灼然见身世如赘瘤然不得不弃官隐者，一也。其一如严光、阮籍、陈抟、邵雍之徒”，“苟不得比干传说之遇高宗太公之遇文王，管仲之遇桓公，孔明之遇先主，则宁隐勿出，亦其一也。又其一者，陶渊明是也。亦爱富贵，亦苦贫穷，故以乞食为耻，而曰‘叩门拙言辞。爱富贵，故求为彭泽令，然无奈其不肯折腰何？是以八十日，便赋归去也。此又其一也”。（嵇文甫《晚明思想史论》）
那么，李贽自己属于哪一类呢？“卓哉！庄周、梅福之见，我无是也。待知己之主而后出，必具盖世之才，我亦无是也。其陶公乎？”“夫陶公清风被千古，余何人而敢云庶几焉？”“然其一念真实，不欲受人间管束，则偶与之同也。”
陶渊明是一位高雅的自然体悟者、实践者，却不是一位富于思辨的哲学家。而李贽二者兼而有之。不但如此，他还有和嵇康一样的刚烈脾气。说到他最后的自杀，简直和嵇康的被杀同样惨烈。
其实，李贽在数年前就为自己选定了“荣死诏狱”的最后归宿，并称这是“天下第一等好死”。那时，他在山西上党刘东星家中躲避当局的迫害，曾对前来问学的汪本钶透露了自己对“最后一着”的这一打算，并不无欣慰地说：“到那时名满天下，快活，快活！”只不过，李贽之死并没有像他曾希望的那样，如“将头临白刃，一似斩春风”般快捷便当，而是在生命最后的血路泥泞中一步步走向炼狱之门的。
李贽是当今学术界公认的晚明启蒙思潮的旗帜。他的死，人们无不认定是封建统治者对他的迫害。不错，李贽是死在皇城监狱里，是万历皇帝亲自下令把他逮捕究治的。从这一角度看，李贽无疑是封建统治者消灭异端思想家的又一典例。但历史的吊诡常常变成今人的尴尬：李贽明明是以自杀来“成就此生”的，万历并无欲杀李贽的夺命朱批，大金吾的司法建议也只是“大略止回籍耳”。李贽完全可以回籍终老，甚至可凭退休知府的身份逍遥乡里。究竟是什么原因促使李贽走上了自杀之路？更令人困惑不解的是，在当时代表社会进步倾向而被称为世人“津梁”的思想家李贽，为什么偏偏是被同样具有进步倾向的东林党人告发而身陷囹圄？为什么李贽死后仍然遭到他的后继者们的误解和谩骂？为何时至今日仍有学者指责他并无“丝毫自我牺牲的意味”，缺乏对旧世界“与汝偕亡”的精神？跟随李贽而与他亦师亦友的袁宏道、袁中道等人，对李贽“所以致祸之故”，尚持“真有不可知者”，“岂亦命数适与之会欤”的困惑和感叹，甚至对李贽的着作虽遭禁锢而仍流行于世的现象，归因于“本朝之宽大与士大夫之淳厚就连自信“称事先生之久者无如钶、宜知先生之真者亦无如钶”的汪本钶，对李贽决定以身殉道的最后交代，也不信其为李贽的“真实语”。相知者况且如此，官方向皇帝奏报的文件说李贽是“惧罪不食死”，则完全是对李贽的肆意污蔑了。可见，李贽被封建统治者迫害致死的说法，确有不可不辨之处。
凡是真正了解李贽的人，都不难体认李贽临终前讲“七十老翁何所求”这句话的隐衷。他的死“不知于世人”，他一生的思想学术同样是“超出于千万劫之世人”的。作为一名启蒙思想家他的一生正是要“手辟鸿蒙破混茫，浪翻古今是非场”；他的死，同样是为了成就自身的历史使命。总之，李贽的一生，“求之近世，绝罕其俦”。在“如今男子知多少，却道高官即是仙”的时代，天下士子无不为能一朝踏进官僚阶层的幸福之门而皓首穷经，而李贽却有官弃官、有家弃家，自悔“五十年前真一犬也”的读书仕进生涯。在天下人皆以卫道为己任，扛着圣教的招牌文其伪、售其奸、谋其私的时代，李贽却公然背叛千年相延的封建道统和花样翻新的造神运动“开古今未开之眼开古今未开之口”“摅贤圣之肾肠，寒伪学之心胆”。当道贤哲坚信不疑“天不生仲尼，万古如长夜”，而李贽则说“道无绝续人具只眼”，提倡“自然真道学”主张一切“条教禁约皆不必用”，呼唤人的理性自觉和自由发展，培植多元文化心态。官场和文坛充满了假人、假事和假文，乃至举人、进士的头衔也无不有假，大家行不顾言、言不顾行，阳为谦恭而实为谄媚，雍容揖让而暗伏杀机，“局琐取容，埋头顾影，窃取圣人之名，以益其贪位固宠之私”，又是李贽敢于揭破世相，识其真机，向被愚弄被蒙蔽的百姓们指出“儒者不可以治天下国家”，“君子之尤能误国也”，主张“各遂千万人之欲”，高呼“庶人可言贵，侯王可言贱”，强调利在百姓的社会功利和人格平等的道德氛围。在“逢人便说三分话，未可全抛一片心”的格言盛行的官场，孟子关于“为官不难，不得罪于巨室”的遗训，实际上成为各级官府的施政原则，致使许多善良的人为迁就这样一个以假为荣的社会而扭曲灵魂的时代，还是李贽公然对抗“千古有君臣、无朋友”，“天下尽市道之交”的社会，一生“以友朋为性命”，痛斥“今之从政者，只是一个无耻”，毅然站出来为得民心而不得官心的何心隐、海瑞等人鸣不平。道学家视女人为祸水，以禁欲为高尚，暗地里却妻妾成群，过着“眼中有妓、心中无妓”“笑拥如花歌落梅”的生活，仍是李贽在尊重“真情”和人格尊严的基础上，鼓吹“大道不分男女”，写出惊世骇俗的《答以女子学道为见短书》的千古宏文，与“女子其身而男子其见”的相知者谈学论道，提倡妇女追求个人幸福和基于真情的男女社会交往。正因为李贽以纯真的童心看待污浊的世界，以犀利的笔锋“掊击道学，挟摘情伪”，才使“胥天下之伪学者莫不胆张心动，恶其害己，于是咸以为妖为幻，噪而逐之”。李贽与当时的社会发生尖锐的冲突，不但道学家疾其叛道，同仁不满其“多怪少可”，连方外人士也恶其超逸内典，乃至他“真像是与千百万人为敌”，弄得“世皆欲杀身殂狱”，不为天下人所容。李贽自己说大概读书食禄之家意见皆同。以余之见质之，不以为狂，则以为可杀也。”“通身是胆通身识”的李贽一生漂流四外，知者难觅，最后只能“死于不知己者以泄怒”，“蒙利益于不知我者，得容死诏狱”，以这种方式“成就此生”，向世人表白自己的“不见知己之恨”。
孔子曰：“人不知而不愠，不亦君子乎？”以圣人之语来衡量，李贽的确算得上是典型的“小人”了。难怪连明末清初的另一位启蒙思想家顾炎武也骂李贽说：“自古以来，小人之无忌惮而敢于叛圣人者，莫甚于李贽。”谢在杭《五杂俎》说李贽“亦近于人妖者也”。顾炎武特批“闽人持论之公如此”。看来，在后人眼里，李贽“小人”的恶谥，是几成公论的。为启蒙而甘洒热血的先驱李贽，遭到了他实际上的后继者无情的谩骂和摒弃。这是思想史上的悲剧使原本小丑充斥的明末历史舞台的帷幕上，抹上了如血残阳般的悲剧亮色。
严格地说，李贽不是死于封建统治者之手，因为张问达等人很难充当“封建统治阶级”的代表。他们也都是因死于封建道德法庭的审判，而被当世誉为贤人君子、清流善类的。东林党人尚学行、重气节，在朝野上下往往能代表新兴市民阶层的政治经济利益，与阉党和皇权相抗衡，历来受人敬仰。按理说他们当视李贽为同道，甚至视其为思想领袖，怎么会迫害作为在意识形态领域里充当社会进步前驱的思想家呢？或曰，东林有“君子”也有“小人”。可是迫害李贽的恰恰是东林党人中的“君子”。万历二十八年在湖广驱逐李贽并指派地痞烧毁李贽埋骨之塔的是冯应京。他在湖广有政声，被东林引为同道，只因为早死而未能荣登“东林党人榜”。万历三十年告发李贽并纠拿治罪的是东林党人张问达。在李贽被捕后，落井下石，建议万历皇帝将李贽治罪并发动一场清算李贽思想运动的，是东林党人冯琦。东林党领袖顾宪成谴责李贽“是人之非、非人之是”，至令天下“学术涂炭”。张问达告发李贽的疏文捏造了大量耸人听闻的谣言和污蔑不实之词，“攻乎异端”的措辞和手法，虽在其生前身后并非鲜见，然而其想象力之丰富，却适可显露心灵的卑鄙。兹录其原文，与天下看样：
李贽壮岁为官，晚年削发，近又刻《藏书》《焚书》《卓吾大德》等书，流行海内，惑乱人心。以吕不韦、李园为智谋，以李斯为才力，以冯道为吏隐，以卓文君为善择佳偶，以秦始皇为千古一帝，以孔子之是非为不足据。狂诞悖戾，不可不毁。尤可恨者，寄居麻城，肆行不简，与无良辈游展院，挟妓女，白昼同浴，勾引士人妻女，入展讲法，至有携衾枕而宿者，一境若狂。又作（观音问》一书，所谓“观音”者，皆士人妻女也。后生小子，喜其猖狂放肆，相率煽惑。至于明劫人财、强搂人妇，同于禽兽而不恤。迩来缙绅大夫亦有诵咒念佛，奉僧膜拜。手持数珠，以为律戒；室悬妙像，以为坂依。不知尊孔子家法，而溺于禅教沙门者，往往出矣。近闻贽且移至通州。通州距都下三十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续。望敕礼部，檄行通州地方官，将李贽解发原籍治罪。仍檄行两畿及各布政司将李贽刊行诸书，并搜简其家未刻者，尽行烧毁，毋令贻祸后生，世道幸甚。
是什么原因促使东林党人必欲置李贽于死地而后快？是李贽与东林有不共戴天之仇吗？不是。李贽在东林中不乏朋友，他的朋友也支持东林党人。张问达等人即使与李贽有过节，也不会以个人恩仇的名义陷害异端，自毁“君子”之名。唯一的原因是，“以天下名教之是非为己任”的东林党人把晚明“非名教所能羁络”的社会风气归罪于李贽的学说。沈璜《近事丛残》说，李贽的学说“以解脱直截为宗，少年高旷豪举之士多乐慕之，后学如狂。不但儒教防溃，而释氏绳检亦多所屑弃”。这还得了？儒教是东林党安身立命的招牌和门面，李贽的学说敢于翻其是非，揭其真相，发其隐私，触其痛处自然要遭到他们清算。李贽有一句话，不见于他的着作，却被东林领袖顾宪成在个人日记《小心斋札记》中私下摘录保存了下来：“李贽曰：‘与其死于假道学之手，宁死于妇人之手。卓吾平日议论，往往能杀人此语却能活人。吾不得以其人而废之。”以道学名义整人的人，自然深知假道学的厉害，所以历来有千千万万“男人其身而女人其见”的人，委琐取容，丧尽良知，活在温柔乡而死在温馨里；而心口不贰、正道直行的李贽，则只有义无反顾地走上荣死诏狱的道路，死在假圣教以济私的道学家之手。
