齐高帝萧道成对“检籍”工作十分重视，继位的第二年（480年），便派虞玩之专门负责这项工作，并设立“检籍”专门机构，建立专门的“检籍”制度，对那些被检查出来的假冒户，一律罚他们到边远的地方去作戍卒。由于检查户籍的官员贪婪，趁机进行敲诈勒索，真正假冒的没有查出来，不是假冒的却因为钱没给足，变成假冒的了。前面检籍，后面又篡改，使户籍制度更加混乱，也加重了对老百姓的骚扰，终于激起了唐寓之领导的以却籍户为首的起义。
唐寓之是富阳（今浙江富阳）人，看风水出身，一直从事宗教活动。485年（永明三年），他利用却籍户对政府的不满，聚集同党四百人，在新城（今浙江新登）起兵，先后攻下富阳和钱塘。在钱塘富人柯隆支持下，他于钱塘称帝，国号吴。三吴地区的却籍户和不堪重压的老百姓纷纷响应，队伍发展到三万人，占领了浙东一带。南齐政府对起义军一面分化瓦解，一面派兵镇压，最后，唐寓之兵败被害，这次反抗运动被镇压下去。不过政府也不再实行检籍，并宣布恢复宋末的户籍，实际上就是承认了冒籍的合法性，反映了寒人庶族政治、经济地位的提高，以及大族传统地位的动摇。
唐寓之的起义并没有对南齐政权构成太大威胁，齐武帝时期的统治还算安稳。493年（永明十一年）七月，武帝萧赜病死，皇太孙萧昭业继位。萧氏子孙再也想不起高帝萧道成的临终嘱咐，又重蹈刘宋的覆辙，大规模的骨肉残杀开始了。
武帝萧赜的太子萧长懋先武帝而亡，武帝的次子竟陵王萧子良富有才华，中书郎王融曾谋立子良为太子，武帝不听，立太子之子萧昭业为皇太孙，临终前，令子良辅政，而用高帝次兄萧道生的儿子萧鸾总管尚书，掌握实权，这就埋下了祸根。
萧昭业是个不学无术、无情无义、只知吃喝玩乐的浪荡子，自幼生长在深宫，既无统治经验，又无能力。但他会口是心非，阳奉阴违。早在未立皇太孙之前，他在他父亲面前装得非常谦恭听话，背地里却经常带着侍从出入花街柳巷，通宵达旦，淫乐不止。每当他没有钱时，便闯入富户人家强行索要，没有人敢不给。当他父亲死时，他在祖父萧赜面前又装成孝子贤孙。他对着父亲的灵柩痛哭不已，捶胸顿足，大放悲声，很是感人。而回宫后，却照样纵酒淫乐，欢笑如常。
在萧赜考虑立接班人时，萧昭业费尽心机，终于骗取了祖父的厚爱，将他立为皇太孙，成为皇位继承人。萧赜病重期间，萧昭业时常去问安，每当萧赜谈到后事时，他都装得悲伤不已的样子，这就使武帝萧赜更放心。萧赜临死前，嘱咐萧昭业说：“我死之后，五年之内，要把朝中所有的事都委托给宰相，五年以后，就不要再将朝政委托他人，如果你亲政后，没有建树，也不至于怨恨了！”
萧赜一死，萧昭业便不再是祖父面前的那个萧昭业了。他祖父的尸体还停放在宫中，他就到后宫淫乐去了。
萧昭业继位后，别看他没有什么能力，权力欲却非常强，嫉贤妒能。他继位后的第一件事就是将曾想立竟陵王萧子良为帝的宁朔将军赐死，萧子良也忧愤而死。后朝政大权都落入西昌侯萧鸾之手。494年（隆昌元年），萧鸾废萧昭业为郁林王，不将他杀死，立昭业弟弟昭文。这只是个傀儡皇帝，一切都听从萧鸾的摆布。
萧鸾自己不登皇位，暂时立个傀儡，是因为当时萧氏宗室王都健在，势力很大，他们都是萧鸾登上皇位的大敌，于是，他决定先除掉宗室诸王，然后再称帝。他先后杀死随王萧子隆、鄱阳王萧锵、晋安王萧子懋、安陆王萧子敬、晋西王萧钅求、桂阳王萧铄、江夏王萧锋、巴陵王萧子伦、衡阳王萧钧等。剩下的宗室王不是依附萧鸾，就是幼弱之辈。政敌铲除之后，萧鸾便废昭业为海陵王，自立为帝，这就是南齐明帝，不久，又杀死海陵王。终明帝一朝，高帝、武帝的子孙差不多都被萧鸾杀死，后来明帝的子孙，除早死的外，也都被杀死。
在刘宋、萧齐两个王朝宗室骨肉残杀中，有一种人起到很坏的作用，那就是皇帝们的耳目——典签。
在秦汉的职官中，没有典签这个名词，据学者考证，它大概始于魏晋。当时地方府州的官吏们，在讨论公事时都要做记录，参加会的人都必须在记录上签名，负责记录签名之类杂事的小吏，叫典签。他的地位非常低，是五品官下属的杂役小吏。
刘宋建立政权后，鉴于东晋一朝，大族掌握地方重镇的兵权，与皇室共天下的教训，在地方削弱大族兵权，派皇子宗室王到地方出镇。最初有的皇子比较幼小，便让典签负责照顾皇子的饮食起居。后来，出镇地方的宗室王势力不断加强，他们不断起兵造反，威胁中央政权的安全，中央与地方的矛盾日益紧张。尤其是宋孝武帝刘骏，他自己就是由江州刺史起兵，由藩王变成皇帝的。他不愿意别人效仿他，他一面削弱方镇诸王的权力，大杀宗室王；一面从自己身边挑选值得信任的小吏，派他们到诸王方镇，监视地方方镇的行动。这时的典签官品为七品，完全成了皇帝派往各地监视控制方镇的耳目了。别看典签官品低，但权力极大。地方方镇向中央上报公事，必须取得典签的签字。有些典签一年之内，多次回京，向皇帝秘密汇报地方官的好坏，皇上也就把这种汇报当成提升和退黜地方官的根据。终刘宋一朝，典签的权力还没有发展到控制地方，翻手为云，覆手为雨的地步。萧齐代宋，萧氏为防止后代骨肉残杀，重蹈刘宋覆辙，齐高帝和齐武帝大力提高典签的权力，想通过他们，控制地方宗室王的力量，防止骨肉残杀。他们万万没有想到，他们的后代竟利用典签去杀死他们的政敌，宗室诸王。
萧齐时的典签权力大得惊人，他们可以说是无事不管。在齐武帝萧赜时，他的四儿子巴东王、荆州刺史萧子响实在忍受不了典签吴修之的控制，杀死吴修之，在江陵起兵造反。
明帝萧鸾更是充分发挥典签的作用，并让他们充当诛杀宗室王的刽子手。他秘密召集典签们，让他们严控宗室王，不许他们与外人接触。巴陵王萧子伦镇守琅玡，兵力很强。萧鸾便把他的典签华伯茂找来，商量怎样除掉萧子伦。华伯茂说：“您要是派兵去解决他，恐怕事情更不好办。若是让我来处理，可以说不费吹灰之力。”
萧鸾便把这件事交给华伯茂。果然，萧子伦乖乖地喝下了华伯茂为他准备的毒酒。看到主帅被典签杀害，左右侍从竟没有一个人敢说。萧鸾派人去杀湘州刺史、南平王萧锐时，萧锐的部下周伯玉聚众反抗，群情激奋。但典签一出面呵斥，众人便安静下来，萧锐束手被杀，周伯玉也难逃一死。建安王萧子真在被典签追杀时，吓得钻到床底下，苦苦地哀求，说如果能免他一死，他情愿做奴隶。典签柯令孙毫不为他的乞求所感动，一刀砍死萧子真。
由此可见，典签不仅是皇帝的耳目，也是皇帝的杀手。典签的权力到萧梁时，就逐渐地削弱了。
齐明帝即位后，不仅大杀宗室王，而且还残杀大臣，尚书令王晏为他夺取帝位，曾立过汗马功劳。萧鸾并没有放过他，不仅杀了他，还将他的弟弟广州刺史王诩及他的两个儿子一并杀掉。萧鸾的滥杀，引起持节都督、会稽五郡诸军事会稽内史王敬则的恐慌，他知道，明帝早晚会杀掉他。这位萧齐开国老功臣被逼无奈，只好起兵造反，后战败被杀。
498年（永泰元年）七月，明帝萧鸾病危，他立遗诏，令徐孝嗣为尚书令，沈文秀、江韦占为仆射，江祀为侍中，刘暄为卫尉，让太尉陈显达统掌军事和内外政事。临终前，他再三叮嘱太子萧宝卷说：“凡事要先发制人，不可落人之后，否则后悔不及！”
明帝萧鸾死，太子萧宝卷继立，他就是东昏侯。
萧宝卷更是个荒淫残暴的昏君，自幼便不喜欢读书，只知道游玩放荡，奢侈无度。他继位后，遵照父亲先发制人的遗训，先后杀死六位辅政大臣，即始安王萧遥光、尚书令徐孝嗣、尚书仆射江祐、右将军萧坦之、侍中江祀、卫尉刘暄。老将陈显达、崔慧景被逼造反，也兵败被杀。萧宝卷除掉辅政大臣后，以为自己尽握朝权，可以高枕无忧了。他彻夜淫乐，不理朝政。大臣们的奏章堆积如山，偶尔随手画画，有的干脆让宦官用来包裹鱼肉，拿回家去。他整日东游西荡，所经道路，一定将居民赶净，路上所遇之人，一律杀死。
500年（永元二年），雍州刺史萧衍在襄阳起兵。501年，在江陵立萧宝融为和帝，改元中兴，自己率兵攻入建康，杀死萧宝卷。502年（中兴二年），萧衍自己即位称帝，国号梁。
至此萧齐灭亡。萧齐从萧道成称帝到萧宝卷被杀，只存在23年（479—502年）就灭亡了。
