蒋经国去世后，在李登辉为代表的国民党新当权派制造“一国两府”论，推行“弹性外交”政策，并打击岛内“统一派”势力的时候，岛内外的“台独”势力有了进一步的发展。“台独”活动由以前主要是在海外转移到岛内，由原来主要是制造舆论发展到付诸行动，如上街游行、集会演说等，“台独”势力日益猖獗。
第一，台湾最大的在野党民进党公开主张“台湾独立”，并把“台独”条款列入党纲。
台湾民主进步党成立后，明里暗里一直主张“台湾独立”。1987年，民进党“二大”将“台湾人民有主张台湾独立的自由”写进大会的决议。1988年4月，民进党临时代表大会提出：“台湾国际主权独立，不属于以北京为首都之‘中华人民共和国’。任何台湾国际地位之变更，必经台湾全体居民自决同意。”“如果国共片面和谈，如果国民党出卖台湾人民之利益，如果中共统一台湾，如果国民党不实施真正的民主宪政，则本党主张台湾应该独立。”1989年11月，民进党中常会通过决议，成立“台湾主权独立运动委员会”。民进党主席黄信介任主任委员，江鹏坚任执行长。委员有姚嘉文、洪奇昌、许荣淑、吴乃仁、陈永兴、颜锦福、陈月英、张俊宏等。1991年8月，民进党借“人民制宪会议”的机会，提出“台湾共和国宪法草案”，将“国号”定为“台湾”，并以“事实主权”的原则规范台湾的领土范围。同年10月，民进党第五次“全国代表大会”在台北召开。这次会议通过建立“台湾共和国案”，主张建立独立自主的“台湾共和国”，并决议将“台独建国条款”纳入其党纲。这次会议选举许信良为民进党主席。11月12日，许信良就任民进党主席并发表就职演说，表示要“坚定地站在维护台湾主权独立，也就是台湾能独立自主地在世界舞台上生存、发展、参与世界新秩序之形成的基本立场上”。①民进党在其成立后短短几年的时间内，已经完全变成了一个“台独党”。
第二，各类“台独”组织纷纷建立，并在岛内公开活动。1988年8月，由蔡有全、许曹德等策划，成立了“台湾政治受难者联谊总会”。在成立大会上，蔡有全、许曹德公开提出：“台湾人有主张台湾独立的自由”，并把它列入“联谊会总会章程”中。1988年8月19日，“台独”组织“世界台湾同乡联合会”（简称“世台会”，1974年9月成立于奥地利维也纳，活动重心在美国）第十五届年会在台北召开。这是“世台会”在台湾岛内召开的第一次年会。台湾“基督教长老教会”从1988年10月中旬起，分别在岛内12个地区举办“关怀台湾前途说明会”，并于11月1日在台北举行为把台湾建成“新而独立的国家”的游行请愿活动，还到“总统府”递交了请愿书。1991年10月20日，“台独联盟”在台北召开“成立台湾本部大会”，正式宣布成立“台独联盟台湾本部”，并通过了“台湾独立建国联盟台湾本部盟章”和大会宣言，推选了21名中央委员和主席、副主席。
这一时期，还成立了许多新的“台独”组织。1990年11月，蔡同荣等在台北成立了“公民投标促进会”。12月，成立了由部分台籍学者组成的、认同“台湾主权独立”的“台湾教授协会”。1991年4月，“保卫台湾委员会”宣告成立，并通过了“保卫台湾纲领”、“维护主权独立”等4项原则。1991年5月，“台湾建国运动组织”成立。
1996年10月6日，台湾“建国党”筹备委员会在台北举行发起人大会，宣布“建国党”正式成立。参加成立大会的发起人有230多人，彭明敏及部分民进党成员出席了大会。大会通过了党纲、党章，选举李镇源（台湾“中央研究院”院士）为首任党主席，林山田为副主席，李胜雄为秘书长，李永炽、郑钦仁、徐馨生、郭倍宏、李乔、陈茂雄、廖宜恩、林明男、李庆雄等为决策委员会委员。大会发表了宣言，声称“台湾绝不是中国的一部分”，“建国党以建立新而独立的台湾共和国，维护台湾‘国民’及其世代子孙追求民主、自由、安全、公平、幸福的权力为永不改变的宗旨”，主张台湾以“台湾共和国”的名称加入联合国。
在参加大会的230位发起人中，大学教授、中小学教师约70人，工商界人士约70人，医界人士约26人，文化界人士约30人。这一构成，表明“建国党”是以知识分子为主体的政党，代表部分中产阶级的利益。“建国党”的成员主要来自民进党党员和过去支持民进党的外围民众。
第三，“台独”分子公开在岛内宣布有关“台湾独立”的“新宪法”。1989年11月6日，台湾《自立晚报》等几家报纸全文刊登前“台湾省议员”林义雄从美国带回来的一部《“台湾共和国”基本法草案》，主张建立独立的“台湾共和国”。一些“台独”组织的头目纷纷返回台湾，开展活动。
以李登辉为首的台湾当局对“台独”势力采取了“宽容”的政策。台湾当局允许“台独”头目返回台湾。对台独势力的活动不予制止，李登辉甚至向对“台独”势力持强硬态度的郝柏村施加压力，认为不应压制“台独言论的自由”，对“台独”的处理要“谨慎”等。李登辉对“台独”的宽容政策进一步助长了“台独”势力的发展。
李登辉不仅纵容“台独”势力的活动，而且他自己也明里暗里地从事“台独”活动。1993年第一次“汪辜会谈”后不久，在李登辉的主导下，台湾当局于当年6月间就公开推动所谓“参与联合国”的活动，在大陆的强力抵制下以失败而告终。在国际上，台湾当局不择手段、不计代价地大搞“金钱外交”。李登辉先后跑到许多国家从事“两个中国”和“一中一台”的分裂活动。1995年6月，李登辉到美国访问，多方推销其“台独”理念。1999年5月，李登辉在其出版的《台湾的主张》一书提出：“最理想的状况，是中国大陆摆脱大中华主义的束缚，让文化与发展程度各不相同的地区享有充分的自主权，如台湾、西藏、新疆、蒙古、东北等，大约分成七个区域，相互竞争，追求安定，亚洲或许更安定。”7月9日，李登辉在接受“德国之声”电台专访时则明确地提出了“两国论”的主张。他说：大陆与台湾的关系是“国家与国家，至少是特殊的国与国的关系”。②在8月底国民党“十五大”二次会议上，李登辉不顾党内争议，把“以特殊的国与国关系明确定位两岸关系”的文字纳入“政治任务提示案”，将“两国论”确立为国民党大陆政策的指导方针，使“两国论”由口头层次上升到国民党的政策层次。
李登辉的分裂活动，引起了大陆的强力反弹。1996年3月，中国人民解放军在台湾海峡举行陆海空三军联合演习，演习过程中的导弹试射，弹着点明显是针对台湾的基隆和高雄。1998年9月上旬，中国人民解放军南京、广州军区陆海空三军、第二炮兵和民兵预备役部队在浙东、粤南沿海再次举行大规模的诸军兵种联合渡海登陆作战实兵演习，两岸关系十分紧张。1997年7月，李登辉提出“两国论”后，中共中央台办、国务院台办发言人随即就李登辉分裂中国的言论发表谈话，指出，“世界上只有一个中国，台湾是中国领土的一部分，中国的领土和主权不容分割。”“我们严重警告台湾分裂势力，立即悬崖勒马，放弃玩火行动，停止一切分裂活动。”1999年9月，《人民日报》评论员连续发表评论文章，对李登辉的“两国论”进行了驳斥。
