在捣毁火箭队的地下基地之后没过多久，不等莱恩稍作休息他就又接到了来自精灵联盟的指派任务：根据精灵联盟所获得的情报显示，火箭队将会在不久后向银都镇发起袭击，因为火箭队在同时向好几个城市发动攻击引起骚乱所有联盟担心只是调虎离山之计于是专门指派最近的莱恩前往调查。
莱恩和小兰来到据说接到火箭队寄来的犯罪恐吓信件的研究所时银叶镇的治安官君沙小姐正好也在其中侦查，一脸怀疑的君沙小姐在莱恩表明了自己搜查官的身份之后才露出微笑。
“欢迎来到银叶镇，这次的事情麻烦你们了。”
“听说你们收到犯罪的预告信能不能给我看一下。”
“当然！”君沙果断递过来一张名片大小的卡纸，白色的底色下正面是一个鲜红的字母R占去卡片的大半版面背面则是一行小字：“我们将于明天带走你研究所最宝贵的物品。”下方的署名是两支交叉的玫瑰和一个猫爪印。
“猫爪印？”莱恩一下子就想到了老是跟在小智背后的火箭队三人组，如果是他们三个的话那他们的目标很有可能就是研究所中的神奇宝贝。
“你认识？”君沙小姐惊喜的问。
“对，知道一些，这是一个专门盗取别人神奇宝贝的组合，如果我没有猜错的话他们的目标应该是研究所中的神奇宝贝。”
“神奇宝贝？不对啊？！秋叶原博士的研究所主要研究的是人工智能程序的设计应该和神奇宝贝没有关系才对！”君沙小姐不解了。
“不，我这里其实是有一只神奇宝贝的，而且是一只独一无二的神奇宝贝。”
“诶？秋叶原博士你这里有新的神奇宝贝？”
“没错！”秋叶原博士很自豪的道：“这位搜查官还有君沙小姐，如果不介意的话和我进来看一下吧？这边请！”
说完秋叶原博士将三个人带到了他的研究室内，在这个诺大的实验室内排列着几台超大型计算机和一些他们不熟悉的工具。秋叶原博士带着他们径直来到实验室中心的一个巨大显示屏前站好：“虽然我也没有想到3D龙的第一次面世是在这样的情况下，不过大家请记住眼前的这一幕，见证奇迹的诞生吧！3D龙ZERO，觉醒！”
伴随着秋叶原博士中二爆棚的台词显示屏突然的一暗然后像是宇宙原初的大爆炸一般色彩诞生了！在显示屏的中央一个由简单的线条和基础的色调构成的特殊神奇宝贝展现在大家的面前。
“这个是……”君沙小姐和小兰好奇的看着显示屏中的神奇宝贝，虽然他们知道这是一只神奇宝贝但是无论他们如何搜刮也无法从记忆中找到可以对应的神奇宝贝。
“3D龙！”唯有莱恩不由自主的发生感叹，原来是真的3D龙这种神奇宝贝真的是人类制造出来的。
“诶？你居然知道！”秋叶原博士一愣，不等莱恩做出解释秋叶原博士就自己为莱恩给圆上了：“也对，远古的石板又不只是一块，或许你们也在那里见过也说不定！没错，这就是已经消失了，却被我‘复活’或者说创造出来的数据神奇宝贝3D龙。”
“远古石板？”“复活？”“创造？”三人各有各的惊叹。
“没错！3D龙可以说是我创造的，也可以说只是对灭绝神奇宝贝的重现，但无论从那个角度上来说眼前的这只3D龙都是这个世界上独一无二的存在。”对眼前的这只3D龙的诞生秋叶原博士充满了自豪感，毫不吝惜的为三人做详细的介绍。
“几年前，我和正辉在一起构建关东的神奇宝贝传输系统的时候意外的发现他哪里有一副特殊的石版画，看上去就像是远古人类文明所使用的图鉴一样，上面记录了关东包括CD在内250只神奇宝贝。”
“250只？关东和CD有这么多神奇宝贝吗？”君沙发出不可思议的惊呼。
“没有！我可以非常肯定的回答！”秋叶原博士斩钉截铁的道：“我们查过了精灵联盟的所有资料发现包括传说中的神奇宝贝在内，关东和CD有记载的神奇宝贝只有247种，其中有3种是连传说中都不曾出现过的，也没有任何证据可以证明其存在的假象神奇宝贝，一种是3D龙和它的进化型，另外一个是超梦！”
“3D龙？超梦？”莱恩一下子想起来这两种‘不存在’的神奇宝贝的诞生时间就在这几年，也就是说在秋叶原博士‘创造’出了3D龙，火箭队‘创造’出超梦之前就有远古文明将这两种‘未来’诞生的神奇宝贝记录了下来。
“嗯！我就是受到远古石板的启发才想起既然3D龙这种神奇宝贝已经不存在了，为什么人类不能认为的‘创造’出一种神奇宝贝来填补上它的空缺呢？于是我开始钻研人工智能，利用远古石板上关于3D龙的相关记录作为方向不断的努力。功夫不负有心人，终于在今年我的一次偶然试验中诞生了第一只具有自我思维拥有‘生命’的神奇宝贝‘zero’，可以说ZERO的诞生不仅从侧面印证了古代石板的正确性更从另一个方面证明人造神奇宝贝的可行性。”
“秋叶原博士！”秋叶原的激情让莱恩感到敬佩的同时也隐隐产生一种恐惧，他有些担心如果人类真的能够创造出新的神奇宝贝的话还会对神奇宝贝，对生命产生敬畏的心理吗？会不会升起一股造物者的狂傲？这些都是值得他和精灵联盟的诸位去思考的问题。
“对了，你们还没有见过3D龙呢，ZERO你出来给大家看看！”
3D龙眨了眨眼睛，然后整个显示屏的表面就像水面一样荡漾起一圈圈涟漪，一个尖尖的嘴巴率先探出来，它的鼻翼试探性的嗅了嗅然后很快的从显示屏中钻出来利用电磁能力使自身悬浮与莱恩他们平行好奇的观察着这三位陌生来客。
“这就是3D龙吗？”莱恩试探的伸出手3D龙没有做出任何闪躲的动作乖乖的任由莱恩的触碰，超克之力自然的将二者的心灵世界联系在一起莱恩可以清楚的看到一个纯白的对世界充满好奇的内心世界，这就是3D龙吗？
“砰！”就在莱恩和3D龙之间展开心灵交流的时候突然一只机械的手臂砸穿墙壁伸了进来，蜿蜒的机械手臂准确的一把抓住悬浮在空中的3D龙就准备走。
“力壮鸡！”小兰眼疾手快，力壮鸡果断的一脚踹出但机械手臂稳稳的接下力壮鸡的攻击缓缓缩回，期间皮卡丘也试过使用十万伏特但释放出的高压电流全部被机械手臂给吸收。
“哈哈没有想到吧？我们的机器人在坂木老大的支持下可是能够吸收电流同时硬度还超越钻石又怎么是你们可以破坏的。”
“你们是谁？！”君沙小姐大喝道。
“既然你诚心诚意的发问了”
“我就大发慈悲的告诉你”
“为了防止世界……”
“是火箭队！大家别让他们跑了！”莱恩二话不说先放出自己的神奇宝贝，身材高大的大岩蛇一出场就撑开了被打破的屋顶顺便利用体型和重量的优势一口气将火箭队的机器人给扑倒。
“啊——我的实验室！”秋叶原博时发出哀嚎。
“抱歉博士，我们会在打败对手后再向你道歉的。”莱恩踩在大岩蛇的背上下达指令：“捆绑，别让它们给跑了！”
“混蛋，别小看我的超级火箭队1号啊喵~”喵喵大吼一声：“吃我一发超级火箭队必胜导弹！”
“皮卡丘！”皮卡丘马上默契的一道闪电截下机器人射出的飞弹，强烈的电击将飞弹直接引爆剧烈的冲击波将大岩蛇和机器人一起带的扑倒。
“别小看反派的力量，超级火箭队拳头攻击！”被扑倒的机器人猛的一发劲恐怖的力量强行撑开大岩蛇的束缚然后一枚后面喷着火焰的铁拳照着大岩蛇的脑袋就是一拳，体重近吨的大岩蛇愣是被这冷不丁的一拳头给砸飞出去。
“去死吧，看我的超级火焰喷射。”机器人那拳头飞出留下空荡荡的洞口突然喷出一股超高温的火焰。
“小心！”力壮鸡一个飞身带着莱恩远远的避开而大岩蛇顶着烈火攻击使用挖洞绝招钻入地底只有皮卡丘趁机飞身而上一个钢铁尾巴狠狠的劈在机器人的关节部位。
“铿！”皮卡丘的尾巴与机器人碰撞发出金属交击的声音机器人的防御根本不是皮卡丘可以打破所以它只能用后退来保全实力。
“好厉害的机器人！”秋叶原博士不由得感叹道。
“小兰，我们一起上！”虽然火箭队的机器人看上去非常的强大但是莱恩毫无畏惧，因为他已经找到解决的方法了。莱恩这次释放出来的是火恐龙，许久没有战斗的它一出来就战意十足自发进入战斗状态。
“火恐龙，火焰喷射！”10火恐龙全力使用的火焰喷射中加入了自己对属性升华的理解，在这种情况的喷出的火焰温度丝毫不逊色甚至比机器人喷出的火焰温度更高威力更强。
“没有用的，我的机器人使用的超级合金可是具有极高的熔点而且还能防止热的传导……”
“暴鲤龙高压水泵！”小兰了然的派出暴鲤龙高压的水柱在火恐龙火焰喷射之后紧随而至。
“不好，喵喵快躲开！”
“哼，来不及了！大岩蛇，沙地狱。”深藏在地下的大岩蛇直接将机器人脚下的土地沙质化，机器人因为自身重量的原因深深的陷入流沙之中面对暴鲤龙和火恐龙的双重夹击根本毫无还手之力。
“该死，要爆炸了！”
“彭——”
不等他们说完偌大的一个机器人轰然炸开，火箭队三人组顿时化作天边的流星而去，皮卡丘以迅雷之势救下受到牵连的3D龙。
“不行，3D龙受伤了，我们得将它送到精灵中心去。”没有什么好说的，为了3D龙的安全只能送到精灵中心。
正当所有人都在精灵中心等待3D龙康复的消息之时从研究所传来了噩耗研究所再次遭到袭击，秋叶原实验室的几台计算机被人抢走，一起消失的还有他的一些研究资料。
“抱歉！”莱恩懊悔的道：“我没有帮你保护好3D龙也没有帮你保护好研究所，现在连资料都被偷走了。”
“不必自责，只能怪火箭队的人太狡猾了。”秋叶原博士摇摇头，他本以为打败了火箭队的机器人事情就算这么过去了谁知道真正的阴谋却才开始，果然他只适合做一个简单的研究人员。
秋叶原博士在慎重思考之后做出了一个决定：“莱恩，如果我将zero交给你你能保证将它照顾好吗？”
“诶？博士，zero可是您的心血啊！”
“我知道，zero在我心中就像是我的孩子一样，但是为了它好我还是决定将它交给你来保护，因为你有这个能力！”秋叶原博士苦笑道：“像我这样邋遢的男人连自己都无法照顾好又怎么保护好zero？所以莱恩，zero就拜托你了。”
“是！”
紧接着秋叶原博士拿了莱恩的图鉴，在上面加上了一些特殊插件之后交还给莱恩道：“从今以后这里将会是zero最好的精灵球，它还是一个孩子什么都不知道什么都很好奇，对于3D龙这种上天借由我的手重现的神奇宝贝我也一无所知，所以它的一切还有待与莱恩你自己去发掘。”
“而我将作为一个研究员继续展开自己的研究，虽然火箭队拿走了我的资料但是我早有准备的在正辉那里留了一些备份，利用那些应该可以创造出更多的3D龙以及图鉴上还未发现的3D龙2，所以最后我希望你务必要好好的保护zero，拜托了！”
“是，博士！”
随着莱恩一口答应下来系统传来了任务提示：恭喜完成主线任务：空白的ZERO，奖励：技能点*1，3D龙技能学习机*1。
3D龙（新手：1级）特性：下载/适应力，资质：S，悟性：S，意志：A，技能：属性变化1，属性变化2，变方，电磁浮游。备注：世界上第一体3D龙，最初的数据生命概念，第一个接近完美的人造神奇宝贝，完美个体，全属性+10，伴随着收集到足够多的资讯而获得自我调整的可能性（可以将某一项或多项属性转移到另外一项或多项属性上，当前可调整为0%。）。
