明太祖晚年时期，左丞相胡惟庸和永昌侯蓝玉相继以“谋反”罪被杀，而且夷灭三族，还牵连了一大批功臣，形成了两次特大案件。
1380年正月，丞相胡惟庸对朱元璋说，他家的井中忽然涌出了甘美的泉水，而且长出一个石笋，请皇上光临观赏。明太祖觉得稀奇，立即前往，途中却被一个叫云奇的内使拦住。云奇本想揭发胡丞相想加害皇帝，由于心急竟是讲不清楚。云奇好心没得好报，反招来一顿棒打，弄了个遍体麟伤。但他仍不停地嚷嚷，并用手频频指向胡丞相府第，然后不住地摆手。
明太祖恍然大悟，立刻返宫，登上紫禁城的望楼仔细观察丞相府的动静，果见胡府刀光闪闪，兵丁进进出出，他这才知道胡惟庸图谋不轨。太祖容不得由人乱来，立刻派兵把胡惟庸抓来处了死刑，全家也被抄斩。
事隔10年之后，有人揭发胡惟庸曾私通日本和元朝残余势力，请他们出兵帮助他搞政变，条件是成功后向他们称臣、纳贡。说得玄之又玄。这么一来，“揭发”的越来越多，受牵连的人也就广泛了。由于拷烙刑讯，屈打成招，一些元老宿将也都被诬陷入狱。此次被诛杀的共计3万多人。
两年之后，蓝玉案又发了。蓝玉是个赳赳武夫，性情鲁莽粗暴，功劳大了，就更加骄傲起来，说话不谨慎，办事也不检点：在军中任免将校自作主张，不向皇帝请示；儿子在家仗势横行，抢占民田，御史问罪，蓝不仅不责备儿子，反而赶跑朝廷命官；西征还朝后，明太祖授予他太子太傅头衔，他竟当众表示不满……这些都使朱元璋感到十分恼火，认为他太狂妄放肆了。种种缘由加在一起，朱元璋不由对他产生了怀疑。
1393年2月，有人报告，说是蓝玉要叛乱，朱元璋一听就信，下令把这位国公逮了起来，对其施以惨毒的严刑审讯，逼他供出同伙。这一来，好多人又都被牵连进来。
后来，蓝玉被杀死，灭了三族。凡和案件有染的人以及和蓝玉有来往的人都被抄家问斩。总计被杀的人有2万之多。
胡惟庸的影响
洪武十三年正月，有人上书告胡惟庸谋反，朱元璋遂以“枉法诬贤”、“蠹害政治”等罪名，将胡惟庸和涂节、陈宁等处死。胡惟庸死后，其谋反“罪状”陆续被揭发。朱元璋为肃清“逆党”，株连杀戮者达3万余人。前后延续达10年之久，朱元璋并作《昭示奸党录》布告天下。
“胡党”而受株连至死或已死而追夺爵除的开国功臣有李善长、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、永嘉侯朱亮祖、靖宁侯叶踦等1公、21侯。胡惟庸被杀后，朱元璋遂罢丞相，革中书省，并严格规定嗣君不得再立丞相；臣下敢有奏请说立者，处以重刑。丞相废除后，其事由六部分理，皇帝拥有至高无上的权力，中央集权得到进一步加强。
中书省明初的中书省组织庞大，职权很重，这一部门远承古代的宰相（丞相）制度，近袭元朝中书省“录军国重事”的旧制。省内设左、右相国（后改为丞相）为长官，还设有平章政事、左右丞、参知政事等高级官僚，以及作为职能办事人员的左右司郎中、员外郎、中书舍人等等。吏、户、礼、兵、刑、工六部仅是中书省下属的机构，六部的领导人尚书、侍郎等不过是丞相的属员。当时的中书省不但有“综理机务”的职权，而且全国各级各部门给皇帝上的奏报，也规定要“先白中书省”，一切以皇帝名义发出的诏令谕旨，也经中书省再下达。
