一个国家军队的素质，直接关系着国家的存亡，而一个国家的军队制度，又直接影响着国力的兴衰。明朝在借鉴了古代军制之后发明的卫所制以军事据点防御外敌，以屯田垦荒进行内治，取得了很好的效果。
卫所制的产生
军队是建立和维护一个国家稳定的基础，一切政治集团若想获得最终的统治权，背后都必须要有军队的支持，大明王朝也不例外。
在刘基研究的古代兵制里，有征兵制和募兵制两种。所谓征兵制就是以兵务农、以农养兵，全民皆兵，用时召集，这样做不但兵员素质良好，背景也很清楚，国家平时又不用担心养兵的费用。不过这些兵员几乎全部出自农村，如果遇上长期的战事，必将直接影响农村的生产，而且这种兵源相对有限，不适合迅速集结和进行大规模作战。除了征兵制，还有募兵制。所谓募兵制就是收揽社会上的闲散人员，让他们以当兵为职业，这样做的好处是可以收揽社会上的一些无业游民，并且这些人员在数量上和服役的时间上都可以不受农耕的限制。不过，相对征兵制，募兵制最大的缺点就是国家要维持很大一批常备军，这样一来，在军费方面无疑是个巨大的开销，而且募来的士兵中会有一些来路不明的人，很容易反叛或逃亡。
刘基针对这两种兵制，各取所长，想出了一个比较折衷的方法，既能使战斗力和生产力保持一致，又不会出现太多的失误，这种制度被称为卫所制。卫所制的兵源主要从四个方面获得：第一批称为从征，指那些从朱元璋起事便开始跟随他打天下的士兵；第二批称为归附，指那些从群雄和元朝部队投降过来的士兵；第三批被称为谪发，这类人是在军事行动中，因为战斗急需人手从牢狱中放出来帮助打仗的囚犯，也叫恩军；最后一批被称为垛集，也就是被征召上来的士兵，这些士兵多数是按当时的人口比例，从每户之中征上来服兵役的。
在这四批士兵中，前两批是主要军力人选，后两批则属补充军力。卫所制规定，这四类兵种都必须娶妻生子，世袭为兵，如果无子孙继承，就要从原籍的家属壮丁中选人补充。这种规定既保证了军队的稳定兵源，也让这些武装了的军队成为了兵营式的家庭群体。
军籍与卫、所等级
朱元璋在建国之初就将百姓划分在一定的生活区域中，每个人在出生的时候就规定了他的职业，编辑成明代的户口。在这本户口中，军籍和民籍、匠籍是当时的三大户籍类别。享有军籍的人和普通百姓不同，他们不受普通的地方行政官员管治。
每户若有一人应征入伍，那么这户将受政府的优待，免去这家一人的差役。被充军到卫所的士兵本身称为正军，随军的子弟被称为余丁或军余，将校的子弟被称做舍人。这些人平时的粮食支出均由国家按月发送，称为月粮。军中规定，马军月支两石米，步军总旗月支一石五斗米，小旗月支一石二斗米。步军又分守城和屯田两种，守城的月支一石米，屯田的只有半石。恩军的标准是四口以上支一石米，三口以下支六斗米，无家口的为四斗米。其他方面如冬衣、棉布、夏衣、夏布每年都会按人口分到一件，出征的时候还会分给棉袄和鞋裤。
军队根据人数和性质分为卫、所两个级别，五千六百人称卫，设有指挥使。卫的下面又分成五个千户所，每个千户所一般是一千一百二十人，设有千户。千户之下又分成十个百户所，每百户所一百一十二人，设有百户。百户之下是旗，设有总旗两个，小旗十个，每个总旗领五个小旗，一小旗为十人。
这些大大小小的军队编制成军，以卫所为单位，分布在地理位置险要的地方，小的据点设所，重要的据点设卫，这样卫所相关联，散布在一个大的地区里，形成了军区，每个军区都由若干的卫所组成，设立的都指挥使成为这个军区的最高军事机构的最高指挥长官。到洪武二十五年（1392），大明疆域的军事防御体系才算基本定形，全国共建有十七个都指挥使司，分别隶属于五军都督府，内外共有三百二十九个卫，守御千户所六十五个，京师部队人数占全国士兵总人数的六分之一。
边防屯田制
卫所的军粮问题，大体上是学习汉朝赵充国的办法，在边塞实行屯田制，每处驻守的军队分成两部分，一部分守御，一部分则到田里耕种，这样做既可以节省粮食长途运输费用，以补充军需，减轻国家养兵的负担，又使战斗力和生产力通过这种办法得到协调统一。内地的卫所基本也是屯田耕种。
每个军队单位都会分到相应的田地，由官府分发耕牛和农具，开始的几年国家免除一切田租，等将耕田养成熟地之后，每亩收租税一斗。朝廷还规定，屯田守军十分之三用作守城，十分之七用于屯种，内地则是二分守城，八分屯种，这样既可以自给自足，也可以有所囤积以备战事。
在卫所中，正军本人的吃穿用度都由国家支付，可他们的家属却需要自己取得。一石米在那些人口多的家庭里连吃饱饭都成问题，还要孝敬上司，哪还有余钱添置衣服。有的士兵活不下去只好逃跑，要么去当苦力，要么去做买卖。这样一来，军队的战斗力也大大削弱了。
除了军屯还有商屯。在军粮不够吃或是出现困难的时候，朝廷创造出了“开中法”来补救。所谓开中法就是把运输军粮的费用转移给商人，朝廷一般不缺粮食和盐，难就难在运输费用上，那时交通不便，运输费用往往比所运的粮食本身还要高。商人虽然拥有资本和人力，却无法得到被朝廷垄断的盐。开中法就是让商人把粮食运到边防驻地，拿到当地接收的收据，回来后可以到朝廷那里领到等价的盐进行贩卖，从中获取暴利。这个办法朝廷省钱省力又省心，商人也有好处。有的商人索性在边塞雇人开垦耕地，就地缴粮囤积，从而省去了数倍的运费，这样一来，不但边防得到了充实，边疆荒地也得到了大规模的开垦。
军权中的学问
明代的军权被分为统军权和军令权两个部分，统军权由五军都督府掌管，军令权则归兵部负责，也就是带兵作战由军士来完成，但发号决策却是由兵部来指挥。平常，卫所的部队在各自的驻地屯田练兵，一有战事，上方动员令一到，各地卫所的军队马上就集结成军，会有都督府派来的官员暂时充当最高指挥官将军一职统兵出征。打完仗后，各处驻守的兵马各回各自的卫所，恢复之前的屯田守御工作。统军的将军在战斗结束后也将交出将印，回到原任做自己的事。这样的好处是大将没有自己的亲信部队，也就没有实力造反，而军队又过于分散，没有更高的指挥将官来统领，也是一盘散沙，对朝廷无法形成威胁，上下阶级分明，纪律也比较好维持。
朱元璋是个极度多疑的人，他对掌握兵权的人极其敏感，对下面的军官士兵们也是时常留意防范，除了往一些重要部队里面派些义子做监军外，还特别派了许多眼线暗插其中。洪武五年（1372），朱元璋还特别发布军律到各个卫所，下令禁止军官和士兵私下和公开接受公侯给予的一切赏赐，其中除了钱帛之外还包括衣服和粮米；没有出征任务的时候，也不允许军官或士兵们在公侯府门外侍立。对公侯也规定了在没有特殊旨意时，不得私自召唤军人做工役，如果有违犯的公侯，三犯准免一死，军官或士兵三犯则要发配到海南充军。
到后来，情况更加严重，名义上公、侯、伯都是因功受爵，赐有家卒一百一十二人作卫队，并设立一个百户进行统领，颁布铁册说明“俟其寿考，子孙得袭，则兵皆入卫”，这些卫卒被称为奴军，或是铁册军。事实上这些被特别派来守卫功臣们的铁册军，是皇帝派来监视功臣是否有二心的，这些公、侯、伯爵们每天的行动，随时随地都有人向上报告，证人一大群，就是为将来一连串的告密案和大规模的党案做准备的。
