公元399年（隆安三年），在东晋的三吴八郡地区爆发了孙恩、卢循领导的自东汉以来江南地区规模最大的一次农民大起义。这次起义的直接导火索是掌握东晋大权的司马元显强行征发江南地区由奴隶转化为佃客的人当兵而引起的。
东晋末年农民大起义首先在东晋统治中心地区三吴八郡爆发，这不是偶然的。三吴八郡地区是指吴、会稽、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳、新安等八郡，主要是今天江苏的南部和浙江的东部的地区。这个地区是东晋以来社会矛盾比较集中的地区。自西晋末年以来，北方流民大量南迁，面对潮水般的流民怎样安置、安置在哪里呢？当时江南大地主的主要势力主要居住在江南太湖流域一带，江南的劳动人口也主要居住在那一地区。东晋执政者为了避免南北大族在争夺土地和劳动人口问题上发生冲突，决定让北方南迁的士族到浙东地区开发土地，重建庄园，并且将北方南下的老百姓也集中安排在这一地区。在浙东会稽郡等地也有南方土著士族地主，如虞氏、孔氏、贺氏等，他们也占有大面积的土地山林，不过远比太湖流域的朱、张、顾、陆势力小。北方大族们来到这里和南北大族一起疯狂地掠夺土地和劳动人口，很多流亡到这里的北方流民无法生活下去，只好卖身为奴或成为大族的佃客。随着时间推移，三吴八郡地区成了东晋最富庶的地区，是东晋政府经济的主要来源之地。政府对这一地区也拼命的搜刮。东晋的赋税、徭役非常沉重，孝武帝时的一个地方官范宁上疏给孝武帝说：“现在我们的徭役和差役太多了，弄得老百姓一年之中几乎没有三天的安定。老百姓为摆脱徭役和赋税，甚至自残身体，或剪发出家为僧侣。有的则干脆生了孩子不养活，光棍汉不敢娶媳妇，寡妇也不敢再嫁。”浙东的老百姓为逃避繁重的兵役、徭役和超额赋税的剥削，他们成群结队地从海上向广州或更南的无人地带逃亡；有些则逃到山泽地方，成为无人管理的浮浪人，也就是没有户籍的流浪人。
在安帝司马德宗统治时期，皇帝是个白痴、傻子，一切都听从执政者司马道子和司马元显的摆布，朝政更加腐败不堪。这引起握有重兵的王恭、殷仲堪、桓玄等大族的不满，发生了王恭、桓玄的叛乱。桓玄完全控制了长江中上游地区，下游的京口和长江以北地区又被北府军将领刘牢之控制，这样一来，东晋政府所控制的地区只有三吴八郡地区了。老百姓的负担更加沉重，阶级矛盾日益激化，几乎达到人人都想起来造反的程度。
执政的司马元显为了对抗上游的桓玄和下游的北府军，想建立一支由他自己亲自掌握的军队，便下令征调江南诸郡曾经是奴隶，或祖父辈是奴隶，现在已获得放免，成为大族佃客的壮丁，将他们集中到京都建康去当兵，称为“乐属”，这引起了那些被征佃客的极大不满，使本来已经十分尖锐的阶级矛盾进一步激化。因为这些人已经脱离了奴隶身份，有了相对的人身自由，他们耕种地主的土地，向地主交纳田租，尽管地租沉重，但他们毕竟还有点剩余，维持生活，并且他们还有一些生产工具等。现在要征他们去当兵，而当时士兵的身份却十分低下，他们和奴隶差不多，士兵有专门的户籍，一旦成为士兵，就代代都当兵，不许改变，并且还要连累家族亲属。这样自然没有人愿意当兵。
另外，作为这些佃客的主人，那些士族地主也反对司马元显的征兵命令，如果这些佃客被征走，他们就要丧失一部分劳动人手，减少了一部分剥削对象。所以，当司马元显征兵命令一下来，东土一片哗然，于是，出身于士族家庭的孙恩利用了东土被奴役人民的不满，于399年十一月，首先在浙东地区发动了起义。
孙恩，字灵秀，山东琅玡（山东胶南）人，是琅玡大族。孙恩一家世世代代都信奉五斗米教。自从张鲁失败归降曹操后，五斗米教发生了分化，它分成两个流派，一个是在地主阶级中流行，它已从五斗米教原始平等思想发展为金丹符箓，就是炼服金丹、画鬼符等，求得驱鬼长寿之类的迷信活动。另一流派是流传在广大百姓之间的，保存五斗米教的原始平等思想。尤其是在东方沿海地区，信奉五斗米教的人更多，大族也有，如王氏、谢氏等。老百姓信徒就更多。
西晋末年，孙氏家族为躲避战乱，也渡江南下，孙恩的叔父孙泰拜浙江钱塘（浙江杭州）五斗米教教主杜子恭为师。杜子恭死后，孙泰就成了教主。他继续传教授徒，很受老百姓的欢迎。孙泰在长江下游一带，有着广泛的群众基础。这引起了东晋政府对他的怀疑，把他流放到广州，广州刺史王怀之却任孙泰做郁林太守，孙泰便在两广地区继续传教，广收教徒。朝廷对他还是放心不下，但是由于孙泰深知五斗米教道纵欲享乐的养生之方，孝武帝又把他召回京城，许多士族官僚都向他学道，就连司马元显也屡次向他学习“秘术”。朝廷任命他为辅国将军，新安太守（今浙江淳安西）。不久，王恭起兵叛乱，孙泰也趁机聚众数千人，名义上是为晋廷讨伐王恭，实际上他认为东晋朝廷的末日到了，自己趁机发展势力。后被执政的司马道子处死。他的侄子孙恩逃到海岛，决心等待时机，为叔父报仇。
孙泰被杀，他的教徒们认为孙泰没有死，而是像蚕一样，蜕壳成仙了。他们像对待孙泰一样，对孙恩非常尊敬，他们纷纷给逃到海岛的孙恩送去粮食、物品，孙恩也就有了反晋的物资来源。
正当孙恩在海岛上发展势力的时候，司马元显下令征发免奴为客的人服兵役，引起浙东地区农民的普遍骚动。孙恩决定利用这大好时机，于399年十月，从海岛出发，率领教徒一百多人登陆，进攻上虞，杀死上虞县令。然后进攻会稽，杀死会稽内史王凝之。王凝之是琅玡王羲之的儿子，王家世代信奉五斗米教。当孙恩进攻会稽时，王凝之的部下劝他快快设防，王凝之不听，而是到道室中去祈祷。
可孙恩大军却不管他是否信五斗米道，攻下会稽后，就将王凝之和他的全家都杀死。可见，这次起义虽以信奉五斗米教徒为主，但他们所打击的对象是门阀士族和地主阶级。
孙恩队伍迅速发展到数万人，会稽的谢铖、吴郡陆环、吴兴丘尪、义兴许允之、临海周胄、永嘉张永及东阳、新安等八郡纷纷起兵响应，十多天内，起义军便发展到数十万。连京城建康附近也是烽烟遍地。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道、太子洗马孔福、乌程令夏侯情等许多名门大族都被起义群众杀死。吴国内史桓谦、义兴太守魏隐、临海太守司马崇等，被起义军吓得弃城逃跑。孙恩占领会稽后，自号“征东将军”，称他的党徒为“长生人”，并对他的党徒说：“天下就要太平了，我和大家一起穿上朝服，到建康去享乐、坐天下吧！”
孙恩率领起义军的势力迅猛发展，引起了东晋朝廷恐慌，皇上下令，京城建康内外戒严，并急忙派北府军名将、卫将军谢琰为会稽内史，兼督吴兴、义兴二郡军事，与辅国将军刘牢之一起，率军镇压起义军。谢琰攻占了义兴，杀死孙恩将领许允之，又攻取吴兴，进驻乌程，与刘牢之会合后，进军钱塘。当孙恩听说刘牢之到了钱塘江，说：“我割据浙江，也能做越王勾践。”
当刘牢之渡江后，孙恩见抵挡不过刘牢之，便率众二十多万退到海岛。在孙恩众人后退时，为了防止刘牢之的军队追上，孙恩令部下将一些贵重的物品丢在路上，官兵们只顾争抢财物，无心追孙恩，这样孙恩大众得以安全地退到海岛上去。
孙恩退到海岛后，东晋朝廷怕他再上陆，派谢琰为会稽内史都督五郡军事，镇守浙东地区。谢琰是东晋宰相谢安的儿子，是北府兵中著名的将领，他很有军事才干，曾以少胜多，打败前秦苻坚八十万大军的进攻，取得淝水之战的胜利。他到会稽后，自以为兵强马壮，开始骄傲自大，根本不把孙恩放在眼里，不认真做防备工作。
可是，一切并不像谢琰所想象的那样，孙恩到海岛上休整一段时间后，于400年（隆安四年）四月，第二次登陆。他从浃口（浙江甬江口处）入余姚，到邢浦，被谢琰的大将刘宣之打败。孙恩再次进攻，直接攻到会稽。起义军已打到家门口，谢琰还是非常傲慢，他骑上战马，对部下说：“你们等着吧，我去消灭孙恩，然后再回来吃早饭！”
谢琰率领军队沿湖边小路进发，由于路窄，只好排成单行前进。早已埋伏在这里的孙恩军队突然冲出来，把谢琰的军队切成好几段，分段包围起来。谢琰被打败，带几个亲兵逃到千秋亭。他的部将张猛见大势已去，举刀将谢琰的马砍倒，谢琰摔在地上，被张猛杀死。张猛又杀死谢琰的两个儿子，投奔了孙恩。
当谢琰的死讯传到京城，东晋朝廷惊恐万分，孙恩能杀死谢琰这样的名将，可见势力之大，便急忙派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之一齐出兵，进攻孙恩。孙恩见朝廷兵力如此强大，便又退回海岛。
