马科斯外逃，科拉松得以顺利上台执政。但当上了总统后，她不得不面对马科斯留下的烂摊子。此时，国民经济处于崩溃边缘，菲律宾共欠外债260亿美元，国内失业率居高不下，全国劳动力的1/3找不到工作，连首都马尼拉都有200万人生活在极端贫困中，其中有60万人无家可归。当时的菲律宾，除了色情业以外，几乎再没有一个行业能让人感到繁荣兴旺。与此同时，国家内部还存在着战乱和分裂的隐忧。“菲律宾共产党”有自己的一支军队，并且当时已发展到两万人，在科拉松上台以前一直致力于武装斗争；而“摩洛民族解放阵线”由于自己的穆斯林信仰与天主教格格不入，与政府矛盾一直很深，所以也建立了自己的武装，并要求脱离菲律宾，独立建国。除此之外，菲律宾军队派系林立，而支持马科斯的少数部队也频频向新政府发难。面对国内严峻形势，科拉松并不惊慌，她冷静地呼吁人民给她时间处理这些问题。在宣誓就职的第三天，科拉松就下令释放了39名政治犯。她宣布说，政府将“毫不例外地释放所有政治犯”。3天之后，科拉松政府释放了菲律宾共产党领导以及其他被拘留的政治犯，总共517人。接着，科拉松又在一些公开场合表示，她准备同菲共的新人民军对话。她说，如果与新人民军对话取得成功，释放被马科斯关押的以西森和丹蒂为首的反叛高级首领是必要的。为了以引人注目的方式向新人民军表示诚意，科拉松首先下令在棉兰老地区中部单方面停火，停止对新人民军和“摩解”组织的军事行动。她要求军队把注意力转移到准军事部队方面，追回选举期间发给马科斯支持者的非法武器。在3月22日的菲律宾军事学院毕业典礼上，她向2000多名学员发表了演说。她说，她现在对菲律宾人民首先要做到的就是消除侵犯人权行为，“只有揭露错误行为，我们才能开始我们的新生。”“只有对过去做出诚实的判断，才能使今后有个干净的开始。过去的恶习要调查，确实有罪行或严重错误的军官和士兵要适当处理。”接着，她向叛乱分子呼吁，称他们是“我们在山上的兄弟姐妹”，“你们进行反马科斯的战争，因为他是最不公正、贪婪和残忍的化身。我同他斗争也是出于同一个原因”。
她劝他们与政府和解，共同建设菲律宾。与此同时，科拉松希望从世界银行得到安置新人民军等反叛者计划的援助。但是，建立内阁委员会审查各部门提出的计划需要5个月的时间，内阁认真着手做这件事情又需要5个月的时间。如果让反叛政府的武装力量回归，政府必须首先为他们提供土地、工作和住房。经过努力，一些地方的教会、社会团体帮助政府解决了这个困难，但还有更多的问题需要政府去解决。科拉松为此而不懈地努力着。她甚至成功地与菲共和“摩解”达成了一些协议，并实现了短暂的停火。令人惋惜的是，更多的当权者似乎更喜欢自己的国家处于混乱中。他们一系列的愚蠢行为使科拉松疲于奔命，进展甚微。不管怎么说，同菲共以及“摩解”取得的协议，是科拉松·阿基诺执政以来最出色的成就。美国官方对菲共疑惧颇深，但也支持科拉松同菲共和谈的政策。除了努力使菲律宾国内环境保持稳定，科拉松还积极进行发展菲律宾经济的努力。上台后，科拉松首先冻结、没收了前总统马科斯及其亲信搜刮来的不义之财，打破了20年间马科斯的亲信对菲律宾经济命脉——食糖和椰子业的行业垄断；鼓励发展私人企业和中小企业，同时，组织了霍维托·萨隆加方主持的廉政委员会，该组织负责追查马科斯在国内外的财产。科拉松还非常重视农业经济的发展。她在政府的中期发展计划中，把发展农业作为重点。这包括增产稻米和作为轻工业原料的经济作物。她特别拨款39亿比索作为农业的紧急就业费用，救济贫困农民；同时，调拨60亿比索作为农村基本建设经费，取消农业产品的出口税，降低化肥、农药的价格和农业贷款利率，积极吸引外资以支持乡村企业的发展。在新政府的努力和农民生产积极性得到发挥的情况下，菲律宾1986年下半年的农业产品收成比例比上半年增长约10%。如果按照这个增长速度，到1987年，菲律宾的粮食就能达到自给自足的水平。菲律宾是一个农业国。这就标志着它仍是一个经济上十分落后的国家。所以，要让菲律宾三分之二的农民逐渐富有，完成农业向工业的过渡，首先要进行的是改变生产关系，解放生产力，也就是进行土地改革。这是广大无地农民强烈而迫切的要求，也是发展农村经济的必由之路。科拉松注意到了这一点，上台后，便组织一批人积极制定土改方案。1987年4月，科拉松批准了一个“六年加速土地改革方案”。
该方案计划在6年内将390公顷土地分给200多万农民，这包括地主拥有的稻田、玉米地种植园，政府闲置、没收和征购的土地等。除此之外，科拉松还计划了另外一些促进经济发展的措施。首先，她提倡自由经济，鼓励私人企业发展。1986年4月30日，科拉松在马尼拉举行的亚洲发展银行年会上致词说，她的主要目标“是使政府较少地干预经济”。她把从马科斯及其亲友那里没收来的公司和企业发售给私人，并从税收经营方面给予私人企业各种鼓励和照顾。她还特别强调要加强外贸输出，多生产质优价廉的出口产品，使它具有国际竞争力。科拉松认为，只有发展出口产品的生产，促进外贸，才能促使菲律宾加快经济增长。为此，科拉松从1986年6月起，取消了木材以外的所有商品的出口税。在这之前，政府的经济部还拨款16.6亿美元作为公共建筑开支，刺激建筑业的发展，并计划在18个月内雇用100万工人。1986年10月，科拉松向菲律宾商界透露，政府还在拟定经济改革方案，它的内容包括：削减赤字、重新振兴政府的金融机构，特别是强调发展银行和国家银行扶植私人企业等。科拉松形象地比喻说：“政府已经造成满垒，现在是要商界出击全垒球以便获得满分。”其次，她决心敞开国门，面向世界。1986年6月和11月，她不顾菲律宾盛传的政变谣言，先后飞往美国和日本，向这两个国家朝野介绍菲律宾的经济现状并寻求贷款。科拉松在当年9月份抵达美国。由于菲律宾特殊的大选和全世界都意想不到的结果，使科拉松·阿基诺早已成为全世界的名人。但美国政府的看法多少有些不同，美国总统里根和他的顾问们不喜欢科拉松对叛乱、美国基地和外债等问题上的不肯定态度，而科拉松对里根与马科斯之间的友谊、美国的援助承诺迟迟不兑现也极为不满。但她与里根总统的会谈是很成功的，彼比都产生了一种默契。谈话预计10分钟到20分钟，结果他们谈了一个小时。科拉松为了尽快获得美国的援助还特意赶到美国参议院，站在美国的议员面前讲起了自己死去的丈夫和他的追求，以示他为此而付出的沉重代价。她也谈到了新政府对民主的信念。她告诉参议员们，丈夫的死“使我们恢复了勇敢和信心，只要有了这些，（人民）可以再次获得自由。于是就开始革命，革命把我带到民主最有名的故乡——美国的国会”。她接着说：“……在我们建立一个新的民主国家的被压迫者的避难所时，和我们站到一起吧！”科拉松的同行者抱怨她的讲话里“没有外交政策，没有经济政策，没有足够的政治家的风度……”但当科拉松走下讲台时，美国共和党多数党领袖参议员罗伯特·多尔说：“科丽，你打出了一个全垒球！”科拉松一笑，说：“我希望奠定一个基础。”访问完美国后，科拉松·阿基诺又来到了日本。
科拉松在日本首相中曾根为她举办的宴会上说：“我们希望能在菲律宾成功，在亚洲和整个世界发挥我们应有的作用。”她还说：“我深信菲日关系将会更好。”她在日本下议长和上议长设的宴会上说：“我们需要援助，但更重要的是，我们需要日本对菲律宾的繁荣和希望表示出信心。”中曾根事后赞扬科拉松“姿态甚为坦白、诚实，同样洋溢着爱国之情”，“她的每一言词都给日本人留下了深刻的印象”，“她是一位伟大的领袖，慷慨的女性”。科拉松于6月5日回到菲律宾，她对记者说：“日本被证明是一个支持菲律宾发展的真正可以信赖的朋友和盟友”，“尽管菲律宾国内存在着政变的谣言，有不稳定的因素产生，但日本明确表示支持菲律宾政府，并慷慨地提供了援助”。科拉松的美、日之行，取得了相当巨大的成功。美国政府批准给菲律宾新政府两亿美元的贷款。日本政府决定向菲律宾提供1000亿日元的援助，其中包括404亿日元特别贷款，供菲律宾建设卡拉卡火力发电站；500亿日元贷款（作为第14次贷款）；还有无偿资金合作约为90亿日元。后两项都比以前同类贷款数目增多了。科拉松在美国和日本特别注意同商界名流接触，请求他们到菲律宾来投资。她还将政府没收的马科斯及其亲友的企业（约合18亿美元）向日本商人兜售。接着，科拉松又派代表飞往加拿大、德国、法国、澳大利亚、新西兰、丹麦、挪威等国广泛开展联系，力争做到外援多元化，外国投资多元化。科·阿基诺与业界妇女在一起为了把有限的钱用在刀刃上，科拉松特别注重开源节流。同时，科拉松政府还在政府的经费使用上大做文章。1986年内阁会议上，科拉松作出决定：内阁成员出国履行公务必须控制开支，任何部长都不得订购头等舱机票，不得住豪华旅馆。科拉松在会上说：“既然是一个革新的政府，就不能违背简朴的原则。”
她不仅要求别人这样做，也能严于律己。在执政后她没有住进豪华的总统宫——马拉卡南宫，宁愿每日从奎松市开车上班，并自带一顿午餐。后来，为了节省时间，她与家人搬到了离政府比较近的一套住宅中，而马拉卡南宫仍只是她会见国内外人士和办公的地方。她去美国访问时，买的是普通机票，随身只带了两个皮箱。在她的积极倡导和带动下，1986年3月至9月的总统办公室开支节余3148万比索，较1985年同期节约开支1.3亿多比索。科拉松注意对菲律宾旅游业的发展和开拓。她认为，菲律宾旅游资源丰富，大可利用。她除了把总统府的一部分改为博物馆以吸引国内外游客之外，还组织专人研究开辟更多的旅游点和建设各种旅游设施。1986年8月和9月出现了国外游客增多的现象，据官方统计，1986年，菲律宾观光业总收入为6.5亿美元，较1985年增加27%。科拉松·阿基诺通过与政府内阁成员的不懈努力，使菲律宾在她执政的第二年，就有了显著的成绩：1986年的经济增长率为0.13%。这个数字虽并不耀眼，但这是她的新政府在废墟上建立起一个乐园的开端。因为在这之前，菲律宾经济是负增长。同时，新政府领导下的通货膨胀已大幅度下降：1984年菲律宾的通货膨胀率为50%，1985年为23%，1986年就减少到3.3%；外贸赤字也有明显的好转，1986年1月至8月共为8200万美元，而1985年同期为3.28亿美元，外贸赤字下降了75%；汇兑率也从科拉松·阿基诺执政前的25比索兑换1美元变到21比索兑换1美元；外汇储备，1986年2月底仅有9.11亿美元，到1986年底就上升到20亿美元；国内贷款利率在马科斯统治时期曾高达50%，现在稳定在15%，优惠贷款利率甚至下降到12%～14%。税收改善也非常明显，1986年第一季度税收亏损11亿比索，到了4月份，就开始趋于上升；到5月份，两个月的税收比去年同期增加了5.6亿比索。
