目前科索沃有两所大学——普里什蒂纳大学和米特罗维察大学。两者中要算1970年成立的普里什蒂纳大学规模更大，历史更久远，直到1991年这所大学都采用阿尔巴尼亚语和塞尔维亚语授课。1991年这所大学所有的高级职位都被塞尔维亚族人占据。阿尔巴尼亚族人在最短的时间内被驱逐出这所大学；与此同时，在国家承认的由塞尔维亚族人统治的普里什蒂纳大学之外，一所阿尔巴尼亚语大学秘密投入运营。1999年战争结束后，普里什蒂纳大学处于十分糟糕的状态。
2002—2003年度普里什蒂纳大学有15个系和7个高级学院，共有23175名在校生和952名教师，其中615名为全职教师。科索沃在校学生数目占总人口数的比例与该地区其他国家相比——阿尔巴尼亚除外——明显偏低。在科索沃，每100000居民中有1053名大学生，马其顿为1350名，克罗地亚2641名，斯洛文尼亚4243名。
战前普里什蒂纳大学的框架条件已属困难，水平也较低，这在战后也成为普里什蒂纳大学的主要特征。联合国科索沃临时行政当局特派团起初不得不接受其旧有结构，直到2000年1月才能够为其注入新的活力。适应和接受欧洲高等教育基本原则和管理的过程尤其困难。尽管如此，该校还是有所进步的。比如博洛尼亚原则已经被完全接受，法学大学课程完成了改革，新成立了社会科学院。但在普里什蒂纳大学很多领域的日常工作中还存在有贿赂、腐败和管理混乱的现象，所以要使这所大学成为符合欧洲标准的大学，必须要进行进一步的改革。
普里什蒂纳大学拒绝接受塞尔维亚语为授课语言，这一结果导致人们不得不在该市主要使用塞尔维亚语的区域米特罗维察另外建立一所大学。位于米特罗维察的这所大学是由联合国科索沃临时行政当局特派团2002年2月用国际援助在普里什蒂纳大学采矿系的旧址上建立起来的。这所学校与普里什蒂纳大学几乎没有共同点。尽管最初该校寻求与联合国科索沃临时行政当局特派团进行密切合作并且希望不要把米特罗维察大学视为塞尔维亚族管理的众多平行机构之一，国际管理部门在校长高耶克·萨维奇（Gojko Savic）取得了一些进步之后就退居二线了。塞尔维亚在2003年12月大选之后组建了新的政府，塞尔维亚女教育部长利耶尔雅娜·克里奇（Ljilja Colic’）于2004年4月23日撤去了极富合作精神的高耶克·萨维奇而任命拉蒂沃耶·帕波维奇（Radivoje Papovic’）为该校新任校长。帕波维奇曾是米洛舍维奇“塞尔维亚社会党”的骨干，1991年至1999年担任普里什蒂纳大学校长。在他任职期间阿尔巴尼亚族人被驱逐，该校出现了持续的塞族化。对帕波维奇的任命受到了联合国科索沃临时行政当局特派团方面的强烈批评，特派团取消了对该大学的承认。此外，欧洲大学联合会（European Universities Association，即EUA）和欧盟TEMPUS项目也将该校除名。新校长帕波维奇领导下的这所学校是完全独立于科索沃机构和联合国科索沃临时行政当局特派团之外、明确倒向塞尔维亚的教育机构。学校的运营也依靠塞尔维亚方面的资金。
