国民党在广东艰难地挣扎求生，来自各方的压力时时使孙中山心力交瘁。三大政策带来的现实意义是武器和经费的不再缺乏，用新思想组织起来的北伐军以少胜多打遍中国。
二次革命失败后，孙中山等人不得不暂借日本为安身立足之地，总结经验教训，筹备“三次革命”。为筹集经费，孙中山努力争取日本各界的援助。他在1914年5月11日致日本首相大隈重信的信中提出：中国对日本，可以起到比印度之于英国更大的作用。这封信很快就被泄露，中外报刊广为登载，还说是黄兴揭露的。此事不但损害了国民党人的形象，也加深了国民党内部的分裂。
但不管孙中山提出多么优惠的条件，日本政府对孙中山的力量还是没有信心，仍然把袁世凯作为打交道的主要对象。在日本人看来，依靠已经实际统治全国的袁世凯，比起指望形单势孤的孙中山显然更加实惠。
仓促出逃海外的国民党人经历了一段沉寂期。由于仓促流亡，多数人身无分文，生活上也陷入困境，连食宿衣被都成问题，甚至靠吃红薯充饥。孙中山一边筹集资金救济党员生活，另一方面决定改组国民党为中华革命党，实行党员对他个人的绝对服从，这引起黄兴等人的不满，并导致了分裂和黄的出走。
革命党内部的分裂，对海外华侨支持革命的热情是个打击。有些人认为讨袁事败，现内部又不能统一，根本没有东山再起的希望，因而灰心丧气，不愿出钱出力。更严重的是，革命党内部矛盾使袁世凯有了可乘之机。袁派人到南洋，冒充革命党四处募捐，一些投机者也乘势招摇撞骗，中华革命党的声誉受到严重影响，筹款工作阻力重重。
1915年末，护国运动在国内的兴起使孙中山很是振奋，但这次运动的主导权却在梁启超的进步党和西南群雄手中。袁世凯死后，孙中山抱着息事宁人的态度，表示愿与段祺瑞合作，一切问题用法律解决，并主动遣散中华革命党的军队，实现国内和平。
段祺瑞重掌政权后，拒绝恢复国会和临时约法。孙中山为此于1917年7月率领部分海军舰队南下广州，宣布成立护法军政府和非常国会以维护《临时约法》，被推举为陆海军大元帅。广东、广西、云南、贵州、四川、湖南等西南六省宣布以武力对抗北洋政府，开始了护法运动。
此次运动是孙中山数年以来的厚积薄发。除了政治上要联络盘踞广东的桂系军阀借地容身之外，还必须有足够的资金运转。几年来孙中山一直在不动声色地暗中筹款，自己亲掌党内财务，并作为党内秘密。此次运动争取了上海滩首富哈同等人的支持，以此来资助海军第一舰队和100多位议员南下，并维持军政府的正常运转。
但是，孙中山对南方的控制是不牢靠的，因为他既不是军队的真正控制者，又不掌握政府的财权。财政上，军政府本身无固定经济来源，却要支付大元帅府、非常国会以及海军的庞大经费，而护法诸省当局不愿拨给活动经费。孙中山许多政治和军事上的筹划都因没有钱而无法施行。
军事上，响应护法的军队总兵力约15万人，但真正听命于军政府的不过二三万人。广东督军莫荣新通令各县，把孙所委派的招兵委员当做土匪就地枪决，单是增城一县就有69名招兵委员被杀。孙中山气愤至极，亲自登上军舰，下令向莫荣新的督军府开炮。事后莫荣新碍于孙的威望前往赔罪，但桂系和护法运动的渊源到此结束。
此后，桂系便加紧活动驱孙，收买部分国会议员，改组军政府，撤销大元帅，逼孙中山离粤。桂系此举除了要与直系联合、孙中山已无利用价值之外，也是为了减轻其财政负担。领头发起护法运动的海军因桂系答应每月拨给十万元军饷，遂倒向桂系。在被逼无奈的情况下，孙中山通电辞职，离开广州前往上海，第一次护法运动失败。
1920年，广州军政府发生了桂系和滇系间的斗争，孙中山第二次南下广东护法。此时皖系打算借用陈炯明的驻闽粤军驱逐广东的桂系，于是与孙中山密谈，以接济50万元军费、600万发子弹为条件助粤军出兵。陈炯明打垮桂系平定两广，在广州重建军政府。1921年4月，孙中山在广州就任中华民国非常大总统，任命陈炯明为陆军总长、内务部长、粤军总司令、广东省省长，护法运动形势大好。
可惜好景不长，孙陈迅速决裂。孙中山的理想是建立一个正式的中央政府，领导全国革命，为此就必须出兵北伐。而陈炯明认为，孙中山的理想多于实际，广东省库空虚，每年的税收是1600万元，支出是3200万元，赤字竟达一倍，无钱继续打仗。既然南北政府都无力统一全国，与其连年征战，不如各省先自治，把自己的事情办好了再实行联省自治，如此便可以不通过武力而实现全国统一。
孙中山要求陈炯明拨付北伐军费400万元，陈只允付200万元，而且还要等到北伐军出发后再交。合作多年的两人的矛盾开始激化。
1922年4月，孙中山下令免去陈炯明粤军总司令、内务部长和广东省省长的职务，并决定自己不随军北伐，转回广州坐镇。6月中旬，陈炯明在白云山一带宣布戒严，形势骤然恶化。16日凌晨，叛军包围总统府，孙中山出走。1922年8月，孙中山转赴上海，第二次护法运动宣告失败。
与孙中山南下护法的同时，北京段祺瑞政府因日本人的支持，大举借款扩充实力，图谋武力统一中国。孙中山两次护法失败，痛定思痛，认为革命没有钱难以成功，因此做出了联俄的政治选择。1923年，在苏俄的资助下，孙中山第三次回广东设立大元帅府，联络滇桂军阀打败陈炯明，夺回了对广州及周边的控制。
这时的广州变成了滇桂军的天下，滇桂军以新的统治者自居，广州人为之侧目。各路军队把政府机关和公共场所占为营房，又借口没有军饷，截收了大部分地方税收。军队以“护商”的名义到处敲诈商人，在水、陆两路设立各种名目的“护商机关”，向商旅征收保护费或是直接抢劫。
回师广州八个月的时间里，政府收入不超过330万元，而包括军费在内的各项支出却花去将近1100万元。为了解决军队截留税收的问题，孙中山反复召集财政会议，下达财政统一令。然而，各军将领对孙中山采取阳奉阴违的态度。1923年底，孙中山刚下令所有军队移驻广州市郊外，不得占住民居，大批军队就以筹款名义涌入广州，民居多被占据，滋生不少纠纷。
尤其恶劣的是，各路军队每调动一次、每打一仗，必然要求发饷发奖金。为了换得这些军队执行命令，孙中山只能依靠金钱来稳定军心，士兵每冲锋一次发20元。1923年9月，滇军获得小胜，要孙中山发30万元才肯继续前进。11月滇桂军打了败仗，几天即用掉48万元。即使这样仍无法满足军阀的胃口。对此，孙中山说：一般军人不是为主义而战争，而是为个人升官发财而战争。
