7月16日清晨4时，雨终于停了。风也转向，朝西南方吹，与市镇反方向。气象组的哈伯德又等了45分钟才送出他的最后报告：“地面平静。风速随高度渐增，直到40000米处风速最大。未来两小时内情况基本不变。云层已开始消散，变为多云气候。”
这份报告送交奥本海默，他同意报告内容。经过商量，原子弹试验最后定在清晨5时30分进行。
在铁塔下守卫的试装部队中，有一位年轻科学家乔·麦克说：“我做了一个梦，看见基斯塔科夫斯基拿起一个水龙带往原子弹上浇水，这时我醒了，发现原来是铁塔上有水滴落到我脸上，而肯尼思·班布里奇正俯身在看我。”
当最后决定进行试验时，班布里奇正在铁塔顶上。这时整个武装部队，包括基斯塔科夫斯基在内，都最后由铁塔撤离。在离开之前把所有的开关都合上。
班布里奇回忆说：
当我合上最后一个开关时，我的神经非常紧张。因为这个开关接通了向点火机构供电的电源，合上之后就可以由坑道直接引爆原子弹。因此，如果有人回到了塔底下并发生一点什么差错，其后果就不堪设想了。
基斯塔科夫斯基等人都坐我的汽车最后撤离铁塔。我拼命快开，好像是在逃命。但由于道路太坏，车速很难超过35英里至40英里。
不直接参加试验的科学家们以及贵宾和其他参观人员，都聚集在试验场西北20英里以外的一个安全场所，那就是康帕尼亚山上，观看这次试验。每个人都发了一副焊工眼镜，可以透过它的黑玻璃观看爆炸情景。
爱德华·泰勒甚至还带了棕色护肤膏，以便涂上防止爆炸时的紫外线灼伤。清晨5时10分，在沙漠中各处设置的扩音器响起了山姆·艾利森博士的声音：“现在是0时差20分”。
警卫铁塔的武装部队进了坑道，看到里面挤满了物理学家和军人，还有一两名神经科医生，奥本海默也在其中。他瞥了麦克一眼，看出后者还算镇静，就走到别处去了。麦克是最后离开铁塔的人之一，他接受命令引爆第一枚原子弹。
在此后几分钟内，继续进行倒数计时，奥本海默独自一人在坑道内外走进走出，显得紧张与孤僻。有一位坐在麦克旁边的科学家，负责管理一个紧急按钮，一旦麦克的控制台上发生了什么故障，他可以随时中断试验。
这位科学家看到奥本海默过分紧张，想开一个小小的玩笑让他轻松一下。
他说：“奥比，我想很可能在0时差5秒时，我把开关一拉，然后向大家宣布：先生们，试验不成了，都回去休息吧！你看会这样吗？”
奥本海默并没有被他的诙谐逗乐，反而冷冷地回答说，“你神经没有毛病吧？”
倒数计时继续进行。营地上的警报器拉响，人们都掩蔽到附近的壕沟之中。
“差1分，差50秒，”倒数计时的报时声在沙漠营地周围发出回响。在扬声器中夹杂着美国之音播送的音乐，因为两者频率碰巧相同。当时广播电台正在播送柴可夫斯基的提琴小夜曲。
在差45秒时，麦克合上了开关，投入自动定时操作。班布里奇说，“从原子弹爆炸前20秒钟开始，我完全清楚将要发生的全部过程，因为这些已经事先在仪表系统中设计好了。”
在起爆前10秒钟，麦克合上了最后一个手动开关。
最后倒数几秒，奥本海默更加紧张，整个人似乎为这项伟大的科学成就付出的努力所榨干。
在场的人描述当时的情况道：“他几乎是屏息以待，从头到尾保持一个姿势来稳住自己。”
而基斯塔科夫斯基冲出掩体，站在坑道顶上。“10……9……8……7……”
艾利森在倒数计时内忽然想到原子弹爆炸可能产生像闪电一样的效应，因而他手中抓住的话筒有使他触电的危险。因此，在计数报到差1秒钟时，他扔下了话筒然后竭尽全力地高呼：“零！”
第一枚原子弹爆炸了。
奥托·弗里斯这样地描写当时的壮观景象：
这时，万籁俱寂，忽然出现一片耀眼的强烈光，或者说是像太阳一样的强光。这是一股炽热的、无定形的白光，把沙漠边际的小沙丘照得雪亮，仿佛要将它们全部融化。
正好几秒钟之内，光线的亮度没有变化，然后开始减弱。这时我才转过身去，想看看这个小太阳似的火球究竟是什么模样，但它的光度仍然太强，不可能正视。
我眯着眼睛，想看个清楚，大约又过了10秒左右，火球开始膨胀，同时亮度减弱，这时看起来好像用石油燃起的一片大火，其形状犹如一个大草莓。
火球由地面缓缓上升，下面连着一个急剧旋转着的、由尘土构成的长尾巴。我当时想到一个不恰当的比喻，这像一只烧得通红的大象用它的鼻子撑着倒立在地面上。
然后，当灼热的烟云逐渐冷却而且红光减弱之后，可以看到在它四周有一圈蓝光环绕，这是由离子化空气产生的光芒……这真是无比壮观的景象，任何亲眼见过原子弹爆炸的人，对此都将终生难忘。
所有这一切都在一片宁静中出现，直到几分钟之后，才传来了一声巨响，我赶紧堵住自己的耳朵，但声音仍然震耳欲聋。接着是一片“隆隆”的轰鸣，就像远处有载重火车开过的那样。到现在我耳边仿佛还能听见这种响声。
菲利浦·莫利森位于离爆炸中心约16千米处，他说：“虽然还是夜晚，你却感到仿佛白昼突然来临，就像在午夜中出现在沙漠中的太阳，使你感到脸上灼热。”
在坑道内，人们可以看到由背向爆心的出口处闪进一股强烈的白光，从而知道原子弹已经爆炸。几分钟之内仍然是一片寂静，随后传来了雷鸣般的巨响。
奥本海默回忆道：“有几个人笑了，有几个人却哭了，大多数人惊呆了，一声不响。我心中浮上了古印度诗圣《博伽梵歌》中克里希那试图说服王子执行他使命的一句话：‘我成了死神，世界的毁灭者。’”
当奥本海默走出坑道来观看巨大的火球上升时，人们纷纷向他祝贺。基斯塔科夫斯基激动地拍着他的肩膀说：“奥比，我赢了。”
奥本海默正处于激动的高潮中，他什么话也没说，强压住心中的激动，真的不知道说什么好。
在这之后，肯尼思·班布里奇内心充满着成功的喜悦，他郑重地、自信地找到奥本海默，握住他的手说：“奥比，现在我们将永世被人诅咒了。”
在营地上，恩里科·费米在见到闪光之后而冲击波尚未来到之前，自己设计了一个简单的试验。
他手上抓住几张小纸片，当冲击波侵袭营地时，他撒下手中的纸片。由纸片被冲击波带走的距离，他可以估算原子弹的威力相当于20000吨TNT炸药。他这个估计值的准确程度着实令人惊讶。
伊西多尔·拉比也在营地，他从他自己身上观察到某些现象。在一分钟之后，他的手背上都起了鸡皮疙瘩。
“当时我有一种说不出的感觉，是一种可怕的、不祥的、令人倒霉的兆头。直到现在我也忘不了这种憎恶心情。”
稍晚一些，当天亮时，拉比看见奥本海默刚从观察坑道回到营地。在微光中奥本海默茫然移步，完全像一个沉思中的陌生人。他的举止使拉比回想起那不祥的鸡皮疙瘩。
“我永远忘不了他走路的样子，”拉比回忆道，“我也永远忘不了他刚下汽车时显露出的那种神情。”
两次轰炸日本重镇
1945年7月16日，三一基地的“胖子”炸弹试爆成功后几小时，“小男孩”炸弹的元件，也被送上停泊在旧金山湾的“印第安纳波里斯号”战舰上。
当晚，战舰就驶向美国最前线的空军基地提尼安岛。自1945年初以来，此地停驻的轰炸机都以传统炸药对日本城市进行轰炸。
7月16日~21日之间，杜鲁门总统连续不断地收到原子弹试验成功的报告，一份比一份更详细地描述了这一惊天动地的事件。然后，在7月21日，格罗夫斯的详细报告的全文送到波茨坦，它不仅使杜鲁门也使丘吉尔感到吃惊。
到8月初，“小男孩”炸弹的其他部分，连同“胖子”的第一批元件，也由空军运输机自新墨西哥州送达提尼安岛，许多科学家在那里把两枚原子弹的部件最后装配好。
之后，“小男孩”炸弹被装置于特别改良的B-29轰炸机上，准备轰炸日本的广岛，这是一个被“过渡委员会”的目标小组所选中的不幸城市。
就某些方面来看，广岛算得上是个军事目标，日本第二军团总部就设在此地，第二军团是领导抵抗美国入侵军队的兵团，另外还有一些相当大的军用品补给站也位于广岛。
1945年8月6日天未亮时，一架B-29轰炸机由提尼安岛空军基地起飞，这架由飞行员命名为“安诺拉·盖伊”的轰炸机，携带被称为“小男孩”的铀弹，在轰鸣声中向广岛方向飞去。
广岛，一个位于大田河口的城市。此时的广岛人口已由战争前的40万人减少至30万人，大部分是平民。
1945年，大规模的轰炸已经使东京以及其他许多日本城市遭到严重破坏。广岛当局已料到轰炸迟早会到来，因此已要求部分居民做疏散工作，但很奇怪到目前为止一切仍然很平静。
其实，当天早晨7时，广岛响起了空袭警报。这是该地在几小时内的第三次空袭警报。
不久之后在日本南部发现一架孤独的气象侦察机，它向广岛迫近。然而，这架飞机很快就飞走了，因此广岛就在7时30分解除警报，全城立即进入上班前的拥挤状态。
在8时后不久，防空监视哨发现另外有一架B-29接近广岛，但并未再发空袭警报。他们仅仅在无线电中宣布有敌机到来，并命令居民在敌机飞临城市上空时临时掩蔽，同时还比较有把握地广播说，这些飞机似乎只是执行侦察任务。许多居民继续上班，相信被轰炸的危险期已经度过，没有人想到会有一场空前的灾难降临到头上。
“安诺拉·盖伊”号轰炸机的飞行员们，已研究广岛地图好多天了，所以驾驶员知道要将原子弹投到哪一个目标点。
一架B-29轰炸机并未在广岛市引起太大的恐慌。轰炸机飞到市郊后，就倾斜飞入市区方向，当飞机飞过大田河上的相生桥后，就由机舱内丢下一枚炸弹。
在丢下“小男孩”炸弹后，轰炸机减轻很多重量，立刻加足马力向上冲，尽速拉开飞机与市中心的距离。大约1分钟后，这枚“小东西”就爆炸了！
几分钟后一道刺眼的强光由广岛市中心迸出，两道强烈的震波摇撼着“安诺拉·盖伊”号轰炸机。紧接着在几秒钟后，飞机受到两次冲击波的剧烈震荡。然而飞机平安无事，朝着提尼安岛返航。
当强光散开形成一朵蘑菇云时，机组人员好奇地回头看广岛市变成一副什么模样。
其中一位回忆道：“我相信，大概没有人会想到结果会是这种光景。两分钟前，我们还可以很清楚地看见整座城市，但现在我们却什么也看不清了。只见浓烟和大火由山边往上蔓延开来。”
在投弹15分钟后，飞机上的帕森斯上校发回如下的电报：
结果完满。据观察，效果优于三一试验。各方面均成功。投弹后飞机一切情况正常。
虽然机组人员可以看到巨大的火球上升并翻腾数分钟之久，最后形成一团高达30000米的蘑菇云，但他们对于在这片阴云之下所笼罩的惊人恐怖景象却难以想象。
由广岛幸存者们的第一手描述中，可以使我们看到当时居民身心两方面都受到多么强烈的冲击，他们简直无法想象落在他们头上的武器具有多么大的毁灭力量。下面是一些幸存者的追述：
“哦！刹那间，我觉得背后似乎遭到巨大的重击，之后又被丢入滚烫的热油中……我好像被向北丢得老远，接下来我只觉得天旋地转，再也无法分辨方向了！”
另一位目击者回忆当时的惨状道：“当时我清楚地听到身后树旁一个女孩微弱的叫声，她直喊：‘请救我啊！’那个女孩的背已严重烧伤，皮肤被掀起，悬在臀部上。”
“周围一下子变得天昏地暗……然后，我心里只想到，‘世界末日到了！’”
“到处横七竖八地躺着死尸。我在地板上连下脚的地方都没有。当时我想象不出是什么力量在一瞬间夺去了这样多的生命……到处都没有灯光，我们像梦游一样地走动……”
“我立刻想到这正像我从书本上读到过的地狱景象。我从来没有看到过这样恐怖的情况，但我想世上如果真有地狱的话，那就是在这里！”
这场强烈的爆炸几乎把整个广岛市掀了起来，立刻摧毁70000座占广岛市90％的地面建筑物，其中45000座全毁。
一瞬间的热度，高达1600摄氏度，持续了10~15秒钟，将相生桥方圆2000米内的人，全烤成了肉球。爆炸当场死亡，再加上接下来几天内的死亡总人数高达10万人。再接下来的5年内，还有10万人死于与辐射污染相关的疾病。
轰炸广岛的消息传回美国，给人一种混杂着解脱、骄傲、高兴、震荡及悲伤的感觉。
几个月前，在洛斯阿拉莫斯进行“牛刀小试”实验的年轻科学家奥图·弗里施回忆道：“大约在三一基地试爆后3个星期，有一天，实验室里突然有一阵骚动，急快的脚步声中夹杂着喊叫声。有人推开我的研究室门，大叫着：‘广岛被炸毁了！’当时我看到很多同事急忙打电话到圣塔菲市的拉方达饭店去订位，准备大肆庆祝一番，我心中不自觉地涌起一股不安，甚至十分反胃！”
在洛斯阿拉莫斯，为制造原子弹最为尽力的奥本海默在当天接到电报后，立即召集实验室的所有人员，正式宣布这个消息。
根据在场同事描述，奥本海默在众人欢呼声中“进入了大厅，到处是欢呼声和掌声，他以优胜者的方式致意。他们两手握起，高兴地举过头，一直到他来到中间位置。”
就在这一刻，他尝到了权力的滋味，昂然自得，但他是个很复杂的人，不被成功及胜利轻易地冲昏头脑。
从他最喜爱的物理，他创造了一个武器怪物。不久之后，他付出的努力，竟反过来让他遭受一辈子良心上的谴责！
尽管广岛的损失惨重，但日本的最高指挥部仍不允许裕仁天皇轻言投降。结果，迫使美国空军在8月9日中午12时在长崎市区投下第二颗原子弹。
这是一枚与三一试验场上试验完全一样的内爆式原子弹。人们叫它“胖子”。这枚炸弹原定的目标是小仓，如果不是由于小仓当天低云多雾，则长崎本来可以幸免于难。
这个南部的城市和广岛一样，被炸得满目疮痍，虽然所遭受的破坏比广岛要小，但仍然造成了10万余人死亡或残废。在原子弹爆炸12小时之后，长崎市仍然在一片火海之中，从200英里之外的飞机上也清晰可见。
这次的长崎轰炸后，裕仁天皇不得不在5天后通过广播向全日本人民讲话。这位深居东京皇宫的天皇，平日的一举一动都如同谜一般，他的声音根本不是一般日本百姓听得到的。裕仁天皇以细弱的声音念出先前准备好的投降讲稿。
退出原子弹研究
1945年8月14日，日本投降日，正像世界各地一样，洛斯阿拉莫斯实验室也以最大的热情来举行庆祝活动，汽笛与电气喇叭齐鸣，在实验室的各处都举行庆祝会。
乔治·基斯塔科夫斯基喝得酩酊大醉，但仍然被说服去做一件特殊的事情：“举行盛大的群众集会时要求鸣放21响礼炮。我们没有任何大炮，因此叫我带了一名年轻助手开车到仓库取出21箱混合TNT炸药，每箱50磅，并将它们排列在开阔地带上进行引爆，代替礼炮。这真是异常壮观。但我回到庆祝会场时，别人向我说，我只点响了20响！”
杜鲁门总统本人也在公开场合盛赞这个实验室说：“他们所完成的事业是一项历史上前所未有的大规模有组织的科学奇迹。这个奇迹是在战争的重担下实现的，而且一次成功。美国在这个史无前例的最大科学冒险事业中，投进了20亿美元——但我们最后胜利了！”
有一些科学家荣获了奖章与嘉奖令，而且现在用不着再保密了，这些在战时被亲友们怀疑为逃避战争义务的人，现在被看做是英雄。
但在那个庆贺胜利的夜晚，已经有人开始感到他们所庆祝的只是一场虚假的胜利。在洛斯阿拉莫斯工作的科学家们许多年来一直全神贯注于攻克技术难关，很少有时间思考他们行动的后果。
庆祝会标志着他们这项重大任务业已胜利完成，他们的思想由任务的压力下解放出来，立即发现他们所做的是如何可怕的一种罪孽。
就在当天晚上，奥本海默从庆祝会场出来，就碰到一位年轻的科学家，脸色铁青，向着灌木丛中呕吐。
奥本海默本人也是首先对这项伟大的科学成就表示怀疑者之一。他对一批到实验室来采访的记者们说，他对“自己所完成的工作有点感到惊慌失措，”但他又补充说，“但科学家不能出于害怕人类可能利用他的发现做坏事而拒绝推动科学前进。”
但仅仅这种理由并不足以使科学家们打消他们的自责和忧虑。
1945年10月16日，格罗夫斯特别举行了一个仪式，表达军方对洛斯阿拉莫斯研究室全体工作人员的感谢。
奥本海默在洛斯阿拉莫斯代表接受这项奖励，从他在典礼上的致辞内容，多少可以看出他对这项他参与制造的武器已开始感到道德上的责任问题：
如果原子弹成为武器之一，一个备战国家的武器之一，那我相信不久之后，人类将诅咒洛斯阿拉莫斯与广岛事件。
世界上的人类若不和平共处，那就是步向毁灭的开始！这个摧毁无数生命的战争，已为我们揭示了这个道理，而原子弹更为人类再次证明这个道理。
日本投降之后一个月左右，他们的同事菲利浦·莫里森在阿尔伯克基地方广播电台上做了关于他们所作所为的后果的讲话。
莫里森报告了他参加原子弹破坏情况调查组的观感说：
我们最后在广岛上空低飞盘旋，几乎不相信自己的眼睛。在飞机下面原来是一座城市，现在是一片烧焦了的瓦砾。
但这并不是用几百架飞机在一整夜里夷平的。而只是用一架飞机和一颗炸弹，在相当于一粒子弹飞过城市的一刹那间，就把这座有30万人口的城市变成了一个可怕的大火葬场。这真是前所未见的恐怖景象。
战争总算结束了，洛斯阿拉莫斯的工作人员总算可以松一口气了！这群科学家及技术人员也如同一般美国民众一样，急欲恢复到正常的生活。
对大多数人来说，这意味着离开这片沙漠，回到美国或欧洲的大学里。其中最迫不及待的，该算是奥本海默了！
日本一宣布投降，他就告知格罗夫斯将军，他想返回大学教书研究的意图。明确地提出他认为洛斯阿拉莫斯不能再像目前这样办下去，特别是“实验室的主任本人非常渴望知道何时能解除他目前的工作，因为他对此事极不胜任，而且只是由于战争期间为效忠祖国而勉强接受了这一重任。”
格罗夫斯很不情愿地批准他的离职。
在洛斯阿拉莫斯期间长期担任奥本海默秘书的普丽西拉·杜菲尔德在回忆他当时的情绪时说：
我清楚地记得他收到某大学请他担任教授的电报时是如何高兴，虽然对方的报酬少得可怜，只有每年10000美元。这种年薪对于像他这种地位的学者来说，可以认为几乎是一种侮辱，但他是如此高兴，这表明他急于离开洛斯阿拉莫斯。
由于原子弹计划收缩，许多科学家回到学术界之后，那些留在洛斯阿拉莫斯的人产生了一种极度的沮丧情绪。
8月21日，在弗里施手下工作的一位青年科学家哈里·达格里安正在两个接近临界的半球形钚块外面安装作为反射层的铀块。每个铀块重约12磅。
当装入最后一块时，它滑进了临界装置的中心，于是装置立即达到临界，并且产生一道蓝色的电离闪光照亮了整个房间。
达格里安拼命想把这铀块敲出去。在这一瞬间，他受到致命剂量的照射。他的双手和胸部受到二度烧伤，同时发烧，两星期后烧伤部位起泡，同时头发脱落。他在事故发生后的第28天死去。
达格里安之死使人不可名状地感到似乎是某种无形的疾病，在留在当地的许多人中间蔓延、加剧，使他们消沉甚而感到痛苦。这也像是一种“报应”，让这些制造这种新式杀人武器者最后被新武器所杀。
有人认为达格里安是第一名因辐射而致死的人，但事实不然。广岛的居民已经在第一枚原子弹爆炸后亲身领受了这种可怕的“毒物”。
有一位幸存者控诉道：
我的女儿，她看上去没有被烧伤，而且只有轻微的外伤。她暂时似乎一切平安。
但在9月4日，她突然病倒了。全身出现斑点，头发开始脱落，并多次吐血。我感到这必定是一种很特殊的可怕的疾病。我们非常害怕，医生也束手无策。
经过10天痛苦的折磨，她终于在9月14日悲惨地死去。我认为这对于我女儿简直是太残酷了，她丝毫没有参加战争，但竟这样无辜地被杀害了。
积极推动限制核武器
在洛斯阿拉莫斯颁奖仪式结束后没几个星期，奥本海默就回到加州的帕萨迪纳，在加州理工学院物理系任教。
虽然奥本海默重返加州理工学院，但他完全清楚地知道，他不可能逃脱自己肩上所承担的义务，即使他本人希望如此。
在此之前的一个多月，当史汀生准备离职前最后一次在公众场合露面时，奥本海默应史汀生要求与他在一家理发馆内会面。
他俩人坐在一起谈论了对原子弹的有关看法，这个事对于他们的影响是太深刻了。最后，史汀生老人从座位上站起来，向着奥本海默说：“现在，原子弹的前途就掌握在你的手中了。”
从事教学工作之后，很自然地，奥本海默又开始从事基础物理方面的研究。
但他对纯理论及研究的兴趣，似乎也随战争的结束而降低了许多。不过，他倒是发表了几篇有关一种比原子核内的中子及质子更小的次原子粒子，称为“介子”的论文。
就在第二次世界大战前，日本科学家汤川秀树已预测到介子的存在，但开战后，所有的研究工作都被迫停顿下来，转向较实际的战争用品的研究上。
战争时期，大多数的科学家都将精力投入制造原子弹上，既属理论，又离不开工程技术。
在战后，科学家们又重新回过头来拾起未完的课题，探讨基本的原子组成，发掘原子最基本的组成单位。
让大多数的科学家都深感欣慰的是，至少这和战争没有直接关系。
对于理论派物理学家来说，这代表着回归到充满乐趣的物质研究上，一个他们最爱不释手的课题。
战后，物理学家不再把质子、中子、电子三者视为是原子的基本组成单位。汤川秀树所提出的“介子”理论已改变了旧有的观念。
此时，理论派物理学家开始将注意力集中在“做有关次原子的分类及阐释”上。
次原子被冠以各种各样奇怪的名称，有夸克、反夸克、重粒子、强粒子、胶粒子、微粒子等，这些粒子似乎是构成所有物质的一小部分。
奥本海默虽然也尝试了很久，但他一直找不出时间及动机来做这方面的研究。所以，在第二次世界结束以后很长一段时期里，他只发表了4篇论文。也许他也不自觉地被物理学家的生命期一说所预料：在30岁生日前，就已被压榨一空，一个物理学家的巅峰期是在年轻时代。
在另一方面，美国政府却不时向他招手，一次又一次地邀他出任资深科学顾问一职。
“政府当局与国会都一再征求我对原子能问题方面的意见，使我深深感到自己有责任，我也确有兴趣并关心这项工作。”
当时，奥本海默很可能认为，作为美国核政策中的一名要员比回到学术生活来得更重要。无可厚非地，“原子弹之父”以及科学界要人的角色当然比较吸引他。毕竟，比起学术界来，政治舞台要大得多了！
奥本海默在战时的成就使他一搬回帕萨迪纳就得到回报，他受邀为“梅·约翰逊法案”作证。
这个法案的目的，是将“曼哈顿计划”中有关工业及科学的机构改制成美国政府中的永久组织。
尽管法案中主要的章节同意由军方来控制核设施，奥本海默仍大声疾呼赞成法案通过。他的支持令留在洛斯阿拉莫斯的科学家们十分失望，绝大多数的科学家都主张核研究及铀的制造应由民间管理及控制。
对在洛斯阿拉莫斯的大多数人来说，奥本海默和国会及作战部门中的保守分子走得太近了！他则反驳，强调“‘梅·约翰逊法案’通过后，将加速国际间核武器限制活动的进行”。
1946年初，美国政府再次请求奥本海默的协助，这次则是在联合国新成立的原子能委员会上加入美国代表团，讨论国际核武器的条例。
全球性的核武器限制一直是他关注的焦点之一。在助理国务卿狄恩·艾奇逊的协助下，奥本海默在会中建议美国政府放弃现有的核武器，并和其他各国共享核知识，开放科学研究室及兵工厂，供其他国家检查。
奥本海默这个由波恩最先提出的意见，却遭到杜鲁门所指派的美国代表团主席伯纳德·巴鲁克的强烈反对。
巴鲁克在会中坚持所有由联合国委员会所作的决定必须由与会代表投票后多数赞成才能通过，任何国家都不得行使否决权。
和美国一样心存猜忌的苏联代表，对于无法行使否决权没有表示出赞同，并且坚持不允许联合国对苏联进行任何检查，同时要求美国先放弃现有的核武器，否则不愿意再进行会谈。
对于苏联方面的强硬态度，奥本海默相信只要巴鲁克愿对否决权的争议稍加让步，应该可以使苏联代表再回到谈判桌上。
为表抗议，奥本海默直接面见杜鲁门总统，但会晤进行得并不顺利。
奥本海默自称“双手沾满血腥”，因为他亲自参与了炸弹的研制工作。
为他这段话而深感气愤的杜鲁门总统，在会后指示一位助理：“以后别把这家伙带来这里，毕竟，他只负责制造，而我才是真正决定投炸弹的人！”
巴鲁克因此继续担任代表团主席，奥本海默则在后来退出代表团，而联合国这次的会议，就在美苏两大强国互不信任的争吵声中不欢而散了。
这一次的事件对奥本海默所扮演的政府圈内人的角色并没有发生任何的不良影响。1946年，他仍多次在参众两院作证，协助起草取代“梅·约翰逊法案”的新法。
1946年末，“原子能法案”在参众两院通过后，由杜鲁门总统签署，正式成为法律条文。在这个法案下，创立了一个新的联邦机构“原子能委员会”来处理所有的相关事宜。
这个委员会将永久取代“曼哈顿计划”。
但和“梅·约翰逊法案”不同的是，这个法案规定由民间控制核能电厂、政府位于田纳西州及华盛顿州的铀钚制造厂、洛斯阿拉莫斯实验室，以及任何从事核武器研制的工厂及研究室。
在美国国内，为了制定美国原子能政策，成立了以狄恩·艾奇逊为首的“特种委员会” ，成员包括格罗夫斯、布什和科南特等人。
他们又在委员会下设立了一个“顾问委员会”，首任主席由大卫·利连索尔担任。他曾是罗斯福总统时代“新政”建设中“田纳西河谷计划”的领导人，那个时候，他就和奥本海默以及格罗夫斯在工作上有密切关系，因为他负责提供大量电力给“曼哈顿计划”中的田纳西精铀制造厂，因此他也和奥本海默成为好朋友。
如众人所料，他所指派的第一位顾问就是奥本海默。他非常赞赏奥本海默：“他亲身证明了人类居然有能力制造出这么奇妙的东西，真是不枉此生。像这样的人才，可能要等百年之后才会再出现一个。”
格罗夫斯发现自己的主张总是受到利连索尔与奥本海默等人的反对，他抱怨说：“每个人都对他尊重有加，利连索尔尤其言听计从，甚至连每天早晨戴什么领带都要听奥本海默的意见。”
在顾问委员会的全体成员之中，奥本海默当然是具有最丰富的核科学知识的人。1946年初委员会刚成立时，他实际上充当了利连索尔和其他成员的良师益友。
他同时还与伊西多尔·拉比详细讨论了美国原子能政策的轮廓。拉比至今还记得，他的起居室位于河滨大道，离开奥本海默童年的住宅不远，他们两人就坐在那里，一面眺望着哈德逊河上冬季的落日，一面海阔天空地谈论着国际管制原子能计划。
经过两人的详细讨论，他们写了一份“艾奇逊-利连索尔报告”，但其中大部分是奥本海默的意见。下面所摘录的一段反映了该报告的基本思想：
国际管制意味着承认这样一个出发点：即美国的核垄断地位不会持久……因此，必须建立一种现实可行的国际保安体系，使任何个别的国家或公民只有在国际管制下才允许合法地从事原子能方向的工作。
因为我们认为，这类工作都存在着导致生产原子弹的潜在危险。
现在，经过35年的原子军备竞赛，再回顾艾奇逊-利连索尔报告中的这个建议，似乎显得有点幼稚可笑，而且乐观得出奇。
但拉比教授是一个非常实用主义的人，他认为当时的气氛与现在完全不同：“我相信，我们的国际管制计划在某一时机是有被接受的可能的，而且奥本海默总是迫不及待地希望一切事情尽快办成。试想，美国在200年前各州原来是相互独立的，最终也能联合成为一个联邦共和国。当时各州肯定都有自己的既得利益而且倾向于各自为政，但在恰当的时机提出了联合口号，最终克服了各自的局部利益而联合起来了。这就是我们当时力求国际管制的出发点。”
在战后第一年冬季，奥本海默继续制订他自己那一套国际管制核武器的方案。
当时英国、美国和加拿大政府宣布他们愿意与任何国家在相互交流的基础上交换有关核科学的情报，这种态度标志着在国际管制方面的一个突破。根据三国的建议，并得到包括苏联在内的其他国家支持，建立了一个联合国原子能委员会，事态发展似乎非常乐观。
除了出任“原子能委员会全国性顾问团”的顾问一职外，他也受邀加入普林斯顿大学旗下一个颇具威望的“高等研究院”。20世纪20年代创立的这个研究院，一直是著名科学家及哲学家的集中地。奥本海默加入时，其中最有名的一员非爱因斯坦莫属。
