十六日（乙卯），谕内阁：『杨岳斌奏：「请将已革游击吕文经留于台湾效力」等语。前因吕文经于轮船中炮、辄即先退，降旨革职，发往军台；嗣据左宗棠等奏留差遣，当以该员获咎较重，未经允行。该前督岂无闻知，乃复奏请留营；殊属冒昧！杨岳斌着交部议处；并着将吕文经即行起解，不准逗遛。嗣后获罪人员，各该督、抚及各路统兵大臣不准率请留营、擅行差委，以肃纲纪而杜夤缘』。寻吏部奏：『杨岳斌应得降二级留任公罪』。得旨：『准其抵销』。
二十二日（辛酉），钦差大臣督办福建军务左宗棠奏：『法人占踞澎湖，革员吕文经往探被拏，诡言得释。其胆略尚有可取，请准其留营』。得旨：『前据杨岳斌奏，已降旨不准行，并将该前督交部议处。吕文经着仍遵前旨，即行起解』。
——以上见「大清德宗景皇帝实录」卷二百五。
夏四月二十四日（壬辰），谕〔军机大臣等〕：『电寄李鸿章、岑毓英等：据电奏「林椿来言，法约定一月内退澎湖；但刘永福不退保胜，澎湖亦须迟退」等语。现在详约将定，中外交涉惟重信义；刘永福一军，亟应如期撤回。着岑毓英、张之洞懔遵十八日电旨，严催该提督即率所部迅回滇界，再赴思钦；不准稍有迟延，令人借口。其超程、抵滇日期，仍速电闻』。
二十八日（丙申），谕〔军机大臣等〕：『电寄李鸿章：据电称「中、法详约业经画押，法使巴德纳允将前虏「平安」轮船弁勇七百余人全数交还，请将桂军擒获法国弁兵释回」等语。着李鸿章迅派妥员前赴澎湖，曹商法兵官，约定日期，将虏去弁勇王仁和等七百余人妥为收回。其中如有被敌伤害者，必须与之理论。至由西贡载回者，酌给船费：均由该督妥办。并着将约定之期，电知李秉衡；将前获法弁兵九人，届期派员送交越境法兵官收回。至降将何麦里，仍遵前旨饬令随营效力；如何妥为安置，着李秉衡酌度奏明办理』。
——以上见「大清德宗景皇帝实录」卷二百六。
五月初三日（辛丑），帮办福建军务前陕甘总督杨岳斌奏：『奉旨交查知府李彤恩并饬讯道员朱守谟一案，请另派大员查办』。得旨：『现在和约已定，防务解严；该前督何得避嫌取巧，托词推诿！仍着杨岳斌秉公查办，据实参奏，不准稍涉偏徇』。
初九日（丁未），谕〔军机大臣等〕：『电寄杨岳斌等：据李鸿章电称「法兵于初九日准退出基隆」等语。上年刘铭传仓猝赴台，尚称勇往；自基隆失事，未能迅复，咎实难解。现在法人已退，着责成杨岳斌、刘铭传、孙开华将全台应办事宜，实力布置；如有疏懈，惟该前督等是问』。
蠲免福建省光绪五年以前积欠钱粮。
十一日（己酉），谕军机大臣等：『近闻刘璈有禀请洋款办理台南善后之事；本日已有旨，电饬左宗棠等不准擅发。左宗棠到闽后，每于调人差委，未经奏明辄行派往；殊属非是。嗣后遇有用人拨款等事，务当先行奏报，候旨遵行；不得再涉轻率，致干专擅之咎。将此由五百里谕令知之』。
又谕：『李鸿章电奏：「林椿云：巴德纳接外部电，华兵在越者尚未全退，仍踞几处地方；似指云军及刘永福。倘日久远约不退，恐澎湖未能早还」等语。四月十八、二十四日迭谕岑毓英将全军按期速撤，并严催刘永福一军撤回滇界；均电知张之洞转行遵照。据张之洞电称：越民游勇为梗，道路不通。该督究竟已否接奉前旨，云南官军及刘永福所部刻下已否撤竣？着该督即行遵旨迅速办理，一面将启程及抵界各日期由电奏闻；不得稍涉迟延，致令法人有所借口，贻误大局，自干咎戾。将此由六百里谕令知之』。
又谕：『电寄左宗棠等：闻刘璈请左宗棠由洋款内拨一百万办台湾善后，委员坐提。如果属实，所请断不准行。着左宗棠、杨昌浚懔遵前旨，查明所借洋款现存若干？迅奏候旨，不得轻率拨用』。
十二日（庚戌），谕〔军机大臣等〕：『岑毓英奏「覆陈边外情形并行抵文盘州布置要隘」一折，据奏拟将宣、兴以西归我及馆司设码头两相保护各节，该督于日前办法殊属误会。前于三月二十四日、四月初八、十八等日迭次电谕该督撤兵入关，并无一字令在关外布置。迨四月二十二日该督奏到撤师日期折内详陈关内外分扎各营，当经电谕令将关外各营一律撤回边界，勿逾定期。谕旨极为明晰，该督接奉后，自应懔遵办理。乃昨据李鸿章电称：「法使接外部电，华兵在越者尚未全退」；核计四月二十二日电谕已及两旬，何以尚未据该督电奏全数撤回？现在详约已定、基隆法兵已退，彼既如约办理，我若迁延撤兵之期，使彼有所借口，不特澎湖法兵未肯遽退，且恐别生枝节，贻误大局；该督岂能当此重咎耶！究竟关外各军及刘永福一军于何日一律撤退关内？即着迅速电奏。所有历次电谕七道，着再钞给阅看。将此由六百里谕令知之』。
又谕：『电寄岑毓英：据奏「行抵文盘州布置要隘」一折，所陈办法，殊属误会；本日已明晰寄谕该督矣。详约之定、基隆法兵已退，岑毓英务将关内外各营及刘永福一军一律撤回关内，不准托词迁延；究于何日撤竣？速即电闻』。
——以上见「大清德宗景皇帝实录」卷二百七。
十七日（乙卯），谕〔军机大臣等〕：『电寄左宗棠等：程文炳一军着即撤回湖北；应需饟项，着左宗棠、杨昌浚于洋款内发给，将来由鄂清算。所有余存洋款仍着存库，听候拨用』。
又谕：『电寄杨岳斌：所部暂缓遣撤；着将派查事件，赶紧查覆，再行听候谕旨』。
十八日（丙辰），谕军机大臣等：『电寄苏元春等：据李鸿章电奏「巴德纳照会称：谅山一带复到中国官兵三队，请饬撤回；澎湖本拟照约克期撤尽，迭闻此信，不无疑虑」等语。粤军早撤，必无复到谅山一带之事。惟张之洞前奏，越民有与法仇杀情事，难保非游勇勾结冒充华兵；着苏元春、李秉衡确查电覆。现在滇军及刘永福营已否一律撤回关内？日久未据岑毓英覆奏。此时滇、桂电信中途有无阻滞，着苏元春等速咨该督迅即遵旨办理，仍将滇军现在情形迅速电闻』。
二十二日（庚申），谕〔军机大臣等〕：『前迭谕岑毓英将关外滇军及刘永福营一律撤回边界，迄今日久，尚未据该督覆奏。法已退出基隆，并将虏去弁勇悉数交回；我军亟应如约迅撤，以昭大信。着岑毓英懔遵迭谕，赶速办理；毋再迟延，致干咎戾。将此由六百里谕令知之』。
又谕：『电寄张之洞：前迭谕岑毓英将滇军、刘永福营一律撤回边界，迄今未据覆奏。法已退出基隆，并将虏去弁勇悉数交回；我军亟应如约迅撤，以昭大信。着张之洞速咨岑毓英懔遵迭谕，赶速办理。现闻电线中断，应如何设法急递？并苏元春派赴谅山弹压之兵，何时撤回？均着迅速电闻』。
二十三日（辛酉），钦差大臣督办福建军务左宗棠等奏：『闽省官轮被毁，解运饟械并渡勇援台，类皆转雇商轮，诸多不便。现购买「富有」、「美富」两轮，以资遣用』。下部知之。
帮办福建军务前陕甘总督杨岳斌奏：『行抵基隆大营，与抚臣刘铭传筹商防务，勤加操练，增高墙垒、深浚沟濠，以期有备无患』。报闻。
二十五日（癸亥），钦差大臣督办福建军务左宗棠奏：『法将孤拔，已于四月十九日在澎湖病毙。所有「平安」轮船被虏之干军弁勇，应另与法官商办，俾得早日收回』。报闻。
又奏：『衰病增剧，现在中、法和约已定，请开缺回籍调理』。得旨：『览奏殊深廑系。着赏假一月，安心调理；毋庸开缺』。
二十六日（甲子），谕〔军机大臣等〕：『杨岳斌等奏「筹办台湾防务」：「澎湖、基隆、沪尾三海口，均须长泊快兵船一只；修造炮台运办各料，须装货船二只。请饬南、北洋分拨快船三只、福建船政速拨货船二只，到台备用」等语。台湾所需各船，能否照数拨往？着李鸿章、曾国荃、裴荫森奏明办理。至各船到台之后，饟项如何发给？并着妥议具奏。将此由四百里谕知李鸿章、曾国荃，并传谕裴荫森知之』。
又谕：『据岑毓英电奏：「云军三万余人已撤回二万三千余人，均抵开化、临安边界；留粤勇七千余在后弹压，陆续撤回」等语。法人现已退出基隆，专俟滇军及刘永福营一律撤回，即将澎湖退出。着岑毓英懔遵迭次谕旨，迅将关外滇军全数撤回边界，不得稍涉迁延；并饬催刘永福赶紧督率所部入关，毋任逗遛。仍将抵关日期，飞速驰奏。前据李鸿章电奏：「据教士报称云南拏获法兵四、五名，在营囚系，请饬交还」等语。并着岑毓英查明所获法兵，妥为交还。将此由六百里谕令知之』。
福建巡抚刘铭传奏：奸商吞匿厘金、道员通同作弊，已将台澎道刘璈撤任查办。得旨：『刘璈着即撤任，听候查办』。
又奏：『基隆一隅自遭兵祸，民房焚毁无余，田地荒芜，流离可悯！拟请抚恤，由淡水捐输项下拨款动用』。如所请行。
以任情勒捐，革台湾宜兰县知县王家驹职。
——以上见「大清德宗景皇帝实录」卷二百八。
六月初三日（庚午），谕内阁：『杨岳斌、刘铭传、孙开华奏「台北解严，请将历次战守尤为出力将弁官绅及筹运出力人员奖励」各折片，刘铭传驻守台北，未能相机决策攻复基隆，本属无功足录；而各营将弁官绅，固守要隘历时甚久，迭次接仗亦能竭力抵御，自不能因督师之不力，并没行间效命之劳。惟所请奖叙，未免过优；量行核减，酌予恩施。王诗正、沈应奎均系已革司、道大员，左宗棠并未先行奏明辄令赴营，本不应给予奖叙；姑念该革员等业经渡台，不无微劳足录。王诗正着赏给五品顶戴，沈应奎着赏给四品顶戴；阵亡之总兵曾照礼、副将刘义高等均着交部照阵亡例，从优议恤』。
谕军机大臣等：『已革游击吕文经，前经降旨发往军台。嗣据杨岳斌奏请留营，复经谕令即行起解，不准逗遛；迄今已逾两月，未据奏报起程，殊属延玩！着杨昌浚、刘铭传、张兆栋迅即派员将吕文经赶紧起解，不准藉词迁延；并着将起解日期，先行奏闻。将此由四百里各谕令知之』。
以台北战守出力，予提督苏得胜、郎中林朝栋等升赏衔翎有差。
初四日（辛未），谕军机大臣等：『岑毓英奏「行抵云南边界并檄令关外各营一律撤回」一折，张之洞迭次电信多系传闻之误。该督现已檄令关外各营一律撤回，越地不留一兵，以昭信义；所办甚是。现在基隆法兵已退，所有被虏弁兵悉数收回；法兵之留澎湖者，其意专候滇军及刘永福一军全数撤回后，方能照约全退。着岑毓英督催各军迅撤，刘永福所部进关后，仍速饬前赴思钦一带驻索，毋再迁延；一面将各军进关日期先行驰奏。越民之情殷内附者，编列民籍；如果相安，即着遵照前次电旨，妥筹安抚。将此由六百里谕令知之』。
初十日（丁丑），谕内阁：『鸿胪寺卿邓承修奏：「福建布政使沈葆靖被参闻警移眷出署一款，疆臣、部臣未能据实定议」等语。左宗棠等查办此案，语涉疑似；吏部议覆沈葆靖处分，亦属从轻：均有不合。左宗棠、杨昌浚着交部议处；吏部承办此案堂司各官，着查取职名，交该衙门议处。并着吏部将该藩司应得处分，另行复议具奏。沈葆靖着即开缺来京，听候部议』。寻吏部奏：遵旨改议处分。得旨：『前福建布政使沈葆靖着照部议降三级调用，大学士左宗棠、闽浙总督杨昌浚着照部议降一级留任，均不准抵销』。
十一日（戊寅），调广西布政使张梦元为福建布政使。
十二日（己卯），谕军机大臣等：『电寄张之洞：据电奏「法教入粤，流弊太多，示弱太甚」等语。传教载在条约，上年七月降旨用兵，尚谕令保护法国教民。现在基隆已退，被虏弁兵均已收回；法使业已到京，教士照约入口，有何示弱？澎湖尚未退出，正以滇省撤兵稍迟为借口；若再因阻教入粤别添枝节，以致澎湖久居不退，其为示弱不更甚耶？此等紧要关键，岂能轻听僚属、将弁之言，有意阻格。如地方莠民藉端滋闹，全在该督严饬弹压；果能实力奉行，何至生事？贺璧理致法领事信，有「法教入粤、粤督不愿」等语；何以向该督言，又谓缓来为宜？恐不足据。着张之洞速即出示晓谕，准令教士入口，以昭大信；毋得再存意见，转启群疑。设有偾事，惟该督是问』。
又谕：『电寄岑毓英：据电奏「刘永福已抵文山县，料理赴粤」等语。法人在澎，专候滇省撤兵消息。现在刘永福已将赴粤、滇军亦概入云界，法人自不能以此借口；办理亦尚合机宜。据张之洞电奏，有「已许刘永福带二千人可以安置」之语。目下该军旧部不满五百，即着于遣散粤勇内添募合成二千人，饬令迅赴思钦一带，由张之洞妥为布置；毋任在滇逗遛，以免别生枝节』。
十三日（庚辰），谕军机大臣等：『据刘铭传奏「台湾道刘璈贪污狡诈、劣迹多端，开单列款请革职查办」一折，刘璈着革职拿问，光刘铭传派员妥为看守，听候钦差大臣到闽查办。所有该革员任所资财，着该抚遴派廉干委员严密查抄，毋任寄顿隐匿。另片奏「台湾道缺，暂留陈鸣志署理，期挽积习」等语。着依议行。将此由五百里密谕知之』。
又谕：『刘铭传奏「台湾道刘璈贪污狡诈、不受节制、劣迹多端、声名狼藉」一折，本日已有旨将刘璈革职拿问，着卞宝第遴派廉干委员将该革员原籍资财严密查抄，毋任寄顿隐匿；并将抄出财产开列清单，据实具奏。将此由五百里密谕知之』。
