1945年1月，何正文调任太行6分区副司令员兼参谋长，并代理司令员职务。侵华日军宣布投降后，何正文在分区政治部李震主任的有力配合下，组织指挥6分区部队，在没有兄弟部队配合的情况下，连续收复了武安、沙河等地，攻克敌据点10余处，歼敌500余人，受到了太行军区首长的通报表扬。
9月，为配合晋冀鲁豫军区主力进行上党战役，以及收复平汉铁路沿线县城和切断平汉线，奉晋冀鲁豫军区刘、邓首长命令，由太行1、6分区组成平汉支队，秦基伟任支队司令员，何正文任支队副司令员。他积极协助秦基伟司令员指挥部队，在晋南军区一部兵力的配合下，相继收复了邯郸、邢台、临沼关等重镇，并在乔河地域全歼以杨四麻子为首的国民党匪徒。随即，平汉支队在漳河以北的岳镇一线，抗击国民党第39军一个整编师的进攻，完成了掩护太行军区主力向作战地区集结的任务。尔后，他与司令员秦基伟指挥部队，与第1、2纵队和冀南军区部队一道，歼灭了漳河以北、邯郸以南的被围之敌。上党战役结束后，******集中7个师的兵力分两路自新秀沿同蒲、平汉线北进，企图与空运至北平的两个军南北会师，控制平汉铁路。这时，刘、邓首长根据中央军委意图，决心发起邯郸战役，以一部兵力截击沿同蒲路北进之敌，集中主力对付沿平汉路北进之敌，务求歼灭其一部或大部。何正文所在的平汉支队整编为晋冀鲁豫军区第6纵队，王宏坤任司令员，段君毅任政委，王近山任副司令员，何正文任参谋长兼18旅旅长。10月24日，敌渡过漳河，沿平汉路东侧推进至马头镇、磁县之间地域。这时，晋冀鲁豫军区部队迅速按预定部署将敌包围，同时控制了漳河渡口，28日黄昏，向被围之敌发起总攻。何正文在旅政委李震、副旅长向守志的配合下，指挥18旅一举攻占了磁县以北的马头镇，接着向邯郸方向突袭。11月2日邯郸战役胜利结束。这次战役，共毙伤国民党军3000余人，俘其第40军军长马法五以下1.7万余人。战役胜利后，何正文调任太行军区参谋长，在秦基伟司令员、李雪峰政委的领导下，在司令部建设、战备训练以及部队整编等方面，做了许多卓有成效的工作。
1946年11月，正值******在美帝国主义的支持下，向解放区大举进攻的时候，何正文调任太行4分区司令员。开辟4分区的工作十分艰苦，县城、平原地区和交通大道均被国民党军占据，分区指挥机关驻在小岭底丰山坡下，部队的粮食、被服都供应不上。何正文深知在艰苦的环境中领导干部模范带头作用的重要性。他要求全体干部以身作则，发扬我军光荣传统，战胜困难。他把警卫员给他找来的一块床板让给了有病的同志，自己睡在石板上；为了节约粮食，他带头挖野菜充饥。他常和战士们说：“从红军长征到打垮日本帝国主义，我们战胜了数不清的艰难险阻，当前是困难一些，但是只要我们发扬红军精神，我们就一定胜利。”他还制定了两条纪律：“部队不许侵占群众利益，领导干部不许搞特殊。”在他的带动下，部队始终保持着旺盛的斗志，群众从他们身上看到了人民军队的本色，积极支援这支军队，4分区的工作很快打开了局面。1947年3月初，在兼政委刘毅、副司令员安中原、副政委刘刚的积极配合下，何正文指挥并带领分区45、46两个团，实施远距离奔袭，一举攻克黄河北岸的温县县城，全歼守敌500余人，击毙国民党温县县长。此次作战，受到了刘、邓首长和邯郸军区的通令嘉奖。5月，何正文指挥4分区部队连续解放了博爱、武陟、修武等县，6月中旬，在友邻的配合下一举攻占沁阳城，共歼敌700余人。至此，太行4分区地域除焦作外，全部解放，为军区主力部队渡黄河挺进中原创造了有利条件。
1947年8月15日，晋冀鲁豫军区报请中央军委批准，决定由太行军区独立1、2旅及1、4、5分区基干团组成第9纵队，刘、邓首长任命秦基伟为司令员，黄镇为政治委员，何正文为参谋长。为了确保与扩大开始取得的战略主动权，中央军委决定，在山东等战场国民党军主力回援之前，强渡黄河先敌直插鄂豫皖边区实施展开。为了胜利渡过黄河，何正文像每次作战前一样，全力协助秦基伟司令员、黄镇政委，周密细致地组织部队进行渡河准备，他带领参谋人员亲临黄河渡口进行侦察，了解地形、敌情以及水位等情况。8月23日晨，他与司令员秦基伟、政委黄镇、副司令员黄新友带领9纵队，从垣曲、济源之间，采取偷渡与强渡相结合的手段，渡过黄河，乘胜向陇海路以南的伏牛山区挺进，至31日，配合第4纵队相继攻克会兴、新安、洛宁等城，共歼敌4800余人，并达成围攻横水态势，威逼洛阳。9月2日，又连克伊川、嵩县等城，牵制了国民党军第5兵团一个师的兵力，保障了军区主力完成潼陕间的作战。
1947年11月底，9纵部队向伏牛山东麓挺进，何正文协助黄镇政委指挥26旅和4纵13旅，向宝丰、内乡、西峡口等地区疾进，一举收复鲁山、宝丰两城，歼国民党军整编第5师2000余人。秦基伟司令员指挥24、25旅又相继收复了临汝、平顶山等地区。伏牛山东麓战役的胜利，有力地保障了刘、邓指挥的晋冀鲁豫野战军主力向大别山挺进。至此，第九纵队转至宝丰、叶县一带进行短期整训。1948年元旦，何正文从部队检查工作返回宝丰城，他深感刘、邓首长决策的英明，即兴作诗一首《赞跃进大别山》：
东西防御屹如山，
刘邓反击出中原。
劲旅三支掏心脏，
行程千里逼江关。
连天鼓角红旗奋，
动地硝烟豺虎艰。
一役功成全局改，
深谋远虑有谁攀。
1948年4月初，9纵、4纵配合华东野战军攻克洛阳后，继而9纵又解放了登（封）、密（县）、荥（阳）地区，歼灭国民党青年军206师一个整编团。9纵26旅在巩县地区阻敌作战中，歼灭郑州增援之敌500余人，活捉了敌团长冉苍。4月20日，为调动平汉路之敌，以利陈（毅）粟（裕）兵团南渡作战，根据中央军委的指示，刘邓首长发出了宛西战役部署。在宛西战役中，9纵担任牵制与打击郑州之敌的任务。5月初，驻郑州国民党军在孙元良的指挥下，出动正规军九个团及四个保安团，在骑兵、炮兵、装甲兵的配合下，向登、密、荥地区进攻。在强敌面前，何正文分析了敌我态势后，积极协助司令员秦基伟研究、策划作战方案，决定以智取胜，诱敌就范后，迅速采取迎头阻击、翼侧攻击、拦腰截击、后尾追击相结合的战术。战斗打响后，9纵部队采取了塔山坚守、杨寨奔袭、荥阳攻坚、登密公路侧击、郭店闻村阻击、芦店截击等战法，将敌围于观音堂地区全部歼灭。9纵巧战14天，共毙伤国民党军1800余人，俘2700余人。这一光辉战绩，又一次受到了刘、邓首长的通令嘉奖。嘉奖令指出：“9纵在郑州外围牵制敌人配合宛西战役中，13日以奇兵出击荥阳，将守敌暂编26旅新1团（缺一个营）歼灭。16日又协同地方武装予敌47军127旅大部以歼灭性打击，毙伤敌700多人，俘敌团长以下2000多人，收复登封。此种用歼灭战手段达成完满牵制任务，值得表扬。特电嘉奖。”
宛西战役的胜利，为全歼郑州地区国民党军队创造了有利条件。1948年10月下旬，刘、邓首长根据****中央、中央军委的战略部署，决定发起郑州战役。集中了1、3、4、9纵队和友邻军区部队及地方武装围歼郑州国民党守军。何正文积极为秦基伟司令员和李成芳政委当好参谋。9纵队在郑州以北地区担任断敌退路和阻敌增援的任务，于21日拂晓前进至城西北及其以西的须水镇、兰寨和大李寨地区。战役发起后，郑州国民党守军在人民解放军强大的攻势下向北逃窜，进入了9纵的伏击圈。22日15时，9纵向被围之国民党军发起全面攻击，何正文一面协助秦基伟司令员指挥部队作战，一面组织司令部全面掌握战斗发展情况，及时调整部署，修正作战计划。战斗进行得很顺利，一小时后，国民党军全线撤退，9纵乘胜追击，迅猛实施分割包围，战至17时30分，全歼北逃之国民党军1万余人。在同年11月至翌年1月的淮海战役中，司令员秦基伟、政治委员李成芳和参谋长何正文共同带领9纵，积极配合2野3纵等兄弟部队作战，在刘、邓首长的指挥下，于11月15日，一举攻占了战略枢纽宿县，歼国民党军一个师又一个交警总队共1.2万余人，切断了津浦铁路，将刘峙集团分割为南北两大股。
为了粉碎******“北上解围，拱卫徐州”的企图，彻底歼灭扼守徐州之国民党军，以******政委为书记的总前委决定，以华东野战军主力挟住已被关在徐州的杜聿明集团，以华东野战军、中原野战军各一部转向南线看住企图北进的李延年、刘汝明兵团；集中中原野战军主力在华东野战部队的配合下，先吃掉黄维兵团。经过七个昼夜激战，黄维兵团被人民解放军各路纵队压缩在以双堆集为中心，南北宽约七八里地，东西长约十来里地的区域内，南逃北去的道路均被封闭。但是，蜷缩在以双堆集为中心的黄维兵团，毕竟是经过野战训练的国民党军主力部队，凭借其装备的优势，依托居民地，连日来构筑起大量坚固的野战工事，密如蛛网的交通壕与地堡相联，环形堑壕四周突出部都修起了集团工事，工事前沿设置了大量的地雷、鹿砦、铁丝网等障碍，重要部位还修筑了前伸地堡，并以各种火炮、轻重机枪和步枪组成密集的火力地带。一个仅有七八户人家的小村庄也成了轮齿紧咬的坚固筑垒。善于山地运动战的人民解放军部队，突然转入平原野战攻坚，在战术上经验是不多的。加之，有些同志低估了敌人的防御能力，产生了急躁情绪，使突击部队的攻势一度受阻，阵地上出现了敌我对峙局面。这时，总前委及时发出指示，明确告诫部队：要克服急躁情绪，敌坚守待援，我不易一鼓攻歼，首先攻歼其外围，由外向里层层“剥皮”。为了贯彻总前委的决心，何正文全力配合秦基伟司令员和李成芳政委。他深入第一线了解敌情，指导部队进行作战准备，掌握了大量的第一手情况，为纵队党委制定决心提供了可靠依据。九纵首长决心先拿黄维兵团的防御要点小张庄开刀，再从小张庄逐步向双堆集层层剥皮。小张庄位于双堆集东北角约4公里处，全村仅七八户人家，却驻守着国民党军一个团，环村150多米内，构筑了三层工事、障碍，地堡密集，沟壕交错，火力层层，犹如开阔地上的一只“火刺猬”。11月29日，9纵27旅81团曾一度突破小张庄的外围防线，但终因守敌火力过猛，无法继续进攻。该团1连机枪班长牛孟连和两名战士冲到敌鹿砦前，既攻不上去，又撤不下来，在敌炮火下被迫进行土工作业。最初只是挖个卧射掩体，后又加工成跪射掩体，逐步又加工成了立射掩体，随之又把几个掩体联接起来，形成了隐蔽自己、消灭敌人的工事。何正文及时组织总结了这一成功经验，纵队首长决定在各攻击部队推广。战士们利用夜暗把堑壕一直挖到了敌工事前沿，与敌展开了“依沟夺沟，依堡夺堡”的战斗，有效地瓦解了敌人的防御力量。12月1日黄昏，一声号令，9纵攻击部队群炮齐发，勇士们跃出堑壕向小张庄发起猛攻，经过一个多小时的激战，小张庄这个“火刺猬”被消灭了，全歼守敌1000多人，缴获大批武器装备。12月3日，******政委表扬了9纵创造的作战经验，指示九纵部队再接再厉，进一步活跃战场，坚决歼灭黄维兵团。从此，小张庄门庭若市了。兄弟部队有的来取经，有的来交流作战经验，还有几个报社的记者也来采访。作为参谋长的何正文接待了一批又一批，每次他都对大家说：经验是我们的战士们创造的，但最根本的一条经验，就是我们坚决贯彻了总前委“防止急躁情绪”、由外向里层层“剥皮”的指示。12月15日当夜12时，不可一世的黄维兵团彻底覆灭了。双堆集战役结束后，九纵又胜利地进行了陈官庄围歼战，为取得淮海战役的全面胜利做出了重要贡献。
1949年2月的一天，第3兵团司令员陈锡联来到了11军32师，在全师营以上干部会议上对大家说：“我给你们介绍一位工农分子知识化的同志，这就是新任师长何正文同志。”32岁的何正文被任命为第二野战军3兵团11军32师师长。在4月的渡江战役中，他遵照上级首长的部署和决心，在师政委芦南樵、副师长兼参谋长史景班和政治部主任田维新等同志的积极配合下，指挥32师于4月22日从安庆胜利渡过长江，冒雨追击长江南岸国民党守军，急行军130余里，奔袭30里山路，翻越武夷山口畏岭，在林泽一带歼敌800余人，缴轻重机枪30余挺。5月9日，何正文带领部队乘胜前进，强渡衢江，一举攻占了交通重镇龙游城，毙伤俘国民党军2000余人，缴获汽车20余辆，大车4000余辆，迫使该城国民党守军安徽军管区中将司令刘瞰率2000余人投降。至此，龙游城获得解放，浙赣铁路被32师斩断。翌日，何正文顾不得征战的劳累，挥师南进，向遂昌城发起猛攻，全歼国民党守军3500余人，缴获汽车120余辆，火炮14门。5月11日、12日，又克大港头，解放丽水、云和等城，歼国民党军800余人，缴获汽车40余辆，击毙云和城警察局长。5月13日，何正文率32师两个团，向龙泉、景宁追击前进130余里，歼国民党军203师2000余人，一举攻占龙泉、景宁两城。历时23天的渡江战役胜利结束了，32师北自长江、安庆，南迄浙南之龙泉、景宁，历经两省13县，行程1700余里，主要战斗15次，取得连克6座县城、俘国民党军安徽军管区中将司令刘瞰以下1.4万余人、缴获汽车200余辆的辉煌战绩。
1949年9月，何正文率32师由皖南出发，经浙江、湖北、湖南三省，向大西南挺进。由于连续行军作战，指战员们的体力消耗很大，部队疲劳，粮弹匮乏，加之地形不熟，给行军带来重重困难。为了胜利完成向大西南进军的光荣任务，何正文号召全师指战员，发扬不怕流血牺牲、不怕艰难困苦和连续作战的精神，提高斗志，增强团结，严格执行三大纪律八项注意，坚决消灭最后残存于祖国大陆的国民党军。9月5日，32师各部队在师长何正文、政委芦南樵的指挥下，由徽州地区出发，经过11天600余里的行军，于16日胜利到达安庆地区大渡口南岸集结登船，溯江西进。由于乘船准备充分，计划周密，在当地政府的大力支援下，顺利地完成了2100多里的船运任务。部队在沙市地区登陆后，步行400余里进至湘西慈利、澧县地区进行战前练兵。10月1日，何正文从收音机里听到了******主席在北京向全世界发出的响亮声音：“中华人民共和国成立了！中国人民从此站起来了！”无数革命先烈为之抛头颅洒热血而奋斗的这一天终于到来了，他激动得热泪盈眶，他仿佛看到了天安门广场上那鲜艳的五星红旗伴随着雄壮的国歌在冉冉升起，仿佛看到威武雄壮的阅兵方队正在通过天安门广场，耳旁仿佛响起了全国人民的欢呼声，他完全沉浸在幸福之中，与全国人民共同分享这一美好的时刻。当天下午，何正文组织各部队举行了宏大的阅兵式。
11月4日，何正文率32师由慈利地区出发，经大庸、永顺向龙山、来凤攻击前进，于11日在兄弟部队的配合下一举击溃咸丰守军，20日胜利渡过乌江，连克国民党军第2军、第108军坚守的江口镇、白马场、长坝口等纵深要点，毙伤其官兵1000余人，俘虏1500余人。27日，何正文指挥32师，由南川出发，经观音桥、清和场、五市场等地，向重庆攻击前进。一路上，32师攻击迅猛，国民党守军连连被歼，两天进击歼俘国民党军111师副师长林惠民以下4000余人。29日，32师攻占了长江南岸的海棠溪，俘国民党军400余人，缴获汽车280余辆。至此，2野3兵团主力控制了西起江津、东至木洞100余里的长江南岸，威逼重庆。
11月30日黄昏，何正文指挥95、94两个团，冒着蒙蒙细雨突破国民党军的长江防御，一举攻占了重庆西南的杨家坪、磁器口一带有利地形，迅速兵分两路向重庆市区攻击。何正文亲率95团猛追猛打直捣重庆市中心区，迫使走投无路的******于深夜在白市驿机场仓皇登上飞机逃往成都。重庆宣告解放。何正文奉11军首长命令，带领95、96两个团担负重庆市的警备任务。这天，陈锡联司令员见到了何正文，他风趣地说：“何正文，你到底是四川人啊！跑得可真快，我的汽车轮子都撵不上你。”
刚刚解放的重庆，社会政治情况十分复杂，需要保护的工厂、学校、仓库很多，何正文面临的任务更艰巨、更复杂，他深感自己肩上担子的重要。在入城的当天，他召集团以上干部会议，分析了重庆的形势，要求部队切不可放松警惕，积极协助地方政府和军管会粉碎敌特的破坏和捣乱。他一面组织部队清剿匪特，维护社会秩序，全力保护人民生命财产的安全；一面组织94团参加成都战役。在地下党组织的有力配合下，重庆市的社会秩序逐步走上了安定，市民们开始了正常的生活。12月27日，成都战役也胜利结束了。
32师进军西南作战，由于上级的正确指挥和人民群众的积极支援，全师指战员克服困难，艰苦作战，翻越了地势险恶的巫山、梅子关、大小崖门等高山峻岭，渡过了水流湍急的乌江、长江等深涧大河，历时84天，追击5000余里，连续作战12次，取得了歼国民党军3.4万余人的重大胜利。
1950年2月初，何正文遵照兵团首长指示，率领32师赴大竹地区执行剿匪任务，同时兼任大竹军分区的工作，负责清剿大竹、渠县、广安、邻水、垫江、梁山（后改为梁平）6个县境内的土匪，并发动6个县的群众，建立和巩固农村革命政权。何正文出任大竹军分区司令员，地委书记高治国兼任分区政委，32师政治部主任田维新兼任分区副政委。在党的一元化领导下，何正文及32师其他领导人与高治国共同领导大竹地区的剿匪清霸斗争。何正文到大竹地区后的第一项任务，就是在地区和各县、区、乡建立了剿匪委员会，从32师抽调了部分干部战士并吸收地方民兵骨干共4500余人，组建了6个县的独立营和7个公安队，在41个区建立起区的武装力量，从而使整个大竹地区的剿匪工作在组织上、军事上都得到了可靠保证。
剿匪斗争全面开始后，何正文指挥32师进剿匪患严重的地区。他采取分进合击、远距离奔袭、设伏诱敌、反复搜剿等战术，对匪情猖獗的华蓥山、中华山、垫江南等地区的大小百余股土匪给予歼灭性打击，活捉了“六县人民救国军总司令”吕健康、国民党军12军军长韩春祥和“川湘黔鄂人民自卫军总司令”陈铨，不到一个月的时间歼匪3500余人。在实施强大军事打击的同时，何正文认真执行刘、邓首长关于要把军事打击、政治争取、发动群众三者紧密结合的方针，全面贯彻“首恶必办，胁从不问，立功受奖”的剿匪政策，组织部队向匪特开展了政治攻势，广泛进行宣传，并发动匪属，分化瓦解匪众，先后迫使匪首曹老儿、蒋忠孝、赵可法、谭其等缴械投降。32师经过紧张连续清剿，截止到这年9月底，全歼了大竹地区的散匪、股匪共4.2万余人。整个大竹地区六县局势逐渐稳定，社会秩序亦趋正常。
1950年11月，何正文调任川东军区参谋长，在军区首长领导下，继续指挥部队肃清川东一带残匪。1952年12月，川东、川西、川南、川北军区和西康省军区合并为四川军区，何正文被任命为军区参谋长。
几十年南征北战，何正文始终在前线部队参加作战。在炮火与硝烟中，在与敌人的拚杀中，他度过了从少年到青年这一人生最美好的年华，他长大了，在党的培养和教育下，在刘、邓首长的带领下，他从一个穷孩子，当年的“红小鬼”，成长为人民解放军的高级指挥员。
1955年，党和国家授予何正文少将军衔，他同时荣获三级八一勋章、二级独立自由勋章和一级解放勋章。
1955年5月，何正文升任成都军区副司令员。同年1月，他入南京高等军事学院高级系速成班学习，他的老首长刘伯承元帅任院长兼政治委员。在学习期间，他仍像当年刘师长教导他学文化一样，如饥似渴地学习军事理论和科学文化知识。每逢节假日，他总是要到学院的图书馆里看书和查找资料，潜心钻研现代条件下作战的特点，认真理解教员讲的每一课。经过两年多的刻苦努力，学院党委授予他“优等生”称号，受到了刘伯承院长的嘉奖。
1957年7月，何正文以优异的成绩毕业于南京高等军事学院，继续担任成都军区副司令员，主要负责军区部队的作战、行政管理和后勤工作。他把全部精力投入工作和部队建设，特别是对边防部队的建设和战备工作尤为重视。他每年都要到驻守在川西北高原的康定、茂县、甘孜和凉山等少数民族地区的部队检查工作，勘察地形。他冒着高原的冰霜雪雨和风沙烈日，深入到每个分队的驻地问寒问暖，视察工作，有时还到藏族团、彝族团蹲点，实行“五同”（同吃、同住、同劳动、同娱乐、同操课），与少数民族干部战士打成一片。对部队的战备、训练、行政管理、官兵关系、军民关系以及后方勤务保障等，他都给予明确的指导和具体的帮助，他的足迹踏遍了川西北高原的山山水水，对那里的地形、民情及社会等情况都非常熟悉。他常和参谋人员说：“当参谋，最重要的是责任心，有了这一条，你就可以把你的大脑变成一张活地图。”何正文在工作中最大的特点是严格和细致。对部队的管理，他十分强调提高部队的内在素质，重视基础训练，巩固和提高部队战斗力。从军人的一举一动、连队的一日生活，到部队的工作、生活秩序和各项战备制度的落实，他都亲自组织司令部拟制落实细则和评定标准。他把部队的作风和纪律性建设看作是提高战斗力的重要条件，要求部队从一点一滴抓起，平时就要严格管理，严格训练，在日常的生活中培养军人良好的素质和部队优良的战斗作风，在严格的养成教育和训练中，培养和保持部队的高度集中统一。每年新兵补入后，他总要深入部队检查新兵的素质和基础训练以及生活保障等情况。有一次，他到一个团检查新兵训练情况，发现这个团有些连队的战士在训练中无精打采，有的战士体力跟不上。他就深入食堂和班排，了解到有的连队为了赶进度，增大了训练时间，有的食堂因管理不善，伙食搞得不好。他亲自把连队干部找来，耐心地开导他们说：“我们教育训练的目的，是为了提高部队战斗力，可不是为了争名得彩，要扎扎实实地按照条令条例管理连队，按大纲规定的内容和时间抓好连队的战备、训练。”他要求加强食堂的科学管理，搞好连队的农副业生产，让战士们吃好吃饱。他这种深入实际的作风，使在场的几位连队干部很受教育。
1958年3月13日，因成都军区参谋长茹夫一参加越南顾问团，国防部任命军区副司令员何正文兼任参谋长职务。在以后的两年多时间里，他肩负两副重担，既要负责全区部队的作战、行管和后勤工作，又要对军区司令部的工作负全责，给军区党委当好参谋。何正文仍像战争年代那样，以高度的政治责任感对待每一项工作，夜以继日，废寝忘食。1959年初，西藏地区发生叛乱，4月他陪同军委代表张爱萍副总参谋长到昌都地区看望参战部队和当地军民，并检查指导工作。他指挥部队圆满地完成了甘孜、阿坝、昭觉、西昌等地区清剿残匪的任务。
1960年5月，成都军区决定组织检查团深入部队，检查贯彻全军在成都召开的平叛、边防现场会议所做决定的执行情况及上半年工作情况。检查团在军区副司令员何正文的带领下，分别到康定、茂县军分区及重庆等内地军分区检查指导工作。在检查工作的过程中，何正文始终把上级的指示精神与部队的实际情况紧密结合，认真了解和检查部队贯彻执行总部现场会议决定的情况。他每到一地，不但认真听取汇报，而且还同下面的同志一道研究分析在工作中存在的问题和困难，帮助部队研究制订贯彻上级指示的措施，解决部队中存在的实际困难。他教育检查团的同志，要了解到真实情况，为基层解决实际问题，不能当“钦差大臣”，要把自己摆进去，要认真倾听下面反映的各种意见。检查团在他的领导下，工作开展得很活跃，很扎实，通过检查，及时纠正了部队在作战、训练和行政管理、基层建设中产生的各种问题，使全军平叛、边防现场会的决定在基层进一步得到了贯彻落实。1962年10月，何正文协助黄新廷司令员、郭林祥政委参加了指挥对印自卫还击作战。在作战指挥中，他作为主管作战的副司令员，对部队的作战计划、协同动作、后方保障和装备、物资配调等，都做到了周密细致的组织，准确无误的掌握，为取得作战的胜利提供了可靠保障。
何正文对人民群众有着深厚的感情。他经常用自己的亲身体会教育干部、战士，不论是战争年代里行军打仗，还是和平时期部队的训练，他都特别强调维护人民群众的利益。有一次，他观看部队的战术实兵演习，发现个别单位不注意保护群众的庄稼，他就找到这个单位的领导说：“我们是人民的子弟兵，人民群众就是我们的父母，我们要时时爱护群众的利益呀！”这个单位在以后的战术演练中，严守纪律，秋毫无犯，得到了当地政府和群众的赞扬。
何正文任成都军区副司令员18年。在这18年中，成都军区换过两任司令员和两任政治委员。不论是哪一任，他都全力配合，主动地向司令员、政委汇报和请示工作，积极负责地抓好军区部队的全面建设。对军区党委赋予的任务，他18年如一日，从来不打折扣，不讲价钱，每次都圆满完成，充分体现了一个共产党员高度的政治责任感和坚强的组织性。
“**********”是中国历史上一场空前的浩劫，这场浩劫给党、国家和人民带来了难以估量的损失，何正文也蒙受了不白之冤。一小撮“******”的黑干将，对他实行恶毒的攻击和迫害，施加了许多莫须有的罪名。他在艰苦的战争环境中，遵照刘伯承师长的教导学习文化留下的日记和作战总结，成为他是“知识分子，地主出身的罪证”。由于他长期跟随刘、邓首长南征北战，于是就成了“中国第二号走资派”******的“黑干将”，是******“太行帮”的“爪牙”。他从红军时期以来珍藏的资料和刘、邓首长的讲话记录，也成为他的“罪证”。他结合自己过去作战的亲身体会，两次给军区团以上干部集训班做毛主席《十大军事原则》的辅导报告，他还受军区党委的委托到54军作报告，并与广大干部一起学习、研究******军事思想。由于他没有突出****所谓的“政治挂帅”、“政治可以冲击一切”的观点，就被诬陷为反****的“黑干将”，毒害54军的“罪魁”。
1961年1月24日，总参谋长罗瑞卿大将来四川视察工作，何正文受军区党委指派同其他几位领导同志前往机场迎接。在罗瑞卿总长视察期间，何正文根据军区党委安排向罗总长详细汇报了部队平叛、训练和管理教育以及四川武器生产等情况。之后，他又遵照罗总长指示的精神，结合部队平叛斗争实际，总结了经验和教训，特别是在解决昌都地区的问题上，他及时传达了新的中央军委的重要指示，强调要分清矛盾性质，告诫部队严格掌握斗争政策，不要出一点乱子就派部队，要求部队切忌动武，让群众真正了解解放军。这些，都使得何正文的“罪行”更加严重了。他被定为贺龙、罗瑞卿在成都军区安插的“钉子”，是受贺、罗旨意准备夺权的“副统帅”。由于他参加过几次总参召开的全军战备工作会议，被诬陷为“要组织200万民兵到北京去打毛主席”。由于这种种被强加的罪状，这位刚满15岁就跟着共产党爬雪山过草地、出生入死、屡建战功的党的忠诚战士，便成了“假党员”、“****反毛主席的黑帮分子”。各种莫须有的罪名一起向何正文袭来，军队的各种造反组织轮番对他进行批斗，大大小小的批斗会不下200次。他的家被抄了，家属被赶出了军区大院。他的大女儿还不满15岁，由于受爸爸的株连而到处受歧视，被下放到农村接受“再教育”。何正文被关押后，大女儿要去见爸爸，专案组不让她见，她就不走，整整等了一天一夜没吃没喝，才让她见到爸爸。何正文在关押中看到了这一切，他的心都碎了。他无时不在思考着一个严峻的问题：“**********”的方向对吗？毛主席他老人家知道国家的真实情况吗？是不是中央里出了坏人？
何正文度过了6年的“黑帮”生活。在此期间，他被送到了一个步兵团劳改，每天除了干繁重的体力劳动外，还要打扫厕所，清扫营院。战士们是理解将军的，在以往的日子里将军与战士结下了深厚的友情。许多战士默默地帮助将军“劳动改造”，他们经常早早地就把厕所、院子打扫得干干净净。每当何正文看到这些“见不着面”的战士，在他心底不由地升起了希望之光。在“劳动改造”中，造反派们逼何正文写刘伯承、******的“黑材料”，他刚正不阿，宁死不从。逼他干繁重的体力劳动，他咬牙挺住了。从参加红军的那天起，他就下定决心跟着共产党，跟着毛主席。几十年来，他对党、对毛主席忠贞不渝，为了解放全中国，他出生入死，为了党的事业，他忘我地工作。身处逆境的何正文，唯一的信念就是：“相信党，相信毛主席，总有一天会解放我的。”粉碎“******”后，成都军区为何正文彻底平了反。
1973年10月，何正文奉命到人民解放军总参谋部帮助工作。1974年11月，他被中央军委任命为人民解放军副总参谋长。由于****、“******”的干扰和破坏，部队的作风和纪律严重存在着松散问题。1975年11月，在李达副总长的倡议下，总参谋部举办了由全军各大单位参谋长参加的教导队，何正文任队长，孙毅任顾问。在集训中，他认真贯彻******从严治军的思想，一切按条令办事，不论职务多高，都一律过严格的战士生活。他不仅亲自动员，亲自上课，还带头执行条令条例和规章制度，带头以普通一兵的身份严格要求自己。这次集训，统一了全军各级领导机关加强部队正规化建设的指导思想，明确了全军部队、机关、院校的一日生活制度和作风纪律检查、考核标准，使军队的正规化建设有了一个新的起色。1979年前，他主要负责全军的军事训练、防化部队建设和外事活动；1980年后，他主要负责全军的体制编制、武器装备、正规化建设和民兵、预备役部队的建设。在何正文的具体指导和帮助下，组建了我国第一批预备役师。他根据新时期兵役工作的特点，组织领导了《兵役法》的修改工作，在充分调查、研究的基础上，经过四年的艰苦工作，完成了《兵役法》的修订工作，并上报******、中央军委批准，经第六届全国人民代表大会第二次会议一致通过，于1985年1月1日正式颁发实行，进一步完善了国家和军队的法制建设。
何正文认为，在工作中出现问题，作为领导者要主动承担责任，不能一味指责下面。他在担任川东军区参谋长不到半年时间，司令部机要处发现丢失电报100余份。事发后，他深感问题严重，一方面认真组织调查、侦破，一方面及时向西南军区党委写出检查，并主动承担领导责任。为引起高度重视，西南军区党委决定给予他行政警告处分，并通报全区部队。此案很快被侦破了，原来是机要处一名参谋因对处长有意见，蓄意报复，烧毁电报100余份，这名参谋被依法惩处了。上级领导要撤销何正文的处分决定，但何正文却说：“处分还是不撤的好，这样一来可以使我时时牢记要恪尽职守，二来也可以使大家引以为戒。”于是，这一处分，就成了他参加革命军队以后惟一的一次处分。1980年11月，老兵退伍期间，由于少数部队思想政治工作薄弱，管理松懈，个别老兵在退伍途中违法违纪，有的打架斗殴，有的不守公德，甚至还有的殴打车站工作人员，造成了十分不良的影响。问题反映到总参谋部后，负责全军管理教育工作的何正文，首先感到的是自己的工作没有做好，就主动到******民政部、铁道部等单位赔礼道歉，检讨自己工作的失误。他的这种不推诿责任、从自我做起的精神，使总参有关业务部门的同志深受教育。
1982年5月，人民解放军总参谋部、总政治部、总后勤部在北京召开了建国以来规模最大的一次全军管理教育工作会议。何正文作为主管全军管理教育工作的副总长，具体组织和领导了这次会议的全部筹备工作。会上，他紧紧围绕建设现代化、正规化革命军队这个中心，作了《认真搞好管理教育工作，加速现代化、正规化革命军队建设》的主报告。他在报告中，认真总结了建国以来军队管理教育工作的基本情况和主要经验，分析了当前部队管理教育工作中存在的主要问题和原因，提出了新的历史条件下进一步加强和改善部队管理教育工作的基本原则和要求。会议通过并报请中央军委批准颁发了《连队管理教育若干规定》。这次会议后，全军掀起了贯彻条令、加强正规化建设的高潮。
在建设现代化、正规化革命军队的进程中，何正文立足于军队建设实际，从未来战争特点出发，本着“勤俭建军，保障重点”的原则，把有限的军费用在刀刃上，使部队装备的现代化程度有了很大提高。为了加快军队建设步伐，他多次率领考察团、代表团，出访欧洲、非洲、拉丁美洲和东南亚等十几个国家，引进了适应人民解放军建设特点的好经验、好做法，进一步增进了我军与外军的了解和友谊。1984年12月，何正文率军事代表团出访巴基斯坦，齐亚·哈克总统授予他“卓越功勋”勋章。这枚象征勇敢和友谊的勋章，凝结着中巴两国人民和军队间的深厚情谊。
在总参工作期间，何正文认真领会和全面贯彻******主席的建军思想，组织和领导了全军体制改革、精简整编工作，较好地完成了裁减军队员额100万的光荣而艰巨的任务。《党史博览》杂志曾刊登了赤男采访何正文关于百万大裁军的相关回忆。
一天，京西宾馆里云集了来自三总部、各大军区、各军兵种等单位的司令员、政委等，参加由******主持召开的军委座谈会。会上，******谈到我军将裁减员额100万的战略决策。
在座的每一位将领都深切体会到了******讲话中那句给他们留下深刻印象的话：“这是个得罪人的事情哪！我来得罪吧，不把这个矛盾交给新的********。”
裁军百万，军令如山，全军上下，统一行动。那时何正文的确摊上了军队建设的“第一难事”，他整天随身带着一个大皮包，包里装着各种涉及到编制的材料、统计和意见，一会在这儿开会，一会在那儿听汇报。走到哪儿也不轻易表态，只是听，把各方面意见统一之后再定方案。
据何正文将军透露，起初摸底的情况是不能令人满意的，可以说与军委的要求距离甚大。11个大军区的司令员、政委来开会，对精简整编都同意、都支持、都表示赞成，但内心却都在打自己的算盘：最好不要撤、并、降自己单位。这些半辈子戎马生涯的司令和政委，对部队的感情太深了。
何正文心里清楚，打仗必须选择突破口，而精简整编的突破口选在哪里？后来选在统帅部的三总部。这个突破口是******选的。******说：三总部机关搞那么大干什么？机关大了、部门多了，扯皮的事情就多；搞那么多副职干什么？好多事情依靠部门来做嘛！副职多了，就官僚主义泛滥。我们的“肿”主要在高层，第一是三总部！
关于精简整编的实施方案，何正文牵头拟制了三总部机关人员精简18.2%的方案，******阅后批示：这个方案不是比较令人满意的方案。但可作为第一步进行，以后再进一步研究。
从总部机关做起，这个突破口找得好。过去部队说：“你叫我们减，你们总部为何不减？”现在这样的话没有了。各大军区领导看了总部的方案，心里也有了定数，各自开始动大手术。经过几上几下，11个大军区初步定下来合并四个。武汉、福州、乌鲁木齐和成都四大军区撤销。何正文带着业务部门同大家研究、比较、论证、磋商，基本形成一个武汉军区并入广州军区、成都军区并入昆明军区、乌鲁木齐军区并入兰州军区、福州军区并入南京军区的格局。
要减人必须先撤“庙”，但是“庙”撤了一部分，“念经的”还保留着，这也不叫精简。这样，又进入新一轮工作。而这一次工作艰难得多。这一点，何正文体会最深。不过，那时最令他竭力思考的是成都军区并入昆明军区的问题。当时，昆明军区正担负着边境上的作战任务，处于特殊时期，曾确定撤成都，保昆明，即“并成入昆”。由于边境形势发生变化，而且一些新的矛盾也在凸现出来。一个“并昆入成”的“成昆之变”正在酝酿。
何正文说：“成昆军区合并定点上产生了不同意见。扩大会议之前，总参初步方案和与会军以上干部均主张，把合并后的军区领导机关设在昆明，但是，后来考虑的是从国家建设长远利弊和整体战略利害关系出发的。”
为此，何正文给军委******副主席和******主席写了一个意见，赞成军区定点在成都市，并提出了有关理由。其基本思路是，云南虽地处缅（甸）、老（挝）、越（南）三国交界处，目前与三国关系尚好，边境将相对稳定。而尽管昆明军区机关经过指挥作战锻炼，干部、战士的素质上有优势，但这是在调整中可以解决的。而成都方面目前虽没出现大的干戈，但担负着保卫西藏、守卫边疆的重任，且成都是西南中心、历代军事重地，交通发达、人口众多、物产丰富。云南则在地理位置上略显偏僻，交通不便，改变现状短时间难以实现。
于是，在权衡再三之后，定点成都的意见形成主流。作为全军编制体制调整领导小组负责人，何正文采纳多数人的科学意见，在给杨、邓首长的意见中，主张“成昆合并，定点成都”，他的意见首先得到******副主席的支持，继而******等表示同意。由此，昆明军区与成都军区合并这一艰难任务，遂告完成。
1985年，何正文退到了第二线。他从军队建设的全局出发，认真负责地帮助和带领新任职的同志，把自己几十年来积累的经验传授给新任职的同志，充分体现了红军老战士的气度和负责精神。在几十年的戎马生涯中，他转战南北，历尽艰辛，跟随刘、邓首长解放了大半个中国。他把共产主义作为惟一的信仰，勤勤恳恳，兢兢业业地甘为人民的孺子牛。
何正文退居二线后，仍时时刻刻关心着党和国家、军队的大事，继续发挥“余热”做了很多有益的工作，年过古稀，仍然十分关心军队的建设和国家改革形势的发展，积极出主意，提建议。他曾先后被选为****十一大代表，第五届、第六届全国人民代表大会代表，全国政治协商会议第六届、第七届常务委员会委员。他热爱家乡，关注着家乡的教育事业和经济发展。他每天都坚持学习，做读书笔记，这种良好的工作和生活习惯，一直保持到他患重病住院之前。2000年9月29日，何正文因病情恶化，救治无效，心脏永远停止了跳动。
